genome.fa.s8489.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008489.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111331_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1108073

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
664249--664569	103	3.1	103	96	0	606	26	13	23	36	1.92
664586--664671	23	3.7	23	86	6	111	22	25	25	26	2.00
664579--664676	23	4.3	23	83	7	103	24	22	23	29	1.99
670331--670651	103	3.1	103	96	0	588	26	13	23	37	1.91
670671--670753	23	3.6	23	90	0	112	21	24	25	28	1.99
672740--672783	22	2.0	22	90	0	70	34	20	20	25	1.97
673736--673773	20	1.9	20	88	0	58	55	0	2	42	1.14
674247--674279	15	2.1	16	88	5	50	54	12	6	27	1.60
677534--677866	167	2.0	166	98	1	641	29	19	10	41	1.84
682638--682713	31	2.5	31	80	0	89	13	26	28	31	1.93
686377--686673	150	2.0	148	97	2	560	39	23	6	30	1.80
693876--693912	16	2.3	16	100	0	74	43	27	16	13	1.85
695366--695406	19	2.2	19	95	0	73	26	31	12	29	1.92
699624--699675	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
716076--716137	32	1.9	33	83	3	81	32	8	12	46	1.71
716214--716251	15	2.6	15	87	4	51	39	0	18	42	1.50
716196--716264	16	4.5	15	72	20	54	31	8	20	39	1.83
734280--734337	30	1.9	30	85	0	80	13	25	20	39	1.90
734970--735027	21	2.7	22	84	12	77	22	36	25	15	1.94
734992--735061	34	2.0	35	86	10	99	21	34	27	17	1.95
735175--735237	21	3.0	21	97	0	117	23	22	28	25	1.99
738571--738666	20	5.1	20	72	16	96	21	33	28	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
738596--738664	35	2.0	35	97	0	129	21	30	28	18	1.97
738758--738797	21	1.9	21	94	0	71	25	15	30	30	1.95
739804--739864	32	1.9	32	100	0	122	40	0	3	55	1.16
739803--739872	32	2.2	31	90	7	113	38	0	5	55	1.24
739805--739886	32	2.6	32	86	7	96	43	0	3	52	1.18
743464--743515	19	2.7	19	85	8	61	34	13	5	46	1.67
745793--745834	21	2.0	21	85	0	57	19	40	19	21	1.92
749372--749410	18	2.2	18	100	0	78	33	0	33	33	1.58
749799--749925	62	2.0	63	98	1	247	33	9	22	34	1.86
751334--751392	22	2.6	23	94	5	111	20	35	23	20	1.96
751375--751414	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
755790--755880	40	2.3	40	92	0	146	38	15	24	21	1.92
755815--755879	20	3.2	20	71	0	67	40	16	24	18	1.91
755891--755932	17	2.3	19	80	8	52	52	14	11	21	1.73
756375--756454	20	3.7	20	74	18	70	41	7	26	25	1.81
756362--756481	46	2.6	46	86	1	177	43	10	22	24	1.83
757868--757944	25	2.8	26	74	16	66	35	6	2	55	1.39
758737--758761	10	2.5	10	100	0	50	24	0	0	76	0.80
760737--760761	12	2.1	12	100	0	50	48	0	36	16	1.46
761475--761525	16	3.2	16	75	22	54	33	17	0	49	1.47
762049--762124	14	6.1	13	70	23	65	13	11	21	53	1.70
762047--762145	24	4.1	24	90	2	137	14	11	19	55	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763228--763268	16	2.7	16	85	7	59	12	9	17	60	1.57
763330--763370	16	2.7	16	81	7	50	14	9	14	60	1.57
770490--770591	32	3.2	32	70	13	109	46	12	5	35	1.66
770490--770619	65	2.0	65	100	0	260	44	12	4	38	1.63
771262--771294	17	1.9	17	100	0	66	54	24	12	9	1.66
771578--771890	156	2.0	156	100	0	626	39	8	13	37	1.76
772125--772184	30	2.0	30	100	0	120	40	16	10	33	1.82
772693--772848	30	5.2	30	77	6	129	59	11	12	16	1.61
772693--772848	60	2.6	60	81	1	177	59	11	12	16	1.61
774094--774142	3	16.7	3	95	4	91	67	0	0	32	0.91
774204--774251	22	2.1	23	81	11	55	66	0	6	27	1.15
785081--785121	8	5.2	8	82	5	57	34	0	26	39	1.57
785202--785943	128	5.7	128	92	3	1209	21	23	22	33	1.98
786339--786445	34	3.1	34	87	0	151	36	2	4	56	1.35
