genome.fa.s8336.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008336.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111053_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  846240

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
532373--532414	21	2.0	20	86	4	57	40	7	14	38	1.73
542825--542888	21	3.0	21	81	4	65	23	35	25	15	1.94
542827--542908	21	3.8	21	74	17	62	23	37	24	14	1.92
553918--554102	42	4.3	42	79	10	189	53	4	15	25	1.62
561828--561892	3	21.7	3	100	0	130	33	0	0	66	0.92
575784--576422	83	7.7	83	90	2	998	27	13	22	37	1.91
575784--576422	248	2.6	249	94	1	1113	27	13	22	37	1.91
577072--577694	114	5.5	112	87	6	792	36	13	19	29	1.90
577850--577905	3	18.7	3	96	0	94	33	3	0	62	1.12
578412--578451	20	2.0	20	90	5	62	72	7	20	0	1.08
579333--579371	20	1.9	21	84	5	53	43	2	2	51	1.29
580317--580433	59	2.0	60	84	5	157	33	11	2	52	1.50
581520--581552	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
582706--582782	39	2.0	39	86	0	109	23	24	20	31	1.98
592449--592570	62	2.0	62	93	3	210	20	16	21	41	1.90
593964--594002	19	2.1	19	85	0	51	46	0	2	51	1.14
595741--595767	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
597779--597849	35	2.0	35	97	0	133	35	26	16	21	1.95
598079--598134	28	2.0	28	96	0	103	25	8	25	41	1.84
598438--598563	31	4.1	31	80	3	128	41	17	16	24	1.90
599195--599233	20	2.0	20	100	0	78	23	25	20	30	1.98
602840--602962	31	4.0	31	92	0	201	22	17	21	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
604029--604102	30	2.5	30	73	8	78	31	24	16	28	1.96
606708--606772	23	2.7	23	81	11	78	1	18	44	35	1.59
606708--606777	24	3.0	23	85	6	95	1	17	42	38	1.58
607249--607284	18	1.9	19	88	5	56	22	5	13	58	1.56
607293--607323	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
621156--621241	35	2.4	36	83	11	99	51	6	2	39	1.42
621381--621414	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
625957--626193	116	2.0	116	81	7	277	54	5	12	27	1.59
626149--626221	28	2.5	28	78	8	67	49	8	10	31	1.67
626311--626362	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
627468--627582	33	3.5	32	77	2	122	21	26	24	26	1.99
630315--630392	30	2.7	29	79	11	81	24	20	17	37	1.94
631617--631644	14	2.0	14	100	0	56	28	28	0	42	1.56
675830--675877	17	2.9	17	80	17	57	14	0	27	58	1.37
676112--676183	30	2.3	30	95	4	126	41	2	18	37	1.65
676502--676697	76	2.6	77	89	3	283	22	32	25	19	1.98
683959--684052	37	2.5	37	100	0	188	35	19	15	29	1.93
686973--687013	16	2.6	16	100	0	82	34	14	21	29	1.93
687059--687108	23	2.2	23	92	0	82	38	8	22	32	1.83
691272--692607	199	6.7	200	87	3	1425	29	13	15	40	1.86
691622--692577	399	2.4	399	89	3	1415	27	13	15	42	1.85
692794--692834	12	3.4	12	79	0	55	51	14	2	31	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
692790--692841	24	2.2	24	96	0	95	46	11	5	36	1.64
692850--693231	182	2.1	181	86	3	525	26	14	13	45	1.82
693056--693393	162	2.1	162	87	4	486	27	15	13	44	1.83
692879--693575	344	2.0	344	93	0	1198	26	14	13	44	1.83
693218--693633	182	2.3	182	88	3	615	26	14	13	45	1.82
693973--694010	20	2.0	20	89	5	60	65	0	0	34	0.93
693967--694017	21	2.5	19	78	12	57	62	0	0	37	0.95
696596--696642	24	1.9	25	86	4	60	6	17	19	57	1.60
709904--709950	20	2.4	19	79	10	58	53	8	17	21	1.70
709692--710165	182	2.6	183	88	1	684	43	13	16	27	1.85
710086--710131	20	2.3	19	82	10	65	52	10	17	19	1.74
712354--712418	21	3.1	21	93	0	103	41	10	30	16	1.83
712451--712516	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
