genome.fa.s8337.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008337.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111057_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  840327

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200657--200692	14	2.6	14	91	8	56	25	11	2	61	1.43
204930--204992	21	3.0	21	83	0	81	30	15	25	28	1.96
206396--206550	17	8.7	18	74	15	119	80	0	18	1	0.81
206401--206520	21	5.6	20	82	13	141	81	0	16	1	0.77
206394--206547	41	3.6	43	82	11	181	79	0	18	1	0.82
206400--206551	27	5.4	27	79	16	139	80	0	17	1	0.81
206400--206551	34	4.5	33	77	15	134	80	0	17	1	0.81
206400--206551	21	7.1	21	78	14	127	80	0	17	1	0.81
206429--206522	1	94.0	1	67	0	53	84	0	15	0	0.63
207426--207494	12	5.6	11	73	20	57	33	8	0	57	1.29
207426--207495	25	2.8	25	97	2	131	34	8	0	57	1.29
207439--207481	13	3.4	13	75	18	54	32	6	0	60	1.23
207437--207482	12	3.5	14	77	17	62	32	6	0	60	1.22
207885--207922	19	2.0	19	100	0	76	31	36	21	10	1.87
207937--208007	32	2.2	32	92	0	115	30	30	29	8	1.87
207995--208089	29	3.3	29	95	0	163	13	30	32	23	1.93
208125--208230	49	2.2	49	91	6	173	20	37	18	22	1.94
208442--208480	16	2.3	18	86	8	55	38	0	5	56	1.22
208584--208675	46	2.0	48	85	12	129	41	0	10	47	1.38
208705--208757	12	4.3	12	77	11	54	30	1	16	50	1.56
208738--208813	33	2.3	32	82	12	93	40	0	11	47	1.40
208854--208900	16	3.0	16	84	9	53	29	0	10	59	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208875--208905	15	2.1	14	94	5	53	38	0	6	54	1.26
211054--211086	17	1.9	17	100	0	66	48	9	6	36	1.60
211053--211103	14	3.4	14	82	12	57	45	7	7	39	1.62
211081--211124	21	2.1	21	86	0	61	45	4	9	40	1.56
211091--211124	11	3.2	11	83	8	52	47	5	8	38	1.59
211071--211135	14	5.2	13	76	17	50	46	7	7	38	1.61
211221--211316	11	7.9	12	75	14	81	50	4	2	43	1.33
211283--211495	12	15.2	13	69	23	82	44	10	1	43	1.49
211224--211424	26	8.2	25	73	16	111	46	8	1	42	1.45
211277--211495	98	2.2	98	96	1	404	44	10	1	43	1.48
211491--211517	7	3.9	7	100	0	54	14	14	14	55	1.70
211590--211637	14	3.6	14	81	16	66	47	16	0	35	1.47
211609--211720	48	2.3	49	92	3	181	48	10	0	41	1.38
211707--211735	11	2.7	11	94	5	51	44	17	0	37	1.49
214758--214811	28	1.9	28	96	0	99	57	12	0	29	1.36
214754--214818	28	2.3	28	84	10	96	55	10	0	33	1.35
214788--214836	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
215448--215557	30	3.7	30	90	0	184	10	18	47	23	1.80
215564--215646	29	2.9	29	98	0	157	8	27	44	19	1.79
218531--218583	27	1.9	29	85	11	76	26	7	11	54	1.62
218285--219403	346	3.3	344	86	3	1542	32	13	13	41	1.82
223640--223669	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225381--225433	18	3.1	17	73	10	54	35	0	3	60	1.15
225446--225477	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
228383--228423	21	2.0	21	95	0	73	34	29	2	34	1.71
228580--228715	35	3.9	35	87	4	188	19	25	18	36	1.95
228580--228720	71	2.0	68	89	4	210	19	25	17	37	1.93
229708--229878	61	2.8	60	79	3	191	37	10	4	47	1.57
234405--234440	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
238328--238381	16	3.4	16	72	12	58	40	14	5	38	1.70
238279--238394	61	1.9	62	87	1	171	34	12	7	45	1.70
238279--238394	31	3.8	31	89	2	162	34	12	7	45	1.70
238422--238481	31	1.9	31	83	6	77	26	11	0	61	1.30
238772--239104	166	2.0	167	99	0	659	37	13	9	39	1.77
239461--239527	23	2.9	23	79	20	70	46	1	0	52	1.09
239516--239567	23	2.3	22	83	9	70	36	1	3	57	1.28
