genome.fa.s8746.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008746.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111835_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2013901

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4955--5000	22	2.0	22	83	12	56	52	13	2	32	1.52
5577--5603	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
6569--6622	21	2.6	21	87	0	81	51	16	7	24	1.69
16891--17189	164	1.8	163	81	5	370	32	18	15	32	1.93
21187--21214	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
28793--28873	41	2.0	41	92	4	137	45	9	20	23	1.81
29362--29428	34	2.0	34	96	0	125	26	5	40	26	1.79
38700--38752	27	2.0	26	88	3	79	26	24	20	28	1.99
46913--47080	90	1.8	91	92	2	284	38	8	6	45	1.61
65130--65162	13	2.5	13	100	0	66	21	15	0	63	1.30
66806--66835	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
66947--66995	19	2.6	19	90	0	71	59	0	8	32	1.27
68848--68894	25	2.0	24	87	8	69	72	4	8	14	1.24
72331--72916	294	2.0	294	100	0	1172	22	22	16	38	1.93
75134--75185	25	2.2	24	89	6	79	73	3	9	13	1.23
75393--75455	27	2.5	25	82	10	76	31	23	17	26	1.97
78866--78979	60	1.9	60	83	0	147	22	14	21	41	1.90
79212--79236	13	1.9	13	100	0	50	48	0	16	36	1.46
80172--80209	5	7.6	5	100	0	76	36	0	0	63	0.95
80172--80219	15	3.2	15	90	0	60	33	4	0	62	1.14
79721--81074	512	2.7	498	81	6	1448	30	16	13	39	1.87
83052--83093	10	4.1	10	90	6	66	19	26	33	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88416--88455	21	1.9	21	85	10	55	50	2	10	37	1.50
92249--92330	23	3.7	22	83	6	103	23	29	25	21	1.99
92249--92335	21	4.1	20	82	8	84	22	27	28	20	1.99
94488--94523	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
94964--95028	27	2.5	26	88	11	105	15	53	16	13	1.73
94964--95028	28	2.4	27	92	7	107	15	53	16	13	1.73
98141--98175	15	2.3	15	90	0	52	48	17	8	25	1.75
99502--99535	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
100776--100812	2	18.0	2	88	5	56	45	0	2	51	1.15
100809--101221	38	10.7	38	76	14	251	46	2	7	42	1.48
100872--101300	38	11.0	37	77	12	319	45	2	7	43	1.46
101176--101259	25	3.5	24	71	23	77	41	0	11	46	1.41
100875--101221	76	4.5	77	82	11	383	46	2	7	43	1.47
101148--101301	84	1.8	84	87	5	231	43	0	9	46	1.40
101319--101363	22	2.0	22	83	8	56	15	4	2	77	1.02
102622--102690	32	2.1	32	81	7	77	26	8	0	65	1.21
104375--104412	20	1.9	20	88	0	58	52	7	15	23	1.69
104375--104420	20	2.3	20	84	0	56	54	8	13	23	1.66
104406--104461	20	2.8	20	78	5	60	58	5	12	23	1.54
106621--106681	22	2.8	22	82	9	79	26	26	16	31	1.96
114744--114812	32	2.2	32	89	5	104	37	24	5	31	1.79
117257--117372	57	2.0	59	85	6	157	38	2	24	34	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122592--122670	31	2.6	30	84	5	106	36	6	13	43	1.70
122599--122684	31	2.9	29	81	11	104	37	4	15	43	1.67
123404--123474	27	2.4	29	81	11	83	9	12	2	74	1.17
123528--123559	15	2.0	17	88	11	50	46	6	15	31	1.71
124052--124395	182	1.9	182	95	0	616	28	23	22	25	1.99
137685--137733	25	1.9	26	83	4	64	16	10	6	67	1.39
157135--157197	30	2.1	30	90	0	99	34	23	4	36	1.76
163650--163710	13	4.3	13	77	18	68	18	45	22	13	1.83
163645--163704	18	3.6	18	78	21	85	18	48	23	10	1.78
163645--163710	31	2.1	31	97	0	123	18	46	22	12	1.81
165009--165044	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
167492--167574	23	3.6	23	79	12	98	28	27	26	16	1.97
168790--168818	9	3.3	9	90	9	51	55	0	31	13	1.39
188661--188826	2	83.5	2	72	16	114	43	5	4	46	1.46
