genome.fa.s8489.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008489.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111331_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1108073

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198662--198717	27	2.0	27	82	6	67	73	7	0	19	1.06
198871--198904	2	17.5	2	87	6	52	55	0	0	44	0.99
199438--199539	37	2.8	37	89	0	141	29	14	14	41	1.86
200241--201297	106	10.0	106	88	2	1481	23	18	24	33	1.97
200241--201297	423	2.5	420	89	3	1579	23	18	24	33	1.97
201809--201845	18	2.0	19	94	5	67	43	32	5	18	1.73
202855--202949	20	5.0	19	74	16	65	2	13	5	78	1.00
202876--202939	17	3.5	19	77	16	64	0	15	6	78	0.95
202884--202952	17	4.1	17	77	15	65	0	14	5	79	0.90
202884--202955	8	8.8	8	80	17	58	0	15	5	79	0.91
202885--202947	21	3.0	21	75	17	58	0	15	4	79	0.90
204101--204136	8	4.6	8	89	6	56	55	13	16	13	1.69
204101--204136	15	2.3	15	90	4	54	55	13	16	13	1.69
207416--207456	15	2.6	16	81	14	50	78	0	7	14	0.96
207509--207561	18	3.2	16	80	15	54	66	3	1	28	1.20
207755--207807	2	26.5	2	96	0	97	52	0	0	47	1.00
208354--208449	37	2.6	37	91	0	147	32	9	15	42	1.79
209088--209132	22	2.0	22	86	4	63	57	11	11	20	1.63
209343--209425	37	2.2	37	80	8	96	45	1	4	48	1.31
209566--209603	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
210113--210144	16	2.0	16	100	0	64	37	6	6	50	1.53
210444--210482	20	2.0	20	89	0	60	15	25	20	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210464--210616	41	3.7	41	91	0	243	30	24	20	24	1.98
210534--210599	20	3.2	20	65	4	51	28	21	21	28	1.98
211639--211663	6	4.2	6	100	0	50	0	32	52	16	1.44
211779--211844	20	3.2	20	68	4	60	24	21	25	28	1.99
211795--211858	21	3.1	21	68	4	67	20	21	26	31	1.98
211755--211860	41	2.6	41	95	0	185	25	20	22	31	1.98
211877--211909	14	2.4	14	100	0	66	21	6	42	30	1.77
212125--212167	20	2.3	19	80	11	52	48	6	20	23	1.73
213758--213888	20	6.4	20	80	7	113	33	24	17	24	1.96
213751--213878	61	2.1	61	85	0	166	35	24	15	24	1.94
213764--213882	61	2.0	61	87	0	175	34	24	16	24	1.95
214058--214101	22	2.0	22	100	0	88	27	36	13	22	1.92
214360--214418	20	3.0	20	87	0	73	16	18	22	42	1.89
215976--216042	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
215995--216082	33	2.5	34	80	16	108	42	20	23	13	1.88
216015--216093	18	4.5	19	78	18	107	45	18	21	13	1.84
216015--216079	33	2.0	33	93	3	114	46	20	21	12	1.83
216108--216165	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
216103--216178	32	2.3	33	95	2	136	10	19	22	47	1.80
216154--216221	20	3.5	19	73	13	57	14	22	22	41	1.90
216587--216647	21	2.9	22	70	7	63	24	40	11	22	1.87
218096--218131	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218214--218252	20	2.0	20	94	0	69	46	30	10	12	1.75
218245--218298	14	3.5	14	75	22	54	46	20	22	11	1.82
218258--218303	14	2.8	17	75	25	53	45	19	21	13	1.84
218329--218398	20	3.5	20	96	1	124	15	22	28	32	1.95
218611--218661	20	2.5	20	96	0	93	19	29	19	31	1.97
219406--219459	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
219634--219658	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
221958--222060	52	2.0	52	96	0	188	46	20	22	10	1.81
221927--222063	19	7.7	19	71	16	105	43	20	22	13	1.86
222059--222100	19	2.2	19	91	0	66	16	19	23	40	1.91
222068--222134	19	3.8	19	71	18	72	11	23	20	43	1.85
222242--222277	13	2.6	14	86	8	56	47	25	0	27	1.52
223614--223817	42	4.9	41	70	9	144	24	18	35	22	1.96
223644--223817	83	2.1	83	94	2	305	24	17	36	21	1.95
