genome.fa.s8746.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008746.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111835_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2013901

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  4  of  10  ( 1164 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
624762--624829	21	3.2	21	64	15	59	44	0	2	52	1.16
636293--636363	21	3.1	21	68	24	63	49	9	7	33	1.63
636301--636376	23	3.3	23	71	10	73	52	10	5	31	1.58
636284--636379	47	2.0	47	93	0	165	52	9	5	33	1.56
640331--640378	23	2.1	23	84	7	62	56	6	8	29	1.53
642449--642570	42	3.0	41	83	3	156	31	22	20	24	1.98
642021--642824	257	3.1	257	91	1	1274	34	18	16	31	1.93
651833--651900	7	9.9	7	82	9	77	80	0	14	4	0.85
651833--651900	28	2.5	27	85	4	91	80	0	14	4	0.85
651841--651924	28	3.0	27	82	6	80	77	0	15	7	0.97
653703--654406	112	6.3	112	86	2	934	30	25	15	27	1.96
653703--654406	222	3.2	224	86	2	954	30	25	15	27	1.96
654546--654593	3	15.7	3	82	4	60	33	2	0	64	1.05
661959--662012	3	17.7	3	84	3	72	66	0	1	31	1.02
664847--664887	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
665219--665249	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
668454--668517	21	3.1	21	70	4	67	18	17	25	39	1.92
669591--669622	6	5.3	6	92	0	55	0	21	46	31	1.52
669720--669834	22	5.4	22	74	8	121	38	24	16	20	1.93
669698--669834	41	3.3	41	89	4	220	39	23	16	21	1.92
669698--669854	84	1.9	84	91	2	262	38	24	15	22	1.92
669823--669866	21	2.1	21	82	0	52	34	29	13	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
676694--676736	19	2.4	19	84	7	54	23	30	18	27	1.98
677799--677995	57	3.5	57	86	0	252	29	21	17	31	1.96
677863--677959	28	3.4	28	72	8	97	25	25	17	30	1.97
682674--682966	147	2.0	146	98	1	550	30	6	15	47	1.71
683022--683054	16	2.1	16	100	0	66	18	21	24	36	1.95
688223--688255	16	2.0	17	88	5	50	36	6	24	33	1.80
693950--694008	29	2.0	30	87	9	86	27	11	10	50	1.71
695452--695609	51	3.1	51	83	1	174	34	12	33	18	1.89
701177--701258	38	2.2	38	100	0	164	48	12	19	19	1.80
705557--705589	16	2.0	17	94	5	59	36	21	6	36	1.78
713499--713626	21	6.1	21	79	0	130	25	20	27	27	1.99
713527--713626	42	2.4	42	89	0	155	25	23	26	26	2.00
713502--713622	63	1.9	63	81	3	145	23	20	27	28	1.99
714040--714074	12	2.9	12	82	0	52	28	0	28	42	1.56
721108--721166	21	2.8	22	76	7	68	27	18	25	28	1.98
721596--721650	28	2.0	28	92	0	92	41	9	20	29	1.82
721667--721709	6	7.2	6	78	0	50	44	2	18	34	1.63
723684--723756	25	2.7	28	85	12	116	31	5	2	60	1.34
728090--728133	21	2.0	22	82	4	54	40	11	9	38	1.73
729664--729830	78	2.1	78	100	0	334	41	11	11	35	1.78
737172--737201	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
744502--744547	12	3.8	12	94	0	83	19	30	23	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
745944--746024	39	2.1	39	92	0	135	29	6	37	27	1.81
747242--747318	32	2.4	32	88	0	109	36	12	11	38	1.80
747306--747345	20	2.0	20	85	4	55	37	15	20	27	1.92
754445--754561	60	2.0	60	85	0	162	33	12	24	29	1.93
755323--755359	12	3.2	12	88	3	58	10	18	0	70	1.16
760111--760144	18	1.9	17	88	5	50	52	5	5	35	1.50
760824--760880	20	2.8	20	78	2	60	24	22	15	36	1.94
761102--761139	19	2.0	19	94	0	67	36	23	7	31	1.84
768687--768729	17	2.5	17	96	0	77	32	25	11	30	1.91
772605--772643	20	2.0	20	90	10	62	20	10	15	53	1.70
774386--774562	90	2.0	89	96	1	327	38	11	4	45	1.61
774524--774593	20	3.3	20	70	20	61	48	4	2	44	1.37
776290--776591	34	7.9	34	68	21	154	28	23	11	36	1.90
776246--776646	79	5.1	79	92	0	640	27	23	11	36	1.90
