genome.fa.s8311.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008311.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111002_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1790494

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
622320--622386	32	2.1	32	97	0	125	40	19	10	29	1.85
623320--623454	69	2.0	69	95	0	243	27	12	20	39	1.89
626559--626619	31	1.9	32	86	3	88	68	1	6	22	1.21
626657--626807	47	3.2	46	79	15	139	71	1	3	22	1.13
626688--626775	13	5.9	13	70	26	52	73	2	1	22	1.01
626716--626864	40	3.5	41	76	10	133	65	2	2	29	1.17
626720--626864	42	3.4	42	76	11	136	65	2	2	29	1.18
626823--626847	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
627585--627712	7	17.4	7	67	18	55	78	5	11	3	1.04
627584--627681	24	4.0	25	76	12	87	79	6	9	5	1.04
627585--627697	19	6.2	18	73	17	74	79	5	10	4	1.03
627663--627712	15	3.1	17	75	18	54	82	6	12	0	0.85
627617--627699	19	4.6	17	78	15	78	79	6	12	2	1.00
627614--627709	49	1.9	50	81	10	115	78	6	13	2	1.04
627678--627717	15	2.7	15	96	0	71	72	5	20	2	1.15
628728--628867	63	2.2	63	83	2	172	29	15	15	40	1.88
628715--629040	65	5.1	65	80	8	278	28	18	14	38	1.90
629046--629384	128	2.6	126	82	8	398	24	31	17	25	1.97
632422--632482	24	2.6	25	78	17	69	44	0	1	54	1.10
638484--638564	30	2.7	30	74	0	81	58	13	13	14	1.65
640338--640407	3	23.3	3	83	11	90	67	0	1	31	1.00
641294--641336	18	2.4	18	84	11	61	30	0	16	53	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
641550--641580	15	2.1	15	93	0	53	25	12	25	35	1.92
641679--641718	21	1.9	21	89	0	62	27	17	17	37	1.92
644729--644768	21	1.9	21	89	0	62	27	17	17	37	1.92
646170--646238	33	2.1	33	88	0	102	30	23	15	30	1.96
650562--650626	30	2.2	30	82	0	76	60	13	10	15	1.60
651311--651357	14	3.3	14	91	8	69	12	8	0	78	0.95
651735--651800	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
652508--652583	3	25.3	3	81	10	93	65	0	1	32	1.01
654877--654918	20	2.0	21	86	9	59	4	4	40	50	1.45
654975--655012	3	12.7	3	88	0	58	34	0	31	34	1.58
654969--655004	12	3.0	13	84	15	51	38	0	27	33	1.57
655609--655728	45	2.7	42	79	8	132	32	15	20	31	1.94
655616--655728	44	2.5	44	82	4	147	33	16	18	30	1.94
657995--658027	13	2.6	13	85	4	50	54	0	9	36	1.32
658100--658132	13	2.5	13	100	0	66	54	27	0	18	1.44
661208--661360	75	2.0	75	97	0	288	32	21	5	41	1.75
664462--664829	131	2.8	131	84	1	470	41	15	11	32	1.82
665090--665148	3	19.0	3	82	6	73	32	0	1	66	1.02
665105--665146	22	1.9	22	95	0	75	35	0	0	64	0.94
672779--673071	54	5.4	54	88	0	388	34	18	17	29	1.94
681196--681236	22	1.9	21	95	5	73	36	14	19	29	1.92
681617--681734	54	2.2	54	83	4	139	36	11	15	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
681591--681741	55	2.7	55	81	4	153	37	11	15	35	1.84
681899--682219	67	4.8	67	83	0	365	30	13	24	31	1.93
682189--682550	81	4.5	81	79	3	363	36	9	23	29	1.87
682189--682550	161	2.2	161	82	3	422	36	9	23	29	1.87
682651--682793	45	3.2	45	89	0	223	34	9	25	30	1.88
682651--682814	90	1.8	90	91	0	274	35	9	24	29	1.88
682663--682814	45	3.4	45	86	3	216	36	9	24	29	1.86
691230--691283	19	2.7	19	85	8	63	35	18	16	29	1.93
691237--691283	22	2.3	19	85	10	58	38	19	12	29	1.89
691639--691791	55	2.8	55	84	2	200	35	11	18	33	1.88
691639--691791	54	2.8	54	84	5	191	35	11	18	33	1.88
692001--692254	67	3.8	67	87	3	359	30	14	26	27	1.95
692205--692544	81	4.2	81	84	3	400	35	11	22	30	1.90
692205--692544	162	2.1	162	84	4	463	35	11	22	30	1.90
692247--692578	162	2.0	162	84	3	427	37	11	21	29	1.88
