genome.fa.s8521.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008521.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111388_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1601068

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  1  of  7  ( 737 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9095--9157	20	3.2	19	78	14	58	33	3	4	58	1.35
9077--9159	21	4.1	19	73	17	62	37	2	3	56	1.30
15961--16002	15	2.9	15	79	13	52	2	38	26	33	1.69
16438--16493	21	2.6	21	77	5	58	35	1	7	55	1.38
16720--16764	19	2.5	18	85	7	56	26	2	0	71	0.98
16832--16876	21	2.2	20	84	4	54	35	2	0	62	1.08
17023--17057	16	2.2	16	89	0	52	77	0	0	22	0.78
17343--17407	27	2.4	28	85	7	82	38	1	0	60	1.07
17854--17886	11	3.0	11	90	0	57	33	36	12	18	1.88
21797--21874	35	2.2	35	81	4	86	39	11	24	24	1.88
27348--27396	23	2.2	22	82	13	57	24	26	26	22	2.00
27353--27418	23	2.9	22	84	6	78	24	24	28	22	1.99
31221--31260	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
39224--39310	43	2.0	43	84	0	111	36	14	24	24	1.93
41666--41746	41	2.0	41	95	0	144	50	8	6	34	1.58
47048--47695	182	3.6	183	90	1	980	28	14	13	43	1.83
61478--61640	65	2.5	66	83	3	206	27	15	25	30	1.96
61588--61638	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
61482--61689	65	3.2	65	79	12	189	27	17	25	30	1.97
66204--66292	23	3.9	23	76	5	99	19	20	25	34	1.96
66191--66292	46	2.2	46	85	3	143	18	20	24	36	1.95
68330--68415	29	3.0	29	91	3	129	19	20	13	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75273--75346	29	2.5	29	88	2	112	18	21	13	45	1.84
75787--75837	19	2.7	19	100	0	102	23	21	21	33	1.97
76755--76788	13	2.7	13	90	4	52	35	0	14	50	1.44
80385--80422	20	1.9	20	88	0	58	47	5	5	42	1.48
80446--80631	22	8.5	22	88	2	248	48	8	0	43	1.32
80621--80660	12	3.6	12	83	16	59	50	0	5	45	1.23
87496--87541	24	1.9	23	82	8	56	73	4	10	10	1.22
87780--87823	23	2.0	23	86	13	65	65	2	4	27	1.23
87824--87868	20	2.1	21	84	8	56	66	0	15	17	1.25
87941--87972	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
89926--90592	105	6.4	105	97	0	1207	22	18	25	34	1.96
100821--100854	10	3.4	10	87	0	50	73	0	5	20	1.04
101863--101928	25	2.5	25	78	14	62	72	4	10	12	1.25
101923--102005	19	4.4	19	69	14	55	73	3	7	15	1.19
101978--102002	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
102166--102218	20	2.7	19	76	18	54	66	1	1	30	1.13
102167--102220	23	2.5	20	81	18	65	66	1	1	29	1.12
126290--126403	40	2.8	40	82	5	158	47	21	9	21	1.79
129566--129811	42	5.9	42	97	0	442	19	19	24	36	1.95
130426--130515	6	15.5	6	96	1	141	1	15	53	30	1.49
130612--130744	63	2.1	61	94	2	230	37	21	19	21	1.94
130675--130805	40	3.2	40	95	2	226	35	24	19	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130633--130830	82	2.4	84	81	8	255	35	23	19	21	1.96
130605--130824	21	10.7	19	75	12	152	35	22	19	22	1.96
130844--130891	21	2.3	21	88	0	69	18	18	33	29	1.95
131035--131130	3	30.7	3	76	10	77	33	4	2	60	1.27
132872--132915	23	1.9	23	85	0	61	47	4	0	47	1.22
132899--132950	2	26.5	2	92	3	88	51	0	0	48	1.00
133459--133517	16	4.5	13	76	20	52	30	1	1	66	1.12
137528--137652	7	17.7	7	96	1	232	72	0	28	0	0.86
144038--144076	17	2.3	17	95	0	69	25	15	25	33	1.95
146726--146833	57	1.9	57	96	0	198	21	18	22	37	1.94
147175--147328	54	2.9	54	79	0	164	40	16	19	23	1.91
147689--147739	20	2.5	21	87	6	77	37	13	13	35	1.85
148376--148798	45	9.6	45	87	4	623	24	23	18	34	1.96
148376--148798	130	3.2	135	87	4	632	24	23	18	34	1.96
