genome.fa.s8653.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008653.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111644_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1778368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
597958--598021	20	3.2	20	63	12	51	45	9	20	25	1.80
598062--598422	140	2.7	135	82	5	399	40	15	17	26	1.89
599064--599094	3	10.7	3	93	6	55	29	0	0	70	0.87
606665--606722	29	2.1	27	81	12	64	22	20	0	56	1.42
607017--608667	825	2.0	825	93	0	2845	35	19	17	27	1.94
610031--610136	56	1.9	56	88	1	160	37	21	16	23	1.93
610520--610588	30	2.3	30	89	0	102	37	4	24	33	1.75
610801--610868	23	3.0	23	84	0	82	22	26	25	26	2.00
617420--617488	30	2.3	30	89	0	102	37	4	24	33	1.75
617699--617789	23	4.0	23	88	0	119	21	27	25	25	2.00
618917--619050	59	2.5	55	83	11	163	21	17	24	35	1.95
618947--619066	59	2.1	58	91	1	195	24	17	23	35	1.96
622657--622885	120	1.9	120	90	1	361	31	23	7	37	1.83
627280--627324	23	2.0	23	90	0	72	13	20	20	46	1.83
629740--629782	20	2.2	20	86	0	59	60	0	4	34	1.17
632326--632406	3	27.0	3	100	0	162	33	0	0	66	0.92
634314--634354	6	6.8	6	100	0	82	14	34	17	34	1.90
637958--637988	4	7.8	4	100	0	62	74	0	0	25	0.82
637999--638025	13	2.1	13	100	0	54	22	25	14	37	1.93
650194--650245	23	2.3	23	93	0	86	42	7	17	32	1.77
650157--650319	87	1.9	87	97	0	308	41	11	14	33	1.82
650337--651040	199	3.5	196	81	6	801	31	15	14	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
654321--655487	199	5.8	198	79	4	1275	31	15	13	39	1.86
654321--655489	401	2.9	399	90	1	1842	31	15	13	39	1.86
655488--655526	15	2.6	15	87	0	51	35	7	17	38	1.79
655798--655849	11	4.5	11	77	13	59	44	9	7	38	1.66
658417--659899	200	7.5	200	79	9	1521	33	15	12	38	1.84
658554--659899	579	2.3	581	86	5	1861	34	15	12	38	1.84
660164--660212	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
661766--661858	18	5.2	18	84	7	118	2	36	0	61	1.08
662042--662108	33	2.0	33	97	0	125	23	46	0	29	1.53
662145--662186	21	2.0	21	95	0	75	14	28	11	45	1.80
662268--662300	15	2.2	15	94	0	57	12	60	6	21	1.53
664615--664946	161	2.1	162	87	4	483	30	16	12	41	1.84
664777--665269	182	2.7	182	90	0	774	28	16	13	41	1.86
671390--671470	20	3.9	20	90	4	108	23	32	27	17	1.97
671412--671492	21	3.8	20	78	13	74	23	37	24	14	1.93
671518--671546	9	3.3	9	90	9	51	55	44	0	0	0.99
681262--681335	21	3.4	21	66	14	51	24	25	20	29	1.99
681255--681358	44	2.4	44	91	0	172	25	23	21	30	1.99
684108--684198	46	2.0	46	91	2	148	29	24	16	29	1.96
693312--693400	16	5.6	16	83	0	97	12	14	31	41	1.83
693312--693400	32	2.8	32	86	6	126	12	14	31	41	1.83
693424--693449	6	4.3	6	100	0	52	0	0	34	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
699648--699702	18	3.3	18	73	19	64	34	10	1	52	1.47
699642--699702	32	1.9	32	93	0	104	37	9	1	50	1.45
709146--709534	116	3.4	115	79	6	417	24	22	15	37	1.92
709440--710357	139	6.7	139	83	7	1124	25	21	17	34	1.96
709440--710357	414	2.2	411	88	2	1362	25	21	17	34	1.96
709440--710357	275	3.3	274	85	4	1199	25	21	17	34	1.96
710927--710976	18	2.8	18	93	6	84	20	24	12	44	1.85
711117--711258	54	2.6	54	83	3	171	44	20	8	26	1.80
711165--711801	54	11.7	54	83	4	618	43	15	10	31	1.80
711182--711755	109	5.3	108	85	3	602	41	14	10	32	1.80
711170--711755	163	3.6	162	83	3	644	42	15	10	32	1.80
713692--713737	18	2.6	18	80	16	51	6	17	0	76	1.00
713695--713786	22	4.5	20	80	9	89	3	17	2	77	1.01
713730--713781	9	5.6	9	80	8	59	0	17	3	78	0.89
