genome.fa.s8512.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008512.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111372_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1759229

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  8  of  9  ( 1011 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1450193--1450243	20	2.5	20	96	0	93	35	13	9	41	1.78
1450193--1450252	20	3.0	20	90	0	66	35	15	8	41	1.77
1450226--1450292	15	4.5	15	83	3	73	34	16	7	41	1.76
1450226--1450298	30	2.5	29	90	2	119	31	17	6	43	1.75
1453091--1453459	149	2.5	149	88	4	562	19	28	13	37	1.90
1459377--1459418	21	2.0	21	86	9	59	26	21	21	30	1.98
1463591--1463638	20	2.5	20	86	3	62	50	4	14	31	1.62
1466694--1466743	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
1469322--1469372	22	2.4	21	80	6	59	15	5	3	74	1.16
1469365--1469395	14	2.3	13	94	5	53	3	12	0	83	0.75
1469397--1469438	17	2.4	17	85	14	59	26	0	2	71	0.98
1469524--1469697	9	19.6	9	70	19	66	14	6	2	76	1.10
1469534--1469695	5	33.2	5	67	19	58	13	6	2	77	1.08
1469522--1469634	60	1.9	58	82	13	142	14	5	3	76	1.09
1469583--1469695	5	23.4	5	71	18	62	13	7	1	77	1.04
1469573--1469685	19	5.6	19	77	15	86	12	7	1	77	1.05
1469583--1469700	29	3.9	29	75	16	105	13	7	1	77	1.06
1469627--1469687	23	2.5	24	76	10	63	11	9	0	78	0.96
1469588--1469685	20	4.8	19	77	18	72	12	8	1	78	1.01
1469519--1469695	14	12.8	14	70	13	82	14	6	2	76	1.11
1472737--1472763	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1473176--1473232	3	19.3	3	83	3	53	35	5	3	56	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1473555--1473630	35	2.2	35	95	0	134	30	30	17	22	1.96
1476365--1476413	21	2.3	21	96	0	89	46	8	18	26	1.76
1480778--1480924	36	4.1	35	74	10	100	29	16	14	38	1.89
1480797--1480924	36	3.6	36	79	4	125	30	16	14	39	1.88
1480841--1480997	36	4.5	36	71	14	132	31	19	12	37	1.88
1480891--1481027	67	2.1	66	85	9	181	33	18	11	35	1.88
1480897--1481043	67	2.2	66	82	10	167	37	19	10	32	1.86
1481045--1481501	66	6.9	66	89	2	675	29	17	12	40	1.86
1481538--1481608	37	1.9	36	82	2	88	32	21	14	32	1.93
1482006--1482080	3	25.3	3	82	2	71	36	5	2	56	1.36
1485252--1485298	20	2.6	17	76	20	51	40	2	4	53	1.32
1485378--1485438	26	2.3	27	86	8	81	55	3	1	39	1.26
1500246--1500284	17	2.2	17	86	9	51	5	20	10	64	1.44
1500705--1500782	3	26.0	3	86	0	111	60	0	0	39	0.97
1500782--1500816	14	2.5	14	100	0	70	48	0	11	40	1.39
1502285--1502323	17	2.2	17	86	9	51	2	20	12	64	1.40
1502743--1502805	3	21.0	3	90	0	90	60	0	0	39	0.97
1504014--1504048	3	11.7	3	87	0	52	34	2	2	60	1.26
1505287--1505467	66	2.9	60	88	11	274	29	37	7	25	1.83
1505287--1505508	60	3.4	63	86	10	290	30	37	7	24	1.83
1510885--1510933	20	2.5	20	76	6	55	48	2	4	44	1.33
1511312--1511368	23	2.5	23	97	0	105	33	24	5	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1511489--1511596	31	3.5	31	69	16	82	30	15	8	45	1.76
1511490--1511612	60	2.0	60	84	3	158	29	18	6	45	1.74
1511752--1511912	59	2.7	60	83	4	182	44	3	19	32	1.68
1519229--1519275	14	3.7	14	73	26	59	12	29	34	23	1.92
1519228--1519289	23	2.7	23	84	0	88	12	27	33	25	1.93
1522392--1522482	26	3.6	26	71	11	82	34	1	2	62	1.14
1522392--1522484	25	3.7	25	68	12	75	34	1	2	62	1.14
1528130--1528167	2	19.0	2	89	10	60	47	2	0	50	1.15
1532068--1532110	19	2.3	19	80	8	52	11	0	6	81	0.87
1532098--1532124	14	1.9	14	100	0	54	7	3	7	81	0.97
1533507--1533535	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
1538741--1538771	11	2.8	11	100	0	62	29	19	12	38	1.89
1547120--1547146	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
1547084--1547146	8	7.8	8	75	10	56	33	0	1	65	1.03
