genome.fa.s8522.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008522.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111390_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1416293

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760010--760334	172	1.9	172	82	6	417	30	18	16	34	1.93
764116--764185	31	2.3	31	89	0	104	27	28	5	38	1.79
765179--765394	112	1.9	112	86	5	312	40	17	12	30	1.85
766053--766101	2	26.0	2	80	12	50	51	2	2	44	1.24
767554--767597	3	14.3	3	85	4	52	59	0	0	40	0.98
768178--768228	2	26.0	2	96	4	95	49	0	0	50	1.00
768226--768250	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
770129--770185	18	3.3	17	72	18	55	66	1	1	29	1.12
770103--770185	34	2.4	35	87	6	123	67	2	2	27	1.16
770530--770565	18	1.9	19	88	5	56	69	5	11	13	1.34
772139--772478	130	2.6	131	83	2	425	40	17	10	31	1.84
773551--773626	11	6.7	11	74	5	62	30	25	21	23	1.99
773551--773615	23	2.9	22	81	4	76	29	24	23	23	1.99
773563--773632	34	2.1	34	100	0	140	28	27	20	24	1.99
773858--773928	16	4.6	16	82	3	92	14	11	15	59	1.62
774860--774955	43	2.2	44	90	1	158	31	22	15	30	1.95
776059--776134	31	2.5	31	88	0	116	15	26	27	30	1.96
782823--782873	24	2.1	24	81	0	57	27	5	17	49	1.70
783326--783370	19	2.4	19	92	0	72	33	24	24	17	1.96
784238--784290	19	2.6	21	77	14	65	30	16	32	20	1.95
784845--785025	31	5.8	31	92	0	281	29	17	19	34	1.94
784845--785025	93	1.9	93	94	0	317	29	17	19	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797288--797339	23	2.3	23	80	6	72	21	40	21	17	1.91
801425--801644	31	7.1	31	89	0	323	28	16	19	35	1.94
806989--807059	3	23.7	3	77	5	54	57	0	2	39	1.13
806989--807059	12	6.2	12	73	14	60	57	0	2	39	1.13
806989--807059	27	2.6	27	80	10	81	57	0	2	39	1.13
807250--808084	134	6.2	133	83	4	935	29	15	22	33	1.94
807250--808072	402	2.0	402	83	2	1035	29	15	21	32	1.94
809296--809440	10	13.8	10	71	17	98	4	17	0	77	0.93
809262--809444	69	2.7	65	79	12	167	6	18	0	75	1.01
809331--809440	38	3.1	34	75	23	93	3	17	0	79	0.88
809254--809404	6	24.8	6	70	19	84	5	17	0	76	0.96
809258--809419	41	4.0	41	78	16	128	5	17	0	76	0.97
812103--812138	16	2.2	16	100	0	72	16	41	8	33	1.78
814340--814407	20	3.4	19	77	16	75	20	32	29	17	1.96
814340--814420	20	4.1	19	76	17	67	20	35	25	17	1.95
814340--814420	40	2.0	40	81	9	94	20	35	25	17	1.95
814769--814837	34	2.1	31	86	7	93	31	13	30	24	1.93
816906--816968	20	3.2	20	86	4	92	22	36	26	14	1.92
817317--817387	34	2.2	32	89	5	106	32	15	30	21	1.94
822326--822376	22	2.5	20	81	12	59	25	7	7	58	1.53
827290--827520	76	3.1	76	78	6	238	33	15	9	41	1.80
827371--827551	76	2.4	74	81	7	199	34	13	12	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827523--827883	39	9.3	39	87	0	470	29	19	16	34	1.94
827917--828007	42	2.2	42	82	4	103	29	16	19	34	1.94
828395--828433	20	2.0	19	85	5	51	23	15	15	46	1.83
829005--829103	50	2.0	50	93	0	171	33	16	22	28	1.95
829055--829334	133	2.1	129	84	2	371	30	18	22	28	1.97
832277--832310	17	2.0	17	100	0	68	17	17	41	23	1.90
834654--834699	3	14.7	3	91	8	74	36	0	0	63	0.95
836862--836906	2	23.5	2	91	8	76	48	0	0	51	1.00
844192--844499	125	2.5	125	84	1	375	35	16	24	23	1.94
845225--845436	36	6.0	35	82	6	205	34	20	20	23	1.96
845245--845453	71	2.9	70	79	7	224	34	20	20	23	1.96
845602--845792	83	2.3	83	89	0	292	27	19	21	31	1.98
845602--845786	42	4.5	42	74	4	160	26	20	21	31	1.98
845906--846055	42	3.6	41	73	13	144	24	22	20	33	1.97
845440--846272	299	2.8	300	89	1	1211	33	15	19	32	1.93