188870--188916	20	2.5	18	86	10	67	53	0	6	40	1.27
189203--189288	45	1.9	45	88	4	129	40	24	0	34	1.55
189845--189882	19	2.0	19	85	10	51	44	2	0	52	1.14
192654--192696	20	2.2	20	87	8	61	25	16	4	53	1.62
193723--193775	14	4.1	14	69	18	51	15	15	15	54	1.71
193710--193774	24	2.6	24	85	4	85	20	15	10	53	1.71
194088--194126	20	2.0	20	90	5	62	7	15	23	53	1.67
194097--194127	10	3.1	10	90	0	53	9	12	19	58	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200466--200496	3	10.7	3	93	6	55	67	0	0	32	0.91
200467--200495	14	2.1	14	100	0	58	65	0	0	34	0.93
202544--202591	21	2.3	21	100	0	96	50	0	0	50	1.00
202544--202607	21	3.2	20	82	17	80	50	0	0	50	1.00
203985--204036	3	17.7	3	96	4	97	32	0	0	67	0.91
207881--207920	20	2.0	21	85	14	57	37	15	5	42	1.68
207880--207924	20	2.2	20	80	11	56	40	13	4	42	1.64
211282--211321	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
214193--214242	23	2.2	23	85	7	66	44	0	0	56	0.99
214292--214341	23	2.0	26	85	11	70	46	2	0	52	1.12
225532--225604	12	6.2	12	80	9	80	84	0	15	0	0.61
225529--225604	19	4.1	19	77	14	86	84	0	15	0	0.63
225532--225604	29	2.7	26	76	17	78	84	0	15	0	0.61
226602--226801	93	2.2	93	97	0	373	30	14	21	35	1.92
226703--227017	115	2.7	115	97	1	580	33	13	21	31	1.92
227381--227431	21	2.4	21	96	0	93	37	11	15	35	1.84
227819--227984	73	2.3	73	84	0	206	33	14	16	35	1.89
227748--228097	186	1.9	186	94	0	619	34	13	19	32	1.91
227892--228483	113	5.2	113	82	7	581	37	14	18	29	1.90
228426--228522	40	2.4	40	98	0	185	50	9	21	18	1.74
228763--228808	3	15.7	3	86	13	69	32	0	0	67	0.91
228873--228913	19	2.1	20	86	4	57	46	31	12	9	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230499--230548	23	2.0	26	85	11	70	46	2	0	52	1.12
233185--233230	19	2.5	19	75	10	51	45	0	2	52	1.13
233372--233428	15	3.7	15	77	9	69	21	33	28	17	1.96
233372--233440	15	4.3	16	75	10	52	21	31	27	18	1.97
233372--233440	32	2.2	32	91	0	111	21	31	27	18	1.97
243349--243381	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
244075--244105	16	1.9	16	93	0	53	16	3	25	54	1.56
250369--250393	3	8.3	3	100	0	50	32	0	68	0	0.90
251907--252144	41	5.7	41	69	17	123	32	18	18	29	1.96
251958--252049	45	2.0	45	91	0	148	36	20	16	26	1.93
252014--252223	85	2.6	80	80	6	217	31	18	18	30	1.95
254908--254970	21	3.0	21	88	0	81	34	28	12	23	1.92
254939--255013	21	3.5	21	74	13	62	41	22	10	25	1.86
263866--263935	22	3.3	20	71	26	63	48	2	4	44	1.37
265601--265648	18	2.4	21	83	13	66	47	0	0	52	1.00
267081--267141	3	20.7	3	76	18	58	32	1	1	63	1.13
267075--267141	15	4.5	14	78	17	73	31	1	2	64	1.18
267215--267256	14	3.0	14	79	10	50	38	4	0	57	1.20
267461--267508	21	2.3	20	80	16	53	50	4	0	45	1.21
271990--272051	32	1.9	32	96	0	115	43	17	19	19	1.88
275415--275520	54	1.9	55	82	1	133	39	11	19	29	1.87
276350--276440	45	2.0	47	82	4	114	25	25	21	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276378--276590	76	2.8	76	89	2	306	24	22	21	32	1.98
276454--276753	121	2.4	121	85	4	397	25	20	20	34	1.97
276655--276945	98	3.0	96	91	4	476	27	20	18	32	1.96
276655--276945	50	6.0	48	90	4	460	27	20	18	32	1.96
278595--278655	3	20.7	3	76	18	58	32	1	1	63	1.13
278589--278655	15	4.5	14	78	17	73	31	1	2	64	1.18
278729--278770	14	3.0	14	79	10	50	38	4	0	57	1.20
278978--279025	21	2.3	20	82	10	60	50	2	0	47	1.12
280704--280820	43	2.8	42	80	2	144	23	22	19	34	1.97
280770--280921	45	3.5	43	77	7	130	27	17	17	36	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10