genome.fa.s8311.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008311.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111002_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1790494

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1758--1813	3	19.0	3	92	7	89	30	0	0	69	0.89
7722--7839	3	39.0	3	94	5	211	33	0	0	65	0.99
8715--8812	32	3.1	32	80	7	110	37	13	16	32	1.87
8715--8809	47	2.0	47	85	4	129	36	12	16	33	1.87
16045--16085	18	2.3	18	91	0	64	58	0	2	39	1.11
19831--19880	20	2.5	20	80	6	57	26	30	18	26	1.98
22649--23090	116	3.8	115	79	3	440	41	14	18	25	1.89
39244--39449	103	2.0	103	96	0	376	32	19	20	27	1.97
44122--44179	12	4.8	12	75	12	64	44	5	6	43	1.53
44071--44272	37	5.7	36	77	17	190	48	2	7	41	1.46
44151--44216	30	2.2	30	94	2	116	45	3	7	43	1.47
44078--44272	105	1.9	103	84	6	259	47	3	7	41	1.48
45419--45463	4	11.0	4	86	13	65	22	2	2	73	1.05
45556--45591	10	3.5	10	88	7	54	25	0	0	75	0.81
45544--45591	21	2.2	22	88	3	71	22	2	2	72	1.05
45563--45597	16	2.1	17	89	5	54	20	2	0	77	0.90
56174--56221	25	1.9	25	100	0	96	31	16	18	33	1.94
56587--57093	256	2.0	258	94	0	883	35	18	13	32	1.89
60694--60963	97	2.8	99	87	2	404	33	18	18	29	1.95
63361--63519	25	6.5	25	79	11	161	46	4	7	41	1.52
63386--63660	36	7.9	37	77	15	275	45	4	9	40	1.56
63322--63586	97	2.7	97	91	4	412	47	4	6	41	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63361--63624	61	4.2	61	77	13	225	46	4	7	40	1.52
63483--63624	35	4.0	35	77	10	121	47	4	7	40	1.52
63483--63646	33	4.6	34	77	11	125	46	4	7	40	1.54
63689--63731	22	2.0	23	86	9	63	13	11	0	74	1.07
64913--64947	14	2.5	14	90	0	52	17	2	2	77	1.02
71877--71918	22	2.0	22	90	4	68	30	14	19	35	1.91
74160--74202	22	2.0	22	81	9	52	39	2	0	58	1.11
75853--76259	81	5.0	81	91	0	580	34	11	22	32	1.89
83696--83749	19	2.8	19	91	0	90	18	24	33	24	1.97
86393--86437	23	2.0	23	86	0	63	35	15	22	26	1.94
91777--91854	20	3.8	20	91	1	120	17	20	35	25	1.95
92132--92396	81	3.3	82	88	5	389	34	10	23	31	1.89
92118--92431	162	1.9	162	84	4	418	35	11	21	31	1.89
93721--93778	24	2.5	23	88	2	89	32	25	25	15	1.95
93745--93894	47	3.2	47	79	5	153	35	24	23	16	1.95
93772--93894	23	5.3	23	85	1	138	36	23	22	17	1.94
95538--95659	32	3.8	32	85	1	138	27	29	22	20	1.99
99597--99833	88	2.7	88	91	0	366	43	12	5	39	1.64
100087--100121	2	17.5	2	100	0	70	48	0	51	0	1.00
104686--104781	47	2.0	47	95	0	174	38	10	22	28	1.87
105096--105414	42	7.5	43	77	10	214	48	6	18	26	1.73
105151--105354	83	2.4	83	81	7	225	48	6	18	26	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105110--105465	84	4.2	84	77	10	305	50	7	16	25	1.71
105388--105511	43	2.8	43	72	14	110	60	7	4	27	1.44
107681--107734	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
110154--110242	20	4.4	20	88	2	135	34	24	22	17	1.96
110214--110295	33	2.5	33	89	2	119	40	20	24	14	1.90
110304--110399	33	2.8	33	88	3	129	13	22	20	42	1.87
110541--110658	33	3.5	33	95	1	200	13	23	18	44	1.86
110304--111046	270	2.7	270	98	0	1432	29	20	14	35	1.92
110811--110939	33	3.8	33	90	2	186	14	24	18	42	1.88
112955--113038	20	4.2	20	95	0	141	36	21	20	21	1.95
113086--113191	20	5.6	20	81	13	143	17	19	21	40	1.91
113067--113188	54	2.3	54	92	0	208	16	20	20	42	1.89
114380--114489	35	3.1	35	85	0	130	41	20	0	37	1.58
116105--116178	20	3.7	20	85	0	85	43	22	17	16	1.88
116204--116250	20	2.3	20	88	0	67	21	19	23	36	1.95
