genome.fa.s8465.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008465.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111278_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  924357

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  5  of  5  ( 561 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
813007--813110	27	3.9	27	69	15	65	28	0	21	50	1.49
813236--813306	19	3.7	19	78	14	74	43	22	18	15	1.87
813277--813379	53	1.9	53	86	0	143	20	22	20	36	1.95
813313--813459	20	7.7	19	76	15	126	17	21	23	38	1.93
813295--813414	53	2.2	53	86	1	159	15	23	22	38	1.93
815730--815754	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
815929--815978	24	2.1	24	92	0	82	38	20	20	22	1.94
816729--816797	20	3.5	20	82	7	86	24	17	30	27	1.97
816789--816830	21	2.0	21	100	0	84	28	23	9	38	1.86
817054--817080	14	1.9	14	100	0	54	74	0	3	22	0.98
817058--817100	18	2.4	18	88	0	59	67	0	2	30	1.03
817160--817213	14	3.6	14	77	20	56	72	1	5	20	1.14
817159--817238	30	2.7	28	74	18	72	71	3	5	20	1.21
817888--817930	10	4.2	10	86	13	61	72	0	0	27	0.85
817885--817929	13	3.4	13	87	12	65	71	0	0	28	0.87
817885--817933	3	16.3	3	84	16	66	71	0	0	28	0.86
818793--819585	124	6.4	124	91	0	1284	26	16	25	32	1.96
818999--819775	190	4.1	191	72	15	736	25	17	24	32	1.97
818793--819585	371	2.1	372	92	0	1311	26	16	25	32	1.96
819506--819613	32	3.3	32	70	14	103	24	16	26	32	1.96
819530--819647	34	3.5	34	71	13	118	22	17	25	34	1.96
819493--819651	66	2.4	66	95	0	282	24	18	23	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
819559--819797	124	1.9	124	92	0	397	27	17	23	32	1.96
820528--820583	19	2.9	19	97	0	103	21	37	16	25	1.93
820548--820688	64	2.2	64	85	2	185	29	24	16	29	1.96
828713--828740	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
829291--829413	64	1.9	64	86	3	176	29	24	17	29	1.97
830805--831003	95	2.1	95	93	0	335	32	17	16	33	1.93
831746--831771	5	5.2	5	100	0	52	23	57	19	0	1.40
833039--833090	27	1.9	27	84	7	70	67	0	19	13	1.23
834142--834171	11	2.7	11	89	0	51	70	0	0	30	0.88
834146--834177	14	2.2	15	94	5	57	65	0	0	34	0.93
834213--834271	14	4.0	14	79	18	66	72	3	3	20	1.13
836017--836078	31	2.0	31	100	0	124	38	9	16	35	1.81
838278--838353	24	3.2	24	90	0	116	35	15	14	34	1.88
839092--839137	24	1.9	24	100	0	92	19	2	21	56	1.52
839960--839990	14	2.2	14	94	0	53	25	9	22	41	1.84
842565--842595	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
842745--842788	20	2.3	19	84	4	52	43	6	11	38	1.67
843464--843502	15	2.5	15	87	4	60	66	5	12	15	1.41
849802--849884	2	41.5	2	100	0	166	49	0	0	50	1.00
852099--852138	17	2.3	18	83	12	57	17	10	0	72	1.11
852193--852674	45	10.7	45	89	0	671	29	23	11	36	1.89
852810--853195	67	5.8	67	87	1	524	30	23	13	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
853407--853536	57	2.3	57	85	2	172	39	18	10	31	1.85
853538--853737	67	3.0	67	90	1	303	31	16	25	27	1.96
853685--853786	49	2.1	49	88	0	150	33	12	25	28	1.93
853733--853895	81	2.0	80	82	7	195	39	12	18	29	1.87
853949--854311	45	8.0	45	88	0	476	37	12	21	28	1.89
853949--854311	135	2.7	134	87	2	528	37	12	21	28	1.89
857059--857108	19	2.5	19	87	9	64	30	20	14	36	1.91
859814--859838	13	1.9	13	100	0	50	36	24	16	24	1.94
859861--859909	20	2.5	20	89	0	80	24	32	18	24	1.97
866015--866074	13	4.2	13	75	19	57	18	43	21	16	1.88
866033--866104	8	9.2	8	77	17	71	15	36	25	23	1.94
866011--866074	31	2.1	31	93	0	110	18	45	20	15	1.86
866033--866067	18	1.9	18	100	0	70	17	45	22	14	1.84
866050--866123	15	4.9	15	79	9	71	13	32	25	28	1.94
866067--866114	23	2.1	22	88	3	69	12	29	25	33	1.92
868590--868681	47	1.9	48	88	2	141	27	14	20	38	1.91
868581--868671	24	3.8	24	80	2	112	26	15	19	38	1.92
872233--872257	8	3.1	8	100	0	50	64	12	0	24	1.27
874511--874563	21	2.4	22	75	12	54	28	20	15	35	1.93
874339--874788	225	2.0	225	99	0	884	33	18	17	30	1.94
874736--874795	21	2.6	24	74	15	72	30	21	13	35	1.92
880864--880918	21	2.7	20	88	2	74	49	3	9	38	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
881580--881622	22	2.0	22	95	0	77	30	37	13	18	1.90
883426--883475	17	3.1	17	68	26	54	52	22	6	20	1.68
883539--883565	13	2.1	13	100	0	54	14	14	22	48	1.81
884445--884511	2	34.0	2	96	3	127	50	0	0	49	1.00
884531--884557	12	2.2	12	100	0	54	18	11	44	25	1.83
895177--895206	15	2.0	15	100	0	60	13	46	26	13	1.80
899933--899993	27	2.3	27	82	0	68	32	13	11	42	1.79
900621--900694	34	2.2	34	100	0	148	55	10	13	20	1.68
912029--912098	31	2.3	31	82	5	79	41	5	10	42	1.62
914112--914328	53	4.2	53	87	2	316	35	11	19	33	1.89
916472--916526	12	4.6	12	83	0	74	10	14	49	25	1.76
916524--916621	2	51.0	2	76	8	87	48	0	0	51	1.00
916635--916671	12	3.0	12	92	4	56	10	16	54	18	1.71
919046--919113	32	2.1	32	94	0	118	44	17	11	26	1.83
919861--919885	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12

Tables:   1   2   3   4   5

The End!