genome.fa.s8594.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008594.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111543_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1173925

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
663261--663480	49	4.4	49	94	2	368	50	11	7	30	1.66
663051--663589	295	1.8	296	90	7	880	49	13	7	30	1.68
664032--664064	15	2.2	15	89	10	50	69	3	0	27	1.03
665411--665471	3	20.7	3	86	3	88	60	3	0	36	1.13
665641--665875	105	2.2	105	96	0	436	24	19	16	40	1.91
665822--665906	35	2.4	35	100	0	170	21	22	12	43	1.86
665855--666191	136	2.5	136	92	2	540	24	22	17	35	1.96
667074--667113	13	2.9	14	81	11	55	10	12	0	77	0.99
667074--667176	20	5.2	20	84	12	101	7	12	0	79	0.93
667101--667176	10	7.6	10	91	5	118	6	11	0	81	0.86
667080--667176	30	3.2	30	86	0	131	7	12	0	80	0.90
678906--678951	24	1.9	24	100	0	92	50	6	4	39	1.48
679324--679534	47	4.4	47	95	1	350	50	11	8	29	1.68
679515--679547	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
680089--680121	15	2.2	15	89	10	50	69	3	0	27	1.03
681463--681508	3	15.7	3	86	4	67	60	2	0	36	1.09
683299--684530	84	14.9	84	82	4	1274	29	24	20	25	1.99
683299--684529	249	5.0	250	81	5	1363	29	24	20	25	1.99
684114--684400	74	3.6	74	79	10	286	29	24	22	23	1.99
684175--684579	86	4.8	84	80	4	390	31	24	21	22	1.98
685165--685205	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
685189--685520	38	8.8	38	83	8	360	45	3	5	45	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
685527--685597	36	2.0	37	83	5	92	21	7	0	71	1.09
693060--693141	27	3.2	27	63	19	66	29	18	18	34	1.94
697172--697215	12	3.6	12	81	3	52	63	0	4	31	1.14
699000--699032	15	2.2	15	94	0	57	54	0	0	45	0.99
699784--699900	58	2.0	58	94	0	207	42	23	8	25	1.82
703524--703565	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
715969--716047	3	26.0	3	89	7	124	65	0	0	34	0.93
715971--716056	12	7.4	12	87	11	85	65	0	0	34	0.93
716183--716475	124	2.4	124	85	5	375	23	19	15	41	1.89
716394--717064	113	6.0	113	89	2	892	28	19	15	36	1.92
718532--718573	7	6.0	7	78	10	50	4	11	0	83	0.79
718533--718576	13	3.2	14	84	12	56	4	9	0	86	0.70
730053--730128	27	2.8	27	75	11	75	65	2	2	28	1.19
731051--731125	3	24.7	3	84	8	98	62	0	0	37	0.95
732368--732418	20	2.5	20	84	6	68	19	5	5	68	1.31
734213--734275	3	21.0	3	100	0	126	33	0	33	33	1.58
736621--736656	16	2.2	16	90	0	54	22	22	33	22	1.97
737024--737091	20	3.5	19	75	11	59	45	2	1	50	1.26
737439--737483	16	2.8	16	82	0	63	15	13	24	46	1.82
738250--738288	17	2.3	17	100	0	78	38	0	0	61	0.96
738331--738357	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
739329--739382	26	2.1	26	82	6	65	59	3	1	35	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739363--739407	20	2.2	20	80	7	56	68	6	0	24	1.13
743439--743472	14	2.4	14	95	0	59	23	32	14	29	1.94
745519--745724	107	1.9	106	92	3	342	26	26	16	30	1.97
746635--746858	64	3.5	64	80	4	213	32	21	19	26	1.97
747164--747199	12	3.0	12	87	0	54	30	8	25	36	1.85
747215--747288	29	2.6	29	91	2	114	43	16	21	18	1.88
747373--747435	15	4.2	15	85	0	90	14	20	31	33	1.92
753604--753824	64	3.5	64	81	2	185	32	19	19	28	1.97
754135--754171	12	3.1	12	84	0	56	32	5	24	37	1.78
754185--754258	29	2.6	29	89	6	107	43	17	20	18	1.88
754343--754390	15	3.2	15	93	0	87	14	20	33	31	1.93
754343--754405	30	2.0	30	87	9	90	15	22	34	26	1.94
755476--755517	22	1.9	22	90	0	66	26	21	19	33	1.97
756261--756308	21	2.3	21	96	0	87	22	20	25	31	1.98
