genome.fa.s8594.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008594.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111543_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1173925

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2860--2929	35	2.0	35	100	0	140	45	11	20	22	1.82
2918--2985	32	2.1	32	97	0	127	26	7	39	26	1.82
13038--13226	96	2.0	96	80	4	211	41	17	11	29	1.85
13760--13786	11	2.5	11	100	0	54	18	14	0	66	1.25
15204--15240	14	2.6	14	91	4	56	18	13	32	35	1.90
24951--25003	21	2.6	20	88	5	79	24	16	7	50	1.71
31161--31213	21	2.6	21	93	3	90	24	16	5	52	1.65
32380--32420	21	2.0	21	90	9	66	36	4	9	48	1.58
35721--35793	20	3.6	20	92	1	110	38	16	20	24	1.93
41406--41451	23	2.0	23	91	0	74	34	23	26	15	1.94
41535--41581	15	3.1	15	75	19	53	31	19	10	38	1.86
41556--41630	14	5.1	14	72	13	53	33	21	10	34	1.88
51181--51251	34	2.1	34	84	7	92	22	26	15	35	1.94
51645--51765	21	5.7	21	76	12	106	24	19	33	21	1.97
51639--51761	42	2.9	41	81	14	135	26	17	34	21	1.95
54044--54109	34	2.0	33	85	8	89	22	25	16	34	1.95
54530--54650	21	5.7	21	81	8	147	23	19	35	21	1.96
55559--55739	64	2.8	63	83	3	218	27	16	26	29	1.97
55687--55737	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
55580--55739	65	2.5	65	86	3	216	27	15	26	30	1.96
55581--55788	65	3.2	64	79	14	196	27	16	25	31	1.96
64142--64322	64	2.8	63	82	3	209	27	16	26	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64270--64308	19	2.1	19	95	0	69	25	15	38	20	1.92
64163--64322	65	2.5	65	85	3	207	27	15	26	30	1.96
65920--65957	12	3.5	11	82	10	51	34	0	7	57	1.28
69071--69110	20	1.9	21	85	10	55	70	2	5	22	1.19
71189--71362	50	3.5	49	81	3	213	28	9	21	40	1.85
71187--71375	100	1.9	100	84	2	254	28	8	22	40	1.84
72342--72399	30	1.9	30	86	6	82	41	1	0	56	1.09
72489--72529	18	2.3	18	88	12	59	36	7	0	56	1.27
76033--76091	14	4.3	14	77	12	59	62	11	0	25	1.29
76550--76639	21	4.3	21	84	0	117	22	14	34	28	1.93
76550--76639	42	2.1	42	97	0	171	22	14	34	28	1.93
76570--76669	42	2.4	42	86	0	128	23	15	35	27	1.94
77198--77254	22	2.4	24	80	8	64	56	3	0	40	1.17
82065--82389	111	2.9	111	97	0	614	44	12	7	36	1.69
82686--82796	50	2.2	50	78	0	123	24	28	30	16	1.96
83992--84031	18	2.2	18	91	8	64	72	0	2	25	0.97
90927--91033	31	3.3	31	67	12	88	39	7	9	43	1.65
90927--91058	67	2.0	67	92	0	219	38	7	10	43	1.68
92037--92121	36	2.3	37	75	17	95	45	1	3	49	1.26
92355--92460	52	2.0	52	100	0	212	33	7	7	50	1.59
92896--93032	72	1.9	72	87	3	204	26	16	17	40	1.90
93567--93625	23	2.6	23	91	0	91	38	8	18	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93539--93701	87	1.9	87	94	0	290	39	11	15	33	1.83
98648--99744	4	277.2	4	97	2	2094	49	24	0	25	1.50
100939--101004	33	2.0	33	90	0	105	24	45	0	30	1.53
101038--101081	21	2.1	21	91	0	70	15	31	11	40	1.83
101166--101194	15	1.9	15	100	0	58	13	55	6	24	1.63
103331--103384	20	2.8	20	97	2	101	20	14	14	50	1.78
110611--110831	30	7.2	30	74	9	153	19	12	9	58	1.60
114786--114830	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
116661--116783	66	1.9	66	88	5	189	26	15	13	43	1.84
116725--116797	28	2.5	28	80	4	83	26	15	15	43	1.85
116827--117065	43	5.6	42	72	12	166	25	31	17	24	1.97
116824--116935	40	2.7	40	79	9	118	25	33	17	22	1.96
116832--117160	130	2.5	131	84	4	412	25	31	17	24	1.97
117088--117200	43	2.7	41	76	9	113	26	28	17	27	1.98
117364--117392	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
