genome.fa.s8694.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008694.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111723_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1352611

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3130--3170	17	2.6	16	88	7	57	4	12	7	75	1.16
6312--7005	341	2.0	340	88	1	1025	27	14	17	39	1.90
8868--8901	3	11.7	3	87	6	52	35	0	0	64	0.94
11257--11294	12	3.3	12	85	14	62	0	10	23	65	1.23
11257--11319	22	2.9	22	88	9	85	0	14	22	63	1.30
11808--11863	12	4.4	13	76	17	55	55	0	1	42	1.10
11809--11859	17	3.1	17	83	8	61	52	0	1	45	1.12
12524--12568	20	2.2	20	96	0	81	31	24	15	28	1.96
16286--16328	18	2.4	18	96	0	77	23	18	11	46	1.82
20148--20204	22	2.6	22	91	0	87	0	14	26	59	1.35
20162--20205	10	4.2	10	80	11	52	0	13	27	59	1.35
20148--20204	12	5.1	12	75	14	59	0	14	26	59	1.35
20675--20725	14	3.4	16	82	15	56	50	0	1	47	1.12
20672--20722	17	3.1	17	83	8	61	50	0	1	47	1.12
27469--27544	33	2.2	37	81	13	90	71	2	5	21	1.19
27437--27523	39	2.2	38	80	9	104	68	4	2	24	1.19
27498--27554	22	2.5	22	83	8	62	68	1	7	22	1.23
27497--27594	20	4.6	20	72	15	72	70	3	5	21	1.21
30923--31061	72	1.9	71	82	7	174	21	17	20	39	1.92
37214--37274	23	2.9	21	83	11	63	24	32	24	18	1.97
39528--39612	34	2.5	34	100	0	170	37	0	29	32	1.58
44821--44865	5	9.0	5	90	0	63	55	2	4	37	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44815--44864	15	3.3	15	85	0	64	54	4	6	36	1.44
44784--44865	15	5.5	15	70	20	55	54	7	3	34	1.46
47989--48013	10	2.5	10	100	0	50	16	8	20	56	1.65
55371--55407	18	2.1	18	89	0	56	48	16	0	35	1.46
55748--55779	12	2.7	12	90	0	55	56	9	0	34	1.32
63134--63165	2	16.0	2	93	0	55	53	46	0	0	1.00
68169--68247	6	13.2	6	93	0	131	32	1	16	49	1.54
68248--68308	6	10.2	6	89	0	68	0	19	50	29	1.48
68381--68405	12	2.1	12	100	0	50	8	16	32	44	1.76
69213--69281	31	2.2	31	94	0	120	30	11	20	37	1.88
72144--72192	16	3.0	17	82	11	59	46	16	18	18	1.84
72144--72189	22	2.1	21	96	4	83	45	15	19	19	1.85
78192--78254	17	3.8	17	82	2	74	36	12	4	46	1.63
94253--94294	16	2.6	16	81	11	50	14	16	0	69	1.20
97194--97814	57	10.8	59	88	4	213	33	20	11	34	1.88
97262--98032	57	13.5	57	92	1	1215	32	19	11	35	1.88
98445--98499	22	2.6	22	77	8	62	27	32	14	25	1.95
102844--103271	57	7.5	57	91	1	642	32	19	11	36	1.88
103662--103736	20	3.7	20	84	11	82	24	33	17	25	1.96
103681--103736	22	2.7	22	89	8	82	25	32	17	25	1.97
108158--108189	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
112516--112577	28	2.2	28	88	0	97	35	19	19	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114459--114618	65	2.5	64	88	5	225	31	22	18	26	1.97
114590--114638	19	2.6	19	84	9	57	24	30	18	26	1.98
114459--114638	65	2.8	63	83	7	202	30	23	18	27	1.98
117537--117561	12	2.1	12	100	0	50	28	16	32	24	1.96
120310--120488	64	2.8	61	80	16	186	25	20	25	29	1.99
120440--120472	17	1.9	17	93	0	57	15	18	39	27	1.90
120441--120485	17	2.6	17	85	3	54	20	17	33	28	1.95
121493--121552	28	2.1	28	100	0	120	40	20	13	26	1.89
123643--123680	19	2.0	19	100	0	76	36	21	0	42	1.53
124371--124414	21	2.1	21	86	0	61	34	15	43	6	1.74
131469--131585	57	2.1	55	82	7	139	25	20	23	30	1.98
133657--133694	20	1.9	20	94	0	67	31	34	15	18	1.92
133836--133884	19	2.6	19	84	9	57	26	28	16	28	1.97
133744--133864	64	1.9	65	82	5	156	31	22	19	27	1.97
137395--137461	2	34.0	2	96	3	127	49	0	0	50	1.00