244435--244473	20	1.9	21	89	5	62	35	20	17	25	1.95
247931--248134	72	2.8	75	84	6	249	25	33	21	20	1.97
248863--249206	172	2.0	172	100	0	688	28	20	20	30	1.98
253906--253968	21	2.9	21	83	4	63	20	38	25	15	1.92
253950--253989	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
255917--255961	17	2.6	17	85	3	63	13	0	28	57	1.36
256567--256776	76	2.8	77	86	2	282	24	31	22	20	1.98
257987--258058	27	2.7	27	88	0	99	41	11	38	8	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259636--259711	21	3.5	21	72	19	66	27	21	21	30	1.98
259610--259695	24	3.8	23	75	14	88	29	22	20	27	1.99
259613--259710	45	2.2	44	89	5	144	29	20	21	28	1.98
265491--265627	64	2.1	65	84	9	174	30	16	21	31	1.95
265491--265650	65	2.5	63	83	7	180	31	16	21	30	1.96
273848--273880	15	2.1	16	94	5	59	75	0	0	24	0.80
274433--274508	24	3.2	24	81	10	86	55	2	0	42	1.14
277037--277066	6	5.0	6	91	0	51	16	3	0	80	0.85
281008--281034	11	2.5	11	100	0	54	66	0	0	33	0.92
281311--281356	22	2.1	21	84	11	58	47	2	4	45	1.34
282529--282593	3	22.7	3	89	9	100	64	0	0	35	0.94
282529--282593	17	3.8	18	90	8	100	64	0	0	35	0.94
282506--282593	14	6.6	14	83	10	96	59	0	1	39	1.05
282905--283674	177	4.4	176	91	1	1218	30	20	17	31	1.96
282905--283674	352	2.2	353	91	1	1267	30	20	17	31	1.96
284730--284839	54	2.0	55	89	1	168	24	22	11	40	1.87
285306--285499	51	3.8	51	90	0	300	23	23	18	35	1.95
286996--287071	12	6.0	13	80	9	70	0	26	0	73	0.83
286996--287043	19	2.5	19	84	15	64	0	22	0	77	0.78
286996--287068	24	3.0	23	84	11	83	0	26	0	73	0.83
286998--287038	7	5.9	7	88	8	57	0	24	0	75	0.80
295638--295681	3	15.0	3	85	4	63	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
306824--306861	20	1.9	20	88	0	58	15	26	36	21	1.93
306801--306861	21	3.0	20	78	7	61	14	24	37	22	1.92
308096--308134	21	1.9	20	94	5	69	53	0	0	46	1.00
311469--311506	19	2.0	19	89	0	58	23	34	23	18	1.96
313227--313270	20	2.2	20	95	0	79	25	29	9	36	1.86
316885--316995	58	1.9	58	96	0	204	48	6	0	44	1.34
316881--316983	18	5.5	19	82	14	126	49	4	0	45	1.23
316880--316973	40	2.5	39	83	13	126	48	5	0	45	1.25
316885--317001	18	6.2	19	76	16	75	48	5	0	44	1.33
316989--317055	13	4.7	15	69	14	52	44	5	7	41	1.57
317048--317087	18	2.2	18	90	0	62	55	5	7	32	1.50
317105--317204	11	10.1	10	69	20	50	47	2	5	46	1.36
317105--317204	2	50.5	2	68	20	50	47	2	5	46	1.36
317083--317130	14	3.4	14	80	13	53	47	0	4	47	1.21
317111--317156	15	3.4	14	85	11	60	50	4	4	41	1.42
317121--317156	15	2.4	15	95	0	63	50	5	2	41	1.40
317066--317172	39	2.7	39	74	17	105	50	2	4	42	1.37
317064--317208	62	2.3	60	79	10	132	47	2	5	44	1.38
317320--317377	2	29.0	2	82	6	73	44	0	5	50	1.24
317311--317388	24	3.6	21	79	17	88	41	1	7	50	1.39
317395--317475	7	11.4	7	80	2	72	23	0	29	46	1.52
317689--317743	19	2.9	20	86	7	71	25	29	0	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
318415--318459	20	2.3	20	92	3	74	42	0	35	22	1.54
318932--318981	23	2.1	24	92	3	84	48	6	0	46	1.27
318985--319060	22	3.0	24	83	12	75	39	3	1	55	1.27
319237--319287	16	3.2	16	91	0	84	41	13	25	19	1.88
319956--319991	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
320229--320287	31	1.9	31	89	0	91	40	6	8	44	1.61
320312--320354	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
320339--320395	18	3.4	18	67	18	59	52	10	0	36	1.36
320314--320362	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
320302--320931	54	11.4	54	74	15	504	52	11	0	36	1.38

Tables:   1   2   3   4   5