genome.fa.s8694.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008694.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111723_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1352611

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  4  of  6  ( 663 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
655425--655459	2	17.0	2	94	5	61	48	2	0	48	1.16
656075--656126	14	3.6	15	82	12	56	44	1	0	53	1.11
656058--656117	22	2.6	24	78	19	74	40	3	1	55	1.27
656778--656986	115	1.8	114	84	1	283	43	11	12	32	1.78
657922--657972	18	2.9	18	91	2	77	37	7	27	27	1.84
658211--658753	267	2.1	253	84	11	699	39	20	11	28	1.87
658211--658753	262	2.1	258	87	8	771	39	20	11	28	1.87
659728--659984	47	5.5	47	78	3	268	33	15	17	34	1.91
661850--661897	24	2.0	24	100	0	96	41	16	4	37	1.68
665144--665181	14	2.7	15	84	8	53	28	28	13	28	1.94
669043--669099	26	2.1	25	84	12	69	40	5	8	45	1.58
669174--669224	26	1.9	27	84	4	68	35	0	3	60	1.15
669174--669231	27	2.1	27	81	6	64	36	0	3	60	1.14
676309--676341	10	3.4	10	91	4	50	18	39	18	24	1.92
676395--676429	18	1.9	18	88	11	54	22	42	17	17	1.88
684972--685018	17	2.8	17	90	0	76	21	36	21	21	1.96
686143--686185	20	2.0	20	86	8	59	25	32	2	39	1.69
689670--689745	32	2.4	31	86	8	109	10	23	31	34	1.89
691079--691229	65	2.3	65	86	2	196	29	21	17	31	1.96
693249--693279	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
700370--700496	64	2.0	64	85	3	175	27	24	16	31	1.96
701447--702083	319	2.0	310	92	3	1051	26	26	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
704002--704261	47	5.5	47	76	5	211	31	15	18	33	1.92
704092--704307	94	2.3	94	79	1	209	32	16	17	33	1.92
704183--704309	47	2.7	47	82	0	137	33	18	16	31	1.94
707130--707215	45	1.9	45	100	0	172	32	3	13	50	1.59
708131--708240	56	2.0	56	88	0	166	36	18	19	26	1.94
715568--715827	36	7.2	36	91	0	394	18	26	22	31	1.97
715566--715827	108	2.4	108	93	0	434	19	27	22	31	1.98
718103--718216	47	2.4	46	80	2	111	34	18	17	29	1.94
719641--719712	33	2.2	32	82	4	83	16	15	19	48	1.81
723280--723304	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
724495--724555	12	5.1	12	73	15	63	44	0	55	0	0.99
724495--724555	24	2.5	24	94	0	113	44	0	55	0	0.99
724760--724917	21	7.8	20	70	7	77	37	25	17	18	1.93
724885--725117	20	11.6	20	87	4	326	34	28	19	18	1.95
725496--725552	14	3.7	14	70	20	51	8	24	21	45	1.80
725486--725556	33	2.2	33	97	0	133	9	23	18	47	1.78
725484--725534	14	3.0	18	70	24	56	9	23	21	45	1.82
725636--725712	21	3.7	21	79	6	102	46	18	22	12	1.82
725697--725753	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
725689--725769	33	2.5	33	93	0	135	46	20	22	9	1.80
725765--725820	19	3.2	18	71	21	57	10	25	19	44	1.83
725770--725836	33	2.2	31	85	15	88	10	22	22	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
727798--727926	19	7.3	19	76	17	134	46	28	16	8	1.76
727852--727910	14	3.9	14	76	20	64	47	28	16	6	1.72
727832--727926	33	2.9	33	93	0	163	47	28	16	7	1.74
727798--727926	52	2.5	52	75	12	147	46	28	16	8	1.76
727922--728094	19	9.6	19	76	12	150	10	20	23	45	1.82
727944--728000	14	3.7	14	75	20	51	10	22	22	43	1.84
727922--728094	33	4.8	38	80	8	159	10	20	23	45	1.82
728502--728542	21	2.0	21	85	0	55	26	34	14	24	1.94
730008--730043	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
730150--730248	19	5.4	19	83	14	136	45	17	23	14	1.84
730150--730267	53	2.2	53	96	3	220	44	17	24	13	1.85
730257--730466	72	2.9	70	84	9	253	15	21	17	45	1.85
730334--730480	33	4.2	33	81	13	188	13	21	18	46	1.83
730263--730488	53	4.3	53	85	9	284	14	21	17	46	1.83