713692--713793	42	2.5	40	78	13	100	2	17	1	77	0.99
713744--713811	35	1.9	35	85	5	93	0	13	7	79	0.93
713720--713810	21	4.3	20	77	13	76	0	15	5	79	0.91
713708--713793	21	4.1	20	80	5	82	1	17	2	79	0.91
715175--715225	21	2.3	23	80	9	63	60	7	15	15	1.56
720679--720709	13	2.4	13	94	0	53	29	3	16	51	1.59
720785--720835	17	2.9	17	78	16	52	33	7	7	50	1.60
720897--720940	22	2.0	23	86	8	65	36	0	11	52	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
728316--728375	31	1.9	32	82	3	77	41	11	6	40	1.68
738092--738170	32	2.5	32	83	4	88	48	21	15	15	1.81
738114--738174	16	3.8	16	82	0	77	49	26	16	8	1.73
738258--738318	3	20.3	3	96	0	113	32	1	0	65	1.02
739101--739128	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
745431--745462	14	2.3	14	94	0	55	37	15	18	28	1.92
749208--749266	25	2.5	24	78	13	59	50	11	1	35	1.49
749512--749548	2	18.5	2	100	0	74	0	51	0	48	1.00
756300--756359	12	5.2	11	76	15	59	83	0	13	3	0.77
756296--756357	22	2.7	23	83	16	83	82	0	14	3	0.80
756291--756359	22	3.0	23	76	17	72	81	1	14	2	0.88
758217--758241	9	2.8	9	100	0	50	80	0	20	0	0.72
758509--758921	54	7.7	54	79	6	408	28	8	20	41	1.83
758525--758978	108	4.2	108	78	8	433	28	8	20	42	1.82
758525--758978	161	2.8	162	85	3	599	28	8	20	42	1.82
758840--758982	57	2.6	56	79	3	146	31	8	19	40	1.81
759653--759690	18	2.1	18	90	0	58	31	23	21	23	1.98
760297--760806	282	1.8	283	83	3	688	36	18	18	27	1.94
760662--760833	80	2.2	80	88	0	245	34	16	16	31	1.92
760683--760883	80	2.6	79	83	4	237	34	14	19	31	1.92
761301--761329	14	2.0	15	93	6	51	41	0	0	58	0.98
762898--762928	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764435--764498	3	21.7	3	81	9	69	57	0	3	39	1.14
764418--764499	36	2.3	36	77	16	89	56	1	3	39	1.25
766285--767172	55	16.3	55	85	2	1006	34	17	17	30	1.93
766285--767172	437	2.0	437	94	0	1562	34	17	17	30	1.93
767886--767942	13	4.4	13	86	0	69	28	21	15	35	1.94
768071--768192	2	63.0	2	78	15	123	52	3	0	43	1.23
777846--777871	4	6.5	4	100	0	52	50	23	0	26	1.50
777869--777911	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
778487--778560	33	2.2	33	81	9	89	22	0	33	43	1.54
783350--783566	104	2.1	104	85	1	292	32	9	22	35	1.87
783766--783832	30	2.3	29	82	10	75	44	4	5	44	1.48
783921--783989	30	2.3	30	80	12	79	43	8	11	36	1.72
786340--786374	17	2.1	17	100	0	70	34	14	17	34	1.90
789108--789161	23	2.3	23	87	0	81	31	20	25	22	1.98
789362--789535	82	2.1	82	98	0	339	27	19	8	44	1.79
790784--790821	20	1.9	20	100	0	76	23	23	21	31	1.98
793533--793557	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
797899--798808	228	4.0	228	96	0	1651	33	15	12	38	1.85
801713--801750	20	2.0	20	94	5	69	15	23	42	18	1.89
802278--802302	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
804405--804487	23	3.7	23	79	17	86	22	22	33	20	1.97
806702--806755	25	2.2	24	87	6	90	40	14	7	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806707--806754	25	1.9	25	100	0	96	43	12	8	35	1.73
808321--808363	21	2.0	22	86	4	61	30	9	6	53	1.59
808836--808889	24	2.2	24	100	0	108	24	31	11	33	1.90
818069--818109	19	2.2	19	90	0	64	14	31	31	21	1.94
826619--827139	136	3.8	136	81	6	581	27	13	14	45	1.81
829276--829410	36	3.8	36	84	7	193	37	20	23	19	1.95
829265--829410	72	2.0	72	92	2	240	38	19	23	18	1.93
829407--829439	16	2.1	16	94	0	57	18	18	9	54	1.69
837349--837402	12	4.8	12	80	11	51	46	20	7	25	1.77
844946--845329	5	76.8	5	99	0	444	49	0	10	40	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9