genome.fa.s8512.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008512.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111372_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1759229

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3577--3609	15	2.2	15	100	0	66	30	12	12	45	1.78
6395--6422	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
6883--6925	21	2.0	21	86	0	59	25	27	25	20	1.99
9894--9962	18	3.7	18	77	7	66	23	18	27	30	1.98
9874--9968	38	2.5	38	79	3	102	27	18	27	26	1.98
11755--11801	19	2.5	19	86	10	62	31	19	23	25	1.98
20539--20591	20	2.7	20	94	2	90	18	18	30	32	1.96
23555--23684	63	2.1	63	91	0	206	16	7	20	55	1.65
27574--27653	30	2.8	27	77	7	70	53	10	10	26	1.65
28790--28846	30	1.9	30	85	0	78	33	12	7	47	1.68
38289--38741	210	2.2	207	88	5	677	25	10	25	39	1.87
40168--40353	75	2.5	75	87	1	255	24	30	23	22	1.99
41703--41776	37	2.0	37	86	5	105	44	17	5	32	1.71
44799--44836	19	2.0	19	89	0	58	21	36	26	15	1.93
47480--47665	75	2.5	75	87	1	255	24	30	23	22	1.99
47480--47689	75	2.8	76	83	3	253	23	31	22	21	1.98
49603--49644	21	2.0	21	86	9	59	50	2	11	35	1.52
53491--53530	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
56115--56299	75	2.5	74	86	2	244	24	29	23	22	1.99
56115--56322	75	2.8	76	82	3	242	24	30	23	22	1.99
57671--57745	38	2.0	37	84	7	98	45	17	5	32	1.71
62256--62358	35	2.9	35	89	4	152	46	19	3	30	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68033--68072	21	1.9	21	89	0	62	47	5	12	35	1.63
70261--70309	15	3.3	15	91	0	80	55	2	0	42	1.11
71388--71429	22	1.9	21	85	9	57	23	2	4	69	1.20
71796--71851	15	3.7	15	97	0	103	51	19	21	7	1.70
74911--74951	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
76630--76683	18	3.0	18	86	0	81	27	27	18	25	1.98
77020--77049	15	2.0	15	93	0	51	33	23	33	10	1.88
77265--77349	35	2.5	33	78	14	91	25	8	10	55	1.62
85433--85485	24	2.1	25	86	6	72	39	3	0	56	1.17
89291--89438	78	1.9	78	84	2	199	36	6	10	47	1.62
93353--93391	15	2.6	15	100	0	78	10	5	33	51	1.58
99165--99228	31	2.1	31	88	5	94	18	43	20	17	1.88
99184--99224	18	2.3	18	91	0	64	19	48	19	12	1.80
101733--101806	24	3.1	24	84	11	98	24	16	16	43	1.87
103898--103933	13	2.8	13	86	0	54	22	50	11	16	1.77
103893--103951	18	3.6	17	71	21	54	20	49	15	15	1.80
106442--106533	48	1.9	48	91	4	150	23	16	18	41	1.90
106442--106536	24	4.0	24	86	4	129	23	16	18	41	1.90
111450--111488	21	1.9	21	89	5	62	15	15	0	69	1.20
114792--114841	24	2.1	24	85	7	66	24	2	14	60	1.45
115908--115946	15	2.5	15	87	8	51	17	33	25	23	1.96
115972--116040	15	4.3	16	78	10	70	17	27	33	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115984--116040	15	3.7	15	81	9	78	15	28	35	21	1.94
115972--116040	32	2.2	32	94	0	120	17	27	33	21	1.96
116381--116411	8	3.9	8	95	0	53	6	25	54	12	1.62
116572--116617	3	15.3	3	78	17	51	63	0	0	36	0.95
116572--116785	7	29.0	7	67	25	72	53	5	1	39	1.33
116573--116617	19	2.5	17	82	10	54	62	0	0	37	0.96
116573--116773	9	22.1	9	68	21	68	52	5	1	39	1.35
116685--116736	11	4.9	10	77	9	50	53	7	0	38	1.30
116656--116785	13	8.9	14	68	20	72	53	3	2	40	1.32
116655--116785	2	69.5	2	66	22	52	52	3	2	41	1.32
118164--118192	11	2.7	11	94	5	51	20	34	27	17	1.95
119230--119273	20	2.2	20	92	8	72	52	4	15	27	1.63
119242--119284	20	2.3	19	88	8	61	55	6	16	20	1.64
119429--119509	37	2.2	38	80	13	96	50	3	1	44	1.27
140375--140462	42	2.1	42	97	0	167	14	19	42	23	1.88