139053--139106	9	6.2	8	85	10	63	79	1	16	1	0.91
139071--139102	15	2.1	15	100	0	64	81	0	18	0	0.70
139071--139117	24	2.0	24	86	0	67	76	2	17	4	1.04
141954--142003	2	25.5	2	91	4	84	48	2	0	50	1.12
151206--151244	19	2.0	20	90	5	62	0	17	0	82	0.68
151206--151249	13	3.2	14	90	9	65	0	18	0	81	0.68
151903--151953	19	2.6	19	78	3	57	49	7	13	29	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155060--155096	13	2.8	13	95	0	65	16	16	8	59	1.59
155285--155346	21	3.0	21	75	15	65	25	22	14	37	1.92
162280--162397	17	6.9	17	75	5	85	38	14	6	39	1.72
162346--162387	16	2.5	17	88	3	59	38	11	7	42	1.69
164421--164526	17	6.1	17	70	12	81	38	14	8	38	1.76
166340--166379	21	2.0	20	85	14	55	12	5	20	62	1.48
171487--171530	17	2.6	17	77	0	52	27	15	13	43	1.85
171600--171635	17	2.1	17	94	0	63	38	11	5	44	1.63
172889--172940	14	3.7	14	100	0	104	36	13	5	44	1.68
174083--174158	3	25.3	3	100	0	152	67	0	0	32	0.91
180290--180347	30	1.9	30	89	0	89	18	29	5	46	1.71
181371--181413	20	2.1	21	87	12	63	48	13	13	23	1.79
182476--182634	60	2.7	60	80	10	173	37	6	24	31	1.80
190571--190694	35	3.6	35	89	5	184	42	2	8	45	1.48
191048--191204	14	11.3	14	73	13	83	76	0	9	13	1.05
191048--191206	9	16.2	9	69	19	70	76	0	9	13	1.05
191116--191204	5	18.8	5	69	19	57	77	0	7	14	0.98
191576--191660	7	11.6	7	72	16	59	75	3	0	21	0.95
191570--191630	21	2.9	22	85	7	81	75	4	0	19	0.98
191574--191648	28	2.6	28	82	18	91	74	2	0	22	0.94
191601--191662	17	3.8	16	83	8	72	74	3	0	22	0.96
191612--191681	21	3.3	21	75	11	63	70	1	1	27	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192613--192651	18	2.2	18	86	9	53	58	0	0	41	0.98
192607--192657	14	3.8	13	80	14	50	60	0	0	39	0.97
193403--193784	85	4.5	85	84	1	478	24	17	19	37	1.94
194020--194071	25	2.1	25	85	0	68	30	11	17	40	1.85
193930--194046	60	1.9	58	85	8	135	24	16	20	38	1.92
195477--195739	95	2.7	94	85	5	321	31	18	17	32	1.94
196671--196967	150	2.0	150	79	5	323	18	26	17	37	1.92
199662--199794	9	14.7	9	73	20	100	75	1	5	17	1.05
199662--199794	5	27.2	5	71	19	70	75	1	5	17	1.05
199662--199791	22	5.6	24	74	17	89	76	1	5	16	1.05
200143--200238	32	2.8	35	74	17	96	76	4	1	18	1.01
200143--200238	9	10.4	9	75	18	67	76	4	1	18	1.01
200142--200238	8	11.8	8	72	12	63	76	4	1	18	1.01
201295--201344	13	3.7	14	79	12	52	62	0	2	36	1.07
201400--201503	35	2.9	36	86	5	138	41	2	12	43	1.57
201556--201596	4	10.5	4	94	5	75	24	0	0	75	0.80
201556--201599	15	2.9	15	96	3	79	25	0	0	75	0.81
203123--203284	65	2.5	65	84	4	193	33	17	21	27	1.96
204699--204762	21	3.0	21	88	4	101	23	26	23	26	2.00
207991--208132	64	2.2	64	83	3	169	36	17	18	27	1.93
208028--208149	64	1.9	66	89	6	196	35	15	21	27	1.94
209565--209628	21	3.0	21	88	4	101	23	26	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211145--211183	20	2.0	20	85	10	53	48	2	2	46	1.29
211502--211548	23	2.0	23	91	0	76	19	19	8	53	1.70
211505--211559	23	2.4	23	81	3	67	18	20	10	50	1.76
215647--215698	23	2.2	24	80	10	63	50	0	1	48	1.12
215645--215862	104	2.1	102	82	3	258	44	8	7	38	1.63
215906--216003	25	4.1	23	66	22	58	56	1	2	40	1.18
217115--217167	3	17.7	3	77	14	56	62	0	0	37	0.96
217117--217164	10	4.9	10	82	12	64	62	0	0	37	0.95
217120--217170	25	2.0	25	85	7	68	60	0	0	39	0.97
217721--218018	101	3.0	101	86	4	406	28	20	14	37	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6