genome.fa.s8727.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008727.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111794_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1388410

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1441--1501	32	1.9	32	86	0	86	29	1	44	24	1.63
1691--1737	14	3.3	14	77	14	51	53	0	42	4	1.20
3272--3334	19	3.4	19	95	2	110	31	3	9	55	1.48
3418--4810	197	7.1	198	94	3	2389	37	15	15	32	1.88
3418--4810	393	3.6	395	94	3	2396	37	15	15	32	1.88
6262--6323	18	3.4	18	88	0	88	38	6	33	20	1.79
6262--6323	6	10.3	6	83	0	61	38	6	33	20	1.79
6277--6327	3	17.0	3	83	0	66	37	3	33	25	1.74
6265--6327	12	5.2	12	90	0	81	36	6	33	23	1.80
7497--7557	21	2.7	23	80	10	72	37	6	18	37	1.76
7518--7567	23	2.3	21	83	13	57	38	2	16	44	1.59
26332--26434	48	2.1	48	87	0	152	33	27	10	28	1.90
32531--32574	21	2.2	19	84	12	52	70	6	4	18	1.27
51910--52020	53	2.1	53	100	0	222	33	9	9	48	1.66
53862--53941	40	2.0	41	92	2	135	33	11	15	40	1.82
54687--54752	34	1.9	35	81	9	82	71	0	12	16	1.15
54784--54818	17	2.1	17	88	0	52	77	0	5	17	0.96
56616--56751	36	3.9	35	78	13	136	30	10	18	40	1.84
56774--57005	36	6.7	36	72	16	123	40	11	17	30	1.85
56841--57080	65	3.6	65	73	13	227	42	10	17	29	1.84
56893--57015	34	3.5	36	77	7	126	39	11	17	30	1.85
56728--57109	135	2.8	135	82	7	423	40	11	18	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56893--57116	36	6.5	36	70	14	148	41	10	18	29	1.84
56947--57153	101	2.0	101	83	5	258	42	11	17	28	1.84
57100--57198	29	3.4	29	90	0	144	38	9	18	34	1.82
57187--57303	36	3.2	36	86	3	155	40	8	17	33	1.80
57199--57317	36	3.3	35	85	5	141	41	9	17	31	1.81
66067--66091	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
66978--67060	41	2.0	41	100	0	166	31	9	8	50	1.65
69808--70011	83	2.4	86	80	7	238	34	19	23	23	1.96
69810--70206	126	3.1	128	79	5	333	34	18	22	24	1.96
69864--70233	84	4.4	84	82	3	370	32	19	22	24	1.97
69808--70233	43	10.0	42	77	4	356	33	19	22	23	1.97
72943--73140	40	4.9	40	76	6	141	36	19	16	27	1.93
72991--73140	41	3.6	42	75	6	110	38	20	15	26	1.91
74849--74941	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
74849--74941	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
74868--75002	41	3.3	41	82	6	132	38	20	21	19	1.94
74930--75023	20	4.7	20	80	2	89	34	24	18	23	1.96
75229--75293	27	2.3	27	84	5	76	43	32	4	20	1.72
75570--75768	19	10.7	19	78	14	193	12	21	22	43	1.85
75570--75672	39	2.6	39	92	4	181	10	19	23	46	1.81
75655--75740	33	2.6	33	92	1	136	11	24	25	38	1.89
76565--76608	17	2.6	17	85	3	54	86	2	6	4	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76584--76631	12	4.1	12	81	5	53	85	4	0	10	0.73
76571--76629	26	2.3	26	80	19	70	84	5	1	8	0.82
76583--76617	14	2.4	14	90	4	52	91	5	0	2	0.50
76551--76608	23	2.8	20	87	12	75	82	3	8	5	0.92
77398--77440	22	2.0	21	86	8	61	74	0	0	25	0.82
81023--81064	20	2.1	20	100	0	84	19	14	14	52	1.75
87445--87489	20	2.2	20	100	0	90	48	4	4	42	1.43
87738--87827	45	2.0	45	86	0	126	21	28	11	38	1.87
89447--89900	240	1.9	238	84	2	615	31	16	23	28	1.96
93863--93895	12	2.6	13	85	9	50	30	0	0	69	0.88
93853--93916	19	3.4	21	82	18	63	28	0	1	70	0.97
94142--94168	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
95159--95209	24	2.1	24	92	0	84	21	21	15	41	1.90
96204--96245	20	2.0	20	86	4	57	14	4	9	71	1.28
96380--96435	25	2.2	25	96	0	103	42	3	28	25	1.71
