genome.fa.s8465.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008465.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111278_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  924357

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--67	3	22.3	3	85	11	93	35	1	0	62	1.04
3--88	42	2.0	42	82	8	104	40	2	0	56	1.12
12504--12548	8	5.4	8	89	10	72	86	0	13	0	0.57
12504--12548	9	5.2	9	91	2	67	86	0	13	0	0.57
12504--12548	18	2.6	18	93	6	76	86	0	13	0	0.57
12858--12897	16	2.5	16	88	8	55	30	7	7	55	1.56
13559--13941	82	4.7	82	91	5	618	27	13	21	37	1.90
13559--13942	161	2.4	163	92	4	634	27	13	21	38	1.90
14374--15233	112	7.8	113	89	6	1278	37	13	18	30	1.90
14374--15233	220	3.9	222	89	5	1296	37	13	18	30	1.90
14374--15233	443	1.9	442	89	4	1340	37	13	18	30	1.90
15551--15655	3	35.0	3	86	11	144	36	0	0	62	1.02
19712--19825	20	5.7	20	78	8	115	24	21	21	32	1.98
19817--19865	21	2.3	22	75	10	57	34	18	28	18	1.94
23608--23797	65	2.9	64	91	2	308	42	21	13	22	1.88
26286--26384	47	2.1	47	98	0	189	35	11	12	41	1.78
27493--27651	2	78.0	2	71	19	98	46	5	3	45	1.41
27490--27706	44	4.9	43	75	14	153	44	4	4	47	1.43
27717--27789	24	3.0	24	84	8	94	52	8	1	38	1.40
27774--27844	26	2.7	27	86	4	99	43	5	4	46	1.46
27718--27862	9	16.7	9	72	14	65	47	6	2	42	1.44
27911--28084	2	83.0	2	68	24	76	44	6	3	45	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27923--28194	7	40.6	7	70	20	90	45	8	3	43	1.51
27950--28215	20	13.2	20	66	19	74	44	8	3	43	1.50
27923--28066	44	3.1	44	80	13	182	44	6	3	45	1.45
27911--28066	46	3.4	45	80	13	183	44	5	3	46	1.45
28132--28221	41	2.2	40	92	5	153	43	8	4	43	1.56
28177--28236	27	2.2	27	87	0	84	41	6	5	46	1.52
28191--28248	27	2.1	27	87	0	80	39	3	5	51	1.41
29506--29661	23	6.8	23	94	0	276	26	25	22	25	2.00
41126--41164	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
42978--43095	15	7.9	15	69	7	69	34	17	13	33	1.89
43524--43572	20	2.5	20	96	0	89	28	20	16	34	1.94
44189--44228	20	2.0	20	90	0	62	20	32	30	17	1.95
44194--44277	34	2.4	35	92	2	134	21	33	26	19	1.97
44207--44265	17	3.4	17	68	27	52	18	35	28	16	1.93
44392--44433	21	2.0	21	90	0	66	21	23	28	26	1.99
45844--45891	20	2.4	20	92	0	87	54	4	12	29	1.56
46954--47012	28	2.1	28	100	0	118	40	13	3	42	1.61
47296--47378	33	2.4	34	92	4	132	21	34	25	18	1.96
47302--47362	18	3.4	18	70	25	58	19	36	24	19	1.95
47322--47377	15	3.5	15	73	21	51	21	35	23	19	1.96
47491--47553	21	3.0	21	95	0	108	25	22	26	25	2.00
54191--54253	15	4.2	15	78	8	65	41	17	4	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54191--54253	30	2.1	30	85	5	83	41	17	4	36	1.71
54207--54264	30	1.9	30	89	0	89	39	17	3	39	1.66
54577--54712	40	3.3	40	64	17	105	25	21	12	40	1.88
54577--54766	85	2.2	85	97	1	353	25	21	11	41	1.86
57198--57311	54	2.1	56	88	3	169	45	5	3	45	1.43
61798--61866	31	2.2	31	87	5	95	36	26	20	17	1.94
65050--65096	22	2.1	22	96	0	85	46	8	6	38	1.60
65127--65186	11	5.4	11	75	11	59	40	6	3	50	1.45
65131--65222	24	3.8	24	82	0	103	40	7	3	48	1.48
65228--65318	21	4.4	21	69	13	73	51	8	1	38	1.40
65193--65318	61	2.1	59	88	5	182	47	9	1	41	1.45
68370--68416	13	3.5	13	77	13	51	55	2	2	40	1.24
69875--69932	3	20.0	3	91	7	93	63	0	1	34	1.04
69870--69933	20	3.2	20	95	0	110	60	0	1	37	1.06
69878--69932	17	3.4	16	90	9	85	63	0	1	34	1.05
