genome.fa.s8355.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008355.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111092_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  983659

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136112--136196	36	2.4	36	84	4	109	36	11	21	30	1.89
136148--136385	105	2.3	102	82	9	270	37	12	18	31	1.88
136400--136508	38	2.9	37	80	9	114	34	11	20	33	1.88
136844--136897	14	3.9	14	86	13	76	22	0	27	50	1.50
136844--136885	4	11.0	4	90	10	70	23	0	26	50	1.50
138071--138108	11	3.4	11	89	7	58	5	13	10	71	1.30
138066--138112	12	3.8	12	80	8	51	4	12	10	72	1.25
138773--138814	20	2.1	20	90	0	66	40	11	19	28	1.87
138745--138824	26	3.3	25	72	21	89	40	10	23	26	1.86
143028--143087	29	2.1	29	83	0	75	65	8	13	13	1.48
144688--144740	3	18.0	3	84	11	74	66	0	0	33	0.92
145852--145888	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
147244--147284	20	2.0	20	100	0	82	34	9	0	56	1.32
152518--152562	19	2.4	19	88	0	72	48	17	4	28	1.66
154825--154865	16	2.6	16	88	0	64	41	12	2	43	1.55
158065--158127	32	2.0	32	96	0	117	30	9	26	33	1.88
158215--158303	23	4.0	24	69	18	75	49	2	0	48	1.13
163302--163352	17	2.9	18	85	11	70	41	0	5	52	1.25
163313--163349	18	2.0	19	89	5	58	40	0	5	54	1.24
165141--165173	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
176661--176718	8	7.6	7	80	14	53	18	5	0	75	0.98
176661--176718	24	2.5	22	81	10	62	18	5	0	75	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176665--176716	13	4.2	13	75	9	54	21	5	0	73	1.04
178903--178942	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
184122--184238	3	39.7	3	94	3	211	34	0	0	64	0.99
184826--184864	20	1.9	21	89	5	62	35	10	7	46	1.67
184825--184869	20	2.2	20	80	7	56	37	8	11	42	1.72
187642--187696	20	2.8	20	75	10	67	38	30	10	20	1.87
187845--187892	20	2.4	20	100	0	96	25	20	14	39	1.91
187982--188034	22	2.4	22	90	0	79	18	41	16	22	1.90
188333--188384	20	2.6	20	84	0	77	17	15	23	44	1.86
189910--190037	42	3.0	42	82	6	145	27	32	14	25	1.94
190195--190242	21	2.3	21	85	0	69	27	8	27	37	1.85
190256--190364	21	5.2	20	80	6	119	19	11	35	33	1.88
190228--190351	63	2.0	62	84	4	160	20	9	34	34	1.86
190256--190363	42	2.6	42	81	10	141	18	12	36	33	1.88
190473--190518	4	11.5	4	80	0	56	30	2	0	67	1.03
191968--192014	24	2.0	24	95	0	85	34	17	21	27	1.95
192918--192969	20	2.6	19	93	6	86	30	7	25	36	1.84
193072--193112	22	1.9	21	85	5	55	31	12	19	36	1.89
197069--197119	24	2.1	24	85	0	66	43	19	7	29	1.79
197075--197126	24	2.2	24	89	0	77	38	19	9	32	1.84
199582--199643	18	3.4	18	79	0	79	16	17	48	17	1.82
205463--205534	31	2.3	31	87	0	99	40	9	11	38	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207201--207244	23	2.0	23	82	8	56	20	18	11	50	1.77
210706--210792	35	2.5	35	94	3	151	59	0	0	40	0.97
211133--211170	19	2.0	19	85	10	51	39	5	5	50	1.48
211179--211305	59	2.1	60	82	2	148	33	14	16	36	1.89
212661--212726	30	2.2	30	86	0	96	37	10	27	24	1.88
212820--212852	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
213601--213676	22	3.5	22	100	0	152	39	13	9	38	1.76
214800--214850	22	2.3	22	93	0	84	31	25	25	17	1.97
214808--214852	22	2.0	22	100	0	90	26	26	26	20	1.99
215072--215131	30	2.0	31	90	3	95	33	23	6	36	1.81
215146--215217	29	2.5	29	93	0	117	38	12	9	38	1.76
215519--215669	68	2.2	67	85	8	191	15	27	26	30	1.96
215649--215690	21	2.0	21	85	0	57	16	26	28	28	1.97
221713--221763	22	2.3	22	93	0	84	31	25	25	17	1.97
221721--221765	22	2.0	22	100	0	90	26	26	26	20	1.99
