genome.fa.s8522.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008522.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111390_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1416293

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1130--1157	8	3.5	8	100	0	56	50	10	0	39	1.37
11025--11049	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
11760--11955	104	1.9	104	89	0	302	34	14	19	30	1.92
12128--12156	6	4.8	6	100	0	58	65	0	34	0	0.93
12287--12337	16	3.3	16	78	10	70	66	0	0	33	0.92
12278--12339	15	4.1	15	80	12	74	62	1	0	35	1.05
13514--13538	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
14285--14318	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
15715--15752	3	12.7	3	83	10	51	63	0	0	36	0.95
15912--16423	136	3.7	136	85	3	666	25	15	24	34	1.94
19886--20047	40	4.1	40	91	0	270	24	16	25	33	1.96
20152--20331	45	4.0	45	81	3	220	41	7	22	29	1.80
20152--20331	90	2.0	89	86	3	254	41	7	22	29	1.80
22147--22212	26	2.5	26	92	0	105	25	18	27	28	1.98
22259--22296	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
22640--22683	17	2.6	17	100	0	88	20	31	0	47	1.50
24902--24974	20	3.7	20	100	0	146	20	28	24	26	1.99
28873--28912	21	1.9	21	90	10	64	32	10	5	52	1.56
29507--29537	16	1.9	16	93	0	53	6	19	12	61	1.53
30917--31008	45	2.0	46	89	2	141	27	16	25	31	1.96
31026--31063	20	1.9	20	88	0	58	23	15	28	31	1.96
36783--36962	45	4.0	45	87	3	249	41	7	20	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37470--37513	13	3.3	13	77	3	52	15	25	18	40	1.90
46427--46499	25	3.0	25	93	2	130	26	10	28	34	1.90
46800--46827	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
47128--47205	2	39.0	2	100	0	156	50	0	0	50	1.00
49807--49832	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
53629--53685	30	1.9	30	96	0	105	24	0	47	28	1.52
54197--54259	26	2.4	26	81	0	72	47	11	1	39	1.49
55022--55079	30	2.0	30	83	10	75	50	0	3	46	1.18
55533--55591	21	2.8	21	78	0	73	23	40	27	8	1.83
56549--56598	26	1.9	26	84	8	66	48	12	8	32	1.69
57774--57816	19	2.3	19	88	8	61	65	2	2	30	1.18
57791--57860	24	3.1	23	76	15	76	70	1	1	27	1.05
57800--57869	15	4.7	15	74	15	58	68	1	1	28	1.06
59395--59428	16	2.1	16	100	0	68	23	26	44	5	1.76
59584--59626	21	2.0	22	86	4	61	39	0	2	58	1.11
60342--60430	38	2.3	38	81	9	101	14	13	34	37	1.86
62794--62871	23	3.3	23	85	1	102	33	23	19	24	1.97
62878--63095	103	2.1	103	96	0	400	36	23	13	26	1.92
64668--64825	71	2.2	72	95	1	282	13	22	30	33	1.93
65620--65666	19	2.4	20	85	3	60	48	6	12	31	1.66
67120--67198	20	3.8	20	81	8	97	18	37	26	16	1.92
67116--67198	40	2.0	41	86	6	116	19	38	26	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72370--72491	56	2.2	55	86	4	165	20	9	25	44	1.82
75855--75903	21	2.3	21	100	0	98	12	24	0	63	1.29
81294--81361	34	2.0	34	100	0	136	14	14	11	58	1.63
86160--86974	210	3.8	212	90	3	1200	50	8	11	29	1.68
87003--87116	20	5.7	19	72	12	70	47	6	5	41	1.51
87158--87276	11	10.6	11	66	16	66	47	1	3	47	1.28
87103--87205	20	5.1	20	69	12	75	46	5	5	41	1.52
87134--87232	42	2.3	43	81	5	103	48	4	5	42	1.44
87201--87254	17	3.1	17	81	2	63	46	0	3	50	1.19
87326--87405	20	4.4	20	69	26	70	40	7	1	51	1.38
87311--87423	58	1.9	58	81	12	133	40	7	2	48	1.46
87357--87448	33	2.9	33	84	9	113	42	6	4	46	1.49
87467--87543	18	3.9	18	73	18	73	41	10	6	41	1.65
87514--87582	33	2.2	32	89	5	104	43	10	7	39	1.66
87522--87620	33	3.1	32	85	7	114	45	6	4	44	1.47
