genome.fa.s846.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000846.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001630_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  988667

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8790--8826	17	2.2	17	100	0	74	32	24	0	43	1.55
11820--11874	13	4.2	13	88	0	74	36	14	20	29	1.92
12003--12198	45	4.3	45	78	6	207	29	12	18	39	1.87
13006--13058	20	2.7	20	82	5	54	41	3	0	54	1.18
13082--13122	21	1.9	22	85	5	57	46	2	0	51	1.14
13212--13245	15	2.3	15	89	0	50	35	0	0	64	0.94
16023--16048	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
18593--18661	31	2.2	31	92	0	111	24	23	18	33	1.97
18603--18668	31	2.1	31	91	0	105	22	21	21	34	1.96
18610--18684	31	2.4	31	86	4	98	26	20	21	32	1.97
22018--22075	31	1.9	31	86	6	84	34	8	15	41	1.78
22018--22075	30	2.0	28	83	10	71	34	8	15	41	1.78
23001--23069	31	2.2	31	92	0	111	26	18	17	37	1.93
23001--23092	31	3.0	31	87	3	105	25	17	19	38	1.93
23286--23328	18	2.4	18	88	7	61	37	0	25	37	1.56
24901--25454	277	2.0	277	99	0	1099	35	15	22	26	1.94
29325--29393	23	3.1	23	70	8	70	31	20	15	31	1.94
31660--31688	13	2.3	13	94	5	51	44	6	6	41	1.58
32034--32189	65	2.4	65	84	3	199	29	20	17	32	1.96
38661--38732	22	3.3	22	92	0	117	33	23	26	16	1.96
40330--40383	27	2.0	27	92	0	90	31	37	7	24	1.83
41757--41802	18	2.6	18	85	0	65	19	47	19	13	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41778--41823	13	3.5	13	87	0	74	15	43	21	19	1.87
41760--41815	18	3.4	18	68	28	52	17	44	21	16	1.86
41810--41843	8	4.4	8	88	7	52	14	32	26	26	1.95
41813--41843	15	2.1	15	93	0	53	12	32	25	29	1.93
44318--44373	24	2.3	23	73	8	58	21	17	14	46	1.84
44335--44428	48	2.0	48	82	4	118	21	14	13	50	1.78
44332--44414	24	3.5	24	75	9	80	21	15	14	48	1.81
44355--44430	24	3.1	25	77	7	84	19	14	13	52	1.74
46197--46307	41	2.7	41	86	4	145	40	17	11	30	1.85
60134--60189	22	2.7	20	81	10	67	28	16	30	25	1.96
60061--60246	95	1.9	96	85	3	259	32	17	22	27	1.96
60686--61081	79	5.0	79	90	0	614	35	11	23	29	1.89
62373--62416	23	1.9	23	90	0	70	11	18	13	56	1.66
62375--62425	23	2.2	23	82	6	59	13	19	9	56	1.65
63184--63223	2	20.0	2	89	0	62	45	0	0	55	0.99
64228--64258	7	4.4	7	100	0	62	61	0	0	38	0.96
67337--67394	28	2.0	29	87	9	84	39	27	1	31	1.67
67597--67632	14	2.6	14	90	0	54	25	13	2	58	1.49
68540--69032	54	9.1	54	88	0	718	28	20	20	30	1.97
74583--74654	24	3.0	24	70	8	74	31	18	19	30	1.95
80574--80619	20	2.3	19	85	14	58	50	8	15	26	1.73
82317--82383	33	2.0	33	94	0	116	38	16	16	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96214--96251	16	2.4	16	86	4	60	60	0	23	15	1.35
98758--98791	12	2.8	12	95	0	59	41	0	8	50	1.34
98755--98791	14	2.6	14	91	0	65	43	0	8	48	1.32
108891--109032	42	3.4	39	71	18	110	37	17	18	26	1.93
108891--109053	42	3.9	40	70	19	104	36	17	17	28	1.93
108893--109078	82	2.2	80	77	9	194	37	16	17	29	1.91
109068--109209	41	3.5	41	86	2	189	36	12	19	30	1.89
110606--110968	82	4.4	81	81	7	408	27	18	19	35	1.95
110606--110968	41	8.8	40	79	6	334	27	18	19	35	1.95
110945--111034	44	2.0	44	89	0	135	31	11	14	43	1.80
110944--111052	44	2.5	44	82	4	134	33	11	15	39	1.84
119976--120071	43	2.2	43	81	7	115	39	26	15	18	1.91
120012--120358	43	7.9	43	75	9	270	32	23	14	28	1.95
120012--120255	129	1.9	129	84	3	330	34	24	14	26	1.94
120168--120349	94	1.9	94	85	0	247	31	25	14	28	1.94
