genome.fa.s8512.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008512.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111372_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1759229

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
677433--677495	3	21.3	3	77	9	67	26	1	0	71	0.95
677433--677497	33	1.9	34	87	3	96	27	1	0	70	0.96
685582--685633	27	1.9	27	92	0	86	44	15	26	13	1.84
701615--701710	38	2.5	38	89	3	140	30	26	18	25	1.98
704090--704115	13	2.0	13	100	0	52	7	7	23	61	1.49
708355--708450	38	2.5	38	94	0	165	27	28	20	23	1.99
708352--708455	21	5.3	20	67	18	67	26	27	20	25	1.99
716550--716619	34	2.1	32	86	5	95	22	30	15	31	1.95
716902--716943	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
717125--717215	31	3.0	31	96	3	168	42	17	6	32	1.75
721240--721305	21	3.2	21	80	2	80	30	16	9	43	1.79
721240--721343	42	2.5	41	83	7	129	33	15	8	42	1.77
721335--721413	37	2.1	37	88	0	113	43	21	11	24	1.85
721885--721997	57	2.0	57	87	3	165	29	15	22	33	1.94
725820--725865	25	1.9	25	86	8	69	54	4	0	41	1.20
726648--726724	33	2.4	33	91	2	120	11	7	37	42	1.70
728723--728757	18	1.9	18	88	0	52	62	5	5	25	1.40
730696--730743	15	3.2	15	84	0	69	8	18	64	8	1.46
731572--731627	9	6.0	9	95	4	94	78	0	0	21	0.75
731574--731628	10	5.7	10	97	2	96	81	0	0	18	0.68
731572--731627	19	3.0	18	92	7	94	78	0	0	21	0.75
731663--731845	91	2.0	91	100	0	366	30	4	25	40	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734579--734652	35	2.1	35	85	5	96	29	0	10	59	1.31
735616--735684	31	2.2	31	100	0	138	20	20	26	33	1.97
739235--739394	77	2.1	77	100	0	320	28	13	25	31	1.94
740190--740247	28	2.0	29	96	3	109	24	12	13	50	1.76
744876--744934	29	2.0	29	96	0	109	25	11	13	49	1.76
754018--754060	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
759617--759643	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
760053--760186	20	6.7	20	82	1	169	13	20	22	43	1.87
760178--760249	22	3.4	22	73	11	87	18	19	25	37	1.94
760199--760268	19	3.5	19	74	11	77	18	20	21	40	1.92
760051--760227	81	2.2	80	83	6	214	15	20	22	41	1.89
760159--760271	41	2.7	41	94	4	192	17	19	23	39	1.92
760793--760829	6	6.5	6	96	3	60	0	16	54	29	1.43
760928--761002	22	3.4	22	96	0	141	37	28	17	17	1.92
760994--761038	20	2.2	20	96	0	81	44	22	22	11	1.84
761014--761156	41	3.6	41	93	4	233	34	21	20	22	1.96
761037--761143	21	5.2	21	60	4	56	30	22	21	25	1.99
761297--761390	2	47.0	2	100	0	188	50	0	0	50	1.00
763871--763973	44	2.4	44	86	1	145	43	10	2	42	1.54
764438--764467	15	2.0	15	100	0	60	40	6	33	20	1.78
770040--770096	30	1.9	30	85	7	80	52	8	12	26	1.67
771599--771686	41	2.2	41	97	2	169	37	11	12	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
771855--771887	10	3.0	11	86	13	50	6	9	3	81	0.95
773398--773431	14	2.4	14	90	0	50	29	0	32	38	1.58
777189--777247	29	2.0	30	80	9	68	74	0	11	13	1.07
777523--777635	35	3.2	34	88	5	163	42	23	0	33	1.60
778654--778765	35	3.2	34	87	5	145	36	0	20	41	1.59
779452--779516	29	2.2	29	100	0	130	46	26	13	13	1.81
783150--783201	27	1.9	27	88	0	77	40	7	50	1	1.42
788478--788524	18	2.6	18	82	3	58	31	10	6	51	1.62
788743--788805	20	3.3	20	73	24	73	26	33	14	25	1.94
789853--789896	18	2.4	19	92	3	72	75	0	4	20	0.98
790888--790912	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
800444--800498	5	11.8	5	75	21	57	78	1	1	18	0.94
800442--800504	18	3.5	17	85	8	81	77	3	1	17	0.97
800445--800498	13	3.9	14	81	11	67	77	1	1	18	0.95
