genome.fa.s8726.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008726.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111792_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1298898

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32--95	20	3.3	19	74	8	67	37	18	23	20	1.94
29--120	40	2.3	39	88	5	132	38	17	23	20	1.93
106--154	19	2.6	19	77	6	55	40	20	18	20	1.91
107--181	39	1.9	38	81	2	87	38	22	16	22	1.92
149--198	18	2.6	20	84	12	61	30	30	16	24	1.96
720--764	19	2.4	19	88	0	63	51	26	13	8	1.70
760--929	19	9.1	19	81	10	172	12	21	22	43	1.86
760--929	39	4.5	37	76	14	161	12	21	22	43	1.86
2944--3010	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
4569--4686	19	6.7	19	66	19	76	13	23	20	42	1.88
4573--4666	33	2.8	33	98	0	179	12	24	19	43	1.85
6951--6975	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
8147--8197	20	2.5	20	93	0	84	33	23	23	19	1.97
8249--8287	18	2.2	18	95	0	69	15	15	17	51	1.77
8404--8440	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
10306--10373	20	3.5	20	83	2	84	38	23	23	14	1.92
10362--10419	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
10345--10424	32	2.4	33	93	4	135	47	23	18	10	1.79
10431--10494	19	3.6	19	74	20	75	12	20	21	45	1.84
10479--10533	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
11006--11050	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
12670--12712	21	2.0	22	90	4	70	18	16	46	18	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12898--12991	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
12878--12992	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
12920--13054	41	3.3	41	81	4	130	20	21	20	37	1.94
12981--13073	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
12981--13076	41	2.3	41	98	0	183	18	23	17	39	1.92
28525--28562	18	2.1	18	90	0	58	5	31	26	36	1.79
51002--51040	19	2.1	19	100	0	78	41	0	17	41	1.50
54649--54735	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
55266--55334	27	2.6	27	92	0	120	21	17	42	18	1.90
56854--57186	111	3.0	111	97	0	621	44	10	8	36	1.69
57248--57288	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
57937--57971	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
71015--71323	111	2.8	111	89	3	462	31	23	14	30	1.94
73522--73617	3	33.3	3	85	8	137	62	1	1	35	1.09
74292--74380	30	3.0	29	81	14	110	38	14	16	30	1.89
74330--74393	30	2.2	30	85	2	85	45	17	12	25	1.83
74348--74575	66	3.4	66	81	5	280	43	14	12	28	1.83
74645--74708	32	2.0	32	90	0	101	29	28	15	26	1.96
75755--75784	12	2.5	12	94	0	51	0	10	6	83	0.81
79561--79723	29	5.5	29	74	14	118	61	6	9	21	1.50
79583--79717	29	4.6	29	77	11	139	61	5	11	21	1.50
79583--79743	60	2.7	61	79	6	152	60	7	12	19	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80249--80292	7	6.3	7	100	0	88	13	29	0	56	1.38
80915--80963	22	2.3	22	82	3	64	16	30	42	10	1.81
82957--83090	54	2.5	54	86	2	180	29	20	17	33	1.95
83058--83195	54	2.6	54	72	9	127	23	18	20	37	1.94
88677--88730	20	2.7	21	77	5	58	50	11	12	25	1.74
89463--89922	228	2.0	228	91	0	751	35	7	20	35	1.82
90695--90737	18	2.4	18	92	0	68	30	16	34	18	1.93
94126--95421	646	2.0	647	92	1	2170	34	15	11	38	1.84
96114--96147	17	2.0	17	88	11	52	26	41	17	14	1.88
96190--96229	21	1.9	21	89	0	62	30	25	27	17	1.97
96257--96296	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
96644--96702	18	3.4	18	72	27	65	15	22	40	22	1.90
96646--96710	32	2.0	33	93	3	114	15	24	36	23	1.93
100146--100222	23	3.5	22	73	20	79	27	23	24	24	2.00
107774--107824	3	17.3	3	83	4	59	68	3	27	0	1.07