223676--223814	41	3.4	41	78	5	163	24	17	35	23	1.95
224033--224220	92	2.0	90	87	9	263	47	18	12	22	1.81
224353--224470	61	1.9	62	93	6	204	25	33	21	19	1.97
225901--226022	19	7.0	18	76	16	116	43	21	23	11	1.85
225904--225968	33	2.0	33	93	0	112	41	23	24	10	1.86
225901--226022	52	2.4	52	92	1	201	43	21	23	11	1.85
226018--226062	19	2.4	19	84	0	63	6	15	26	51	1.68
226425--226538	20	5.7	20	82	6	122	25	18	24	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226425--226541	61	1.9	61	87	0	171	24	17	23	33	1.97
226425--226559	61	2.2	61	82	2	155	23	20	23	32	1.98
226712--226759	19	2.5	20	75	6	53	27	16	29	27	1.97
227774--227882	56	1.9	56	81	7	132	47	0	0	51	1.07
227897--228009	30	3.9	30	73	12	94	55	0	7	36	1.33
228031--228085	27	2.1	27	86	3	76	61	1	0	36	1.06
228044--228121	24	3.1	25	78	9	70	52	3	2	41	1.33
232462--232579	59	2.0	59	100	0	236	33	8	22	35	1.84
235512--235553	20	2.1	20	100	0	84	38	16	19	26	1.92
235610--236229	103	6.0	105	93	4	1070	22	18	25	32	1.97
235629--236229	207	2.9	208	94	4	1078	22	18	25	32	1.97
236603--236679	38	2.0	38	100	0	154	50	10	23	15	1.74
236980--237083	50	2.0	55	83	9	137	13	21	12	52	1.72
249310--249354	12	3.7	12	82	11	56	57	0	0	42	0.98
251819--252015	46	4.3	45	89	1	277	30	24	7	37	1.83
251895--251967	22	3.2	22	64	21	60	31	26	8	34	1.86
251819--252015	91	2.2	91	86	2	272	30	24	7	37	1.83
251889--252008	24	5.2	24	61	22	67	30	23	7	39	1.82
258914--258993	24	3.3	24	77	3	81	22	15	13	48	1.79
258900--259008	48	2.3	48	82	3	121	21	15	12	50	1.77
262135--262388	136	1.9	132	83	6	332	35	11	10	42	1.75
262732--262819	15	6.1	15	72	16	78	56	2	0	40	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262743--262780	16	2.4	16	100	0	76	60	0	0	39	0.97
262749--262833	41	2.0	42	88	4	127	51	4	1	42	1.30
265633--265662	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
266498--266607	31	3.5	31	89	0	175	23	11	12	51	1.73
266510--266628	62	1.9	61	80	10	134	24	14	13	47	1.80
269638--269698	30	2.0	31	87	3	88	24	14	13	47	1.80
270437--270510	31	2.4	31	79	0	85	55	13	10	20	1.68
271308--271383	29	2.5	31	85	8	95	39	2	1	56	1.21
274249--274286	19	2.0	19	94	0	67	23	15	15	44	1.85
274303--274384	21	4.0	21	79	6	105	21	21	24	31	1.98
274230--274379	21	7.7	19	73	11	74	23	18	21	36	1.95
274400--274494	40	2.4	40	90	0	145	21	15	21	42	1.89
274937--274978	19	2.2	19	100	0	84	38	26	7	28	1.82
274991--275046	20	2.7	21	83	2	69	25	21	23	30	1.99
276613--276686	21	3.6	21	75	3	87	21	17	27	33	1.96
276612--276695	41	2.0	41	97	0	159	20	17	23	38	1.93
276680--276709	14	2.1	14	100	0	60	13	20	13	53	1.72
276639--276750	55	2.0	55	91	0	179	19	20	20	39	1.93
276696--276774	41	1.9	41	94	0	140	22	21	22	32	1.98
276612--276786	96	1.8	96	92	0	296	20	19	23	36	1.95
276694--276783	41	2.2	41	85	0	135	21	20	23	35	1.96
276774--276830	22	2.6	22	82	0	87	14	17	24	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276925--276984	6	10.0	6	98	0	93	33	50	5	11	1.61
277480--277522	6	7.2	6	100	0	86	0	16	48	34	1.46
290861--291611	383	2.0	378	89	1	1133	31	17	14	36	1.90
293677--293896	108	2.0	107	88	6	329	37	13	20	29	1.90
294686--294733	15	3.2	15	90	0	60	35	29	12	22	1.91
294745--294788	16	2.7	16	85	3	52	27	22	15	34	1.95
294758--294788	16	1.9	16	93	0	53	29	19	19	32	1.96
303044--303087	22	2.0	22	90	0	70	22	29	11	36	1.89
303654--303747	21	4.4	21	86	5	120	41	22	20	15	1.90
303654--303752	43	2.3	41	84	10	119	39	23	20	17	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6