genome.fa.s8653.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008653.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111644_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1778368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  5  of  9  ( 1032 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
845905--845957	27	2.0	27	88	0	79	47	5	1	45	1.37
846644--846692	2	25.0	2	91	4	82	48	0	2	48	1.12
851535--851580	6	7.7	6	90	0	74	15	63	0	21	1.31
854942--854978	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
855064--855130	20	3.5	20	82	10	86	26	31	17	23	1.97
855943--856002	24	2.5	24	83	0	84	25	18	18	38	1.93
856192--856228	14	2.6	14	91	4	56	51	21	21	5	1.68
858265--858299	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
858357--858639	140	2.0	140	97	0	530	28	13	14	43	1.83
858609--858829	20	11.7	20	79	12	236	33	23	19	24	1.97
858611--858829	114	1.9	113	87	4	325	32	23	19	24	1.98
858819--858896	20	3.9	20	86	0	102	12	16	25	44	1.83
858971--859085	36	3.1	36	67	24	101	52	15	3	28	1.59
859016--859052	14	2.6	14	95	0	65	51	18	0	29	1.47
858949--859142	79	2.4	79	91	5	302	50	16	2	30	1.58
859095--859133	14	2.8	14	96	0	69	46	17	0	35	1.49
861155--861209	20	2.8	20	88	5	76	36	18	20	25	1.94
861326--861394	20	3.5	20	84	7	95	17	21	24	36	1.95
863307--863347	20	2.0	20	90	0	64	58	17	12	12	1.63
863383--863435	20	2.7	19	80	5	61	45	22	18	13	1.84
864018--864070	20	2.7	20	96	0	97	22	18	30	28	1.98
864175--864213	19	2.1	19	90	0	60	23	15	25	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
865746--865792	2	23.5	2	86	0	67	46	0	0	53	1.00
865759--865799	14	2.9	14	88	0	55	43	0	0	56	0.99
867678--867855	36	5.0	36	86	0	223	22	24	19	33	1.97
870466--870508	18	2.5	17	80	3	50	34	6	4	53	1.49
871820--871874	20	2.8	20	80	0	56	30	16	21	30	1.95
871841--872978	99	11.3	99	86	4	1553	32	18	15	33	1.92
872733--872786	20	2.7	20	85	0	72	27	20	22	29	1.98
872644--872874	118	1.9	119	92	0	392	32	18	16	33	1.93
872544--872973	217	2.0	219	92	1	713	33	18	15	33	1.92
876120--876189	10	6.7	10	82	11	70	2	14	0	82	0.77
876106--876186	30	2.7	30	86	3	110	3	16	0	80	0.85
883009--883048	3	13.7	3	84	5	55	60	0	2	37	1.11
883091--883256	51	3.3	50	88	3	226	57	10	12	19	1.64
883141--883225	29	3.2	28	66	27	76	57	12	11	17	1.64
883711--883746	18	2.0	18	88	0	54	47	5	2	44	1.41
895012--895039	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
895703--895755	21	2.5	21	78	6	63	20	24	18	35	1.95
895749--895837	21	4.3	20	89	1	97	39	15	23	21	1.92
895762--895837	21	3.7	21	96	1	136	38	17	23	21	1.93
895765--895894	41	3.2	41	78	11	108	30	22	20	26	1.98
895827--895892	20	3.3	20	91	0	114	25	30	16	27	1.97
896392--896450	20	3.0	20	87	0	73	15	18	22	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
896587--896641	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
897770--897817	18	2.7	18	90	0	78	27	43	12	16	1.84
898352--898418	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
898444--898507	19	3.6	19	74	20	75	12	20	21	45	1.84
898492--898546	20	2.8	19	86	8	74	16	25	23	34	1.95
898517--898572	20	2.8	20	86	0	67	25	14	28	32	1.94
898916--898974	21	2.8	21	81	0	73	23	38	13	23	1.91
900556--900633	40	2.0	40	94	0	138	41	24	19	15	1.90
900554--900633	20	4.0	20	88	3	117	41	23	20	15	1.89
900662--900717	20	2.8	20	94	0	94	14	21	23	41	1.89
900940--901016	20	3.8	20	92	0	127	28	20	27	23	1.99
900949--901057	20	5.4	20	83	6	121	24	19	27	28	1.98
901047--901097	20	2.5	20	100	0	102	19	21	17	41	1.91
901104--901154	21	2.4	21	100	0	102	45	19	17	17	1.86
