genome.fa.s8465.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008465.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111278_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  924357

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
616336--616386	24	2.2	23	96	3	93	19	39	23	17	1.92
625164--625226	32	1.9	33	87	9	94	77	0	6	15	0.96
625295--625337	18	2.4	18	88	0	59	69	0	6	23	1.12
626228--626258	14	2.3	13	94	5	53	74	0	3	22	0.96
626304--626346	22	1.9	23	85	4	61	44	13	0	41	1.44
626721--626751	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
627863--627900	20	2.0	18	90	10	58	50	0	0	50	1.00
628504--628552	15	3.2	15	77	13	55	61	2	0	36	1.08
628592--628649	29	2.0	30	93	3	100	74	0	5	20	1.01
628604--628653	23	2.1	24	85	10	68	78	0	4	18	0.91
628604--628653	24	2.1	23	85	10	66	78	0	4	18	0.91
628600--628675	39	2.0	39	84	7	102	75	1	3	19	1.04
628590--628673	30	2.8	30	82	5	91	73	1	4	20	1.08
629322--629364	3	14.3	3	81	18	54	72	0	0	27	0.85
629322--629364	16	2.8	15	93	6	77	72	0	0	27	0.85
629322--629361	10	3.9	10	87	12	55	72	0	0	27	0.85
629967--630002	14	2.6	14	90	0	54	25	22	30	22	1.99
630320--631254	124	7.6	124	89	0	1408	26	16	24	32	1.96
630309--631254	371	2.5	372	89	1	1423	26	16	24	32	1.96
632469--632668	95	2.1	94	95	1	355	31	16	16	36	1.91
635335--635364	11	2.7	11	100	0	60	73	0	0	26	0.84
635422--635477	28	2.0	28	86	10	78	73	1	5	19	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
635420--635483	29	2.1	30	85	5	94	75	1	4	18	1.06
636152--636192	3	14.3	3	80	19	52	73	0	0	26	0.84
636150--636185	11	3.2	11	96	4	63	75	0	0	25	0.81
638488--638549	30	2.1	30	96	0	115	33	11	6	48	1.65
642309--642355	24	2.0	24	100	0	94	17	0	23	59	1.37
642309--642362	24	2.2	24	93	0	90	16	0	22	61	1.35
643910--643976	31	2.2	32	79	15	79	5	22	7	64	1.42
644374--644476	3	33.7	3	88	3	143	61	0	1	36	1.07
644724--645374	113	5.7	113	90	0	953	28	20	12	38	1.89
645068--645112	24	1.9	23	82	13	56	15	24	6	53	1.66
646028--646493	82	5.7	82	94	1	774	36	23	12	27	1.91
647512--647569	27	2.1	27	90	6	91	1	18	0	79	0.82
647515--647562	16	2.9	16	79	11	53	2	16	0	81	0.79
654896--654926	15	2.1	15	93	0	53	48	3	19	29	1.64
659855--659921	31	2.2	32	79	15	79	5	22	7	64	1.42
660319--660409	3	29.7	3	88	4	128	61	0	2	36	1.08
663621--663735	24	4.8	24	86	4	142	23	16	20	40	1.91
668354--668465	24	4.7	24	88	4	154	23	14	21	41	1.89
672631--672655	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
677504--677541	19	2.0	19	100	0	76	63	0	26	10	1.27
679903--679960	2	29.5	2	96	3	109	48	0	0	51	1.00
682251--682786	45	11.9	45	87	2	675	29	23	10	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
682821--682975	81	1.9	81	85	5	215	29	22	11	36	1.90
682909--683308	67	6.0	67	87	1	541	29	23	13	33	1.93
683488--683651	57	2.9	57	82	2	197	39	17	9	34	1.81
683654--683852	67	3.0	67	88	0	299	30	14	24	30	1.95
683800--683901	49	2.1	49	90	0	159	34	12	24	28	1.92
684148--684230	43	1.9	44	87	2	123	33	13	24	28	1.93
684466--684523	2	30.0	2	93	6	102	48	0	0	51	1.00
687022--687071	19	2.5	19	87	9	64	30	20	14	36	1.91
688092--688366	149	1.8	149	100	0	550	30	13	20	35	1.91
697617--697641	13	1.9	13	100	0	50	36	24	16	24	1.94
706201--706241	21	2.0	21	95	0	73	46	4	7	41	1.53
707458--707483	13	2.0	13	100	0	52	53	15	7	23	1.67
707695--707725	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
708926--708975	17	3.1	17	68	26	54	52	22	6	20	1.68
