genome.fa.s8532.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008532.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111410_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  857509

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179204--179275	30	2.4	31	85	2	92	36	22	5	36	1.78
180859--180897	20	2.0	20	89	0	60	33	12	23	30	1.92
182241--182282	18	2.3	19	79	4	50	30	30	4	33	1.78
186933--188075	571	2.0	571	99	0	2268	28	21	22	28	1.99
189359--189392	13	2.7	12	90	9	50	88	0	11	0	0.52
189998--190035	20	1.9	20	88	0	58	34	10	23	31	1.89
198558--198596	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
201237--201261	13	1.9	13	100	0	50	4	24	0	72	1.02
201226--201361	35	3.8	35	80	9	125	3	19	0	77	0.92
201226--201367	36	3.8	37	78	7	135	3	19	0	77	0.91
201261--201374	19	6.0	18	74	15	70	4	15	0	78	0.95
201261--201373	6	18.3	6	77	17	90	3	15	0	79	0.91
203964--204498	45	11.9	45	95	0	921	31	22	6	39	1.80
204601--204710	40	2.8	40	91	0	184	35	26	14	23	1.93
205031--205076	24	1.9	24	90	0	74	43	15	6	34	1.72
208240--208309	31	2.3	31	100	0	140	48	17	10	24	1.77
216737--216834	51	1.9	51	93	0	169	31	11	8	48	1.68
216787--216988	63	3.1	67	78	9	261	27	11	11	49	1.74
218937--218981	14	3.2	14	81	9	56	66	2	0	31	1.04
220639--220691	11	4.5	11	80	15	52	79	0	1	18	0.83
220639--220698	14	4.4	14	71	14	54	78	0	1	20	0.84
220642--220680	19	2.1	19	85	0	51	82	0	2	15	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220658--220694	11	3.4	11	88	0	56	81	0	0	18	0.70
220686--220724	16	2.4	17	86	4	53	64	2	10	23	1.37
220723--220770	24	2.0	24	96	4	89	66	0	12	20	1.24
220776--220816	22	1.9	21	85	5	55	78	0	9	12	0.98
222112--222323	36	5.9	35	80	14	197	42	9	2	44	1.51
222184--222432	36	6.6	38	74	16	135	43	9	2	44	1.50
230680--230713	16	2.1	16	94	0	59	23	29	11	35	1.90
231520--231561	21	2.0	21	95	0	75	35	16	4	42	1.69
234031--234065	4	8.8	4	100	0	70	74	0	0	25	0.82
236568--236630	27	2.4	27	94	2	110	44	3	6	46	1.45
236568--236627	26	2.3	25	86	8	84	45	3	6	45	1.46
237116--237158	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
237638--237667	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
238148--238180	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
250136--250175	20	2.0	20	85	0	53	0	67	2	30	1.04
252746--252850	37	2.8	37	82	2	131	40	15	14	30	1.87
253318--253406	19	4.6	19	69	20	60	32	4	2	60	1.29
253616--253666	18	2.6	19	79	11	59	29	3	3	62	1.31
254858--254894	19	1.9	19	89	10	58	8	24	0	67	1.17
258329--258405	16	4.8	15	72	24	59	77	9	10	2	1.07
258324--258380	9	6.8	8	76	15	53	78	7	12	1	1.01
259182--259258	22	3.5	22	89	0	118	36	28	12	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260060--261858	106	17.0	106	91	1	2734	33	24	18	23	1.96
262581--262685	37	2.8	37	83	0	138	39	15	14	31	1.87
263177--263242	21	3.2	22	73	14	61	28	3	3	65	1.23
263211--263248	19	2.0	19	85	10	51	34	2	0	63	1.09
263454--263517	18	3.6	17	77	8	58	25	4	3	67	1.25
263453--263505	18	2.8	18	77	11	61	26	3	3	66	1.26
263527--263551	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
263574--263606	12	2.8	12	100	0	66	9	12	0	78	0.95
274062--274107	13	3.6	12	83	13	56	78	2	6	13	1.04
274076--274640	4	137.5	4	67	24	77	71	1	7	19	1.18
274087--274350	5	53.8	5	66	23	68	72	1	6	19	1.15
274058--274121	31	2.1	31	88	5	94	76	1	9	12	1.08
274219--274351	31	4.1	33	76	13	123	75	2	6	15	1.09
274086--274403	164	1.9	167	81	10	386	70	1	6	21	1.17