221985--222044	30	2.0	31	90	3	95	33	23	6	36	1.81
222059--222137	27	2.8	28	82	9	97	39	11	8	40	1.72
222559--222600	21	2.0	21	85	0	57	16	26	28	28	1.97
222431--222579	67	2.2	67	84	8	189	16	25	26	31	1.96
224918--224978	25	2.4	25	83	5	79	44	4	1	49	1.33
226253--226295	24	1.9	23	86	13	63	48	23	9	18	1.76
234467--234526	3	20.0	3	100	0	120	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236601--236625	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
249765--249994	38	6.2	37	76	13	197	44	3	6	44	1.47
249747--250045	36	8.0	36	72	17	166	43	5	8	43	1.55
249927--249951	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
249821--250045	36	6.1	36	75	16	185	43	5	8	42	1.57
249797--250045	74	3.3	72	80	10	227	44	4	8	42	1.55
249821--250018	35	5.5	34	71	14	130	43	5	8	42	1.57
250107--250138	3	10.3	3	93	6	55	31	0	0	68	0.90
250107--250139	16	2.1	16	100	0	66	30	0	0	69	0.88
253045--253090	19	2.4	19	92	0	74	13	13	8	65	1.48
256425--257307	245	3.6	241	81	7	927	29	24	20	25	1.99
256447--257363	169	5.6	163	84	5	816	30	24	20	24	1.99
256438--257359	414	2.2	411	83	5	1078	30	24	20	24	1.99
257959--258163	74	2.8	73	81	10	197	45	3	5	44	1.44
257945--258170	36	6.2	36	77	13	203	43	4	7	44	1.51
258119--258143	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
258015--258237	72	3.1	70	83	7	216	43	5	8	42	1.58
257961--258237	36	7.6	35	75	15	179	43	4	7	44	1.53
258015--258237	74	3.1	71	82	8	220	43	5	8	42	1.58
258015--258210	37	5.5	34	71	14	135	43	5	8	42	1.57
258297--258328	3	10.3	3	93	6	55	31	0	0	68	0.90
258297--258329	16	2.1	16	100	0	66	30	0	0	69	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259996--260054	30	2.0	30	93	0	100	49	13	5	32	1.64
264582--264635	13	4.2	13	78	0	54	33	3	12	50	1.59
266353--266401	24	2.0	25	84	4	64	46	4	0	48	1.20
266394--266437	21	2.0	23	86	8	65	50	0	0	50	1.00
266403--266470	22	3.0	23	79	10	61	45	1	0	52	1.09
266427--266473	22	2.1	23	88	4	69	44	2	0	53	1.12
266421--266500	32	2.5	32	80	14	92	47	2	0	50	1.14
267656--267719	29	2.2	31	78	13	73	28	9	28	34	1.88
268039--268082	22	2.0	22	90	0	70	63	0	4	31	1.14
275095--275455	175	2.1	176	85	4	489	38	19	17	24	1.92
275122--275555	175	2.6	175	82	8	465	39	18	17	24	1.92
275995--276029	3	12.0	3	87	6	54	37	31	0	31	1.58
277842--277872	16	1.9	16	100	0	62	32	19	22	25	1.97
281417--281460	20	2.1	21	87	4	63	50	2	0	47	1.13
282772--282803	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
284672--284712	6	6.8	6	97	0	64	43	17	4	34	1.70
287244--287284	18	2.3	18	87	4	57	26	29	9	34	1.88
287828--287874	16	2.9	16	96	0	85	57	2	27	12	1.47
289686--289722	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
289982--290032	24	2.2	24	89	3	77	13	15	23	47	1.82
292693--293144	238	1.9	234	84	6	604	28	17	25	28	1.98
292994--293300	156	2.0	155	92	3	510	29	13	22	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294619--294656	17	2.2	17	100	0	76	28	15	23	31	1.96
309096--309138	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
309118--309268	67	2.3	67	85	6	191	30	27	26	15	1.96
309570--309639	29	2.4	29	87	0	104	40	10	11	38	1.75
309655--309714	30	2.0	31	90	3	95	36	6	23	33	1.81
309934--310001	22	3.0	22	97	2	127	19	26	27	26	1.99
316063--316211	67	2.2	67	85	5	196	30	28	25	15	1.96
316512--316580	28	2.4	29	87	2	104	39	10	11	39	1.75
316596--316655	30	2.0	31	90	3	95	36	6	23	33	1.81
316875--316940	23	3.0	22	93	6	109	19	27	25	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6