714306--714351	19	2.4	19	96	0	83	32	2	10	54	1.47
714473--715849	200	6.9	200	96	0	2538	36	14	17	31	1.90
717313--717400	6	14.7	6	81	0	68	37	7	32	21	1.83
717330--717404	3	25.0	3	77	0	78	36	6	33	24	1.81
717313--717394	36	2.3	36	91	0	128	37	8	32	20	1.83
717313--717400	12	7.3	12	85	0	95	37	7	32	21	1.83
718552--719178	183	3.4	183	94	1	1069	35	14	16	32	1.89
721644--721708	25	2.6	25	97	0	121	40	10	12	36	1.78
722055--722127	23	3.2	23	90	0	110	35	5	20	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
722545--722617	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
723034--723106	23	3.2	23	86	0	110	36	5	17	39	1.73
723034--723131	46	2.1	45	83	7	117	35	7	15	41	1.74
721708--723272	490	3.2	490	96	0	2925	40	7	11	40	1.69
723464--723536	23	3.2	23	90	0	110	36	5	19	38	1.75
722827--723702	430	2.0	430	96	0	1628	40	7	11	39	1.70
726850--726939	30	3.0	30	85	0	117	23	28	27	20	1.99
734707--734754	16	2.9	16	84	6	60	52	35	8	4	1.51
734831--734867	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
735577--735697	46	2.7	45	84	2	152	43	23	13	19	1.86
742159--742210	16	3.3	16	81	13	72	26	0	9	63	1.25
742154--742221	31	2.2	31	86	5	93	30	1	7	60	1.33
745924--746049	60	2.1	59	82	7	148	34	19	3	43	1.67
747094--747143	15	3.3	15	72	5	55	24	10	10	56	1.63
747083--747145	31	2.0	31	100	0	126	26	9	12	50	1.71
747097--747147	16	3.2	16	72	5	59	25	9	9	54	1.63
755304--755390	35	2.5	34	77	18	90	56	8	8	27	1.56
755381--755468	33	2.6	33	83	7	106	63	13	2	20	1.40
757680--757750	26	2.7	26	76	10	74	69	1	0	29	0.98
762725--762765	20	2.1	19	86	4	55	41	19	21	17	1.90
763021--763109	29	3.1	29	100	0	178	13	31	37	17	1.89
763117--763207	45	2.0	45	100	0	182	26	16	41	15	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763172--763267	31	2.9	33	83	13	135	23	8	52	15	1.70
763182--763228	15	3.1	15	84	3	67	19	6	57	17	1.60
763169--763276	34	3.3	33	83	12	143	25	10	48	16	1.77
763184--763268	16	5.2	16	72	13	84	23	7	54	15	1.65
763308--763376	15	4.9	15	70	20	58	13	31	30	24	1.93
763297--763467	41	4.1	41	75	14	179	16	31	28	23	1.96
763412--763522	55	2.0	55	100	0	222	16	34	21	27	1.95
763338--763606	139	1.9	139	98	0	520	17	31	26	24	1.97
763419--763504	27	3.1	27	62	15	68	16	37	22	24	1.93
763477--763608	41	3.2	41	66	19	119	16	31	28	23	1.96
768529--768588	31	1.9	31	89	0	93	63	8	10	18	1.50
769002--769043	22	1.9	22	85	0	57	45	7	9	38	1.64
769822--769983	76	2.1	76	91	0	261	31	10	30	27	1.90
772772--772840	28	2.5	26	77	13	75	49	4	2	43	1.37
772767--772873	42	2.6	41	84	1	133	46	3	4	44	1.42
772789--772950	70	2.3	70	94	0	279	49	3	6	40	1.45
772767--773062	84	3.5	83	73	15	218	47	3	5	43	1.42
772856--773099	42	5.8	42	90	1	339	49	2	5	42	1.40
772835--773076	28	8.6	29	71	20	149	48	2	6	42	1.43
772966--773101	8	19.4	7	67	21	72	49	2	3	44	1.32
772815--773101	84	3.4	83	81	5	344	48	2	5	42	1.41
772979--773100	14	8.8	13	72	10	55	50	2	3	43	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
772982--773099	28	4.2	29	70	18	79	50	2	3	44	1.32
772767--773099	70	4.8	70	72	16	206	48	3	5	43	1.40
776337--776498	76	2.1	76	89	3	254	27	30	11	31	1.91
792313--792362	26	1.9	26	95	0	91	40	4	2	54	1.31
794972--795049	25	3.2	25	63	7	70	33	12	3	50	1.59
794958--795053	48	2.0	48	97	0	183	33	13	4	48	1.61
796344--796423	26	3.1	26	96	0	142	27	7	45	20	1.78
801786--801811	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
803887--804022	73	1.9	70	88	7	204	27	26	14	30	1.95
804691--804715	11	2.3	11	100	0	50	12	8	32	48	1.69

Tables:   1   2   3   4