genome.fa.s8522.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008522.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111390_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1416293

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155908--155991	42	2.0	40	86	11	116	35	19	21	23	1.96
155908--155972	21	3.1	21	79	12	80	35	20	21	23	1.96
155936--155991	21	2.8	20	78	10	69	35	19	21	23	1.96
170840--170865	11	2.4	11	100	0	52	23	0	7	69	1.14
172573--172740	83	2.0	83	98	0	327	35	5	27	30	1.81
173963--174023	20	3.1	19	71	13	52	54	13	14	18	1.72
173765--174237	181	2.6	182	88	1	682	42	13	16	26	1.86
174167--174209	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
176426--176469	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
178361--178409	19	2.6	19	90	0	71	32	2	10	55	1.45
178544--179680	200	5.7	200	97	0	2100	36	14	17	31	1.90
181144--181237	6	15.7	6	84	0	89	39	6	32	21	1.79
181144--181237	12	7.8	12	87	0	107	39	6	32	21	1.79
181161--181241	15	5.4	15	83	0	90	38	4	33	23	1.76
181144--181237	18	5.2	18	82	0	98	39	6	32	21	1.79
182435--182468	16	2.1	16	88	0	50	47	8	20	23	1.78
182830--182902	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
183281--183773	183	2.7	183	96	0	898	34	15	17	33	1.91
186190--186301	25	4.8	24	75	22	87	41	10	10	36	1.75
186646--186718	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
187076--187148	23	3.2	23	80	0	83	34	4	20	41	1.72
186442--188170	430	4.0	430	97	0	3194	40	7	12	39	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187506--187578	23	3.2	23	84	0	92	35	4	20	39	1.72
187937--188009	23	3.2	23	88	0	110	35	5	20	38	1.76
189125--189164	17	2.4	17	95	0	71	5	50	0	45	1.23
193468--193775	53	5.8	53	85	1	375	23	24	20	31	1.98
194148--194520	42	9.1	42	70	14	217	30	24	17	27	1.98
194303--194374	20	3.5	20	75	14	74	29	26	22	22	1.99
194133--194361	122	1.9	120	87	3	334	30	24	18	27	1.98
194321--194654	135	2.6	122	82	11	434	28	23	18	28	1.98
194158--194527	164	2.3	164	91	1	582	29	24	18	27	1.98
194188--194484	80	3.7	80	75	8	312	29	23	17	28	1.97
194443--194519	22	3.6	21	71	15	68	31	23	19	25	1.98
194467--194527	20	3.0	20	71	17	61	29	24	22	22	1.99
194279--194673	42	9.3	42	73	12	268	28	23	19	28	1.98
194393--194662	135	2.0	135	91	0	441	27	22	19	30	1.98
205316--205357	12	3.5	12	90	0	66	11	16	50	21	1.77
205355--205467	28	4.5	25	80	13	74	46	0	0	53	1.00
205409--205486	2	39.5	2	97	2	149	50	0	0	50	1.00
205983--206021	20	2.0	20	89	0	60	56	0	0	43	0.99
206160--206185	8	3.2	8	100	0	52	15	26	23	34	1.94
207016--207053	20	1.9	20	94	0	67	10	26	21	42	1.85
207359--207405	14	3.5	14	88	11	80	40	0	0	59	0.97
207359--207416	26	2.2	26	96	0	107	37	1	0	60	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207368--207416	12	3.9	12	82	10	62	36	2	0	61	1.08
207532--207562	16	2.0	15	93	6	53	48	0	0	51	1.00
209024--209057	5	6.4	5	87	12	50	76	0	2	20	0.92
210263--210325	26	2.4	25	82	15	67	73	1	3	22	1.07
212659--212704	22	2.1	22	91	0	74	45	6	36	10	1.65
217634--217778	2	72.5	2	98	0	272	51	0	0	48	1.00
217762--217934	36	4.7	36	82	5	202	42	8	4	45	1.54
217766--217954	75	2.7	69	81	13	221	41	7	4	46	1.52
217898--217955	26	2.3	26	93	3	100	39	6	3	50	1.46
217901--217968	26	2.6	26	85	2	91	41	7	4	47	1.51
218038--218066	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
218480--218597	16	7.4	16	85	0	164	16	26	14	42	1.87
218483--218597	32	3.6	32	97	0	212	16	25	14	43	1.86
218490--218624	64	2.1	64	83	2	164	21	24	14	39	1.91
