genome.fa.s8727.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008727.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111794_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1388410

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815705--815762	20	2.9	20	94	0	98	37	22	22	17	1.93
815785--815858	19	4.5	16	83	16	66	13	20	18	47	1.82
815781--815848	19	3.8	19	87	12	101	13	22	17	47	1.82
815946--815982	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
817852--817921	19	3.6	19	82	3	86	37	22	24	15	1.93
817933--817990	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
817928--818006	32	2.4	33	95	2	142	10	18	24	46	1.80
817928--818006	14	4.8	17	71	22	62	10	18	24	46	1.80
817991--818045	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
818526--818570	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
819891--819944	20	2.8	20	80	2	65	48	22	16	12	1.80
820178--820221	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
820389--820484	20	4.6	22	71	12	69	22	16	21	38	1.93
820389--820486	41	2.4	41	84	0	133	22	16	21	39	1.92
820472--820564	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
820411--820545	41	3.3	41	82	4	139	19	21	20	38	1.94
820472--820564	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
827344--827922	265	2.2	254	87	8	817	26	13	19	40	1.88
831596--831633	15	2.4	17	87	12	55	31	5	21	42	1.75
831803--831873	26	2.8	26	81	10	76	22	23	25	28	2.00
831803--831887	25	3.4	26	82	9	88	24	23	23	28	2.00
838356--838387	15	2.1	15	94	0	55	28	6	15	50	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841377--841408	16	2.1	16	94	5	57	37	0	12	50	1.41
843125--843194	31	2.2	29	77	20	70	47	0	4	48	1.21
843225--843293	23	3.0	23	80	6	59	43	2	2	50	1.32
843444--843512	23	2.9	23	82	10	68	49	0	1	49	1.09
846630--846683	25	2.2	25	93	0	90	46	3	14	35	1.63
847488--847615	60	2.2	60	80	7	136	47	3	14	33	1.63
854879--854956	31	2.5	29	83	8	93	70	6	3	19	1.25
867017--867227	36	5.9	36	93	0	359	26	15	15	42	1.87
874681--874888	65	3.2	64	82	9	228	31	23	17	27	1.97
874681--874914	64	3.6	63	80	9	249	30	23	18	27	1.98
874679--874914	129	1.8	130	84	8	329	30	22	19	27	1.98
878050--878092	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
878072--878220	67	2.3	67	89	2	221	27	28	26	17	1.98
878184--878221	20	1.9	20	88	0	58	23	34	31	10	1.89
878857--878923	22	3.0	22	95	4	118	19	26	26	26	1.99
882487--882583	44	2.2	44	85	10	128	25	25	21	26	2.00
885007--885214	65	3.2	63	82	10	242	30	23	18	27	1.98
885005--885240	129	1.8	130	83	8	320	29	23	19	27	1.98
886261--886363	36	2.9	36	94	0	179	26	16	14	42	1.86
890242--890283	16	2.6	16	96	0	75	9	23	16	50	1.75
891297--891440	35	4.1	36	82	4	177	18	23	18	39	1.92
891297--891440	71	2.0	71	93	0	243	18	23	18	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
898359--898401	13	3.0	14	80	16	52	46	2	0	51	1.13
899570--899605	5	7.4	5	87	6	56	22	0	0	77	0.76
899617--899646	13	2.3	13	94	0	51	23	10	0	66	1.21
899687--899771	29	2.9	29	81	6	84	21	4	1	72	1.09
899747--899797	20	2.5	20	83	3	57	21	7	0	70	1.12
899766--899808	22	2.0	22	90	9	70	25	6	0	67	1.15
901677--901727	21	2.4	21	86	0	75	21	15	11	50	1.76
904729--904873	42	3.4	42	68	16	136	32	26	19	22	1.97
904727--904919	85	2.3	85	95	0	341	33	26	20	19	1.97
904771--904916	43	3.4	42	67	16	104	34	26	19	19	1.96
904843--905042	110	1.8	110	89	2	312	34	23	19	23	1.96
905226--905395	36	4.8	36	84	5	231	25	21	13	38	1.90
905228--905555	72	4.8	68	74	12	240	27	21	12	39	1.88
905226--905555	36	9.5	34	75	13	196	27	20	12	39	1.88