140487--140570	29	2.9	30	85	7	120	27	28	28	15	1.96
140625--140660	11	3.2	11	84	7	54	22	22	19	36	1.95
140846--140883	9	4.2	9	83	10	51	31	0	2	65	1.06
140966--141018	28	1.9	27	88	3	79	32	1	16	49	1.57
140965--141029	27	2.3	29	82	10	82	36	1	15	46	1.55
141227--141266	21	1.9	21	100	0	80	27	0	15	57	1.38
141444--141547	30	3.4	30	82	12	115	39	1	10	48	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143859--143906	14	3.6	14	83	16	75	45	16	0	37	1.48
143858--143964	25	4.6	22	73	17	74	48	12	0	39	1.40
143873--143992	48	2.5	48	91	4	190	47	10	0	41	1.38
143976--144012	10	3.7	10	100	0	74	40	18	0	40	1.51
143996--144110	49	2.3	49	98	0	221	46	13	0	40	1.42
143927--144483	60	9.2	60	79	12	570	45	12	0	41	1.45
143927--144425	178	2.8	178	87	9	748	45	12	0	41	1.45
144154--144190	10	3.7	10	100	0	74	40	18	0	40	1.51
144218--144271	24	2.2	24	87	6	74	44	9	0	46	1.35
143874--144483	120	5.1	119	83	11	724	45	12	0	41	1.45
147558--147611	28	1.9	28	96	0	99	57	12	0	29	1.36
147554--147618	28	2.3	28	84	10	96	55	10	0	33	1.35
147588--147636	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
148262--148333	29	2.5	29	84	4	101	18	23	36	22	1.95
148394--148418	13	1.9	13	100	0	50	20	40	16	24	1.91
148410--148444	17	2.0	18	94	5	63	17	40	25	17	1.90
149200--149250	26	1.9	26	84	4	66	37	1	17	43	1.61
160211--160332	61	2.0	61	91	3	201	29	22	16	31	1.95
164945--164995	22	2.3	22	86	6	68	41	3	1	52	1.31
165621--165732	58	1.9	57	81	13	131	41	11	10	36	1.76
180641--180723	29	2.8	29	90	1	130	42	10	14	32	1.80
185394--185476	29	2.8	29	88	1	121	42	9	14	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189082--189124	15	2.9	15	89	0	59	0	32	2	65	1.06
194135--194301	86	2.0	85	83	3	210	37	18	14	28	1.91
195698--195727	10	3.0	10	95	0	51	46	0	0	53	1.00
196538--196577	15	2.7	15	84	0	53	45	7	5	42	1.54
197368--197418	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
198183--198212	13	2.3	13	94	0	51	16	43	23	16	1.87
198215--198315	29	3.5	29	90	0	148	25	9	19	44	1.82
205495--205597	29	3.6	29	89	0	161	25	8	22	43	1.81
207203--207419	110	2.0	110	94	0	380	36	21	8	33	1.84
211967--212048	12	7.1	11	67	17	51	74	4	4	15	1.16
212077--212156	10	7.7	10	69	8	52	77	2	7	12	1.07
212019--212118	37	2.7	37	78	7	96	74	4	8	14	1.20
212089--212149	21	2.9	21	82	7	70	78	3	8	9	1.06
212053--212164	58	1.9	58	82	10	140	75	3	7	13	1.13
212081--212155	21	3.5	21	75	10	64	77	2	8	12	1.08
213156--213192	13	2.5	15	84	16	51	54	2	0	43	1.14
213824--214567	84	8.9	84	85	1	938	24	18	25	31	1.97
215700--215960	95	2.7	95	88	4	348	30	18	18	32	1.95
230303--230395	38	2.4	38	94	0	159	40	6	11	40	1.67
235104--235158	22	2.5	22	87	0	83	36	20	7	36	1.80
241212--241281	35	2.0	36	85	2	97	20	27	20	32	1.97
241419--241488	35	2.0	36	85	2	97	20	27	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241182--241599	207	2.0	209	99	0	822	25	22	14	37	1.93
242989--243048	23	2.6	23	100	0	120	28	25	30	16	1.97
246789--246833	23	2.0	23	82	8	56	26	26	24	22	2.00
247059--247118	31	2.0	30	83	9	77	36	23	3	36	1.71
257159--257184	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
260238--260272	15	2.3	15	85	0	52	51	0	5	42	1.25
260673--260729	22	2.5	23	80	11	64	31	3	8	56	1.47
260673--260731	23	2.6	25	76	17	65	32	3	8	55	1.46
264189--264241	25	2.1	25	92	0	88	28	11	45	15	1.80
270933--270970	15	2.5	15	100	0	76	15	28	10	44	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9