719165--719254	29	3.1	28	75	16	76	55	6	17	20	1.64
719384--719449	23	2.8	24	77	9	82	45	6	22	25	1.75
719387--719443	30	1.9	30	85	7	80	38	7	26	28	1.82
721416--721484	34	2.0	34	88	5	104	27	8	17	46	1.77
722056--722129	34	2.2	34	100	0	148	55	10	13	20	1.68
726349--726382	9	3.7	9	88	7	50	14	23	29	32	1.94
726391--726432	18	2.4	17	80	4	57	16	40	23	19	1.91
726469--726600	29	4.7	29	75	9	128	28	6	24	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
726474--726581	55	1.9	56	87	5	157	31	6	22	39	1.79
727302--727366	24	2.7	24	75	0	67	27	10	13	47	1.76
732985--733029	23	2.0	23	95	0	81	40	15	8	35	1.79
733330--733363	13	2.7	13	95	4	61	17	41	23	17	1.90
733369--733519	29	5.3	29	81	3	171	26	8	25	39	1.84
733402--733509	56	1.9	57	92	1	182	31	7	22	38	1.82
733369--733549	29	6.3	29	81	2	168	27	8	24	40	1.83
733373--733528	85	1.8	85	91	0	258	26	8	24	40	1.83
734240--734295	24	2.3	24	87	0	76	28	8	16	46	1.77
746134--746350	53	4.2	53	85	4	291	34	11	19	34	1.89
750563--750630	32	2.1	32	94	0	118	44	17	11	26	1.83
752292--752402	37	3.0	37	88	2	161	32	14	19	33	1.92
765563--765594	15	2.1	16	94	5	57	71	3	0	25	1.00
765564--765612	24	2.0	25	84	4	64	63	4	0	32	1.13
766987--767047	25	2.5	24	84	10	70	63	1	3	31	1.20
767059--767173	8	14.2	8	69	13	58	73	1	4	20	1.09
767059--767173	24	4.8	23	74	12	97	73	1	4	20	1.09
767101--767150	15	3.4	14	78	13	55	78	0	4	18	0.91
767820--767862	3	14.3	3	81	18	54	72	0	0	27	0.85
768570--769764	124	9.7	124	90	0	1730	26	15	24	33	1.95
774724--774775	24	2.2	24	92	0	86	38	15	13	32	1.86
775515--775568	24	2.2	24	96	0	99	18	0	20	61	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
779383--779438	15	3.6	15	79	9	67	42	12	12	32	1.80
779386--779436	17	3.1	17	77	11	61	43	11	9	35	1.75
779834--779888	13	4.2	13	75	13	58	49	10	3	36	1.56
779874--779972	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
779967--780006	21	1.9	21	94	0	71	50	5	15	30	1.65
782307--782352	12	3.6	12	81	16	56	17	19	17	45	1.85
782306--782345	15	2.9	14	85	14	57	20	17	15	47	1.83
796634--796754	23	5.4	22	78	10	111	14	25	26	33	1.95
804436--804477	2	20.5	2	95	4	75	50	0	2	47	1.14
805001--805069	2	34.5	2	100	0	138	49	0	0	50	1.00
805868--805980	60	1.9	60	86	0	154	31	15	19	32	1.93
806733--806820	26	3.3	26	68	13	72	53	14	10	21	1.70
808029--808081	21	2.5	21	87	0	79	16	26	18	37	1.93
808071--808117	20	2.3	20	85	3	58	38	19	21	21	1.94
808112--808170	20	3.0	20	94	0	100	23	30	16	28	1.97
808112--808203	20	4.6	20	81	0	94	28	27	16	28	1.97
808349--808394	22	2.1	22	95	0	83	21	43	15	19	1.87
808736--808787	20	2.7	19	87	3	68	40	23	25	11	1.88
808808--808866	14	3.9	14	80	20	73	49	28	15	6	1.70
808808--808885	33	2.4	33	100	0	156	48	29	15	6	1.69
808821--808901	19	4.5	19	83	14	118	46	30	14	7	1.72
808936--808994	18	3.5	18	72	25	65	18	20	16	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
808902--809006	32	3.2	32	89	5	149	17	20	18	44	1.87
808993--809047	20	2.8	19	91	8	92	14	16	25	43	1.86
810373--810420	18	2.7	18	96	0	87	29	47	10	12	1.74
810933--811000	20	3.5	19	82	6	82	38	23	23	14	1.92
811048--811106	14	3.9	14	76	20	64	10	16	23	49	1.77
811095--811163	20	3.5	20	86	2	95	13	26	23	37	1.91
811031--811123	33	2.8	33	98	0	177	11	18	21	48	1.80
811526--811617	42	2.2	42	84	0	121	23	39	14	22	1.91
813019--813096	14	5.6	14	76	3	86	29	0	21	48	1.50
813007--813110	41	2.6	41	93	1	183	28	0	21	50	1.49

Tables:   1   2   3   4   5