116794--116845	20	2.6	20	100	0	104	23	21	25	30	1.99
116832--116928	20	4.8	20	92	0	158	23	19	17	39	1.92
116812--116928	40	2.9	38	90	7	146	23	19	18	37	1.94
116932--116987	21	2.7	21	94	0	94	33	19	26	19	1.96
117601--117693	33	2.7	32	82	12	96	44	4	1	50	1.28
121629--121672	23	2.0	23	86	4	63	29	20	18	31	1.96
121755--121802	21	2.3	21	100	0	96	33	20	8	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123370--123427	23	2.5	23	94	0	98	15	29	29	25	1.96
127765--127829	23	2.8	23	74	4	60	21	24	21	32	1.98
128777--128803	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
128991--129325	132	2.5	132	83	2	429	33	18	18	29	1.95
129863--129923	32	2.0	30	84	12	79	31	6	6	55	1.51
130193--130241	26	1.9	26	91	4	82	30	6	8	55	1.54
131683--131709	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
131960--132006	23	2.0	23	100	0	94	31	4	12	51	1.59
133761--134242	177	2.7	177	74	12	409	37	12	9	40	1.75
134433--134466	14	2.4	14	90	5	50	52	5	8	32	1.56
134441--134471	14	2.1	15	94	5	55	48	6	9	35	1.62
134498--135161	135	5.0	133	84	4	793	32	18	19	29	1.96
135159--135345	45	4.2	45	81	8	211	45	18	16	19	1.85
135165--135341	90	2.0	90	84	8	236	45	19	17	18	1.86
135435--136047	38	15.8	38	82	5	719	38	17	18	25	1.92
135435--136047	118	5.3	112	82	6	681	38	17	18	25	1.92
143403--143442	19	2.1	19	95	0	71	70	2	0	27	1.01
145458--145522	6	10.8	6	96	0	121	18	15	32	33	1.92
146079--146253	46	3.8	46	76	6	165	37	12	14	35	1.85
146433--146546	38	3.0	38	97	0	219	28	7	13	50	1.68
149479--149531	20	2.7	19	80	8	61	41	9	13	35	1.76
159089--159144	21	2.7	21	97	0	103	30	33	12	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161862--162038	31	5.3	31	68	15	129	25	12	12	49	1.76
161844--162046	68	3.0	68	96	0	370	26	12	12	48	1.76
161893--162017	37	3.5	37	69	18	122	27	12	12	47	1.78
164031--164445	159	2.6	156	81	10	452	44	7	6	40	1.60
164268--164348	41	2.0	41	81	13	96	55	1	4	38	1.29
165702--165740	3	14.0	3	89	10	57	69	0	0	30	0.89
165702--165740	14	2.8	15	85	14	57	69	0	0	30	0.89
165698--165758	21	2.9	21	83	11	63	68	0	3	27	1.05
166045--166518	76	6.3	76	90	1	695	35	20	18	25	1.95
166364--166714	190	1.8	191	90	3	562	30	21	20	27	1.98
166540--166708	74	2.3	74	93	2	286	29	21	18	30	1.97
167377--167434	22	2.6	22	97	0	107	36	13	17	32	1.89
167795--168004	54	3.9	54	85	3	287	26	21	15	36	1.93
167803--168006	108	1.9	108	92	0	345	26	22	14	36	1.93
168868--169028	75	2.1	75	87	0	232	29	20	16	33	1.94
170904--171015	25	4.2	26	75	20	106	1	22	0	75	0.89
170905--171010	36	3.0	33	76	18	108	1	22	0	75	0.90
170904--171016	6	18.8	6	67	18	58	1	22	0	76	0.88
170903--171017	27	4.1	29	78	15	102	1	21	0	76	0.88
170903--171018	9	12.8	9	73	17	82	1	22	0	75	0.89
176494--176905	159	2.6	156	77	8	424	45	7	7	40	1.60
178154--178204	3	18.0	3	86	11	72	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178156--178204	17	2.9	17	93	3	82	69	0	0	30	0.89
181501--181560	30	2.0	30	100	0	120	46	6	20	26	1.75
194886--194925	2	21.5	2	80	14	50	55	0	0	45	0.99
194886--194925	13	2.8	15	81	14	57	55	0	0	45	0.99
194892--194993	21	4.9	20	77	11	82	43	1	5	49	1.38
196113--196171	31	1.9	31	82	6	75	45	22	13	18	1.84
211592--211655	27	2.4	27	81	2	85	59	14	1	25	1.44
214801--214835	18	1.9	18	88	0	52	31	0	0	68	0.90
221175--221212	2	19.0	2	100	0	76	50	50	0	0	1.00
223305--223330	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8