genome.fa.s8336.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008336.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111053_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  846240

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2438--2486	20	2.5	20	96	0	89	38	24	18	18	1.93
2597--2654	20	2.9	20	94	0	98	22	18	20	37	1.94
3144--3185	21	2.2	19	87	12	59	21	35	19	23	1.96
4599--4634	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
4747--4830	33	2.5	33	88	3	116	44	17	22	15	1.87
4862--4927	31	2.3	27	78	19	71	25	1	19	53	1.54
4965--5060	33	2.9	34	82	3	122	42	20	20	15	1.89
5075--5159	33	2.5	33	86	1	107	16	22	16	44	1.86
5142--5255	20	5.7	20	85	2	140	20	21	24	33	1.97
5144--5256	60	1.9	60	87	3	165	21	21	23	33	1.97
7676--7727	24	2.2	24	82	0	59	36	21	19	23	1.95
8596--8643	21	2.3	20	80	16	53	33	12	25	29	1.92
8931--9045	60	1.9	60	82	7	144	34	13	13	38	1.84
22035--22066	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
29596--29652	21	2.7	21	91	0	96	7	31	40	21	1.80
36907--36931	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
47764--47818	22	2.5	22	94	5	94	61	1	7	29	1.33
48913--49007	42	2.2	43	81	7	113	45	3	2	49	1.29
48988--49049	24	2.7	22	73	23	56	43	1	0	54	1.09
48995--49058	33	1.9	33	84	12	87	45	1	1	51	1.20
50179--50221	18	2.4	18	96	0	77	32	25	25	16	1.96
50176--50214	10	4.1	10	83	12	55	28	23	30	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55870--55924	10	5.6	10	85	10	78	34	29	21	14	1.93
55870--55925	19	2.9	19	87	10	78	33	28	21	16	1.95
63050--63096	13	3.8	13	78	16	55	17	17	48	17	1.81
63084--63112	8	3.6	8	100	0	58	31	13	41	13	1.84
63117--63171	10	5.6	10	85	10	78	34	29	21	14	1.93
63117--63172	19	2.9	19	87	10	78	33	28	21	16	1.95
64953--65013	26	2.4	25	73	13	61	72	4	11	11	1.27
65284--65317	2	17.5	2	93	6	61	52	0	0	47	1.00
67150--67642	201	2.4	204	86	4	678	21	18	24	34	1.96
67301--67644	106	3.3	105	84	7	461	20	18	26	34	1.96
67205--67644	106	4.4	99	80	9	390	21	19	25	34	1.96
67150--67644	204	2.4	201	86	4	676	21	18	25	34	1.96
70175--70319	52	2.8	52	94	0	263	31	21	20	26	1.98
70833--70867	2	17.5	2	87	0	52	45	0	5	48	1.26
91811--91854	21	2.0	24	86	13	67	38	2	4	54	1.33
95078--95159	37	2.2	38	86	2	112	34	8	4	52	1.53
98911--98986	34	2.2	35	97	2	145	14	14	21	50	1.78
99593--99630	16	2.3	17	95	4	69	21	13	5	60	1.52
102650--102686	19	1.9	19	88	0	56	37	2	2	56	1.28
118685--118755	28	2.5	28	97	0	133	9	11	18	60	1.57
124147--124202	14	4.3	14	76	17	66	10	12	23	53	1.69
124154--124223	24	2.9	24	87	4	97	12	10	18	58	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124948--125022	10	7.7	10	69	21	61	9	12	21	57	1.62
124954--125018	16	4.1	16	95	0	121	7	12	23	56	1.61
125888--125928	15	2.8	15	82	13	50	51	0	0	48	1.00
125901--125930	13	2.3	13	94	0	51	53	0	0	46	1.00
127252--127277	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
139312--139372	28	2.2	28	94	2	106	26	21	6	45	1.76
139870--139895	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
140782--140844	32	2.0	32	93	0	108	46	1	12	39	1.52
140895--141250	156	2.3	157	81	5	425	29	17	5	47	1.69
141887--141935	3	16.3	3	91	0	80	30	2	2	65	1.15
143759--143812	25	2.1	27	82	6	67	37	9	9	44	1.69
147819--147898	26	3.3	25	70	19	80	25	25	10	40	1.86
149706--150200	4	126.8	4	92	5	845	49	24	0	25	1.53
150917--151173	29	8.8	29	74	14	192	27	10	14	47	1.77
150895--151240	149	2.3	148	89	3	518	26	12	14	46	1.79