780578--780623	21	2.2	21	100	0	92	36	34	8	19	1.83
781914--782708	45	17.7	45	87	0	1061	23	21	10	44	1.83
782962--783126	55	3.0	55	83	4	215	35	16	9	38	1.82
787680--787744	23	2.8	23	92	0	103	20	30	12	36	1.89
788285--788736	45	10.1	45	88	1	656	21	21	12	44	1.85
788335--788449	21	5.2	21	66	15	70	20	22	11	45	1.83
794861--794900	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
798323--798486	55	3.0	55	84	1	204	34	15	11	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
800226--800603	189	2.0	189	100	0	756	29	25	11	33	1.91
807509--807561	20	2.6	21	80	14	65	30	26	15	28	1.96
811523--811557	17	2.1	17	94	0	61	57	5	25	11	1.56
811525--811567	17	2.5	17	88	0	59	55	9	23	11	1.64
818604--818662	10	5.6	10	75	18	57	84	3	3	8	0.84
818604--818669	11	6.0	11	75	12	64	83	3	4	9	0.89
818604--818672	23	3.0	23	78	21	81	82	2	5	8	0.92
818738--818865	11	12.4	11	66	21	53	71	0	3	24	1.08
818777--818870	6	16.7	6	71	15	58	75	1	3	20	1.00
818778--818869	5	16.8	5	72	18	60	75	1	3	20	1.01
818774--818863	29	3.0	29	78	10	92	72	1	3	23	1.06
818778--818870	11	8.9	11	72	10	79	75	1	3	20	1.01
818900--818955	13	4.1	13	76	17	51	76	3	3	16	1.06
824725--824782	3	19.7	3	79	10	66	31	5	0	63	1.16
826984--827027	22	2.0	22	81	0	52	27	4	15	52	1.63
828555--828616	32	2.0	32	90	9	101	16	12	9	61	1.56
829825--829899	20	3.5	20	70	20	62	26	25	10	37	1.89
830507--830544	11	3.4	11	89	7	58	71	10	15	2	1.25
830484--830551	25	2.7	27	75	13	72	72	10	16	1	1.19
831720--831765	4	12.0	4	81	9	60	50	26	0	23	1.50
831724--831764	10	4.1	10	80	0	55	51	26	0	21	1.48
831716--831773	14	3.9	14	82	10	71	50	24	1	24	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
831715--831760	20	2.3	20	96	0	83	50	26	0	23	1.50
832245--832483	105	2.3	102	82	7	279	30	20	11	37	1.87
832429--832548	36	3.4	36	79	4	111	30	20	13	35	1.91
832792--832893	29	3.7	28	84	11	147	30	8	14	46	1.75
832785--832907	29	4.4	28	84	9	144	28	9	13	47	1.75
832902--833058	52	3.0	52	97	0	287	31	14	17	36	1.90
833046--833108	29	2.1	30	91	2	101	36	7	14	41	1.75
833264--833486	120	1.9	118	80	7	263	30	14	12	42	1.83
833385--833510	63	2.0	63	87	1	182	33	13	10	42	1.78
833384--833743	129	2.8	127	73	7	332	30	15	12	41	1.85
833877--833973	35	2.7	36	80	10	101	29	14	12	43	1.82
834316--834421	40	2.6	40	80	10	124	22	33	20	23	1.98
834326--834646	134	2.4	133	89	2	473	24	30	19	25	1.98
834863--834920	3	19.7	3	79	10	66	31	5	0	63	1.16
837119--837162	22	2.0	22	81	0	52	27	4	15	52	1.63
845955--846008	27	2.0	27	88	0	81	35	0	12	51	1.40
847057--847306	124	2.0	124	100	0	500	43	10	19	26	1.83
847295--847365	36	2.0	36	100	0	142	50	11	14	23	1.74
849055--849292	119	2.0	119	100	0	476	33	13	20	32	1.91
849864--853237	904	3.7	905	89	2	4919	38	7	18	35	1.79
854227--854265	17	2.4	17	82	4	53	38	0	15	46	1.46
855596--855652	27	2.1	27	93	0	96	28	0	14	57	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
864922--865185	44	6.2	42	71	16	154	33	21	22	22	1.97
864905--865167	87	3.1	86	78	5	250	34	21	21	22	1.97
865083--865153	37	1.9	37	91	0	115	39	21	21	18	1.93
864966--865167	81	2.4	83	76	4	210	33	22	21	22	1.97
866256--866286	14	2.3	13	94	5	53	12	3	0	83	0.75
875889--875947	16	3.8	16	75	8	50	74	3	5	16	1.13
877841--878533	200	3.5	199	76	4	565	28	17	18	35	1.94
877950--878452	201	2.5	199	77	5	494	27	19	17	34	1.95
878604--878788	68	2.6	72	83	5	216	22	23	18	35	1.96
886494--886533	3	13.3	3	89	0	62	65	0	5	30	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10