87573--87750	2	86.0	2	75	14	157	43	4	2	48	1.37
87823--87909	9	9.7	9	68	18	56	49	6	4	39	1.50
87794--88079	33	8.3	36	74	18	186	46	6	5	40	1.55
87819--88079	119	2.2	125	75	13	283	46	6	6	40	1.55
87923--88033	25	3.9	28	78	14	111	45	6	7	41	1.57
87818--88079	18	15.1	18	70	17	180	46	6	6	40	1.55
87821--87977	2	75.0	2	66	22	58	47	5	5	41	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88066--88132	27	2.6	26	81	9	66	55	2	2	38	1.31
88134--88268	61	2.2	61	86	5	184	48	5	11	34	1.63
89742--89806	31	2.1	31	88	0	94	23	12	18	46	1.82
91162--91206	22	2.0	22	86	0	63	13	8	15	62	1.54
91278--91313	18	2.0	18	100	0	72	16	11	16	55	1.68
91280--91319	18	2.2	18	90	0	62	22	10	15	52	1.71
91310--91354	23	2.0	23	91	4	74	31	11	22	35	1.89
91313--91369	23	2.5	23	82	2	62	28	12	22	36	1.90
92987--93044	27	2.1	27	100	0	116	31	20	27	20	1.98
95793--95846	22	2.6	20	80	11	63	33	14	25	25	1.95
95719--95942	95	2.4	95	84	0	286	31	16	26	25	1.97
96494--96626	34	3.6	34	73	20	122	37	11	21	30	1.88
96385--96671	79	3.6	79	90	0	441	36	11	22	28	1.90
96528--96716	45	4.4	45	79	14	220	33	11	25	29	1.90
96385--96671	157	1.8	158	89	0	450	36	11	22	28	1.90
96528--96795	124	2.2	124	89	2	396	34	12	23	29	1.91
96655--96809	79	2.0	79	86	7	217	36	12	22	27	1.91
97105--97165	29	2.1	29	87	0	86	45	4	22	26	1.72
105458--105504	20	2.3	21	79	17	55	70	2	0	27	0.99
105506--105569	24	2.9	23	76	19	73	48	6	3	42	1.44
105514--105569	22	2.5	22	82	0	67	44	5	3	46	1.43
105547--105833	35	7.9	35	81	6	279	43	10	2	43	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105592--105789	108	1.8	108	93	0	342	42	10	3	43	1.54
114107--114160	24	2.2	24	90	0	81	16	16	33	33	1.92
115360--115420	21	3.1	21	90	9	94	8	31	13	47	1.71
115368--115427	17	3.3	17	90	9	84	6	33	11	48	1.66
119280--119341	22	2.9	20	72	11	52	50	4	12	32	1.62
120773--120826	21	2.6	21	100	0	108	18	7	27	46	1.76
121224--121259	18	1.9	19	88	5	56	25	2	8	63	1.36
124737--124827	24	3.8	24	82	2	121	26	15	19	38	1.92
124905--124979	35	2.1	35	95	0	132	10	29	26	33	1.90
127433--127480	20	2.4	20	79	6	53	35	16	12	35	1.87
129813--129865	20	2.7	20	90	0	79	30	20	13	35	1.91
131933--131960	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
132152--132266	60	1.9	60	81	0	140	33	16	6	44	1.72
132485--132631	60	2.5	59	80	8	147	41	6	17	34	1.75
132769--132803	18	1.9	18	88	0	52	60	0	2	37	1.12
132912--132988	3	25.7	3	100	0	154	33	0	0	66	0.92
138557--138678	43	2.8	43	97	0	226	31	31	14	21	1.93
138720--138926	111	1.9	111	89	2	326	35	24	18	22	1.96
139157--139226	21	3.7	20	67	23	60	24	20	15	40	1.91
139097--139237	36	3.9	36	92	0	228	23	23	15	37	1.93
139223--139309	34	2.8	30	79	16	95	36	20	10	32	1.87
139628--139695	5	13.4	5	96	3	127	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143546--143584	20	2.0	20	89	0	60	48	23	0	28	1.51
144192--144245	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
147658--147756	22	4.6	21	79	6	92	30	16	26	27	1.96
153514--153639	54	2.3	54	87	1	171	24	19	23	32	1.98
154829--154879	19	2.7	19	93	0	84	29	23	21	25	1.99
154907--154981	21	3.6	21	92	0	123	29	25	22	22	1.99
154996--155174	21	8.5	21	75	14	154	25	20	23	30	1.98
154965--155126	83	2.0	83	83	9	206	27	19	24	29	1.98
155010--155174	62	2.6	62	83	10	192	24	21	22	30	1.99
155131--155185	21	2.6	21	76	0	65	32	25	18	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8