151166--151286	37	3.5	36	70	18	114	32	11	10	45	1.75
151140--151356	64	3.4	64	84	6	253	29	11	11	47	1.76
151526--151676	63	2.4	63	80	8	175	33	11	12	43	1.78
151644--151706	30	2.2	29	85	5	83	39	9	12	38	1.76
151719--151798	40	2.0	40	95	0	142	31	21	11	36	1.88
152042--152159	63	1.9	62	84	11	161	27	17	13	41	1.87
152168--152255	28	3.1	28	77	9	90	26	12	14	46	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152284--152641	40	8.6	40	71	16	181	24	31	18	25	1.97
152263--152559	46	6.9	46	69	18	174	24	31	19	24	1.98
152284--152690	127	3.2	128	88	4	524	24	32	18	24	1.97
152852--152898	3	15.7	3	91	8	78	34	0	0	65	0.93
152852--152896	17	2.7	17	96	3	83	33	0	0	66	0.92
155347--155401	22	2.4	23	84	6	67	47	5	3	43	1.44
155447--155481	14	2.5	14	100	0	70	60	0	25	14	1.35
170927--171042	60	1.9	60	84	6	155	32	18	11	37	1.87
171984--172009	6	4.3	6	100	0	52	30	30	0	38	1.58
173465--174033	282	2.0	282	95	0	1014	26	10	17	44	1.81
185763--185804	20	2.0	21	90	4	68	38	11	9	40	1.75
188198--188424	76	3.0	76	88	4	334	29	0	12	57	1.39
188330--188391	32	1.9	32	84	12	83	25	0	11	62	1.28
188551--188599	19	2.6	18	81	9	62	20	4	2	73	1.10
190462--190526	21	3.1	21	100	0	130	44	32	4	18	1.70
192086--192149	23	2.8	23	82	0	92	31	25	26	17	1.97
192233--192270	20	1.9	20	88	0	58	39	18	18	23	1.92
197328--197435	55	2.0	55	85	3	146	44	11	21	23	1.84
197352--197457	55	1.9	55	82	3	133	45	14	19	20	1.85
198119--198269	72	2.1	72	93	0	257	37	13	26	23	1.91
202912--202999	36	2.4	36	87	7	124	36	19	21	22	1.95
203405--203565	54	3.0	54	95	0	277	36	18	26	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203468--203939	55	8.7	55	83	6	412	29	16	25	28	1.97
203517--203939	55	7.8	55	84	5	441	29	16	25	29	1.96
203518--203939	161	2.6	163	85	6	532	29	16	24	29	1.96
210185--210232	13	3.7	13	91	0	78	39	14	14	31	1.86
211037--211089	22	2.4	21	75	9	52	35	15	3	45	1.64
217617--217695	31	2.5	31	86	9	108	54	6	13	25	1.63
232582--233041	220	2.1	215	86	9	630	22	12	28	36	1.90
232991--233077	38	2.3	38	94	4	149	8	11	43	36	1.70
233574--233663	34	2.6	34	100	0	180	43	18	15	22	1.88
238751--238834	27	3.5	24	81	12	91	36	14	17	30	1.90
239363--239433	16	4.4	16	87	0	97	40	14	2	42	1.60
239363--239433	32	2.2	32	92	0	115	40	14	2	42	1.60
240072--240106	16	2.2	16	95	5	63	37	0	0	62	0.95
240366--240442	28	2.6	29	73	17	70	61	6	0	32	1.22
241142--241257	21	5.6	21	75	11	123	19	21	24	34	1.96
241148--241291	42	3.5	42	91	1	220	20	18	24	36	1.95
241292--241330	6	6.5	6	90	0	60	38	46	15	0	1.46
241292--241330	18	2.2	18	100	0	78	38	46	15	0	1.46
241954--242212	21	12.6	21	73	11	223	34	23	20	21	1.97
241934--242187	40	6.2	42	94	2	430	35	23	20	21	1.96
241934--242187	82	3.1	82	94	2	440	35	23	20	21	1.96
241934--242212	122	2.3	123	93	3	429	34	23	20	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242222--242274	21	2.5	21	93	0	88	18	22	30	28	1.98
242525--242636	42	2.7	42	91	0	179	18	17	16	46	1.84
242815--242878	28	2.2	28	83	8	76	53	0	1	45	1.10
242836--242888	20	2.7	19	73	18	54	49	0	1	49	1.12
242883--242927	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
255820--255863	9	4.4	10	83	16	56	29	2	0	68	1.02
257326--257389	4	15.8	4	78	12	51	21	0	1	76	0.87
257326--257389	17	3.9	16	75	17	51	21	0	1	76	0.87
257342--257383	10	3.9	11	81	12	52	19	0	0	80	0.70
257462--257491	13	2.3	13	94	0	51	30	0	0	70	0.88

Tables:   1   2   3   4