genome.fa.s8258.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008258.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110911_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1617810

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
811568--811639	14	5.1	14	85	6	92	66	0	0	33	0.92
811558--811639	29	2.8	29	88	5	121	65	1	0	32	1.00
812649--812700	19	2.8	18	94	5	95	46	19	5	28	1.73
813297--813358	3	20.3	3	90	3	97	66	3	0	30	1.08
820478--820525	13	3.9	13	84	15	75	16	50	16	16	1.79
820468--820523	23	2.4	23	96	0	103	19	51	17	10	1.74
820465--820510	5	8.6	5	81	13	56	19	54	19	6	1.66
822802--822901	24	4.2	24	74	5	94	23	14	17	46	1.83
824907--824950	18	2.4	18	85	7	54	22	47	15	13	1.81
834296--834371	13	6.3	13	73	17	83	17	46	19	17	1.85
834295--834365	23	3.1	23	87	0	106	16	47	19	15	1.82
839038--839090	13	4.3	13	79	13	67	15	43	24	16	1.87
839016--839058	18	2.4	18	92	0	68	20	51	16	11	1.75
839022--839084	18	3.2	18	74	20	54	14	47	22	15	1.81
841614--841672	24	2.5	24	82	0	73	20	11	16	50	1.76
846747--846785	20	1.9	21	85	15	55	69	0	25	5	1.09
858045--858088	18	2.4	19	92	3	72	75	0	4	20	0.98
858678--858865	75	2.6	72	82	9	206	55	14	0	28	1.44
858699--858896	75	2.7	72	78	10	199	56	12	1	29	1.45
859541--859576	11	3.4	10	92	7	54	80	8	0	11	0.90
864881--864911	16	2.0	15	93	6	53	58	0	9	32	1.31
864935--864978	19	2.4	19	88	3	63	72	0	6	20	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
865557--865693	70	2.0	70	81	11	165	56	12	1	29	1.44
865557--865781	76	3.1	73	75	11	201	56	12	1	29	1.47
866084--866109	13	2.0	13	100	0	52	76	7	0	15	0.99
867009--867044	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
875287--875422	60	2.3	59	83	8	161	38	13	11	36	1.81
875294--875422	59	2.2	60	83	9	158	40	14	10	34	1.81
877483--877517	5	7.0	5	100	0	70	40	0	0	60	0.97
877529--877583	6	9.0	6	84	11	67	38	0	12	49	1.41
877484--877608	2	66.5	2	66	15	52	38	1	9	50	1.45
877463--877608	10	14.3	10	71	13	61	36	1	11	50	1.48
877443--877608	31	5.5	30	74	20	109	37	1	10	50	1.45
878304--878336	16	2.1	16	88	11	50	36	0	0	63	0.95
884280--884354	27	2.7	26	80	14	71	62	4	0	33	1.14
890823--891172	129	2.7	128	80	5	337	36	16	15	32	1.89
891659--891684	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
893060--893199	69	2.0	69	100	0	280	40	5	5	47	1.51
893162--893238	37	2.1	37	82	4	93	49	1	3	45	1.28
893647--893902	113	2.3	112	89	0	404	46	14	13	25	1.80
893875--893922	21	2.3	21	88	0	69	39	12	8	39	1.73
893768--894034	132	2.0	133	91	1	437	46	14	12	26	1.81
893896--894130	112	2.1	112	91	0	391	43	14	14	26	1.85
894001--894638	182	3.5	182	92	0	1062	43	13	16	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895278--895325	23	2.1	23	92	0	78	37	18	8	35	1.81
897704--897851	5	30.2	5	70	15	60	74	6	4	15	1.17
897773--897816	21	2.1	21	88	12	65	70	4	9	15	1.30
897871--897921	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
899226--899272	2	24.5	2	78	8	53	48	4	2	44	1.34
901031--901098	22	3.2	21	73	21	61	7	14	1	76	1.07
901033--901089	20	2.9	18	80	14	60	3	15	1	78	0.96
909750--909783	13	2.7	12	86	13	50	8	0	2	88	0.62
912553--912615	18	3.5	18	84	0	81	23	26	23	25	2.00
916656--916690	18	1.9	18	88	0	52	25	31	20	22	1.98
923901--923966	33	2.0	33	82	5	80	74	10	1	13	1.15
927812--927837	5	5.2	5	100	0	52	23	57	19	0	1.40
930152--930360	104	2.0	105	95	0	375	23	17	23	35	1.95
936205--936247	19	2.3	19	87	0	59	37	11	23	27	1.89
940216--940276	20	3.0	20	90	2	95	16	11	32	39	1.84