274230--274351	47	2.5	50	80	12	139	76	2	6	14	1.10
274144--274630	185	2.7	178	75	15	500	71	1	6	20	1.17
274433--274546	30	3.8	31	79	12	96	76	1	7	14	1.08
274442--274632	32	5.6	33	66	22	85	73	1	7	17	1.11
274436--274547	15	7.6	15	71	21	76	76	1	6	15	1.06
274217--274547	58	5.4	60	70	17	155	72	2	6	18	1.17
274527--274640	50	2.3	49	83	13	135	71	0	6	21	1.14
275790--275855	2	34.0	2	85	11	93	51	1	0	46	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276873--276938	30	2.2	30	84	12	84	57	1	3	37	1.23
280112--280533	134	3.1	134	86	2	605	29	14	23	32	1.95
281696--281784	7	12.9	7	74	12	69	6	12	0	80	0.88
281701--281772	19	3.6	19	77	20	67	5	11	0	83	0.80
281687--281772	29	3.0	28	84	8	93	6	10	1	81	0.93
281702--281784	13	6.2	13	75	18	73	6	12	0	81	0.85
281699--281773	32	2.2	33	81	11	91	6	10	0	82	0.83
281750--281787	18	2.1	18	95	0	67	10	7	0	81	0.87
285267--285316	22	2.4	20	78	15	57	68	0	10	22	1.19
294743--294782	3	13.3	3	94	0	71	65	0	0	35	0.93
294955--294986	5	6.6	5	92	7	57	18	43	21	15	1.87
295906--295946	21	2.0	21	90	0	64	26	24	17	31	1.97
295927--295958	16	2.0	16	93	0	55	21	18	18	40	1.91
295982--296015	17	2.1	17	88	5	52	32	17	17	32	1.94
302934--303236	149	2.0	149	97	0	570	36	13	16	33	1.87
305272--305338	29	2.3	30	79	7	75	46	0	0	53	1.00
305305--305358	28	1.9	28	92	0	90	38	0	0	61	0.96
307237--307299	11	5.9	11	69	14	51	55	3	1	39	1.25
315074--315133	30	2.0	30	83	0	75	23	11	21	43	1.85
316498--316536	16	2.4	16	82	0	51	74	0	2	23	0.94
322755--322783	14	2.0	15	93	6	51	41	6	20	31	1.79
326223--326254	16	2.0	16	100	0	64	18	12	25	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
327535--327657	60	2.0	60	83	6	151	32	21	1	43	1.63
327558--327718	60	2.7	60	78	12	143	34	19	3	42	1.67
334418--334581	41	4.0	41	74	5	138	35	15	16	31	1.91
334680--334840	82	2.0	82	82	7	202	37	16	14	31	1.89
334683--334849	41	4.1	41	78	9	153	35	16	16	32	1.91
337125--337168	21	2.1	21	86	0	61	36	11	13	38	1.81
343496--344378	441	2.0	431	89	8	1358	27	19	17	35	1.94
344449--344570	62	2.0	61	93	1	208	36	9	21	32	1.85
348499--348553	28	2.0	28	86	13	78	25	16	7	50	1.70
349788--349878	43	2.1	44	85	2	121	29	19	17	32	1.95
350100--350158	21	2.8	21	84	0	82	50	22	5	22	1.68
353060--353495	41	10.6	40	71	11	178	35	16	16	31	1.91
353338--353484	41	3.6	40	87	2	195	34	16	19	29	1.94
353338--353495	82	1.9	81	85	3	219	33	16	19	30	1.94
356939--356984	21	2.2	21	88	0	65	34	17	13	34	1.88
359442--359540	42	2.3	42	82	5	119	37	20	16	26	1.93
368945--369026	42	2.0	42	85	2	112	30	12	18	39	1.87
368955--369041	42	2.1	42	80	4	95	28	16	17	37	1.91
369375--369432	21	2.8	20	86	5	71	50	24	5	20	1.69
370707--370842	69	2.0	67	89	2	209	42	5	34	16	1.73
370913--371022	41	2.7	41	76	8	116	34	18	17	30	1.94
371121--371288	82	2.0	82	84	6	216	31	16	18	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
371121--371288	41	4.1	41	80	4	187	31	16	18	33	1.93
373002--373053	21	2.4	21	87	3	68	38	15	13	32	1.86
374266--374304	19	2.0	20	85	5	53	41	0	2	56	1.13
374457--374515	12	4.9	12	71	22	52	42	0	5	52	1.23
374443--374518	24	3.2	25	75	17	72	44	1	5	48	1.33
375073--375207	68	2.0	67	87	8	195	42	6	34	15	1.73
375248--375385	41	3.4	41	81	5	154	35	18	15	30	1.92
376173--376198	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
380438--380537	49	2.0	50	98	1	193	30	18	17	35	1.93
381696--381742	21	2.3	21	81	3	51	34	17	12	36	1.87

Tables:   1   2   3   4   5