genome.fa.s846.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000846.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001630_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  988667

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
727397--727573	83	2.1	83	91	0	282	40	19	14	25	1.89
730523--731616	545	2.0	545	93	0	1877	32	19	14	33	1.93
744854--744900	23	2.0	23	95	0	85	23	36	8	31	1.85
750080--750120	7	6.1	7	83	11	59	12	34	26	26	1.92
750071--750120	26	1.9	26	91	0	82	14	32	24	30	1.94
755929--755970	22	1.9	22	85	9	59	66	4	11	16	1.40
757532--757558	9	3.0	9	100	0	54	55	11	11	22	1.66
760171--760210	12	3.4	12	82	6	55	0	7	10	82	0.84
760171--760222	22	2.3	22	90	3	77	0	5	11	82	0.82
760180--760222	11	3.8	11	84	3	59	0	4	9	86	0.71
760543--760587	11	4.1	11	82	5	56	71	4	11	13	1.29
760543--760584	22	1.9	22	90	9	68	69	4	11	14	1.34
762310--762460	48	3.2	47	69	19	134	30	23	14	31	1.94
762270--762475	93	2.2	93	85	3	288	30	24	17	27	1.98
762171--762605	227	1.9	227	88	0	665	30	25	16	27	1.97
762396--762815	134	3.1	133	88	2	601	28	26	17	28	1.98
762968--763063	3	32.3	3	97	2	185	32	0	0	67	0.91
765806--765963	78	2.0	78	90	2	246	41	8	24	25	1.84
766411--766463	19	2.7	19	75	18	56	43	7	22	26	1.80
768028--768068	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
768421--768450	6	5.0	6	95	0	51	33	0	36	30	1.58
769724--769770	18	2.6	18	82	0	58	51	10	6	31	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
769823--769857	17	2.1	17	88	0	52	40	22	14	22	1.90
771101--771262	80	2.0	80	97	0	306	23	22	20	33	1.97
771741--771796	19	2.9	19	89	2	76	33	23	10	32	1.89
775942--776011	36	1.9	36	94	5	124	27	21	11	40	1.87
778591--778873	45	6.3	45	89	0	431	43	13	21	21	1.86
779975--780036	19	3.3	19	81	0	79	33	22	8	35	1.84
781569--781645	25	2.7	30	73	19	101	42	10	10	36	1.73
783017--783057	21	2.0	21	85	9	57	36	21	9	31	1.86
785277--785368	46	2.0	46	93	0	157	34	26	9	29	1.88
792339--792490	75	2.0	77	83	7	195	36	9	7	46	1.66
794858--794890	17	1.9	17	88	11	50	21	36	24	18	1.95
798998--799139	69	2.1	69	98	0	275	28	26	11	33	1.91
804143--804198	9	5.7	10	78	6	53	0	3	10	85	0.71
804141--804187	17	2.6	18	83	6	60	0	4	10	85	0.74
806123--806162	20	2.0	20	85	4	55	20	7	10	62	1.50
806240--806273	17	2.0	17	88	0	50	85	5	5	2	0.83
808613--808876	20	11.7	20	67	21	105	43	9	23	22	1.82
808602--808981	46	8.2	46	88	0	544	45	8	22	22	1.80
808647--808981	26	14.5	25	65	25	152	45	8	23	22	1.80
817440--817534	12	7.9	12	74	0	73	43	20	14	22	1.88
817438--817535	24	4.1	24	74	0	97	41	19	14	24	1.88
817428--817534	36	3.0	36	77	0	124	42	17	14	24	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817514--817587	34	2.2	34	90	0	112	40	17	17	24	1.91
828232--828299	32	2.1	32	88	0	100	25	22	23	29	1.99
829105--829172	29	2.3	29	100	0	136	48	8	5	36	1.59
829105--829182	29	2.5	32	84	16	119	50	8	5	35	1.56
829382--829435	12	4.1	14	86	13	80	51	0	5	42	1.25
829390--829474	2	42.5	2	74	13	59	47	3	7	42	1.48
830618--830662	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
830743--830791	23	2.1	23	82	14	57	51	0	2	46	1.12
830849--830881	16	2.0	17	88	5	50	51	0	3	45	1.16
830932--831087	79	2.0	79	87	5	226	42	7	6	43	1.59
831623--831729	55	1.9	55	98	0	205	50	20	14	14	1.77
832845--832888	2	21.5	2	95	4	79	50	0	2	47	1.13
832873--832991	37	3.2	37	92	1	195	43	2	10	43	1.51
832951--833020	29	2.4	29	83	7	79	45	1	7	45	1.39
832807--833031	100	2.2	102	81	11	259	44	1	8	45	1.43