905421--905560	35	3.9	35	82	5	172	27	20	11	40	1.86
905421--905572	36	4.2	36	80	3	144	29	21	11	38	1.88
905300--905671	173	2.2	170	87	2	530	27	20	12	40	1.88
907396--907425	9	3.2	9	90	9	51	23	0	0	76	0.78
907409--907481	28	2.6	28	72	20	71	26	6	1	65	1.25
907437--907466	13	2.3	13	94	0	51	23	10	0	66	1.21
907529--907622	22	4.5	20	75	16	75	23	3	0	73	0.98
907507--907622	8	14.2	8	70	23	57	23	2	0	74	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
907516--907629	55	2.0	55	80	12	126	22	3	0	73	0.98
910119--910245	51	2.5	50	82	5	130	17	30	29	22	1.97
915873--915919	22	2.1	22	100	0	94	38	19	29	12	1.89
916041--916065	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
916462--916486	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
917124--917162	2	19.5	2	94	0	69	48	0	0	51	1.00
918570--918637	23	3.0	23	95	0	118	20	19	10	50	1.76
921468--921505	20	2.0	20	89	5	60	50	5	13	31	1.63
923073--923282	65	3.2	66	80	8	202	29	25	19	26	1.98
931812--931971	65	2.5	65	82	5	182	30	23	18	26	1.98
931943--931991	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
935694--935731	16	2.4	16	86	0	58	39	23	21	15	1.92
937581--937735	53	2.9	53	96	0	283	39	19	16	25	1.91
938258--938329	22	3.5	22	77	14	89	20	25	13	40	1.90
938256--938348	18	4.7	18	70	18	60	21	25	12	39	1.89
938256--938347	40	2.3	40	92	0	148	21	25	13	40	1.89
938404--938453	21	2.5	20	80	9	57	32	26	10	32	1.89
940825--940881	30	1.9	29	89	3	87	40	15	19	24	1.90
940999--941076	29	2.7	27	77	15	68	39	1	10	48	1.45
941473--941514	22	2.0	22	85	4	59	47	0	0	52	1.00
945898--946587	230	3.0	230	99	0	1371	36	16	14	31	1.89
946563--946609	21	2.2	21	88	0	76	19	25	17	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
946605--946650	20	2.3	20	92	0	74	41	19	17	21	1.90
946613--946657	20	2.2	20	92	0	72	40	20	20	20	1.92
946855--946920	22	3.0	22	88	0	96	24	39	15	21	1.91
947288--947357	20	3.5	20	88	0	77	17	17	24	41	1.89
947305--947359	20	2.8	20	91	0	83	10	16	23	49	1.77
947324--947367	20	2.2	20	87	0	61	13	13	20	52	1.74
949249--949427	20	9.6	20	80	16	188	41	21	18	17	1.91
949305--949463	20	8.7	19	78	15	95	42	20	18	18	1.89
949470--949538	20	3.5	20	91	0	111	18	20	24	36	1.95
949470--949548	20	4.0	20	83	3	70	18	18	22	39	1.93
951521--951556	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
951673--951754	33	2.5	33	91	2	128	46	18	21	13	1.83
951695--951760	20	3.7	19	71	22	70	43	18	22	15	1.87
951755--951808	14	3.5	14	73	22	54	11	24	20	44	1.83
951750--951828	33	2.4	33	91	2	122	12	25	21	40	1.88
951800--951888	20	4.4	20	80	2	108	19	20	23	37	1.94
954095--954125	14	2.3	14	94	5	55	6	9	25	58	1.54
954322--954367	24	1.9	24	95	0	83	32	21	21	23	1.98
955213--955256	20	2.2	20	91	0	70	22	20	27	29	1.99
955243--955375	20	6.7	20	89	0	194	21	17	19	41	1.90
955372--955417	21	2.2	21	88	0	65	41	17	23	17	1.90
964039--964094	21	2.6	21	81	10	69	51	7	0	41	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
964040--964096	22	2.5	22	80	11	62	50	7	0	42	1.29
964083--964147	2	34.0	2	77	14	57	47	1	1	49	1.20
964083--964230	47	3.2	46	78	4	136	47	4	2	45	1.35
964173--964226	25	2.3	25	84	9	69	50	5	0	44	1.25
964939--964992	28	1.9	28	100	0	108	37	16	20	25	1.93
965005--965357	71	4.9	71	84	8	373	37	12	20	30	1.89
965005--965337	141	2.3	141	81	11	378	36	12	20	30	1.89
965304--965410	53	2.0	53	81	3	126	38	10	17	33	1.84
965528--965667	73	1.9	73	81	5	167	38	9	21	30	1.85
989790--989868	41	1.9	41	89	5	124	30	15	12	41	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8