107778--107820	12	3.6	12	93	0	68	72	4	23	0	1.04
109470--109527	18	3.0	19	87	9	82	29	12	8	50	1.69
109746--109793	15	2.9	16	77	22	55	22	41	22	12	1.88
110623--110882	54	4.8	53	85	3	324	34	20	17	27	1.95
113829--113908	20	3.7	21	80	16	101	21	23	30	25	1.99
113829--113908	23	3.7	22	82	12	85	21	23	30	25	1.99
117785--118005	117	1.9	117	83	5	286	28	14	8	48	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119642--119882	54	4.5	54	86	2	315	33	21	18	26	1.96
119642--119882	107	2.2	108	85	1	331	33	21	18	26	1.96
125652--125710	21	2.8	21	84	0	73	27	16	16	38	1.91
125753--125812	21	2.9	21	92	0	93	21	18	31	28	1.97
135207--135294	46	1.9	46	92	0	149	23	20	9	46	1.79
135582--136020	54	8.2	53	85	4	490	28	16	21	33	1.95
135599--136020	108	3.9	108	85	5	547	28	16	21	33	1.95
135770--135909	27	5.2	27	63	19	76	30	17	20	31	1.95
136438--136510	20	3.5	20	84	3	92	21	23	12	42	1.87
136476--136528	19	2.6	21	82	8	65	30	18	13	37	1.89
138544--138576	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
142403--142451	4	12.0	4	78	4	53	28	4	2	65	1.22
142434--142494	23	2.7	23	76	0	59	21	3	9	65	1.37
144342--144380	15	2.6	15	91	0	60	15	0	51	33	1.44
144350--144387	18	2.1	18	90	0	58	15	0	50	34	1.45
159031--159064	16	2.1	16	100	0	68	44	11	11	32	1.77
160507--160555	9	5.0	9	77	18	53	2	22	44	30	1.64
160496--160546	22	2.3	22	83	6	59	5	25	39	29	1.79
166379--166420	21	2.0	21	90	0	66	28	19	14	38	1.90
167857--167889	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
169723--169783	3	21.0	3	93	6	108	67	0	0	32	0.91
170048--170102	21	2.6	21	77	8	58	20	20	23	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170082--170328	74	3.3	74	95	0	440	31	21	18	28	1.97
170950--171028	22	3.6	22	85	0	104	34	12	17	35	1.88
172397--172536	75	1.9	75	86	0	199	30	20	13	35	1.91
175153--175214	32	1.9	32	100	0	124	19	17	17	45	1.86
178635--178719	43	2.0	44	88	2	127	36	23	11	28	1.90
181215--181247	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
181575--181618	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
183121--183164	3	15.0	3	95	4	81	65	0	0	34	0.93
194859--194899	18	2.3	18	95	0	73	26	14	31	26	1.95
202139--202295	73	2.2	73	94	0	269	43	13	21	21	1.86
204282--204327	23	2.0	22	83	4	56	19	17	26	36	1.94
204306--204393	24	3.7	24	86	1	115	28	25	18	28	1.98
204333--204405	24	3.0	23	88	7	85	31	26	16	26	1.96
205241--205283	18	2.4	18	80	7	52	58	0	32	9	1.30
208692--208736	23	2.0	23	81	0	54	26	24	26	22	2.00
208960--209019	31	2.0	30	87	9	86	36	25	1	36	1.66
211317--211372	22	2.5	22	88	5	69	30	17	8	42	1.80
214495--214520	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
220329--220356	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
223250--223450	102	2.0	102	92	2	332	31	19	18	30	1.96
224765--224819	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
227653--227694	19	2.2	20	82	4	50	45	2	7	45	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233478--233510	16	2.1	16	94	0	57	33	27	6	33	1.81
238340--238389	23	2.2	23	100	0	100	40	16	14	30	1.87
244493--244841	36	9.8	36	79	6	325	26	40	11	21	1.87
244524--244818	105	2.8	105	77	10	301	26	39	12	22	1.89
244493--244818	69	4.6	72	81	4	322	26	40	11	20	1.87
247605--247648	23	2.0	22	86	4	61	43	9	18	29	1.80
250038--250090	22	2.5	22	87	3	81	32	9	33	24	1.87
251749--251797	15	3.3	15	82	0	62	28	8	18	44	1.78
252588--252686	38	2.6	39	85	4	139	9	32	23	35	1.86
254128--254982	183	4.7	183	88	2	1130	42	12	15	28	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6