1547348--1547405	7	8.4	7	76	16	50	27	1	3	67	1.17
1547397--1547441	20	2.4	19	82	10	56	33	4	0	62	1.15
1547391--1547471	22	3.7	21	79	15	76	29	4	0	65	1.13
1548748--1548784	19	1.9	19	89	10	58	8	24	0	67	1.17
1552164--1552220	11	5.5	10	80	19	64	80	5	14	0	0.87
1552161--1552218	14	3.9	15	76	12	57	81	5	13	0	0.86
1552166--1552224	20	2.8	21	83	16	70	79	5	15	0	0.89
1552831--1552885	22	2.5	22	96	0	101	38	27	10	23	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1553832--1554661	106	7.8	106	92	0	1381	34	25	17	22	1.95
1553832--1554661	212	3.9	212	96	0	1525	34	25	17	22	1.95
1554944--1555279	80	4.0	83	79	9	326	35	24	16	22	1.95
1556536--1556586	18	2.9	18	82	8	52	25	1	0	72	0.95
1556539--1556597	28	2.1	28	84	6	75	23	3	0	72	0.99
1556690--1556718	5	6.0	5	92	8	51	17	0	0	82	0.66
1556781--1556822	19	2.3	19	83	4	50	16	9	2	71	1.23
1556797--1556836	19	2.2	19	86	4	55	20	7	0	72	1.08
1559377--1559422	22	2.0	23	87	4	67	34	19	13	32	1.90
1562269--1562327	31	1.9	31	85	0	82	40	13	23	22	1.89
1563306--1563372	31	2.2	31	88	0	98	20	28	14	35	1.93
1565310--1565348	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
1568294--1568331	20	1.9	20	88	0	58	36	13	23	26	1.91
1569895--1570033	36	3.9	36	95	0	242	42	14	16	26	1.86
1577331--1577442	48	2.4	46	80	11	129	33	22	6	38	1.79
1577445--1577477	13	2.4	14	85	10	50	57	18	0	24	1.40
1577541--1577607	33	2.0	33	91	0	107	34	25	13	26	1.93
1584993--1585104	48	2.4	46	81	11	138	33	22	5	38	1.77
1585203--1585269	33	2.0	33	97	0	125	31	26	16	25	1.96
1588623--1588761	36	3.9	36	94	0	233	41	13	16	28	1.86
1589473--1589497	9	2.8	9	100	0	50	44	20	0	36	1.52
1593974--1594002	7	4.1	7	100	0	58	13	17	13	55	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1595619--1595643	11	2.3	11	100	0	50	28	16	28	28	1.97
1596018--1596100	24	3.5	24	80	9	89	18	20	18	43	1.88
1596987--1597029	2	21.5	2	90	9	70	48	0	2	48	1.14
1597784--1597823	13	3.0	13	80	20	55	47	0	10	42	1.37
1607549--1607613	24	2.6	24	78	4	58	38	1	6	53	1.35
1608865--1608908	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
1610803--1610906	29	3.6	29	85	0	136	27	2	24	45	1.67
1617953--1618008	29	1.9	29	81	0	67	33	5	17	42	1.72
1617986--1618054	29	2.4	29	85	0	75	28	8	18	43	1.80
1618754--1618826	24	3.0	24	81	0	83	26	15	19	39	1.90
1618843--1618877	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
1619456--1620549	471	2.3	471	96	0	2035	34	16	14	34	1.89
1624540--1624589	20	2.5	20	78	18	59	48	10	18	24	1.78
1625387--1625463	37	2.1	38	85	4	104	45	2	2	49	1.29
1627542--1627597	21	2.8	21	81	7	64	8	33	12	44	1.73
1627528--1627608	30	2.7	30	80	1	83	7	34	11	46	1.67
1627610--1627659	18	2.8	18	84	0	64	8	52	0	40	1.31
1627831--1627928	48	2.0	48	92	0	160	24	40	5	29	1.76
1628089--1628186	48	2.0	48	90	0	151	23	40	5	30	1.76
1627752--1628266	258	2.0	258	98	0	994	27	36	8	27	1.85
1634245--1634311	30	2.2	30	89	0	98	10	10	22	56	1.63
1634306--1634525	39	5.3	39	72	19	153	6	18	28	47	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1634315--1634525	36	5.2	36	72	22	143	6	18	27	46	1.74
1634306--1634488	45	4.1	45	79	14	218	6	16	28	48	1.72
1634300--1634490	48	4.2	48	77	17	201	6	16	28	47	1.72
1635527--1635569	20	2.2	20	91	0	68	30	0	11	58	1.34
1641906--1641993	24	3.7	24	71	6	70	50	17	11	21	1.77
1641902--1642007	48	2.2	48	82	0	122	50	16	14	19	1.79
1641951--1642007	24	2.4	25	76	8	64	45	15	19	19	1.85
1646740--1646772	17	1.9	17	100	0	66	51	18	12	18	1.76
1646714--1646804	41	2.2	41	90	0	137	49	17	14	18	1.80
1646741--1646804	17	3.4	17	72	25	56	45	18	17	18	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9