834768--834947	45	4.0	44	79	6	155	25	23	11	40	1.87
834875--835010	45	3.0	45	91	2	211	24	19	7	48	1.74
835041--835676	81	7.9	81	90	0	959	32	21	11	35	1.88
835611--835807	68	2.9	68	87	1	279	29	25	14	29	1.95
836001--836182	57	3.2	57	80	3	204	37	15	10	36	1.82
838632--838670	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
840413--840546	45	2.9	46	80	8	150	25	23	11	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840521--840655	45	3.0	45	92	0	216	25	20	8	46	1.77
840686--841159	81	5.9	81	86	1	644	32	21	9	36	1.86
841109--841297	67	2.8	68	81	1	236	30	25	14	29	1.95
841503--841660	57	2.8	58	84	2	203	36	13	10	39	1.79
842019--842058	19	2.1	19	90	0	62	30	15	15	40	1.87
842083--842153	20	3.5	20	98	0	133	16	33	16	32	1.92
842936--842965	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
847309--847493	99	1.9	99	89	0	289	31	17	20	29	1.96
868121--868180	21	2.9	21	87	2	95	25	16	21	36	1.94
882319--882363	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
882438--882497	29	2.0	29	84	9	77	53	5	11	30	1.58
884888--885017	61	2.1	61	81	2	154	26	17	30	26	1.98
896726--896792	17	3.9	17	75	11	66	73	0	2	23	0.97
896714--896785	6	12.2	6	83	1	74	73	0	4	22	1.00
896752--896824	33	2.2	33	83	9	87	69	0	0	30	0.88
896776--896821	3	15.3	3	86	0	56	67	0	0	32	0.91
896713--896800	12	7.7	11	77	14	74	72	0	3	23	0.99
897788--897942	59	2.6	59	88	3	224	40	18	7	33	1.79
904833--904909	22	3.6	22	84	10	97	27	28	19	24	1.99
904845--904909	20	3.2	20	86	8	78	27	30	18	23	1.97
910638--910743	23	4.8	22	77	11	101	29	24	16	29	1.97
910638--910743	44	2.4	43	80	13	110	29	24	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
913506--913560	20	2.6	22	80	16	71	27	30	20	21	1.98
913607--913656	21	2.4	21	100	0	100	28	28	26	18	1.98
916811--916891	6	14.2	6	82	6	80	75	0	6	18	1.01
916810--916891	17	4.9	16	78	14	85	74	0	6	19	1.02
916810--916891	11	7.3	11	77	14	87	74	0	6	19	1.02
922581--922631	23	2.2	23	85	0	66	52	0	0	47	1.00
924921--925024	51	2.0	51	80	10	115	16	27	33	22	1.95
925278--925352	28	2.6	31	82	12	90	33	0	4	62	1.14
927056--927113	27	2.1	27	90	0	89	13	41	18	25	1.88
927411--927436	12	2.2	12	100	0	52	34	23	34	7	1.83
927579--927612	14	2.4	14	90	0	50	17	2	8	70	1.25
930403--930447	18	2.5	18	92	0	72	44	17	6	31	1.75
931528--931568	21	2.0	21	85	0	55	14	29	2	53	1.54
932438--932477	10	3.8	11	87	9	57	15	5	0	80	0.88
933984--934028	18	2.5	18	85	0	63	42	20	6	31	1.77
934088--934131	18	2.5	17	79	17	54	43	13	13	29	1.83
943009--943042	16	2.0	18	88	11	54	70	0	14	14	1.17
943177--943240	26	2.4	28	86	7	96	43	1	0	54	1.09
943250--943300	14	3.8	12	85	15	57	68	0	3	27	1.07
943268--943300	12	2.5	14	90	9	52	69	0	0	30	0.88
943413--943453	13	3.2	13	80	13	57	70	0	2	26	0.99
945885--945933	24	2.0	25	92	4	82	59	14	14	12	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
945924--945957	14	2.3	15	95	5	61	76	0	23	0	0.79
948976--949303	163	2.0	163	97	0	620	23	20	14	40	1.90
949900--949989	21	4.3	21	94	0	153	41	21	13	24	1.89
953710--953749	21	1.9	21	84	0	53	30	2	35	32	1.71
954460--954541	23	3.7	23	83	6	98	19	24	31	24	1.98
954438--954543	23	4.9	20	78	11	61	17	24	32	25	1.97
962939--962998	20	3.0	20	78	7	77	13	25	33	28	1.93
971441--971477	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
971554--971587	17	2.1	16	88	5	50	14	20	0	64	1.28
972022--972100	30	2.7	30	80	7	81	43	3	13	39	1.63

Tables:   1   2   3   4   5