genome.fa.s8270.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008270.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110927_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  726180

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
761--801	21	2.1	18	86	13	55	39	0	0	60	0.96
766--816	24	2.3	21	83	12	59	47	3	0	49	1.20
8558--8616	25	2.4	25	88	2	84	27	6	18	47	1.74
9255--9327	3	24.3	3	100	0	146	0	67	0	32	0.91
16958--17113	81	1.9	81	93	0	267	17	32	21	29	1.96
17231--17531	55	5.5	54	78	7	284	25	26	21	26	2.00
17234--17477	27	8.8	28	64	20	111	25	27	21	25	1.99
17234--17531	112	2.7	111	80	6	293	25	26	21	26	1.99
18245--18303	22	2.6	23	91	5	102	23	30	27	18	1.98
18575--18646	29	2.5	29	90	0	108	37	13	9	38	1.78
18948--19097	67	2.2	67	89	2	221	16	26	28	28	1.97
21610--21672	13	4.8	13	86	3	74	33	15	22	28	1.95
21885--21953	28	2.5	28	87	0	93	33	18	14	33	1.91
27080--27111	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
31185--31209	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
31396--31428	15	2.2	15	89	10	50	27	0	0	72	0.85
36611--36721	3	37.3	3	98	1	215	33	0	0	66	0.92
46655--46725	31	2.4	29	86	6	90	45	15	14	25	1.84
51452--51493	18	2.3	18	80	8	50	45	16	14	23	1.84
54245--54289	20	2.2	21	84	11	58	42	31	0	26	1.56
55348--55417	20	3.5	20	96	0	122	31	10	21	37	1.86
56207--56335	23	5.5	23	70	5	96	44	14	13	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58313--58347	18	1.9	18	88	11	54	37	0	8	54	1.31
58470--58562	43	2.2	43	82	7	109	16	11	1	70	1.21
69130--69158	12	2.3	13	94	5	51	82	0	17	0	0.66
69899--70666	105	7.3	105	95	0	1286	32	24	18	24	1.97
72462--72501	8	5.2	8	88	8	57	40	0	7	52	1.30
72569--72832	139	1.9	138	93	2	458	26	9	4	58	1.50
73767--73793	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
76815--76856	22	1.9	22	90	9	68	26	16	19	38	1.92
77311--77353	19	2.3	19	87	0	59	25	30	23	20	1.99
79440--79493	23	2.3	23	96	0	99	12	27	24	35	1.92
80268--80312	14	3.1	14	93	3	72	33	28	0	37	1.58
80958--81004	21	2.2	22	85	11	62	25	29	14	29	1.95
82340--82387	12	4.0	12	83	0	60	10	35	20	33	1.87
83651--83709	31	1.9	31	89	0	91	42	5	10	42	1.60
83734--83776	22	2.0	22	95	0	77	53	11	0	34	1.37
83840--83897	18	3.4	18	70	18	61	56	13	0	29	1.38
83836--83977	32	4.8	32	80	16	178	53	13	0	33	1.40
83724--84216	166	3.0	165	87	5	682	52	13	0	33	1.42
83900--83942	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
83902--83950	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
84002--84270	32	7.7	32	68	19	144	52	12	0	34	1.39
84002--84078	14	4.9	15	68	22	59	54	9	0	36	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83724--84104	54	6.9	53	68	18	215	53	13	0	33	1.43
83922--84270	108	3.2	108	87	7	451	52	13	0	34	1.40
83985--84315	54	6.1	54	84	9	442	53	11	0	35	1.38
84142--84186	22	2.0	22	100	0	90	48	13	0	37	1.42
84034--84315	76	3.6	76	76	11	239	52	12	0	35	1.38
84140--84192	22	2.4	22	90	6	81	52	11	0	35	1.37
84196--84238	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
84198--84246	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
84250--84350	22	4.5	22	73	7	94	52	8	0	38	1.33
84295--84457	15	10.5	15	83	9	193	50	1	0	46	1.16
84338--84457	45	2.7	45	96	0	213	48	0	0	50	1.06
88199--88233	16	2.1	18	89	10	56	65	0	8	25	1.21
88244--88281	20	1.9	20	88	0	58	63	2	7	26	1.35
88349--88425	35	2.3	33	84	4	91	59	7	2	29	1.39
89710--89864	43	3.4	43	68	13	121	20	17	25	36	1.94
89771--90505	105	7.0	105	97	0	1346	22	17	26	32	1.96
