genome.fa.s8726.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008726.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111792_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1298898

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
692894--692943	25	2.0	25	84	11	66	56	0	4	40	1.18
711939--711968	15	1.9	16	93	6	53	0	30	3	66	1.07
717205--717324	53	2.3	53	97	0	222	31	18	20	30	1.96
718021--718061	18	2.3	18	91	4	66	19	17	34	29	1.94
719574--719609	18	2.0	18	94	0	63	25	13	16	44	1.85
720352--720391	21	1.9	21	84	0	53	45	0	0	55	0.99
721100--721145	19	2.5	19	85	3	58	32	8	0	58	1.28
721719--721818	23	4.4	23	94	1	166	35	28	13	24	1.92
721902--721955	20	2.7	20	85	0	63	59	16	9	14	1.60
721921--721959	20	2.0	20	94	0	69	61	17	5	15	1.51
723869--724028	71	2.3	70	79	6	162	41	7	5	45	1.56
723841--724028	36	5.2	35	80	12	166	41	6	5	46	1.53
728391--728441	18	2.8	17	80	16	57	29	1	3	64	1.22
729448--729656	64	3.3	62	78	13	196	26	19	23	30	1.98
729993--730044	17	2.7	20	77	22	65	38	28	0	32	1.57
730006--730041	17	2.1	17	100	0	72	44	19	0	36	1.51
730115--730141	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
735014--735053	21	1.9	21	85	10	55	35	7	2	55	1.42
736997--737157	65	2.5	65	85	5	202	28	19	23	28	1.98
737170--737219	20	2.5	20	93	0	82	22	16	34	28	1.95
742045--742093	21	2.3	21	92	0	80	0	40	18	40	1.50
742045--742115	25	3.0	24	84	9	76	0	42	16	40	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
742090--742146	20	2.8	20	83	2	78	1	42	15	40	1.58
742092--742146	23	2.7	22	79	17	57	1	41	16	40	1.59
742637--742721	41	2.0	43	95	4	156	31	18	25	23	1.97
744871--744981	39	2.8	39	80	12	138	34	18	0	45	1.56
746458--746610	65	2.4	64	84	7	195	30	18	20	30	1.97
746456--746662	65	3.2	62	73	14	168	27	18	22	32	1.97
750230--750264	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
753143--753195	27	2.0	27	100	0	106	35	15	22	26	1.93
755290--755331	22	1.9	22	85	0	57	38	2	16	42	1.61
755333--755478	36	3.9	37	74	7	116	42	4	11	41	1.60
755499--755548	22	2.5	19	82	17	66	50	0	6	44	1.26
755485--755550	24	2.9	24	84	11	93	46	0	9	43	1.35
755559--755636	12	6.9	11	73	22	56	35	1	1	61	1.12
755556--755634	14	5.4	14	76	18	65	36	1	1	60	1.13
756922--756964	14	3.0	14	75	3	50	20	6	0	72	1.08
757410--757447	14	2.6	14	88	12	51	23	13	2	60	1.45
757940--757965	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
768341--768379	21	1.9	21	89	5	62	25	15	23	35	1.94
771502--771565	13	4.9	13	90	0	101	26	23	18	31	1.98
784077--784109	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
785695--785746	23	2.4	22	81	12	54	44	1	15	38	1.58
785687--785745	22	2.7	20	75	17	55	42	1	15	40	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
785765--785816	22	2.6	19	83	16	70	48	0	7	44	1.31
785692--785806	60	1.9	58	84	8	151	43	2	13	40	1.58
785770--785814	22	2.2	20	92	8	72	48	0	6	44	1.29
785822--785901	5	16.2	5	80	12	94	38	0	0	61	0.96
785842--785915	12	5.8	12	75	19	69	39	0	0	60	0.97
785822--785906	38	2.2	39	84	12	113	40	0	0	60	0.97
785826--785914	14	6.6	14	71	18	57	40	0	0	59	0.97
787176--787231	28	1.9	30	89	7	89	25	5	3	66	1.29
787825--787873	20	2.5	20	83	3	64	26	22	24	26	2.00
793870--793904	11	3.2	11	91	0	52	25	22	2	48	1.64
800840--800874	18	1.9	18	100	0	70	22	11	28	37	1.89
800843--800886	18	2.3	18	84	7	52	27	13	27	31	1.94
801312--801541	56	4.3	56	83	13	306	36	12	18	32	1.89
801414--801507	47	2.0	47	97	0	179	37	10	18	34	1.85