119037--119096	29	2.0	30	93	3	104	18	15	3	63	1.44
119045--119128	29	2.9	28	79	10	80	19	7	4	69	1.31
121797--121826	14	2.1	14	100	0	60	40	0	40	20	1.52
126784--126818	4	8.5	4	93	6	61	25	0	0	74	0.82
127995--128027	10	3.3	10	95	0	57	30	42	0	27	1.56
135109--135437	164	2.0	164	87	2	473	38	11	22	27	1.88
137870--138205	83	4.1	82	82	2	377	28	19	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138154--138256	54	1.9	54	85	0	143	31	17	17	33	1.93
138208--138389	83	2.2	83	86	1	256	34	18	15	31	1.92
141937--141981	21	2.1	21	88	8	65	57	20	2	20	1.51
144660--144931	45	6.0	45	85	6	304	30	20	9	39	1.84
144663--144931	90	3.0	90	86	5	375	30	20	9	39	1.84
144671--144931	135	1.9	136	86	3	375	29	20	9	39	1.84
144668--144972	90	3.4	90	81	4	348	29	21	9	39	1.85
148413--148449	17	2.2	17	90	0	56	67	0	0	32	0.91
150420--150468	18	2.7	18	96	0	89	30	28	24	16	1.96
154768--154802	18	1.9	18	94	0	61	31	34	20	14	1.92
160924--160991	32	2.1	32	100	0	136	35	17	17	29	1.93
161824--162146	161	2.0	161	96	1	603	39	29	12	18	1.87
185316--185345	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
190058--190098	22	2.0	22	85	9	59	41	7	9	41	1.66
190156--190200	23	1.9	24	86	13	67	55	8	0	35	1.31
190155--190239	28	3.4	25	75	12	84	60	4	1	34	1.25
190179--190245	5	13.0	5	75	20	59	61	1	1	35	1.15
190155--190245	13	7.1	13	73	22	52	59	4	1	35	1.25
205423--205469	19	2.5	19	96	0	85	12	29	8	48	1.71
214506--214544	3	13.0	3	94	0	69	30	0	2	66	1.05
223793--223830	19	2.1	18	90	5	58	39	7	34	18	1.80
233618--233673	8	7.9	8	77	22	63	75	0	10	14	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233592--233673	39	2.0	40	86	4	112	71	0	15	12	1.13
234681--235109	55	7.9	55	84	7	400	32	19	24	23	1.98
234681--235163	55	8.9	55	84	6	390	31	20	24	23	1.98
234809--235161	109	3.3	108	78	8	294	32	21	24	21	1.98
238807--238863	28	2.0	28	100	0	114	36	21	24	17	1.94
240595--240662	3	22.0	3	84	11	77	33	0	1	64	1.02
240583--240662	20	3.8	22	81	18	91	33	1	2	62	1.16
241100--241159	14	3.9	14	74	18	57	13	13	0	73	1.10
241114--241164	18	2.8	18	90	0	84	13	13	0	72	1.12
241177--241214	20	1.9	20	89	10	60	13	7	5	73	1.22
242340--242384	22	2.0	22	83	8	56	20	11	0	68	1.19
245866--246374	110	4.7	110	88	4	737	35	22	17	25	1.95
245866--246334	214	2.2	214	88	3	670	35	22	17	24	1.95
249089--249119	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
249130--249171	14	2.9	14	80	16	50	11	9	0	78	0.96
249189--249226	20	1.9	20	89	10	60	15	5	5	73	1.19
249233--249272	20	2.0	22	85	14	59	15	2	2	80	0.93
254330--254372	22	1.9	23	85	4	61	37	4	2	55	1.33
255676--255707	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
257019--257056	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
261925--261992	4	17.0	4	81	0	82	25	2	25	47	1.66
270820--270863	22	2.0	22	100	0	88	27	9	40	22	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275671--275732	21	3.0	21	80	13	74	27	19	29	24	1.98
278781--278833	25	2.1	25	96	0	97	49	3	13	33	1.60
279031--279113	38	2.2	38	81	10	98	51	3	0	44	1.18
280271--280316	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
285549--285587	15	2.5	16	83	8	53	46	5	0	48	1.24
289003--289314	158	2.0	154	95	3	563	45	10	17	26	1.81
291663--291703	21	2.0	21	95	4	75	34	0	2	63	1.08
293158--293602	133	3.4	131	80	11	493	42	12	15	30	1.84
294495--294553	26	2.3	26	94	2	102	50	1	25	22	1.58
302857--302893	15	2.5	15	86	0	56	8	16	67	8	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6