845948--846073	41	3.0	40	73	6	135	26	19	22	31	1.98
845901--846073	83	2.1	83	93	2	294	27	19	21	31	1.97
846218--846386	78	2.2	78	80	7	175	30	20	18	29	1.97
846338--846451	37	3.1	37	91	1	185	35	21	18	23	1.95
846632--846689	3	18.7	3	92	7	98	36	0	0	63	0.94
850436--850537	45	2.2	47	81	6	120	28	7	20	43	1.80
856327--856654	125	2.6	125	87	0	451	33	15	26	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857381--857591	36	6.0	35	79	8	180	36	19	19	24	1.95
857407--857608	107	1.9	108	86	9	297	35	19	19	24	1.95
857374--857608	71	3.3	72	79	7	246	34	20	19	25	1.96
857753--857937	42	4.5	42	79	2	212	24	22	22	30	1.99
857753--857937	83	2.2	83	98	0	352	24	22	22	30	1.99
857596--858152	298	1.9	298	92	1	938	32	16	19	31	1.94
857836--858321	215	2.3	215	88	1	722	32	16	19	31	1.94
858403--858516	37	3.1	37	88	1	176	36	21	16	24	1.94
858702--858735	3	10.7	3	87	12	50	38	0	0	61	0.96
862113--862160	21	2.3	20	85	7	60	58	10	6	25	1.54
863054--863116	26	2.4	26	97	0	117	44	6	7	41	1.59
865178--865211	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
869475--869521	22	2.1	23	92	4	78	36	0	0	63	0.94
870040--870313	138	2.0	139	96	0	505	17	12	22	47	1.80
870898--871292	131	3.0	130	87	2	571	39	15	11	32	1.84
873477--873524	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
873744--874059	133	2.4	133	83	3	393	31	18	19	31	1.96
876817--876867	3	17.3	3	85	4	59	56	1	0	41	1.10
876830--876876	24	2.0	24	95	0	85	53	2	0	44	1.12
876806--876858	17	3.3	15	77	15	52	50	1	0	47	1.12
876806--876861	18	3.2	18	87	7	80	51	1	0	46	1.11
877043--877174	45	2.9	45	86	0	183	30	17	24	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
877146--877301	74	2.1	74	90	2	242	32	19	19	28	1.97
877263--878294	45	23.0	45	90	1	1550	33	19	23	23	1.97
877263--878294	314	3.3	313	91	1	1602	33	19	23	23	1.97
879369--879528	55	2.9	55	80	6	209	23	24	15	36	1.93
879366--879528	54	3.0	54	81	6	204	23	23	15	37	1.93
882747--882928	72	2.5	72	81	1	258	34	18	20	26	1.96
885047--885085	13	2.7	15	88	11	55	58	10	17	12	1.61
885047--885089	8	6.1	7	84	15	54	55	11	18	13	1.68
887950--888029	2	41.5	2	92	7	139	51	0	0	48	1.00
888029--888056	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
888908--888967	26	2.3	26	97	0	111	33	25	13	28	1.93
889724--889771	3	16.3	3	82	4	53	58	4	0	37	1.18
889731--889780	24	2.1	24	92	0	82	54	4	0	42	1.19
890184--890234	23	2.2	23	89	0	75	9	11	0	78	0.97
893355--893462	41	2.6	40	80	7	117	29	22	21	26	1.99
893426--893462	19	1.9	19	88	0	56	29	24	18	27	1.98
893833--893918	41	2.1	41	86	2	118	36	18	19	25	1.95
893305--895534	240	9.3	240	85	3	2830	35	16	15	32	1.90
898818--898848	3	10.7	3	93	6	55	0	35	0	64	0.94
901599--901861	131	2.0	132	97	2	503	41	12	11	34	1.79
907070--907141	25	3.0	24	86	8	101	4	11	41	43	1.59
907202--907261	3	20.3	3	77	16	63	61	1	0	36	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
917010--917066	27	2.1	27	90	0	87	24	35	0	40	1.56
918820--918868	24	2.0	24	88	0	71	28	18	24	28	1.98
925382--925473	14	6.6	14	70	14	55	28	27	17	27	1.98
925383--925445	28	2.2	28	91	0	99	30	23	17	28	1.97
925475--925516	14	3.0	14	82	10	50	19	21	16	42	1.89
929033--929158	62	2.0	62	100	0	252	33	19	26	21	1.97
932797--932850	27	2.0	27	100	0	108	37	14	29	18	1.91
933241--933266	11	2.4	11	100	0	52	7	7	7	76	1.15
935311--935418	49	2.2	49	96	0	198	25	19	29	25	1.98
936127--936254	2	63.0	2	66	22	54	46	6	3	42	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8