genome.fa.s8727.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008727.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111794_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1388410

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  4  of  8  ( 846 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
636557--636674	42	2.7	44	84	5	134	38	22	16	21	1.93
636602--636696	21	4.5	21	83	0	109	38	24	13	23	1.91
636602--636696	42	2.3	42	86	0	127	38	24	13	23	1.91
644472--644527	20	2.8	20	86	0	76	30	17	14	37	1.90
644755--644811	18	2.9	19	82	12	71	49	7	12	31	1.67
649763--649808	18	2.5	18	83	16	51	41	6	23	28	1.79
651266--651351	21	4.2	20	79	5	75	43	18	13	24	1.87
651280--651370	41	2.2	41	80	7	96	37	19	15	27	1.92
651296--651355	20	3.0	21	81	13	72	36	21	20	21	1.95
653080--653150	22	3.2	22	80	7	81	22	18	21	38	1.94
654455--654497	3	14.7	3	95	4	79	34	0	0	65	0.93
660221--660273	2	26.5	2	100	0	106	0	0	49	50	1.00
661653--661852	36	5.4	38	78	13	143	33	19	14	32	1.92
661675--661814	36	3.9	35	86	5	165	32	20	14	32	1.93
661711--661879	36	4.6	37	79	8	157	30	20	14	35	1.92
662358--662429	38	1.9	37	85	2	99	36	20	12	30	1.90
662559--663070	134	3.9	132	83	4	550	25	29	18	26	1.98
662742--662931	43	4.4	44	67	15	117	25	32	17	23	1.97
663250--663331	3	27.7	3	95	2	148	32	0	0	67	0.91
668532--668565	16	2.1	16	100	0	68	32	17	20	29	1.96
679547--679581	6	5.8	6	90	9	54	51	0	0	48	1.00
681879--681930	16	3.3	15	72	17	52	67	3	7	21	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
681879--681956	15	5.0	15	71	21	54	64	3	6	25	1.35
681879--681940	31	2.0	31	87	0	88	66	3	6	24	1.30
681821--681964	58	2.5	56	79	9	132	61	3	7	27	1.39
681908--681964	25	2.3	26	82	14	75	64	3	3	28	1.26
683931--683986	10	5.5	10	79	12	60	69	5	3	21	1.24
684060--684724	326	2.0	324	87	6	942	43	7	4	43	1.55
685841--685897	27	2.2	26	79	14	64	50	10	0	38	1.37
686552--686601	22	2.4	21	80	6	66	26	2	4	68	1.18
686591--686642	22	2.3	23	80	6	61	50	1	1	46	1.23
699405--699456	20	2.6	20	81	6	61	32	13	13	40	1.83
699561--699616	14	3.9	14	81	11	60	57	8	10	23	1.61
699561--699616	29	1.9	29	82	7	69	57	8	10	23	1.61
702975--703026	20	2.6	20	78	9	61	30	13	32	23	1.93
703052--703121	19	3.5	19	75	12	68	32	15	22	28	1.95
703582--703648	34	1.9	35	87	3	100	35	5	28	29	1.81
703638--703983	26	14.5	26	74	18	315	47	10	22	20	1.80
703637--703824	46	3.9	49	80	14	198	47	11	22	19	1.80
703710--704058	46	7.6	46	85	7	476	46	9	22	21	1.79
703637--704056	71	6.0	72	76	16	420	47	9	22	20	1.79
703963--704044	20	4.0	21	78	7	69	45	7	25	21	1.78
703710--704060	144	2.5	135	85	7	413	47	9	22	21	1.78
706172--706197	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
720407--720448	17	2.4	17	96	4	75	33	19	19	28	1.96
733600--733681	30	2.7	30	82	0	74	21	15	6	56	1.62
733624--733730	30	3.6	30	82	3	110	21	13	6	58	1.57
735567--735604	17	2.0	20	85	14	55	26	18	15	39	1.91
738103--738263	79	2.0	79	100	0	322	29	16	11	42	1.83
738276--738366	34	2.8	30	77	12	83	30	18	12	38	1.87
738625--738813	40	4.5	41	70	13	127	24	31	19	23	1.98
738439--738821	127	3.0	125	79	11	374	25	31	18	24	1.98
746898--747008	29	3.8	29	81	5	100	21	13	5	59	1.54
746927--747008	28	2.8	29	85	3	103	20	12	4	62	1.48
750861--750920	26	2.3	26	76	2	66	40	5	6	48	1.51
754170--754383	106	2.0	106	97	0	401	33	14	9	42	1.78
754537--754664	39	3.3	39	76	13	129	28	21	25	25	1.99
755267--755325	26	2.3	25	88	8	84	64	3	5	27	1.30
755531--755648	43	2.7	44	81	11	145	43	2	13	40	1.58
755676--755714	16	2.4	16	91	4	60	46	7	0	46	1.31