800444--800498	23	2.4	24	84	9	78	78	1	1	18	0.94
802863--803645	106	7.4	106	92	1	1223	22	18	25	33	1.96
802863--803635	317	2.4	318	92	1	1255	21	18	25	34	1.96
807505--807558	5	10.8	5	74	21	51	77	1	1	18	0.95
807506--807558	9	5.9	9	77	22	58	77	1	1	18	0.96
807503--807564	17	3.5	17	83	14	81	77	3	1	17	0.98
808900--808937	18	2.1	19	90	5	60	65	0	0	34	0.93
820178--820259	23	3.6	22	78	8	94	25	23	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
820156--820278	44	2.8	42	75	16	117	23	21	28	26	1.99
826056--826103	19	2.6	19	83	9	55	31	18	25	25	1.98
826073--826180	45	2.4	45	84	7	139	34	18	20	26	1.96
826121--826246	65	2.0	64	84	7	166	29	17	22	30	1.96
827177--827557	172	2.2	171	87	1	539	38	15	15	30	1.89
830805--831020	109	2.0	107	81	7	249	43	8	8	39	1.65
831191--831233	21	2.0	21	90	0	68	67	0	4	27	1.10
832047--832095	25	2.0	26	88	8	75	2	10	20	67	1.30
832494--832559	3	22.7	3	85	11	93	66	0	0	33	0.92
832897--833332	113	3.9	113	90	0	631	27	20	14	37	1.92
834152--834259	54	2.0	54	90	0	171	23	23	16	37	1.94
836109--836670	114	4.9	114	92	0	917	31	19	15	34	1.93
841099--841148	12	4.0	12	80	10	55	56	10	12	22	1.65
841096--841146	26	2.0	26	92	0	84	54	9	13	21	1.67
841100--841159	26	2.3	25	83	11	68	55	6	13	25	1.62
841206--841247	7	6.0	7	78	10	50	54	14	16	14	1.71
842707--842765	29	2.1	28	81	6	66	72	0	1	25	0.93
843262--843485	115	2.0	112	82	4	270	45	8	8	37	1.64
843657--843698	21	2.0	20	90	4	66	71	0	4	23	1.05
844515--844565	25	2.0	26	88	7	79	0	13	19	66	1.24
844962--845012	3	17.7	3	88	8	79	66	0	0	33	0.92
845876--845908	14	2.4	14	94	0	57	30	6	24	39	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
847101--847481	172	2.2	171	88	0	546	38	15	14	31	1.88
847444--847503	31	1.9	31	93	6	104	50	13	18	18	1.78
851159--851191	14	2.4	14	94	0	57	30	6	24	39	1.79
852721--852773	21	2.4	23	75	15	58	52	0	3	43	1.19
853231--853277	22	2.1	22	88	0	67	59	2	6	31	1.34
862149--862245	37	2.6	37	86	0	140	40	15	12	31	1.84
862692--862763	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
862875--862912	12	3.2	12	84	0	58	28	5	0	65	1.14
862862--862977	24	5.1	24	73	15	88	26	6	0	66	1.20
862862--862968	18	5.9	18	68	21	62	26	6	0	66	1.22
862998--863038	11	3.6	11	87	6	55	24	4	4	65	1.32
863047--863073	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
863269--863351	2	41.5	2	100	0	166	49	0	0	50	1.00
863593--863645	2	26.5	2	81	7	63	41	1	0	56	1.10
863681--863731	25	2.2	23	82	10	59	17	3	0	78	0.90
868194--868250	22	2.6	22	76	15	64	75	8	15	0	1.04
868203--868250	15	3.4	14	78	21	55	77	6	16	0	0.97
868202--868263	29	2.1	29	83	16	76	77	6	14	1	1.04
868867--868964	22	4.5	22	89	1	144	37	26	13	22	1.91
869789--871261	106	14.0	106	88	2	2091	34	25	17	22	1.96
871982--872086	37	2.8	37	86	0	147	39	14	16	30	1.88
872775--872814	11	3.6	11	93	0	62	22	5	5	67	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872771--872815	11	4.2	11	88	2	56	20	4	4	71	1.21
873312--873347	12	2.9	13	84	16	58	8	11	50	30	1.67
873312--873366	24	2.3	24	83	0	65	12	14	47	25	1.80
873465--873514	13	4.0	12	89	7	73	10	16	54	20	1.70
873525--873553	6	4.8	6	100	0	58	0	65	17	17	1.27
873878--873904	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
873927--873951	13	1.9	13	100	0	50	16	0	4	80	0.87
878194--878266	36	2.0	36	94	0	128	43	8	19	28	1.79
880073--880132	12	5.0	12	78	8	68	16	15	18	50	1.79
880036--880146	48	2.3	48	84	6	136	20	14	16	48	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9