938591--940891	787	3.0	766	93	3	3813	31	16	16	35	1.91
950743--950777	18	1.9	18	94	0	61	11	14	20	54	1.70
950783--950839	26	2.2	26	80	0	69	38	15	10	35	1.82
951267--951502	24	9.7	24	72	11	95	5	38	0	55	1.25
951301--951442	21	6.3	20	71	18	77	4	38	0	56	1.24
951322--951412	15	5.7	15	72	16	51	3	37	1	58	1.22
951263--951547	18	15.8	18	72	11	174	5	37	0	56	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
951483--951551	15	4.4	16	79	13	81	5	34	0	59	1.21
951475--951551	33	2.3	33	84	0	100	5	36	0	58	1.21
951511--951565	24	2.3	24	83	0	74	5	38	0	56	1.23
953567--953893	21	15.7	19	80	11	222	22	19	21	36	1.95
953567--953894	63	5.2	61	79	10	326	22	19	21	36	1.95
953628--953886	84	3.1	81	90	5	376	21	19	22	36	1.95
954594--954705	21	5.4	21	68	17	83	37	22	18	21	1.94
954615--954751	21	6.6	21	73	9	129	34	25	19	20	1.96
954590--954726	42	3.3	42	93	2	242	35	24	18	21	1.95
954590--954745	82	1.9	83	88	7	237	35	24	19	21	1.96
954808--954883	21	3.6	21	89	0	116	31	26	21	21	1.98
954685--954910	111	2.0	110	84	6	296	32	21	22	23	1.98
954898--954944	21	2.2	21	100	0	94	19	19	34	27	1.96
964627--964666	21	1.9	21	85	10	55	35	7	2	55	1.42
967847--967896	20	2.5	20	93	6	84	18	28	20	34	1.95
969151--969195	22	2.2	20	84	8	54	51	0	0	48	1.00
973898--973942	22	2.1	21	83	4	54	24	11	24	40	1.87
974578--974698	2	61.0	2	95	4	219	50	0	0	48	1.06
983470--983524	25	2.2	25	83	0	65	5	5	10	78	1.08
983488--983535	11	4.1	11	77	15	51	0	6	8	85	0.74
983481--983536	25	2.2	26	90	3	87	0	7	12	80	0.90
985842--986015	81	2.1	81	90	2	269	33	23	8	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
987655--987764	53	2.1	52	83	5	141	32	30	14	22	1.94
988495--988552	30	2.0	29	83	10	73	56	0	6	36	1.26
993904--994196	126	2.3	125	93	3	498	42	12	7	36	1.73
994153--994224	35	2.1	35	91	0	117	52	12	9	25	1.69
1000978--1001191	103	2.1	103	83	1	259	47	15	12	25	1.80
1000978--1001191	52	4.2	51	82	5	234	47	15	12	25	1.80
1005982--1006129	65	2.3	66	86	8	196	31	17	22	28	1.96
1005982--1006149	67	2.5	67	83	7	184	32	17	21	28	1.96
1007549--1007595	23	2.1	22	84	4	58	36	10	19	34	1.86
1008074--1008136	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
1008555--1008617	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
1009034--1009096	23	2.7	23	90	0	90	38	19	4	38	1.73
1007672--1009803	961	2.2	962	96	1	3917	40	10	7	41	1.68
1009516--1009578	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
1007669--1009803	481	4.5	482	96	1	3902	40	10	7	41	1.68
1009610--1010311	228	3.1	228	93	3	1201	39	7	7	44	1.62
1018499--1018541	22	1.9	23	85	4	61	4	16	6	72	1.24
1019934--1019967	16	2.1	17	88	5	52	32	5	26	35	1.81
1025802--1025873	31	2.4	31	81	6	85	31	11	4	52	1.56
1034654--1034689	16	2.2	17	90	5	56	50	2	0	47	1.15
1034767--1034805	2	19.5	2	94	0	69	48	0	0	51	1.00
1038209--1038305	29	3.3	29	78	7	115	42	5	7	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1048581--1048619	15	2.6	15	100	0	78	17	33	12	35	1.88
1062404--1062465	29	2.1	30	84	3	81	37	4	20	37	1.75
1068628--1068662	14	2.5	14	85	0	52	31	25	2	40	1.70
1068816--1068857	16	2.7	16	81	3	50	23	11	7	57	1.59
1070429--1070462	12	2.8	12	86	0	50	38	35	11	14	1.83
1072674--1072759	5	15.0	6	74	16	60	81	0	16	2	0.79
1072657--1072737	25	3.5	24	79	12	71	79	0	16	4	0.91
1072676--1072759	12	6.8	12	79	14	64	82	0	15	2	0.78
1072682--1072759	9	8.4	9	75	9	68	83	0	14	2	0.75
1072707--1072740	1	34.0	1	93	0	59	97	0	2	0	0.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8