genome.fa.s8337.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008337.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111057_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  840327

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5491--5540	21	2.4	21	100	0	100	48	10	16	26	1.77
10856--10885	12	2.5	12	94	0	51	33	30	36	0	1.58
20291--20451	21	8.0	20	80	6	175	30	14	21	32	1.94
20291--20468	40	4.4	41	85	6	222	30	15	21	33	1.94
20291--20451	61	2.7	60	80	8	191	30	14	21	32	1.94
21964--22065	40	2.5	41	81	12	104	33	14	17	34	1.91
22078--22249	82	2.1	82	84	2	220	30	17	16	34	1.93
26192--26234	19	2.2	20	88	8	63	39	6	0	53	1.28
33493--33535	20	2.2	20	91	0	68	13	13	37	34	1.85
34190--34250	20	3.1	20	76	4	79	55	3	8	32	1.45
34190--34263	39	1.9	38	94	2	130	52	4	8	35	1.50
36511--36574	29	2.3	28	89	10	105	23	17	7	51	1.71
36521--36581	29	2.1	29	90	3	97	19	19	6	54	1.66
36806--36861	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
37023--37056	16	2.1	16	88	0	50	11	0	5	82	0.83
39551--39616	29	2.3	30	94	5	118	63	9	9	18	1.49
40788--41688	452	2.0	452	90	0	1437	31	13	19	35	1.91
45772--45879	41	2.6	41	85	7	112	37	17	9	35	1.82
47290--47348	28	2.1	28	90	0	91	20	10	11	57	1.63
47474--47598	42	3.0	42	90	2	189	35	19	7	38	1.79
63342--63419	41	1.9	41	91	0	129	19	20	43	16	1.88
63455--63492	13	2.9	13	92	0	67	7	21	60	10	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64555--64587	16	2.0	17	88	5	50	57	0	6	36	1.23
64860--64912	21	2.5	21	93	0	88	28	22	24	24	2.00
65138--65232	38	2.5	39	92	3	165	28	18	16	35	1.93
65570--65618	6	8.5	6	97	2	84	0	16	53	30	1.43
65701--65784	21	4.2	21	76	14	79	26	21	23	28	1.99
65746--65785	21	1.9	21	100	0	80	30	27	20	22	1.98
65791--65846	21	2.7	21	82	0	76	32	21	23	23	1.98
67273--67327	20	2.8	20	97	0	101	36	7	29	27	1.84
67486--67558	36	2.0	37	84	5	96	46	4	1	47	1.30
70069--70095	13	2.1	13	100	0	54	22	25	14	37	1.93
72549--72596	21	2.2	23	85	7	64	33	12	0	54	1.38
72695--72924	111	2.1	113	87	3	331	42	9	5	42	1.61
76531--76617	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
78725--79050	110	3.0	110	89	7	524	45	10	7	37	1.67
79109--79142	17	2.1	17	94	5	61	64	0	5	29	1.17
79237--79278	20	2.2	20	95	4	77	26	0	45	28	1.54
84405--84439	12	2.8	12	86	4	52	0	14	0	85	0.59
85292--85506	110	2.0	108	97	1	403	17	25	29	27	1.98
85749--85813	18	3.6	18	97	0	121	26	15	33	24	1.95
88260--88689	14	29.1	14	69	18	148	41	3	5	50	1.41
88312--88692	37	10.0	37	76	15	323	40	3	5	50	1.43
88270--88681	8	54.5	8	64	23	65	40	3	5	50	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88484--88692	75	2.8	75	80	14	265	41	3	5	50	1.41
88261--88681	28	15.2	28	72	15	193	41	3	5	50	1.41
88590--88711	41	3.0	41	84	8	155	39	3	4	52	1.39
89674--89717	16	2.9	15	83	12	54	61	9	0	29	1.27
90888--91230	168	2.0	169	87	6	491	37	17	4	39	1.72
91680--91723	23	1.9	23	100	0	88	25	40	25	9	1.84
91753--91805	22	2.5	23	79	14	69	15	35	16	32	1.90
91827--91910	34	2.5	34	92	1	134	34	25	25	15	1.95
97735--97772	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
101607--101678	35	2.1	35	86	5	101	30	31	9	27	1.89
104034--104115	37	2.2	37	84	4	103	37	32	8	20	1.83
104044--104119	37	2.1	37	92	0	125	34	30	9	26	1.87
107052--107078	13	2.1	13	100	0	54	25	22	14	37	1.93
113062--113094	17	1.9	17	93	0	57	57	0	9	33	1.30
114343--114391	3	16.3	3	86	0	71	59	6	0	34	1.22
