genome.fa.s8653.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008653.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111644_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1778368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14994--15153	31	5.1	31	92	2	232	34	21	18	25	1.96
15000--15153	32	4.9	32	90	7	235	33	21	19	25	1.97
30857--31016	31	5.1	31	91	4	227	35	20	18	26	1.95
46066--46197	63	2.1	63	87	2	185	34	19	12	33	1.89
51764--51828	33	2.0	33	100	0	130	43	16	12	27	1.84
54938--54987	23	2.2	23	92	0	82	38	8	22	32	1.83
55024--55084	23	2.7	23	92	2	97	34	9	19	36	1.85
55102--55804	199	3.5	198	83	6	834	30	15	14	38	1.88
58269--58317	19	2.6	19	83	0	71	53	8	4	34	1.50
59916--60883	200	4.8	200	85	3	1200	32	16	12	38	1.87
62176--62223	24	2.0	24	87	0	69	45	12	6	35	1.67
63480--63529	6	8.3	6	88	0	55	28	30	2	40	1.68
63480--63529	18	2.8	18	87	0	64	28	30	2	40	1.68
65138--65543	201	2.0	200	87	1	580	31	16	14	37	1.89
65899--65944	19	2.4	18	89	7	65	60	6	2	30	1.34
66791--66847	18	3.2	18	97	0	105	5	36	0	57	1.21
67196--67226	15	2.1	15	93	0	53	16	61	3	19	1.48
69522--70195	182	3.7	182	90	1	1023	27	16	15	41	1.87
71634--71667	17	2.0	17	94	0	59	50	14	11	23	1.76
77627--77848	42	5.3	42	87	6	276	33	22	21	22	1.97
77697--77848	61	2.4	62	92	4	261	32	25	21	21	1.97
77627--77854	21	11.0	21	75	13	197	33	22	21	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78975--79128	83	1.9	83	90	0	245	33	20	19	26	1.97
78990--79120	42	3.1	42	75	6	149	32	22	19	25	1.98
79027--80556	214	7.2	213	89	3	2367	32	18	15	33	1.93
79666--79767	42	2.5	42	77	6	118	31	22	20	25	1.98
79867--79968	42	2.5	42	77	6	118	31	21	22	24	1.98
79027--80556	415	3.6	419	90	3	2285	32	18	15	33	1.93
80540--80659	36	3.3	36	91	3	170	25	20	20	34	1.97
84437--84486	21	2.4	21	93	6	84	16	16	24	44	1.86
90905--90958	21	2.5	22	82	11	67	33	16	24	25	1.96
92038--92109	2	37.5	2	81	13	89	47	1	2	48	1.25
93606--93702	49	2.0	49	85	4	133	29	10	26	32	1.90
99618--99690	32	2.3	32	83	4	85	47	2	2	46	1.31
105175--105207	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
112894--112927	6	5.7	6	92	0	59	29	50	2	17	1.61
116970--117005	17	2.1	18	89	5	56	19	22	0	58	1.40
116965--117006	18	2.3	19	80	16	52	16	21	0	61	1.34
125398--125441	16	2.8	16	92	0	79	56	22	11	9	1.62
126516--126601	24	3.6	24	88	0	127	54	22	11	11	1.68
126536--126584	14	3.8	14	70	29	54	57	22	10	10	1.62
127726--127792	14	4.6	15	75	10	59	10	43	5	40	1.63
127725--127792	30	2.3	30	92	0	109	10	42	5	41	1.63
131000--131081	40	2.0	40	100	0	164	30	21	25	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144424--144448	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
164462--164495	15	2.3	15	100	0	68	29	0	20	50	1.49
168324--168349	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
170698--170733	18	2.0	18	89	10	56	63	0	2	33	1.08
179016--179672	330	2.0	329	96	0	1215	30	20	19	30	1.97
182942--182988	23	2.1	22	84	4	58	36	10	19	34	1.86
183423--183462	20	2.0	21	85	5	55	52	7	12	27	1.66
183467--183528	22	2.7	23	92	2	99	37	20	4	37	1.75
183946--184008	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
183062--185195	959	2.2	957	96	1	3965	40	10	7	41	1.68
184431--184489	23	2.6	23	88	0	82	40	16	5	37	1.71
183062--185195	480	4.5	481	96	1	3948	40	10	7	41	1.68
184903--184965	23	2.8	23	87	2	92	38	22	4	34	1.75
184997--185477	229	2.1	228	96	1	883	39	7	7	45	1.61
187058--187131	38	1.9	38	86	0	103	35	20	21	22	1.96