692205--692586	81	4.7	81	80	4	369	36	11	22	29	1.90
692686--692883	45	4.4	45	86	0	279	36	10	23	28	1.88
692686--692920	90	2.6	89	85	3	290	38	10	22	28	1.87
694655--694821	55	3.0	55	81	7	196	32	14	17	34	1.91
695032--695481	67	6.8	67	86	3	572	30	14	24	29	1.95
695032--695481	134	3.4	134	88	1	665	30	14	24	29	1.95
695450--695812	81	4.5	81	85	2	460	38	12	22	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
695449--695812	161	2.3	162	85	1	471	38	12	22	25	1.90
695913--696161	90	2.8	90	81	6	247	36	8	23	30	1.85
695916--696161	45	5.5	45	77	7	223	37	8	23	30	1.85
697383--697413	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
714004--714043	10	4.0	10	84	12	55	87	0	12	0	0.54
714001--714038	8	4.9	8	84	15	53	86	0	13	0	0.56
715090--715740	139	4.7	139	85	2	835	35	16	20	27	1.94
716863--717124	109	2.4	109	80	4	296	19	16	16	47	1.83
725049--725343	52	5.7	52	84	3	353	28	22	12	36	1.90
725049--725344	156	1.9	155	85	2	405	28	22	12	36	1.90
725311--725424	59	1.9	59	87	3	167	35	17	9	36	1.83
732025--732447	52	8.0	52	89	3	553	26	24	12	35	1.92
732127--732373	27	9.5	26	62	19	95	26	26	10	36	1.90
732974--732998	12	2.1	12	100	0	50	16	32	8	44	1.76
733616--733669	28	1.9	28	100	0	108	46	11	11	31	1.74
736667--736726	29	2.0	31	90	6	97	35	6	16	41	1.75
736791--736857	19	3.5	19	89	0	98	43	7	11	37	1.70
736962--737002	21	2.0	21	90	4	66	24	21	26	26	2.00
749850--749989	30	4.6	30	79	6	138	58	12	11	17	1.63
749874--749989	61	1.9	61	82	10	148	59	12	11	17	1.61
749916--749999	30	2.8	29	76	18	82	59	10	11	17	1.60
750812--750836	13	1.9	13	100	0	50	0	24	0	76	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
750818--750867	22	2.3	21	83	10	57	4	16	6	74	1.17
751844--752334	130	3.7	132	79	7	474	24	17	31	26	1.97
752342--752498	66	2.4	64	79	5	170	42	14	21	21	1.89
752440--752582	66	2.2	65	79	8	155	44	13	13	28	1.82
753326--753434	39	2.8	39	94	1	182	39	8	15	36	1.78
753456--753506	24	2.1	24	85	0	66	9	15	27	47	1.77
753466--753506	14	3.2	14	74	25	54	7	14	26	51	1.69
753466--753514	24	2.0	24	96	0	89	10	14	24	51	1.73
753472--753527	24	2.3	24	87	0	76	14	10	19	55	1.68
759882--759951	30	2.3	30	83	13	99	55	10	14	20	1.67
761581--761652	3	24.7	3	74	20	64	62	2	0	34	1.10
761582--761647	10	6.7	10	84	8	66	63	3	0	33	1.10
761608--761653	5	9.4	5	88	11	69	63	0	0	36	0.95
763387--763470	30	2.8	29	89	5	132	42	9	14	33	1.78
768154--768236	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
775627--775653	13	2.1	13	100	0	54	14	22	25	37	1.93
782656--782700	19	2.4	19	92	0	72	35	37	17	8	1.81
787284--787324	18	2.3	18	83	8	57	12	9	0	78	0.98
787258--787306	6	8.2	6	83	0	53	26	6	0	67	1.14
787594--787645	20	2.6	20	93	0	86	50	19	19	11	1.77
787636--787713	22	3.6	22	76	13	90	35	24	20	19	1.95
787656--787738	20	4.1	20	82	11	105	37	21	21	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787631--787733	42	2.5	42	91	0	170	38	22	20	18	1.93
787838--787898	6	10.5	6	84	11	67	27	54	18	0	1.44
787839--787898	25	2.5	24	82	12	72	26	55	18	0	1.43
787842--787901	5	10.6	5	87	12	57	26	53	20	0	1.46
788391--788451	6	10.5	6	98	1	108	0	16	52	31	1.44
788554--788892	20	16.8	20	81	14	378	17	19	25	37	1.93
788547--788954	40	10.1	40	86	6	438	16	19	24	39	1.91
790054--790105	20	2.6	19	87	6	68	30	17	30	21	1.96
792579--792611	3	11.0	3	93	0	57	63	0	3	33	1.10
792779--793194	123	3.4	123	85	3	532	24	20	15	39	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8