906084--906249	85	2.0	84	85	3	226	30	19	19	30	1.97
906242--906266	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
906848--906906	21	2.8	21	80	7	66	32	18	23	25	1.97
918926--918967	14	3.0	14	82	10	50	52	0	0	47	1.00
921640--921715	28	2.8	28	95	2	136	56	0	10	32	1.33
923239--923300	19	3.6	17	72	10	54	58	1	0	40	1.08
935833--935875	20	2.2	19	83	4	50	53	6	2	37	1.41
938982--939141	86	1.9	86	82	0	203	39	10	15	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
939075--939739	187	3.6	187	80	4	725	38	9	16	35	1.81
939895--940120	73	3.1	74	79	6	237	44	7	13	34	1.72
942957--942989	15	2.1	16	88	5	50	45	0	6	48	1.27
944193--944313	60	2.0	60	84	6	156	32	23	4	38	1.77
944433--944567	59	2.3	59	79	6	148	42	2	20	33	1.67
958346--958458	2	57.0	2	87	1	165	53	0	45	0	1.06
962785--962856	36	2.0	36	94	0	126	25	30	11	33	1.90
984377--984406	15	2.0	15	93	0	51	20	26	16	36	1.93
985504--985542	20	1.9	21	94	5	71	46	7	0	46	1.31
985505--985548	20	2.2	20	88	8	63	47	9	2	40	1.48
986952--986990	19	2.1	19	86	13	55	58	5	5	30	1.41
987474--987589	24	4.8	24	73	2	90	43	13	14	27	1.83
987472--987589	48	2.5	48	91	0	182	43	14	14	27	1.84
988293--988350	29	2.0	30	82	3	73	50	12	3	34	1.57
995521--995578	29	2.0	30	82	3	73	50	15	1	32	1.55
995625--995705	29	2.8	29	73	0	81	45	19	4	29	1.71
998939--998966	14	2.0	14	100	0	56	21	35	7	35	1.81
999983--1000016	17	2.0	17	88	0	50	35	8	14	41	1.77
1003619--1003663	23	2.0	23	86	4	65	55	0	2	42	1.12
1005815--1005864	23	2.2	24	85	10	77	34	28	20	18	1.95
1005821--1005867	23	2.0	23	95	0	85	31	25	25	17	1.97
1008588--1008640	23	2.3	23	81	12	63	71	5	0	22	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1008607--1008661	27	2.0	27	86	13	78	74	3	0	21	0.97
1008606--1008663	15	4.1	14	74	24	50	74	3	0	22	0.97
1008606--1008661	21	2.7	20	83	5	67	75	3	0	21	0.96
1008844--1008876	15	2.1	16	88	5	50	57	0	3	39	1.14
1011684--1011759	31	2.5	31	97	0	143	40	7	25	26	1.82
1013064--1013106	18	2.5	17	81	7	50	53	4	4	37	1.43
1013209--1013275	21	3.3	19	74	13	71	20	20	20	37	1.95
1013217--1013283	21	3.3	19	76	15	80	25	22	19	32	1.97
1014179--1014331	42	3.8	41	87	5	188	35	22	18	23	1.95
1014134--1014257	61	2.0	61	87	0	176	34	21	19	24	1.96
1014134--1014351	103	2.1	102	83	5	269	34	22	19	23	1.96
1014134--1014356	21	10.8	21	72	12	142	34	22	19	22	1.96
1016639--1016678	21	1.9	21	94	0	71	32	25	20	22	1.98
1020833--1020877	22	2.0	22	91	0	72	28	26	17	26	1.98
1023163--1023192	9	3.3	9	95	0	51	26	0	0	73	0.84
1027722--1027819	29	3.4	28	88	5	142	39	17	1	41	1.56
1038851--1038909	31	1.9	31	89	0	91	44	3	8	44	1.51
1038933--1039320	22	17.6	22	89	1	598	49	10	0	39	1.43
1039307--1039346	12	3.6	12	77	16	50	52	0	2	45	1.14
1044072--1044198	32	3.9	32	82	4	157	37	10	11	41	1.74
1045444--1045493	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
1047121--1047191	3	24.0	3	85	5	92	66	2	0	30	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1047489--1047723	40	5.5	43	71	11	153	27	19	29	23	1.98
1047362--1047720	129	2.7	132	82	4	388	26	18	29	25	1.98
1047406--1047736	129	2.5	129	82	5	389	26	19	29	25	1.98
1047814--1047910	36	2.7	36	80	4	99	38	12	17	31	1.87
1048333--1048434	36	2.9	36	86	4	136	38	10	16	34	1.84
1048551--1048651	38	2.7	38	83	4	107	33	12	17	35	1.88
1048970--1049007	4	9.5	4	88	11	60	26	0	23	50	1.50
1048970--1049008	20	2.0	20	100	0	78	25	0	23	51	1.49
1049274--1049338	24	2.8	24	75	15	64	52	4	10	32	1.57
1050195--1050242	11	4.1	11	80	15	51	4	14	4	77	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9