218866--218912	14	3.7	14	71	26	50	44	0	4	51	1.21
218865--218914	23	2.1	24	96	3	93	48	0	4	48	1.20
219077--219140	14	4.6	14	84	3	76	20	0	28	51	1.47
219215--219251	15	2.4	15	90	4	56	40	0	5	54	1.24
219618--219688	14	5.1	14	79	3	63	23	0	26	49	1.51
219763--219792	13	2.3	13	100	0	60	40	0	6	53	1.27
219773--219823	20	2.4	21	74	9	59	41	7	5	45	1.57
218999--220791	546	3.3	546	95	1	3262	35	8	12	43	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220164--220201	14	2.7	14	91	0	58	18	0	26	55	1.43
220309--220338	13	2.3	13	100	0	60	40	0	6	53	1.27
220319--220369	20	2.4	21	74	9	59	41	7	5	45	1.57
220704--220780	41	1.9	40	86	2	109	24	0	24	50	1.49
220826--220887	3	21.0	3	87	9	92	33	0	0	66	0.92
228110--228152	4	11.2	4	85	9	63	51	23	0	25	1.49
228515--228656	36	4.0	36	74	11	141	29	21	12	36	1.90
228515--228649	71	1.9	72	83	4	175	31	21	13	34	1.92
228616--228813	105	1.9	106	86	3	283	30	19	10	39	1.85
229144--229301	29	5.5	29	93	1	255	30	9	15	44	1.78
229312--229415	52	2.0	54	92	3	176	32	14	17	35	1.90
229403--229667	30	8.1	30	68	17	154	32	11	12	43	1.79
229420--229743	67	4.9	67	97	1	580	31	12	11	44	1.78
230570--230665	28	3.3	28	83	13	99	26	14	13	45	1.82
230584--230665	28	2.9	27	82	13	103	24	14	14	46	1.82
230678--231041	43	8.5	45	70	13	189	26	30	19	23	1.98
230694--231014	130	2.5	129	91	2	500	26	29	19	24	1.98
231213--231271	3	20.0	3	86	10	86	33	0	0	66	0.92
233852--233888	15	2.4	15	95	4	65	40	2	5	51	1.39
234233--234303	14	5.1	14	75	3	54	21	1	28	49	1.58
234227--234303	41	1.9	40	84	7	102	23	1	25	49	1.58
234378--234407	13	2.3	13	100	0	60	40	0	6	53	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234388--234438	20	2.4	21	74	9	59	41	7	5	45	1.57
234436--234462	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
234436--234478	13	3.1	14	86	6	52	55	0	2	41	1.12
233782--235941	521	4.1	537	91	4	3399	35	8	12	43	1.73
234800--234832	14	2.4	14	85	5	50	27	0	27	45	1.54
234923--234959	15	2.4	17	82	17	53	43	10	2	43	1.53
234955--234999	15	3.1	15	84	12	58	57	0	0	42	0.98
235304--235362	28	2.1	28	87	0	82	23	0	23	52	1.47
235317--235362	14	3.3	14	81	0	56	23	0	26	50	1.50
235359--235453	49	2.0	49	87	2	138	34	7	7	50	1.58
235437--235473	15	2.4	15	95	4	65	40	2	5	51	1.39
235930--235956	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
235988--236014	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
235988--236030	13	3.1	14	86	6	52	55	0	2	41	1.12
236129--236159	14	2.2	14	94	0	53	16	0	29	54	1.42
238604--238711	39	2.8	39	85	1	128	39	12	0	46	1.49
238707--238768	26	2.4	25	76	10	63	30	4	1	62	1.25
238755--238786	16	1.9	17	93	6	57	34	3	0	62	1.11
241716--241760	12	3.8	12	81	0	54	44	20	15	20	1.87
247272--247310	20	2.0	20	100	0	78	30	12	20	35	1.90
249201--249514	173	1.8	172	83	6	420	35	18	14	30	1.91
251626--251668	17	2.6	17	75	17	54	37	2	2	58	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251889--251929	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
252269--252352	3	27.7	3	76	7	80	35	0	0	64	0.94
259244--259401	11	14.3	11	73	16	98	75	1	18	5	1.05
259240--259393	15	9.9	15	70	20	88	75	1	18	4	1.05
259240--259401	25	6.2	25	70	22	93	75	1	18	4	1.05
261809--261916	42	2.6	41	79	5	110	26	25	17	29	1.98
262049--262144	42	2.3	41	80	5	104	29	20	19	30	1.97
261804--262237	233	1.9	233	87	1	647	33	16	18	31	1.93
262655--263038	134	2.9	128	81	6	405	32	22	13	31	1.92
263248--263318	3	23.7	3	80	5	72	38	1	1	59	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8