70245--70769	109	4.7	112	80	12	627	28	20	12	38	1.89
70245--70759	223	2.3	221	85	8	667	28	20	12	38	1.89
71343--71735	84	4.7	84	93	2	657	36	22	13	27	1.92
72873--72945	1	73.0	1	76	0	65	1	10	0	87	0.60
72873--72948	10	7.8	10	79	8	86	1	11	0	86	0.62
72875--72948	15	5.1	14	84	9	87	1	12	0	86	0.63
72873--72935	25	2.5	25	100	0	126	0	11	0	88	0.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83505--83546	22	1.9	22	90	0	66	69	0	4	26	1.08
85129--85192	25	2.6	25	80	5	76	1	21	9	67	1.28
85135--85191	24	2.4	23	80	8	69	0	21	10	68	1.19
85629--85653	11	2.3	11	100	0	50	48	0	0	52	1.00
85649--85696	3	15.7	3	91	4	78	64	0	2	33	1.05
87628--87656	14	2.1	14	100	0	58	34	6	20	37	1.80
92318--92403	12	7.4	11	71	15	57	73	1	22	3	1.05
92307--92384	20	3.9	19	79	14	70	70	1	23	5	1.14
92360--92403	16	2.6	17	86	13	56	75	0	20	4	0.98
92611--93219	304	2.0	303	99	0	1209	33	18	15	33	1.92
94769--95209	54	8.1	54	82	5	514	29	9	19	41	1.83
95104--95228	57	2.2	57	86	1	144	32	8	20	38	1.83
95950--95987	18	2.1	18	90	0	58	31	21	21	26	1.98
96602--97302	281	2.5	281	84	2	888	36	18	18	26	1.94
110143--110196	20	2.7	20	77	11	74	27	31	14	25	1.95
110204--110270	21	3.2	21	87	2	91	26	23	17	31	1.97
110220--110285	20	3.2	20	86	2	78	34	22	18	24	1.96
110413--110463	22	2.3	22	93	0	84	23	43	13	19	1.87
110724--110776	20	2.7	20	93	0	97	49	22	18	9	1.76
110784--110824	20	2.0	20	90	0	64	17	17	21	43	1.87
112584--112633	21	2.4	21	80	6	57	18	10	34	38	1.84
112710--112762	21	2.5	21	96	0	97	37	15	16	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112810--112851	4	10.5	4	84	0	57	28	2	0	69	1.01
113018--113086	21	3.3	21	70	8	59	24	34	18	21	1.96
114464--114604	66	2.2	64	82	9	173	31	1	17	50	1.54
114515--114554	14	2.9	14	80	0	53	30	0	17	52	1.45
114708--114746	20	2.0	20	94	0	69	17	20	23	38	1.93
114959--115045	39	2.2	39	95	0	156	17	13	21	47	1.82
115313--115350	19	2.0	19	89	0	58	55	7	5	31	1.51
115737--115786	25	2.0	25	96	0	91	44	22	8	26	1.80
115739--115785	14	3.6	14	72	16	55	44	21	8	25	1.80
115882--115938	20	2.8	20	78	0	69	38	24	15	21	1.92
116255--116290	18	2.0	18	94	0	63	19	0	22	58	1.40
118552--118605	24	2.2	24	83	0	63	40	14	18	25	1.89
118731--118764	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
119316--119354	16	2.4	16	82	0	51	69	0	2	28	1.02
119511--119640	19	6.6	19	72	11	102	26	13	23	36	1.92
119796--119825	16	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
122594--122652	26	2.3	26	80	8	68	22	13	10	54	1.69
127044--127257	85	2.5	85	85	3	279	32	16	20	30	1.95
127229--127267	13	3.0	13	92	0	60	38	20	17	23	1.93
127491--127522	13	2.4	14	94	5	57	6	12	0	81	0.87
133734--133865	60	2.2	59	80	8	158	34	26	3	35	1.75
141402--141480	32	2.5	32	77	2	79	29	11	21	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142038--142117	21	3.6	22	83	6	99	31	16	12	40	1.85
144967--145300	169	2.0	169	100	0	668	32	23	13	29	1.93
149261--149313	23	2.3	23	83	0	61	18	26	32	22	1.97
149275--149319	23	1.9	24	86	4	65	15	26	35	22	1.94
156195--156262	29	2.3	29	100	0	136	47	10	22	20	1.80
174308--174445	36	3.9	35	82	2	159	35	18	25	20	1.95
175838--175903	30	2.2	30	83	0	78	36	4	19	39	1.72
181485--181521	7	5.4	7	90	6	58	27	29	27	16	1.97
181485--181521	13	2.7	14	87	8	58	27	29	27	16	1.97
181485--181550	17	3.5	19	85	6	73	24	27	31	16	1.96

Tables:   1   2   3   4   5