121847--121940	33	2.9	33	77	13	81	41	27	12	18	1.86
126782--126861	31	2.6	30	75	9	81	45	13	3	37	1.62
128522--128592	31	2.3	31	80	4	81	45	15	4	35	1.66
131425--131465	18	2.2	19	86	4	57	60	0	9	29	1.28
131431--131472	17	2.3	18	84	8	50	61	2	9	26	1.39
131589--131646	16	3.5	16	73	4	53	67	6	8	17	1.39
133107--133175	3	22.7	3	79	8	77	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133607--133701	40	2.3	40	80	10	104	25	17	35	21	1.95
133365--133719	132	2.7	133	83	4	455	23	17	33	25	1.96
133822--133872	26	2.0	28	85	14	74	45	19	11	23	1.83
133971--134275	29	9.8	30	74	15	216	43	13	13	28	1.82
134185--134275	30	3.0	30	87	7	139	43	12	12	31	1.78
134447--134572	62	2.0	64	83	7	159	42	13	11	31	1.80
134503--134685	100	1.8	101	83	8	246	40	12	12	34	1.80
134710--135030	132	2.4	125	78	12	306	42	14	13	29	1.84
134972--135030	31	1.9	31	89	3	93	40	15	15	28	1.87
135068--135177	36	3.1	35	87	6	159	37	10	19	32	1.86
135902--135954	4	13.8	4	79	15	58	28	1	22	47	1.62
135895--135954	12	5.3	11	78	9	59	26	1	23	48	1.60
138318--138368	13	4.0	13	82	12	52	0	15	9	74	1.06
138343--138418	17	5.1	14	70	26	50	2	15	7	73	1.17
138318--138395	31	2.5	31	81	8	95	2	14	8	74	1.16
138379--138432	17	3.2	18	82	10	69	0	16	11	72	1.12
138318--138411	16	5.9	16	66	19	63	2	13	8	75	1.12
138403--138436	17	1.9	17	88	5	50	0	20	8	70	1.13
138344--138452	46	2.3	48	80	13	118	3	16	8	71	1.25
142224--142264	18	2.2	19	86	4	57	60	0	9	29	1.28
142230--142271	17	2.3	18	84	8	50	61	2	9	26	1.39
142292--142351	26	2.3	26	75	11	61	63	11	0	25	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142380--142437	16	3.5	16	73	4	53	67	6	8	17	1.39
145150--145207	20	2.7	20	81	10	62	24	20	22	32	1.98
145262--145328	19	3.5	19	95	0	125	22	34	16	26	1.95
146569--146637	3	22.7	3	79	8	77	68	0	1	30	0.99
149719--149770	24	2.2	24	82	6	61	50	9	21	19	1.76
152248--152366	57	2.1	57	86	9	163	41	16	22	19	1.90
152248--152366	28	4.2	28	89	7	161	41	16	22	19	1.90
152313--152499	71	2.6	71	80	5	198	37	21	19	20	1.94
152459--152539	42	1.9	42	92	0	135	48	22	12	17	1.80
152659--152786	40	3.1	40	81	3	148	32	20	16	31	1.95
153732--154145	43	9.7	43	79	4	408	27	21	18	32	1.97
153733--154042	128	2.4	129	87	0	424	27	20	18	33	1.96
153732--154145	128	3.2	126	82	4	422	27	21	18	32	1.97
164067--164092	6	4.3	6	100	0	52	15	0	15	69	1.20
166720--166763	19	2.3	19	92	0	70	38	4	25	31	1.76
172350--172424	29	2.6	29	91	0	114	22	16	17	44	1.87
172350--172471	29	4.2	29	81	4	104	19	20	18	41	1.90
172422--172496	29	2.6	29	85	4	89	16	28	16	40	1.89
172398--172505	29	3.7	29	77	4	85	17	23	18	40	1.91
174829--174873	19	2.3	19	84	3	54	28	4	8	57	1.48
176452--176501	20	2.5	20	90	0	82	26	16	28	30	1.96
177017--177108	23	4.0	23	81	0	94	32	25	23	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177501--177545	2	22.5	2	95	0	81	48	0	2	48	1.13
177610--177681	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
178766--178828	20	2.9	20	77	15	63	23	26	19	30	1.98
178766--178830	24	2.9	22	80	13	71	24	26	18	30	1.98
182298--182366	23	3.0	23	68	8	68	31	21	24	21	1.98
183927--183992	20	3.0	23	74	17	77	25	27	18	28	1.98
183929--183999	24	3.2	23	74	22	80	25	28	16	29	1.97
190486--190523	13	2.8	14	88	4	51	26	21	26	26	1.99
193535--193607	18	3.8	18	81	13	83	19	17	32	30	1.95
199282--199325	23	1.9	23	90	0	70	18	29	25	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5