127679--127734	24	2.3	24	79	11	60	14	10	3	71	1.26
136131--136199	18	3.8	18	81	7	77	31	14	5	47	1.68
136264--136346	34	2.4	34	74	4	87	36	22	14	26	1.93
140410--140457	22	2.2	22	84	0	60	31	18	20	29	1.97
140530--140580	15	3.4	15	83	0	57	27	21	21	29	1.99
141486--141603	54	2.2	54	81	0	137	35	16	19	28	1.93
148589--148700	54	2.1	54	84	3	145	37	16	17	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150700--150789	29	3.1	29	78	9	85	16	24	28	30	1.97
150806--150848	22	2.0	22	95	0	77	18	46	25	9	1.79
150793--150837	17	2.7	17	96	3	83	17	48	24	8	1.75
164179--164260	10	8.6	9	73	12	65	19	25	25	29	1.99
164179--164236	20	2.9	20	84	7	82	18	25	24	31	1.98
164179--164236	9	5.9	10	80	15	68	18	25	24	31	1.98
164180--164254	29	2.6	27	83	12	87	18	25	25	30	1.98
164276--164320	22	2.0	22	95	0	81	20	51	20	8	1.73
167146--167265	42	2.9	42	97	0	222	16	20	19	44	1.87
167466--167512	10	4.5	10	78	19	51	40	0	0	59	0.97
167454--167516	21	3.0	23	84	11	73	44	0	0	55	0.99
167437--167499	23	2.6	25	78	19	71	50	0	0	49	1.00
167465--167537	32	2.1	35	85	12	98	45	1	0	53	1.09
167513--167579	28	2.4	28	76	0	71	50	1	1	46	1.19
167535--167630	30	3.2	31	81	11	94	45	1	2	51	1.20
167830--167877	20	2.4	20	100	0	96	31	16	10	41	1.82
167862--167933	15	4.8	15	89	0	99	31	19	6	41	1.78
169299--169335	19	1.9	19	89	10	58	40	21	5	32	1.76
170459--170665	39	5.3	39	75	4	159	32	20	28	18	1.96
174379--174533	39	4.0	39	83	0	184	29	24	27	18	1.98
175575--175611	18	2.1	18	89	0	56	29	18	37	13	1.90
176339--177373	563	1.8	564	83	6	1363	33	17	16	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182295--182336	22	1.9	22	95	0	75	40	14	4	40	1.67
191554--191639	31	2.8	31	85	0	127	34	31	23	10	1.88
191554--191656	31	3.3	31	79	5	118	33	31	23	11	1.90
194283--194404	40	3.0	40	100	0	244	22	17	27	32	1.96
196372--196426	6	9.2	6	95	0	101	16	18	34	30	1.93
197541--197599	10	5.5	11	72	20	54	79	0	13	6	0.92
197526--197619	26	3.4	27	80	15	88	77	1	15	5	1.00
197540--197628	11	8.2	10	75	17	72	78	0	15	5	0.93
197522--197630	42	2.7	39	75	19	100	78	0	15	4	0.95
197525--197630	17	6.4	16	72	15	81	79	0	15	4	0.95
197544--197649	32	3.3	33	79	12	121	75	0	16	7	1.07
197522--197629	6	18.3	6	72	16	75	78	0	15	4	0.96
200870--200991	40	3.0	40	97	0	235	22	16	27	33	1.95
201620--201671	22	2.4	22	100	0	104	21	34	21	23	1.97
225374--225408	18	1.9	18	88	0	52	68	11	14	5	1.37
225374--225408	12	2.9	12	91	0	52	68	11	14	5	1.37
230975--231031	2	30.5	2	81	13	59	40	1	0	57	1.09
241199--241237	19	2.2	17	86	9	51	64	5	0	30	1.15
241569--241607	2	19.0	2	94	5	69	48	2	0	48	1.15
252559--252681	62	2.0	62	86	0	174	41	7	13	38	1.72
254281--254314	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
254707--254863	85	1.8	85	86	2	226	32	21	28	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254812--254912	39	2.6	39	85	0	139	38	21	26	12	1.90
254667--254891	124	1.8	124	81	0	279	32	22	27	17	1.96
260269--260293	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
260658--260941	39	7.1	38	76	11	205	32	19	29	18	1.96
260694--260925	85	2.9	80	86	4	288	31	19	29	19	1.97
264499--264527	11	2.5	12	88	11	51	75	0	0	24	0.80
264517--264566	19	2.5	20	78	15	50	56	2	4	38	1.30
264577--264627	17	2.7	18	85	11	59	39	9	1	49	1.47
264718--264791	25	2.9	24	72	9	67	44	5	1	48	1.34
274883--274956	31	2.4	31	76	15	82	31	32	17	18	1.95

Tables:   1   2   3   4   5