758327--758386	27	2.2	27	93	0	102	41	5	13	40	1.66
758336--758409	23	3.0	23	80	7	67	40	6	12	40	1.69
760684--760918	96	2.5	94	78	14	241	53	12	1	32	1.47
760415--761109	306	2.2	309	85	7	933	55	11	2	31	1.47
764329--764363	2	17.5	2	93	0	61	48	0	0	51	1.00
766113--766221	39	2.8	39	75	14	116	37	13	0	47	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
769190--769214	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
770958--771006	25	2.0	25	91	0	80	26	10	26	36	1.88
773125--773364	100	2.5	91	76	18	232	54	12	1	31	1.46
773169--773388	100	2.2	104	83	9	285	54	10	2	32	1.47
779020--779089	34	2.1	34	84	5	90	24	28	15	31	1.96
784030--784087	23	2.7	20	74	25	64	29	15	17	37	1.90
789845--789889	21	2.1	22	83	4	56	31	6	17	44	1.75
791778--791890	32	3.5	32	83	4	138	42	15	11	30	1.83
793137--793296	84	1.9	84	83	2	205	48	6	6	38	1.55
793824--793883	2	32.0	2	75	24	60	48	3	0	48	1.18
794008--794044	19	1.9	19	88	0	56	32	27	16	24	1.96
794152--794201	20	2.5	20	86	0	73	26	30	20	24	1.98
795019--795072	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
795269--795295	14	1.9	14	100	0	54	44	29	18	7	1.77
796889--796956	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82
796975--797032	20	2.9	20	89	0	89	17	24	22	36	1.95
798072--798125	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
798300--798324	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
800517--800631	21	5.5	21	73	13	85	22	19	36	21	1.95
800517--800610	42	2.2	42	84	3	118	21	19	37	22	1.95
800547--800628	42	2.0	42	85	4	112	23	17	39	20	1.92
801121--801164	20	2.2	20	95	0	79	50	22	13	13	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801151--801199	20	2.5	20	96	0	89	36	26	22	14	1.92
801204--801261	19	3.0	19	79	2	71	50	20	15	13	1.78
801222--801266	19	2.4	19	81	3	56	44	24	15	15	1.85
801262--801299	20	1.9	20	94	0	67	13	21	18	47	1.82
801266--801341	33	2.3	34	88	2	109	15	19	18	46	1.85
801333--801401	20	3.5	20	80	7	86	18	20	24	36	1.95
801560--801607	11	4.5	11	80	12	55	45	8	16	29	1.76
803316--803438	59	2.1	60	93	1	212	41	23	17	17	1.90
803316--803438	20	6.2	20	81	1	131	41	23	17	17	1.90
803854--803938	20	4.2	20	83	8	118	24	18	27	29	1.98
803823--803918	41	2.3	41	89	0	138	25	18	23	32	1.97
803913--804028	41	2.8	41	74	3	108	32	18	20	27	1.97
804045--804081	19	1.9	19	88	0	56	24	16	27	32	1.96
805105--805149	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
805162--805216	23	2.4	22	80	14	58	52	1	1	43	1.22
805179--805226	17	2.7	18	84	12	55	50	0	4	45	1.21
805163--805246	27	3.0	27	75	16	91	50	3	2	44	1.32
807397--807448	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
807437--807550	20	5.7	20	77	10	97	31	25	18	24	1.97
807434--807550	61	1.9	61	84	3	155	33	24	17	23	1.97
808104--808148	19	2.4	19	88	0	63	51	26	13	8	1.70
808153--808295	20	7.6	19	81	12	170	11	21	20	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
808144--808295	39	4.1	38	79	12	170	11	21	20	46	1.83
808206--808270	34	1.9	34	90	3	105	10	24	23	41	1.86
810296--810418	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
810352--810418	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
811777--811812	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
811991--812141	19	8.7	19	64	21	80	14	22	20	42	1.88
811995--812121	33	3.9	32	86	8	184	14	22	19	43	1.87
811988--812120	66	2.0	66	95	0	239	15	22	19	42	1.89
814413--814437	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
814612--814665	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8