808570--808644	21	3.5	21	73	20	57	24	33	26	16	1.95
817379--817686	56	5.5	56	88	2	438	37	11	16	34	1.84
817390--817686	112	2.7	112	93	0	486	38	10	16	34	1.84
821432--821474	20	2.2	20	87	8	61	16	11	27	44	1.82
827220--827264	21	2.1	21	84	8	56	26	6	0	66	1.16
827465--827530	23	2.9	23	86	0	78	24	19	24	31	1.98
827488--827555	23	3.1	21	81	10	57	27	17	23	30	1.97
830404--830468	21	3.0	21	77	6	69	27	15	21	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
837569--837631	23	2.7	23	92	0	99	14	25	25	34	1.94
838233--838309	21	3.7	21	82	3	93	31	11	5	51	1.60
838973--839000	13	2.2	13	100	0	56	14	0	42	42	1.45
853475--853509	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
853752--853789	3	12.7	3	94	0	67	36	31	0	31	1.58
854147--854188	22	2.0	21	90	4	66	69	2	0	28	1.01
855562--855626	2	32.5	2	93	0	112	0	53	0	46	1.00
856153--856238	45	1.9	45	81	9	104	45	4	4	45	1.45
856191--856262	35	2.1	33	82	10	83	51	4	2	41	1.35
856191--856262	34	2.1	34	82	10	85	51	4	2	41	1.35
858978--859015	18	2.1	18	85	9	51	47	0	2	50	1.15
859153--859211	2	29.5	2	100	0	118	50	0	0	49	1.00
859898--859972	20	3.7	20	82	10	89	36	20	9	34	1.84
863420--863472	20	2.7	19	77	13	54	37	9	18	33	1.83
863584--863637	20	2.6	21	79	5	65	38	20	7	33	1.80
863854--863900	20	2.3	21	85	3	60	51	8	0	40	1.33
867388--867435	10	4.7	10	78	12	53	33	0	2	64	1.05
874932--874976	21	2.0	23	87	8	67	24	4	0	71	1.05
874932--874967	10	3.5	10	88	7	54	22	2	0	75	0.94
876486--876605	64	1.9	62	84	8	161	38	15	19	26	1.92
877614--877649	15	2.4	15	85	0	54	44	0	22	33	1.53
877959--878180	103	2.2	103	95	1	410	27	14	22	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
878188--878233	23	2.0	23	91	0	74	17	23	26	32	1.97
881808--881860	13	3.9	14	82	12	58	79	0	16	3	0.88
881817--881862	19	2.6	18	86	10	67	82	0	15	2	0.76
883122--883824	132	5.3	130	80	8	692	34	21	16	27	1.95
883126--883822	262	2.6	262	81	5	811	34	21	16	27	1.95
884003--884067	3	21.0	3	76	17	62	33	0	0	66	0.92
884009--884044	13	2.8	13	100	0	72	36	0	0	63	0.94
884008--884068	13	4.9	14	79	20	64	32	0	0	67	0.91
884007--884071	16	4.3	15	75	14	62	32	0	0	67	0.91
885706--885752	21	2.3	20	79	13	51	42	0	2	55	1.12
891679--891731	21	2.5	21	81	6	63	22	26	18	32	1.97
891717--891767	21	2.5	21	87	3	77	41	15	19	23	1.90
895223--895350	19	7.5	19	65	24	70	45	15	25	14	1.83
895223--895346	33	3.8	33	90	0	194	45	15	25	14	1.84
895346--895387	19	2.2	19	83	8	50	16	19	23	40	1.91
895356--895396	19	2.2	19	86	0	55	14	19	19	46	1.84
895495--895531	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
896884--896950	21	3.2	21	72	4	64	17	20	37	23	1.94
897426--897528	19	5.6	19	71	17	92	47	20	20	11	1.81
897525--897609	19	4.4	19	84	10	102	10	20	22	47	1.80
897525--897607	38	2.2	39	91	2	132	10	20	22	45	1.82
897535--897615	19	4.2	19	92	3	135	8	22	19	49	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
897718--898069	93	3.8	94	92	3	554	47	18	12	21	1.82
899807--899886	33	2.4	33	91	0	124	11	20	21	47	1.80
899871--899921	20	2.5	20	93	0	84	13	13	17	54	1.70
900471--900564	20	4.7	20	86	2	143	20	21	20	38	1.94
900471--900564	41	2.3	41	90	1	145	20	21	20	38	1.94
900561--900606	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
903367--903420	16	3.4	16	84	0	72	7	9	33	50	1.62
905316--905512	97	2.0	97	99	0	385	42	16	11	29	1.83
906449--906514	31	2.1	31	91	5	107	43	13	6	36	1.69
914547--914598	3	17.3	3	100	0	104	0	34	0	65	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6