genome.fa.s8727.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008727.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111794_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1388410

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199902--200180	75	3.8	74	81	8	281	45	4	4	45	1.44
200206--200244	10	3.8	10	83	6	51	76	0	2	20	0.90
200198--200244	21	2.2	20	85	7	58	78	0	2	19	0.85
200609--200645	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
200751--200842	41	2.2	42	90	0	125	30	27	22	19	1.98
200752--200826	21	3.6	21	74	16	84	30	26	24	18	1.98
200773--200852	20	4.0	20	77	9	90	28	26	22	22	1.99
201028--201100	22	3.3	22	80	0	92	23	39	13	23	1.90
201519--201562	20	2.2	20	91	0	70	15	15	20	47	1.82
201525--201565	20	2.0	20	100	0	82	9	14	19	56	1.66
201529--201572	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69
203568--203689	20	6.4	19	71	17	85	36	23	20	19	1.95
203587--203723	34	3.9	34	74	14	123	37	21	21	18	1.95
203568--203727	74	2.2	74	90	0	257	38	21	21	18	1.94
203732--203768	19	1.9	19	88	0	56	5	10	32	51	1.60
203771--203839	20	3.5	20	85	0	84	21	15	24	37	1.93
203826--203870	20	2.2	20	96	0	81	17	11	20	51	1.75
204357--204457	42	2.4	42	81	0	112	20	37	18	22	1.94
204346--204453	21	5.1	21	75	4	92	19	36	19	25	1.95
205850--205900	25	2.0	25	96	0	93	29	1	15	52	1.54
205874--205987	54	2.1	55	85	8	162	30	2	18	48	1.62
206050--206307	20	13.9	20	68	15	133	24	19	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206067--206279	54	4.0	54	81	0	239	23	20	19	36	1.95
206482--206516	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
208545--208581	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
208771--208824	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
209678--209770	20	4.7	20	89	0	141	22	20	29	27	1.98
209644--209770	60	2.1	61	83	4	159	22	20	27	29	1.99
209678--209770	40	2.3	40	94	0	159	22	20	29	27	1.98
209789--209832	20	2.2	20	100	0	88	25	18	15	40	1.90
210952--211007	8	7.0	8	86	9	62	39	0	3	57	1.16
210951--211010	7	7.7	7	85	10	66	40	0	3	56	1.16
210951--211007	17	3.6	16	81	13	57	40	0	3	56	1.17
214807--214910	37	2.8	37	79	1	129	43	12	11	32	1.78
215267--215309	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
215368--215394	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
215578--215633	21	2.7	20	75	8	58	25	3	0	71	1.02
215899--215957	9	6.7	9	71	11	50	16	10	3	69	1.30
217851--217877	13	2.1	13	100	0	54	48	22	22	7	1.75
227787--227862	39	1.9	39	91	0	125	47	14	5	32	1.67
234127--234416	145	2.0	146	99	0	573	37	17	17	27	1.92
236251--236275	6	4.2	6	100	0	50	16	52	32	0	1.44
241393--241490	51	1.9	51	87	0	142	31	29	17	21	1.96
243269--243298	14	2.1	14	93	0	51	50	6	0	43	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243380--243444	21	3.1	21	82	8	87	21	0	27	50	1.49
243376--243444	14	4.9	14	76	13	61	21	0	27	50	1.49
245769--245842	11	6.7	11	76	0	67	21	12	25	40	1.88
245770--245832	33	1.9	33	93	0	108	20	12	26	39	1.89
246572--246609	19	2.0	19	85	10	51	78	5	2	13	1.02
247978--248015	16	2.4	16	86	4	51	50	2	2	44	1.30
248553--249941	84	16.5	83	82	3	1411	24	18	23	34	1.96
248647--249935	505	2.6	504	84	2	1636	24	18	23	33	1.97
251072--251322	95	2.6	94	87	4	360	31	19	18	30	1.95
252820--252858	17	2.3	16	83	12	51	76	2	7	12	1.09
254233--254267	15	2.3	15	95	0	61	74	8	0	17	1.06
254259--254297	17	2.3	17	100	0	78	76	0	10	12	1.01
254334--254366	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