98641--98698	3	19.3	3	92	0	98	34	3	0	62	1.12
98641--98698	21	2.8	21	100	0	116	34	3	0	62	1.12
98697--98726	14	2.1	15	93	6	53	60	0	0	40	0.97
100065--100104	12	3.1	13	82	10	55	40	0	0	60	0.97
111441--111511	8	8.1	8	80	16	79	81	0	18	0	0.69
111444--111511	9	7.2	9	79	14	75	82	0	17	0	0.67
111441--111511	17	4.1	16	84	12	79	81	0	18	0	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111444--111511	20	3.6	19	84	15	88	82	0	17	0	0.67
111453--111511	17	3.2	18	88	9	84	83	0	16	0	0.66
112647--112959	83	3.8	83	97	0	590	24	12	23	38	1.90
113687--114468	113	6.9	113	91	2	1106	39	13	18	28	1.89
114785--114843	3	19.7	3	96	0	109	35	0	0	64	0.94
114839--114869	12	2.7	12	95	5	55	54	0	0	45	0.99
116229--116268	12	3.1	13	82	10	55	40	0	0	60	0.97
117336--117465	58	2.2	58	88	6	188	28	3	12	56	1.51
117434--117533	25	4.3	25	72	14	79	30	0	14	56	1.39
118142--118184	17	2.4	18	88	3	61	25	6	0	67	1.15
118233--118282	19	2.5	20	83	6	66	22	8	0	70	1.13
118224--118282	19	3.1	19	75	4	57	23	6	0	69	1.12
122991--123200	65	3.2	64	81	12	259	26	18	24	30	1.98
125843--125924	23	3.6	22	78	8	76	24	24	26	24	2.00
125847--125924	21	3.4	23	77	8	72	25	24	25	24	2.00
132481--132696	76	2.8	75	88	6	292	29	1	11	57	1.43
133358--133410	15	3.3	15	76	12	52	20	5	0	73	1.03
133344--133416	20	3.7	20	77	18	64	20	6	1	71	1.17
143905--143990	2	43.0	2	100	0	172	50	0	0	50	1.00
144187--144227	18	2.3	18	86	0	55	65	2	0	31	1.05
144224--144258	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
145610--145660	3	17.0	3	80	8	59	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145626--145688	21	3.0	20	79	6	72	79	1	0	19	0.82
145626--145700	6	12.3	6	80	17	75	78	2	1	17	0.93
145626--145702	27	2.8	26	77	11	75	79	2	1	16	0.92
145935--146028	39	2.4	39	87	0	134	21	22	9	46	1.79
145964--146625	123	5.6	118	81	10	614	26	20	14	38	1.91
147007--147080	22	3.4	22	92	0	121	39	10	16	33	1.83
152210--152245	18	2.0	18	100	0	72	44	16	22	16	1.86
152842--153021	64	2.8	60	76	13	166	28	16	26	29	1.97
152968--153018	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
153032--153071	21	1.9	21	90	10	64	25	15	27	32	1.95
155182--155219	18	2.1	19	85	9	53	26	0	21	52	1.47
155560--155682	44	2.8	43	72	14	108	27	20	26	26	1.99
161324--161372	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
161344--161551	64	3.2	64	78	12	178	26	16	25	32	1.96
161450--161488	19	2.1	19	85	0	51	28	17	33	20	1.96
161513--161552	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
164784--164827	20	2.2	20	87	0	61	65	11	6	15	1.44
164813--164852	6	6.7	6	97	0	62	52	10	15	22	1.71
166966--167005	11	3.3	13	80	13	50	47	0	2	50	1.14
167244--167283	17	2.3	17	86	4	53	65	2	0	32	1.06
168593--168660	3	22.3	3	88	5	93	67	0	0	32	0.91
168601--168677	23	3.3	23	81	13	88	71	1	0	27	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168598--168678	26	3.1	26	81	12	94	71	1	0	27	0.93
173894--173942	22	2.2	20	77	19	53	30	10	14	44	1.78
173902--173948	23	2.0	24	92	8	80	27	8	14	48	1.73
173905--173956	22	2.4	21	84	15	63	25	9	9	55	1.62
177416--177453	18	2.1	18	95	0	67	34	10	7	47	1.67
185605--185643	13	3.0	13	100	0	78	23	0	7	69	1.14
192622--193233	83	7.5	82	74	9	400	25	20	23	30	1.98
192679--193233	164	3.4	164	86	5	703	25	20	23	29	1.99
198454--198505	20	2.6	21	74	20	56	69	7	1	21	1.24
199902--200180	37	7.6	37	81	10	272	45	4	4	45	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8