756269--756314	21	2.2	21	88	0	65	28	23	17	30	1.97
760021--760062	22	1.9	22	95	0	75	26	23	21	28	1.99
763772--763817	23	2.0	23	86	0	65	36	23	21	17	1.94
763822--763883	23	2.8	21	78	4	52	41	24	11	22	1.86
763904--763952	21	2.3	21	85	0	62	36	18	16	28	1.92
768319--768406	42	2.1	42	100	0	176	21	28	27	22	1.99
769280--769347	23	3.0	23	71	2	66	39	23	20	16	1.91
770378--770425	20	2.4	20	79	6	53	37	16	2	43	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770951--771043	43	2.2	41	79	7	107	29	21	13	35	1.92
772421--772476	23	2.4	23	72	0	58	17	23	23	35	1.95
772481--772535	24	2.3	24	90	0	92	21	18	21	38	1.94
772681--772725	24	1.9	23	82	13	56	31	4	13	51	1.61
776542--776603	32	1.9	33	90	3	99	43	11	14	30	1.80
786047--786076	15	2.0	15	93	0	51	36	6	10	46	1.64
786078--786179	25	4.1	25	84	2	134	22	17	25	34	1.96
786084--786202	25	4.6	26	79	8	93	25	17	21	35	1.95
791682--791713	16	1.9	17	93	6	57	37	21	3	37	1.70
796924--797016	20	4.6	20	76	5	89	43	13	16	26	1.85
797860--798222	147	2.5	147	82	3	446	36	13	13	36	1.83
798118--798822	199	3.5	198	89	2	1022	38	14	14	33	1.86
799360--799808	129	3.5	128	88	3	659	40	12	12	33	1.82
800857--800900	20	2.3	19	81	11	54	22	25	6	45	1.77
801262--801299	19	2.1	18	90	9	60	42	7	5	44	1.56
805269--805308	16	2.5	16	95	0	71	47	0	0	52	1.00
808019--808064	24	1.9	24	95	0	83	36	2	4	56	1.31
809579--809634	23	2.4	23	100	0	112	26	32	19	21	1.97
814012--814051	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
814354--814391	20	1.9	20	88	0	58	28	28	23	18	1.98
815445--815493	11	4.5	11	79	20	59	38	4	0	57	1.18
815557--815604	21	2.5	19	78	15	53	45	6	0	47	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
818256--818354	33	3.0	33	93	1	162	36	24	12	27	1.91
824859--824910	27	2.0	26	84	3	68	13	11	7	67	1.42
835174--835739	105	5.4	105	97	0	1060	32	25	18	23	1.97
839218--839368	42	3.7	40	75	12	126	33	16	21	28	1.95
839223--839354	42	3.2	41	82	8	135	34	16	21	27	1.95
840422--840580	52	3.1	52	98	0	309	32	7	16	43	1.76
843621--843754	43	3.1	43	87	6	182	23	23	18	34	1.96
843864--844078	43	5.0	41	71	14	128	29	23	17	29	1.97
849774--849823	25	2.0	25	100	0	100	32	28	12	28	1.92
850874--851465	294	2.0	292	88	5	868	27	16	17	38	1.91
857389--857529	45	3.1	45	88	6	205	29	20	5	43	1.75
857404--857530	45	2.8	46	95	2	222	29	19	6	44	1.75
860133--860208	39	1.9	39	100	0	152	47	7	23	21	1.77
861119--861275	59	2.6	58	83	6	174	36	12	18	31	1.89
861398--861571	44	3.9	44	89	2	251	42	8	19	29	1.80
861409--861571	89	1.8	88	89	3	256	42	7	19	30	1.79
861391--861592	44	4.5	44	82	7	230	42	6	21	29	1.79
864300--864329	15	2.0	15	93	0	51	43	0	33	23	1.54
864703--864795	32	2.9	32	76	7	109	32	17	18	32	1.94
864701--864809	31	3.5	31	74	12	114	29	16	18	35	1.93
866352--866388	13	2.8	13	95	0	65	45	13	2	37	1.58
866354--866395	13	3.3	13	90	3	50	42	11	4	40	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866714--866751	20	1.9	20	100	0	76	28	34	26	10	1.90
871021--871079	22	2.7	23	79	10	61	59	1	1	37	1.18
871604--871672	34	2.0	35	91	2	113	39	14	20	26	1.91
872948--872979	16	2.1	16	94	5	57	53	0	6	40	1.26
874669--874709	7	5.7	7	85	2	55	21	0	0	78	0.76
874655--874705	21	2.4	21	80	0	57	23	0	3	72	1.01
874673--874702	13	2.2	14	94	5	53	20	0	0	80	0.72
878566--878616	3	17.7	3	80	15	63	60	1	0	37	1.08
878888--879174	55	5.2	55	86	3	364	31	21	13	33	1.92
879172--879442	54	5.0	53	86	1	335	23	26	18	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6