255963--256027	31	2.1	31	88	0	94	24	18	12	44	1.84
256398--256456	26	2.3	26	100	0	118	18	27	27	27	1.98
259070--259112	14	2.9	15	75	6	52	41	4	20	32	1.73
259389--259480	12	7.4	12	68	23	57	47	2	1	48	1.20
259390--259452	23	2.7	23	85	5	72	47	1	1	49	1.20
259436--259603	28	5.9	29	70	17	113	48	1	0	48	1.16
259543--259603	29	2.1	28	82	8	70	50	0	0	49	1.00
259780--259893	42	2.7	41	91	5	176	46	16	18	18	1.84
260234--260268	18	1.9	18	94	0	61	20	8	14	57	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260910--260959	21	2.4	21	83	6	57	20	12	2	66	1.34
267676--267716	19	2.1	20	90	4	66	39	12	21	26	1.89
268754--268946	96	2.0	96	98	0	377	26	25	12	35	1.91
270164--270232	33	2.1	33	86	5	95	34	28	14	21	1.93
279686--279771	30	2.8	30	77	6	93	36	18	20	24	1.95
279686--279753	31	2.2	30	86	2	91	32	19	22	26	1.97
279700--279767	31	2.2	31	81	2	84	35	19	22	23	1.96
281470--281510	22	1.9	22	90	5	66	31	31	0	36	1.58
285992--286038	23	2.1	22	84	7	60	38	17	0	44	1.48
299651--299894	84	2.9	85	76	9	241	31	23	24	20	1.98
304598--304624	13	2.1	13	100	0	54	22	7	14	55	1.64
304605--304653	20	2.4	20	86	10	64	20	10	8	61	1.53
306626--306712	45	1.9	45	100	0	174	33	14	20	31	1.93
321668--321986	125	2.6	125	85	5	432	24	16	14	44	1.85
322003--322076	34	2.2	34	92	4	125	28	16	2	52	1.57
322125--322156	15	2.2	14	94	5	55	18	0	0	81	0.70
322185--322246	30	2.1	30	82	8	74	19	19	4	56	1.59
322529--322574	17	2.6	18	82	3	58	13	6	6	73	1.22
326401--326442	21	2.0	20	86	4	57	40	7	14	38	1.73
331076--331117	21	2.0	20	86	4	57	40	7	14	38	1.73
342105--342149	23	2.0	21	84	16	56	33	31	8	26	1.87
344511--344553	11	3.8	11	78	6	50	39	2	0	58	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
345019--345060	21	2.0	20	86	4	57	40	7	14	38	1.73
349104--349155	25	2.1	25	100	0	104	19	0	28	51	1.47
362738--362770	2	16.5	2	93	0	57	48	0	0	51	1.00
363029--363094	11	5.5	11	72	19	53	65	1	4	28	1.21
363030--363120	26	3.5	26	75	18	75	61	3	5	29	1.34
364495--364549	3	18.0	3	92	3	92	63	0	0	36	0.95
364498--364563	9	7.4	9	85	8	73	62	0	1	36	1.05
364737--364840	45	2.3	45	91	0	163	34	19	20	25	1.96
364774--364992	76	2.9	76	89	1	316	32	20	21	26	1.97
364848--365507	121	5.6	121	73	11	574	33	20	20	26	1.97
364934--365037	45	2.3	45	84	0	136	31	20	22	25	1.98
364736--365386	197	3.3	197	78	11	745	33	19	19	26	1.96
365092--365462	76	4.9	76	88	0	476	34	20	19	25	1.96
365394--365552	45	3.5	45	90	1	228	31	21	22	24	1.98
364782--365751	394	2.5	392	86	3	1261	33	20	20	25	1.97
365486--365757	76	3.6	76	90	1	431	33	21	22	22	1.97
364782--365757	470	2.1	468	86	2	1368	33	20	20	25	1.97
365253--365703	242	1.9	242	90	0	731	33	21	20	24	1.97
365168--365751	318	1.8	318	89	2	911	33	21	20	24	1.97
366840--367001	54	3.0	54	93	0	261	22	25	17	34	1.96
376791--376837	16	2.9	18	76	23	59	27	4	10	57	1.51
378691--378728	14	2.6	14	95	4	67	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
378814--378852	20	2.0	20	85	10	53	53	2	0	43	1.14
378860--378906	13	3.6	13	80	5	51	42	2	2	53	1.25
378934--378999	23	3.2	21	69	25	50	56	0	3	40	1.15
378934--379034	41	2.6	37	75	13	96	51	0	2	45	1.16
379176--379241	9	7.9	8	75	14	62	53	1	0	45	1.09
379209--379292	42	2.1	42	80	6	102	52	3	1	42	1.26
379267--379316	24	2.0	27	84	11	70	58	4	4	34	1.36
386848--387788	177	5.4	178	85	8	1109	43	13	15	27	1.84
386840--387774	352	2.7	353	83	8	1144	42	12	15	28	1.84
390427--390478	23	2.3	23	86	0	68	28	21	9	40	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8