89636--90505	315	2.8	315	93	2	1449	22	18	26	32	1.97
91150--91190	16	2.4	18	80	8	50	7	19	0	73	1.07
101823--101857	16	2.1	18	89	10	56	65	0	8	25	1.21
101966--102042	35	2.3	33	84	4	91	59	7	2	29	1.39
102788--102852	19	3.2	20	75	16	55	55	1	6	36	1.34
109742--109791	22	2.3	21	80	16	57	36	8	8	48	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114192--114246	21	2.6	21	79	2	56	56	12	0	30	1.37
114205--114247	22	2.0	21	86	4	59	58	11	0	30	1.34
125674--125712	20	2.0	20	84	0	51	10	2	23	64	1.37
127139--127567	215	2.0	215	95	3	774	28	21	21	28	1.99
127543--128522	488	2.0	487	99	0	1951	32	15	16	35	1.90
132031--132114	20	4.5	20	66	25	58	19	2	16	61	1.44
132034--132120	24	3.3	24	65	20	66	17	2	17	63	1.42
131977--132138	55	2.9	56	94	3	281	18	4	15	61	1.49
131977--132181	111	1.8	111	80	6	245	20	5	14	60	1.54
132576--132627	22	2.2	24	90	6	81	36	19	15	28	1.92
134881--134920	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
134915--135013	33	3.0	33	94	1	164	32	7	15	45	1.73
134999--135053	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
135450--135505	15	3.6	15	79	9	67	32	12	12	42	1.80
135469--135502	18	1.9	18	94	5	61	38	11	11	38	1.79
154807--154935	38	3.3	38	73	14	111	41	11	13	33	1.81
155327--155374	23	2.1	23	84	0	60	37	12	16	33	1.86
155754--155805	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
155764--155826	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
156154--156230	36	2.1	38	90	4	122	16	15	20	46	1.84
156490--156526	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
156774--156824	25	2.0	25	92	0	84	39	19	7	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157092--157143	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
157102--157164	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
157519--157590	23	3.2	23	80	2	74	38	20	5	34	1.76
157958--158020	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
156859--158119	430	2.9	430	97	1	2354	39	12	8	39	1.73
160591--161117	183	2.9	184	95	0	932	33	16	14	36	1.89
162580--162666	3	29.0	3	79	0	93	26	34	3	35	1.74
164130--165806	198	8.5	198	96	1	3148	31	16	15	36	1.90
164130--165806	789	2.1	783	97	1	3166	31	16	15	36	1.90
165955--166003	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
167778--167843	33	2.0	33	87	0	96	24	45	1	28	1.62
170297--170341	20	2.3	20	85	14	67	17	15	11	55	1.68
170405--171075	224	3.0	228	95	2	1194	39	7	8	45	1.62
173509--173573	32	2.0	32	96	0	121	20	12	13	53	1.71
177397--177430	17	2.0	17	94	0	59	44	11	26	17	1.83
177412--177450	20	2.1	19	90	9	62	48	10	23	17	1.78
181098--181152	25	2.2	25	87	9	76	41	3	12	41	1.60
181420--181470	20	2.7	18	80	19	59	29	11	3	54	1.54
181741--181909	88	1.9	88	81	9	202	46	3	5	44	1.43
182414--182458	23	2.0	23	86	8	65	26	20	2	51	1.59
183358--183400	19	2.3	19	87	0	59	55	6	6	30	1.53
185973--186003	16	2.0	15	93	6	53	19	25	35	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186174--186221	22	2.2	22	85	7	62	79	6	2	12	1.01
186286--186675	38	10.6	36	75	15	282	46	5	2	45	1.39
186507--186554	24	2.0	25	95	4	89	47	4	2	45	1.33
186468--186594	63	2.0	64	87	7	188	46	4	1	47	1.33
186430--186636	101	2.0	107	89	5	327	46	5	1	46	1.34
186542--186677	44	3.3	43	79	13	144	46	6	0	46	1.34
186587--186686	36	2.7	36	84	7	112	46	7	1	46	1.37
186518--186677	80	2.0	79	89	6	243	46	6	1	46	1.36
189038--189121	42	2.0	42	95	0	150	10	26	21	41	1.85
190731--190785	27	2.0	27	92	0	92	52	12	12	21	1.72

Tables:   1   2   3   4   5