732763--732787	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
732962--733008	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
733700--733928	20	11.4	20	87	1	244	19	17	25	37	1.94
735690--735783	31	3.2	30	71	11	95	42	4	17	36	1.68
735625--735784	58	2.7	61	83	5	193	41	5	20	33	1.73
738507--738561	5	10.8	5	86	7	67	20	16	0	63	1.31
738813--738868	18	3.3	17	80	14	71	78	5	12	3	1.05
738833--738882	23	2.2	22	86	10	66	76	4	14	6	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
749539--749563	11	2.3	11	100	0	50	16	36	8	40	1.77
755694--755743	25	2.0	25	84	4	64	32	4	20	44	1.70
755643--756203	76	7.5	76	75	7	482	26	9	20	43	1.83
755924--756216	153	1.9	153	89	0	451	26	9	22	41	1.84
763401--763442	18	2.4	18	80	4	50	23	28	7	40	1.81
765383--765421	20	2.0	20	89	0	60	33	23	10	33	1.88
765793--765832	19	2.1	19	85	0	53	52	22	2	22	1.59
765853--765907	19	2.9	19	81	5	58	41	16	3	38	1.66
767729--768093	84	4.3	84	77	2	315	19	26	15	38	1.91
767653--768075	168	2.5	166	74	8	390	18	26	16	39	1.91
771568--771594	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
771907--771991	37	2.3	37	81	8	100	62	12	10	14	1.55
776998--777040	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
777201--777301	13	7.8	13	88	0	130	36	19	15	27	1.93
779463--779726	82	3.2	81	83	3	298	40	17	6	35	1.76
780448--780514	6	11.2	6	93	0	98	35	4	11	47	1.61
781219--781256	20	1.9	20	88	0	58	36	0	0	63	0.95
782110--782184	36	2.1	36	100	0	150	26	2	28	42	1.69
783601--783648	21	2.3	21	81	0	60	62	0	0	37	0.95
786033--786186	81	1.9	82	82	2	193	42	6	11	39	1.66
787828--787891	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
797868--797914	19	2.5	19	100	0	94	38	4	0	57	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812385--812413	14	2.1	14	100	0	58	20	13	20	44	1.85
813067--813325	2	136.5	2	68	25	147	52	5	0	41	1.28
813074--813347	5	56.2	5	68	24	110	53	5	0	40	1.30
813067--813346	7	39.4	7	72	19	176	52	5	0	40	1.30
814413--814465	27	2.0	27	100	0	106	37	13	7	41	1.72
818417--818446	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
825890--826043	80	1.9	79	92	3	256	27	23	11	37	1.90
825980--826284	34	8.0	35	71	23	217	27	24	11	36	1.89
825899--826156	113	2.3	114	91	0	410	27	24	10	37	1.89
826024--826289	79	3.4	79	90	3	421	28	24	10	36	1.89
826713--826768	22	2.5	22	94	0	94	28	19	16	35	1.93
826870--826928	30	2.0	30	96	0	109	33	25	10	30	1.89
830634--831281	7	92.9	7	70	16	388	51	6	1	41	1.35
830634--831281	2	347.0	2	66	26	263	51	6	1	41	1.35
838615--838656	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
843407--843468	31	2.0	32	87	3	90	48	12	20	17	1.80
845622--845727	51	2.1	50	82	10	126	23	11	5	59	1.53
845762--845809	16	2.9	16	81	12	53	14	2	4	79	0.98
849168--849199	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
849529--849569	20	2.2	20	86	8	59	80	4	14	0	0.87
850695--850867	57	3.1	56	76	15	196	32	8	17	41	1.80
851232--851365	38	3.5	38	79	1	160	29	15	17	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851607--851778	40	4.4	40	91	5	271	30	18	16	35	1.92
851920--852144	92	2.4	92	82	0	279	34	21	16	28	1.95
855512--855537	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
855836--855882	5	9.4	5	81	9	60	78	0	21	0	0.75
856495--856558	28	2.3	28	83	0	83	39	35	4	20	1.73
857291--857517	38	5.9	38	85	2	285	33	14	15	36	1.88
857294--857519	77	2.9	77	86	2	294	33	14	15	36	1.88
857438--857498	19	3.2	20	67	9	54	26	13	18	42	1.86
857291--857509	115	1.9	115	86	1	314	32	15	15	36	1.89
859081--859141	21	2.8	21	87	5	77	14	3	4	77	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6