786966--787080	21	5.5	21	84	8	153	22	25	33	19	1.97
788661--788734	17	4.2	17	75	11	60	59	2	0	37	1.12
788854--788912	19	3.3	19	70	18	63	59	0	0	40	0.97
788854--788933	34	2.5	31	83	8	97	60	0	0	40	0.97
788892--788929	15	2.5	15	83	12	51	60	0	0	39	0.97
790396--790475	30	2.7	29	77	7	90	20	10	6	63	1.46
802300--802365	24	2.8	23	76	2	69	24	22	22	30	1.99
812613--812679	33	2.0	33	94	5	118	25	23	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815153--815216	23	2.8	23	81	9	85	29	26	25	18	1.98
816617--816665	18	2.7	18	96	0	89	51	14	4	30	1.61
817045--817089	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
820082--820145	23	2.8	23	81	9	85	29	26	25	18	1.98
821954--821998	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
827764--827799	18	2.0	18	100	0	72	44	5	0	50	1.25
828486--828621	45	3.1	45	93	5	226	47	11	13	27	1.78
829464--829514	15	3.4	15	88	0	75	0	23	33	43	1.54
829462--829514	3	17.7	3	84	0	61	0	24	33	41	1.55
829534--829579	18	2.6	18	71	25	51	6	26	32	34	1.82
840058--840099	17	2.4	18	80	15	52	50	2	2	45	1.27
843629--843686	3	18.0	3	89	3	62	58	0	0	41	0.98
843756--843802	23	2.0	24	95	4	87	51	8	12	27	1.69
843858--844634	46	16.8	46	89	3	1186	34	18	23	24	1.96
843858--844634	183	4.2	183	90	4	1175	34	18	23	24	1.96
845304--845355	19	2.5	22	75	18	65	40	13	9	36	1.77
850012--850065	7	7.6	7	78	12	56	1	20	0	77	0.86
850018--850077	28	2.2	26	88	5	84	1	16	1	80	0.89
851018--851044	10	2.7	10	100	0	54	55	11	11	22	1.66
852561--852598	7	5.3	7	82	17	51	57	10	15	15	1.64
852797--852856	30	2.0	30	93	0	102	16	26	16	40	1.90
854109--854170	19	3.3	19	71	8	54	58	0	3	38	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857911--857968	20	2.7	21	86	7	73	18	27	31	22	1.97
864146--864208	32	2.0	32	84	6	83	58	3	0	38	1.14
865571--865638	3	22.3	3	87	3	73	57	0	0	42	0.98
872658--872692	18	1.9	18	88	0	52	28	34	17	20	1.95
878716--878783	18	3.7	18	79	14	84	30	23	22	23	1.99
881204--881244	15	2.8	15	88	3	57	51	2	0	46	1.14
894036--894096	23	2.7	23	92	0	104	8	6	42	42	1.60
894443--894695	81	3.1	80	78	4	265	30	18	18	33	1.95
894488--894614	41	3.1	40	70	18	100	28	18	19	33	1.96
894700--894842	40	3.5	41	89	3	198	26	21	16	34	1.95
897810--897848	15	2.7	15	88	4	53	12	12	30	43	1.81
898377--898464	2	44.0	2	100	0	176	50	0	0	50	1.00
903556--903621	23	2.9	23	79	4	71	31	22	25	19	1.98
907721--907787	28	2.4	28	94	0	116	22	23	25	28	1.99
910220--910269	23	2.2	23	92	0	82	28	6	4	62	1.37
910786--910882	47	2.1	47	100	0	194	39	9	18	32	1.83
916358--916391	18	1.9	17	88	5	50	29	32	23	14	1.94
916910--916950	22	1.9	21	90	5	64	24	0	4	70	1.06
917206--917242	12	3.0	12	92	4	56	18	54	16	10	1.71
917275--917335	24	2.5	26	77	17	69	55	0	0	44	0.99
917293--917332	19	2.1	19	85	0	53	55	0	0	45	0.99
917333--917382	12	4.2	12	79	5	57	26	44	16	14	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
918052--918260	104	2.0	104	100	0	418	25	9	21	43	1.82
918417--918459	19	2.3	19	92	4	70	23	9	39	27	1.85
921878--921914	20	1.9	19	89	10	58	45	13	24	16	1.83
922064--922095	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
923246--923380	67	2.0	67	100	0	270	16	31	17	35	1.92
926335--926411	37	2.1	37	85	4	102	46	2	5	45	1.39
928245--928281	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
931693--931785	3	31.3	3	82	2	116	62	0	3	34	1.11
932025--932685	114	5.9	114	89	4	968	28	20	14	37	1.91
932025--932686	226	2.9	227	90	3	1011	28	20	14	37	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6