148970--149003	3	11.0	3	87	6	50	35	0	0	64	0.94
148970--149007	13	3.0	13	88	3	51	39	0	0	60	0.97
150826--150863	2	20.0	2	84	10	53	50	0	2	47	1.15
151421--151473	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
155030--155058	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
155278--155623	134	2.6	135	88	0	507	24	17	29	28	1.97
155504--155615	40	2.7	42	78	10	113	23	19	29	27	1.98
155637--155817	98	1.9	99	82	10	232	43	13	16	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155964--156265	105	2.9	105	87	1	410	40	10	16	33	1.83
156233--156441	35	5.9	35	82	9	237	35	11	20	33	1.87
156233--156441	105	2.0	106	86	3	296	35	11	20	33	1.87
156753--156835	4	21.2	4	85	9	118	26	0	22	50	1.49
157999--158085	7	12.0	7	73	18	54	1	14	3	80	0.90
157999--158085	25	3.7	24	80	7	90	1	14	3	80	0.90
157999--158082	13	6.5	13	69	19	59	1	14	3	80	0.90
158019--158075	10	5.6	10	80	12	71	1	10	3	84	0.82
157999--158096	35	2.6	39	81	10	107	2	15	5	77	1.03
158024--158079	29	1.9	29	85	7	78	1	12	3	82	0.88
158006--158091	12	7.2	12	73	12	52	1	16	4	77	0.99
158694--158787	46	2.1	45	85	2	125	37	9	26	26	1.87
163341--163403	31	2.0	31	100	0	126	15	28	3	52	1.58
163988--164013	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
164939--165049	58	1.9	59	81	9	138	43	5	18	32	1.73
175392--175432	19	2.0	21	86	9	59	73	0	19	7	1.07
175931--175972	2	21.5	2	95	4	77	47	0	0	52	1.00
178961--179147	36	4.9	39	77	9	147	43	5	4	46	1.47
179097--179199	27	3.9	25	73	16	84	44	5	3	45	1.46
179001--179351	36	9.0	37	72	17	198	44	6	3	45	1.48
179133--179162	15	1.9	16	93	6	53	53	6	0	40	1.27
179022--179275	126	2.0	128	98	1	494	43	6	4	45	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179149--179379	36	6.2	37	77	10	177	44	6	4	44	1.50
179994--180610	84	7.4	84	78	7	677	23	21	25	30	1.99
179971--180610	165	3.9	165	96	0	1138	23	21	25	30	1.99
183915--183959	19	2.4	19	92	3	74	66	8	13	11	1.44
186964--187045	40	2.0	40	81	9	96	39	4	4	51	1.45
187004--187144	35	3.9	34	75	10	122	41	6	4	47	1.48
187095--187197	27	3.9	25	73	16	84	44	5	3	45	1.46
187131--187160	15	1.9	16	93	6	53	53	6	0	40	1.27
187024--187271	125	2.0	125	94	4	441	43	6	4	45	1.51
187147--187330	35	5.2	34	76	11	147	45	6	3	44	1.47
187203--187370	36	4.6	36	75	16	118	45	7	3	42	1.50
187582--187740	81	2.0	81	91	2	257	39	8	14	37	1.76
189875--189913	15	2.6	14	84	15	51	7	33	0	58	1.26
193765--194067	156	1.9	158	93	1	520	35	19	16	28	1.94
196656--196706	26	2.0	26	81	14	61	52	13	3	29	1.58
200615--200689	2	38.0	2	97	2	143	49	0	0	50	1.00
200728--200775	22	2.2	22	81	7	53	31	0	2	66	1.03
201103--201162	28	2.0	31	87	9	90	46	0	5	48	1.24
201419--202651	665	1.9	667	97	1	2332	42	7	5	44	1.55
205373--205403	16	2.0	15	93	6	53	35	0	0	64	0.94
206858--206971	40	2.8	40	97	1	210	39	17	14	28	1.89
207794--207859	15	4.2	16	73	11	66	78	1	3	16	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207789--207849	31	1.9	31	87	9	88	77	1	4	16	1.03
207795--207859	7	8.9	7	74	14	51	78	1	3	16	0.96
208541--208706	73	2.3	73	84	2	208	31	23	18	27	1.97
210605--210643	20	1.9	20	84	5	51	56	5	2	35	1.35
210603--210650	21	2.3	20	75	3	51	56	4	6	33	1.44
216038--216156	54	2.2	54	83	0	139	31	18	22	27	1.97
219605--219650	15	3.1	15	78	6	58	43	8	17	30	1.79
219609--219650	14	2.9	15	75	7	50	45	7	16	30	1.74
219961--220048	23	3.7	23	71	6	68	45	1	1	52	1.15
220005--220062	24	2.5	24	83	8	77	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7