189674--189717	22	2.0	22	100	0	88	31	13	18	36	1.90
191141--191171	16	1.9	16	93	0	53	25	19	29	25	1.99
203072--203234	20	8.1	20	75	16	117	38	22	17	21	1.93
203088--203258	40	4.3	40	78	14	190	39	22	16	20	1.92
203063--203258	60	3.3	60	77	11	229	39	22	16	20	1.92
203264--203328	19	3.4	19	89	2	94	36	20	10	32	1.87
203403--203465	27	2.3	27	100	0	126	39	33	4	22	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203534--203572	16	2.5	15	84	8	51	28	5	0	66	1.12
204167--204200	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
206616--206651	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
207064--207113	14	3.6	14	83	5	75	52	20	0	28	1.47
207063--207121	14	4.4	14	78	6	68	54	18	0	27	1.44
207063--207121	27	2.2	27	100	0	118	54	18	0	27	1.44
208603--208642	21	1.9	21	89	0	62	22	20	35	22	1.96
208546--208653	42	2.6	42	72	11	96	24	18	33	24	1.97
209049--209098	21	2.4	21	89	0	82	34	28	16	22	1.95
210754--210802	20	2.4	21	90	10	84	14	14	18	53	1.74
210766--210809	20	2.2	20	84	8	54	15	13	18	52	1.75
211147--211194	22	2.2	22	92	0	78	18	12	45	22	1.83
211306--211441	20	6.8	20	75	11	127	19	16	24	39	1.91
211310--211396	40	2.2	40	95	0	156	19	14	25	40	1.90
211390--211477	20	4.3	20	75	2	86	25	17	25	32	1.96
211472--211537	20	3.3	20	80	4	71	27	10	30	31	1.90
213630--213813	29	6.4	29	74	6	133	48	15	3	32	1.61
216366--216398	15	2.2	15	94	0	57	42	33	21	3	1.68
220008--220205	108	1.8	108	96	0	369	32	34	16	17	1.92
221144--221227	29	2.9	29	78	7	82	44	16	3	35	1.65
221266--221333	29	2.3	30	87	5	86	45	22	4	27	1.71
221342--221371	13	2.3	13	94	0	51	13	20	46	20	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222095--222141	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
223196--223238	21	2.0	21	95	0	77	20	23	16	39	1.92
223131--223248	20	5.8	21	74	5	71	28	27	16	27	1.97
223241--223286	20	2.3	20	85	7	58	43	23	10	21	1.84
223292--223444	81	1.9	81	84	0	207	40	21	14	23	1.90
223282--223464	101	1.8	101	89	0	285	41	21	15	21	1.90
223289--223471	20	9.1	20	81	1	204	40	21	15	21	1.90
226211--226283	21	3.5	21	76	12	60	26	28	21	23	1.99
227838--227937	20	4.9	20	77	8	103	38	21	19	22	1.94
228004--228044	20	2.0	20	90	0	64	19	19	19	41	1.91
230244--230283	20	2.0	20	95	0	71	25	32	7	35	1.84
230681--230732	24	2.2	24	82	0	59	36	21	19	23	1.95
230844--230877	12	2.8	12	90	0	50	14	0	26	58	1.36
231422--231478	20	2.8	20	91	0	96	31	8	35	24	1.86
235160--235190	16	1.9	16	93	0	53	58	0	0	41	0.98
240772--240813	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
240931--240956	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
240788--241076	143	2.0	143	100	0	578	42	2	22	32	1.65
241066--241140	3	24.7	3	94	2	132	64	0	0	36	0.94
243247--243274	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
243857--243919	29	2.2	29	85	0	81	34	22	6	36	1.80
249100--249336	118	2.0	115	83	7	289	45	3	4	45	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249086--249336	39	6.6	37	71	17	117	46	3	4	45	1.40
249315--249400	31	2.8	30	89	3	118	44	0	6	48	1.29
249115--249336	120	1.9	119	83	6	263	45	3	4	46	1.41
249457--249509	3	17.7	3	80	7	63	32	3	0	64	1.12
249454--249499	22	2.1	22	91	0	74	32	4	0	63	1.14
249460--249498	19	2.1	19	90	0	60	30	5	0	64	1.15
250743--250778	4	9.0	4	93	0	63	25	2	0	72	0.98
255870--256730	165	5.2	163	87	3	1145	29	24	21	24	1.99
255870--256734	330	2.6	330	90	1	1308	29	24	21	24	1.99
257263--257416	34	4.2	33	73	17	119	44	4	5	45	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9