genome.fa.s8752.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008752.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111843_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1143363

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--144	40	3.6	40	93	1	245	21	18	27	31	1.97
230--440	45	4.7	45	89	2	318	40	7	20	31	1.81
6586--6646	20	2.9	20	85	7	59	26	32	24	16	1.96
16253--16507	45	5.7	45	90	2	390	39	8	21	30	1.83
16253--16507	89	2.9	90	90	2	408	39	8	21	30	1.83
16253--16507	134	1.9	134	90	1	404	39	8	21	30	1.83
18441--18491	26	2.0	26	84	7	68	66	0	9	23	1.21
20095--20130	16	2.2	16	95	0	63	0	25	0	75	0.81
21777--21864	30	2.9	29	81	6	104	35	15	21	27	1.94
22019--22052	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
24146--25071	215	4.3	216	91	3	1455	50	8	11	29	1.68
25169--25302	2	67.0	2	68	19	75	46	2	3	47	1.35
25169--25338	9	18.3	9	65	22	59	46	4	4	45	1.41
25176--25302	20	6.4	19	73	13	105	45	3	3	47	1.37
25275--25318	20	2.2	20	87	0	61	47	6	4	40	1.50
25426--25489	22	2.9	22	77	11	67	42	1	7	48	1.41
25462--25491	15	2.0	15	93	0	51	36	0	13	50	1.42
25636--25689	22	2.5	22	90	0	81	50	9	5	35	1.58
25734--25768	18	1.9	18	88	0	52	45	5	2	45	1.41
25732--26046	33	9.4	34	68	18	110	41	7	5	45	1.55
25741--25797	20	2.8	20	71	10	53	42	3	3	50	1.36
25797--25867	18	3.8	18	80	14	90	42	9	7	40	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25797--25921	38	3.3	38	79	17	145	43	9	7	40	1.65
25797--25923	20	6.7	20	70	25	89	43	9	7	40	1.64
25957--26026	27	2.6	27	88	4	106	40	8	2	48	1.49
26032--26097	11	5.9	11	73	16	55	48	7	4	39	1.52
25965--26046	20	3.7	21	72	18	69	41	7	2	48	1.44
26101--26135	7	5.0	7	85	0	52	45	37	0	17	1.48
26159--26321	18	8.9	18	70	18	113	45	6	7	40	1.58
26177--26324	58	2.7	52	78	16	156	43	6	8	41	1.60
26228--26276	25	2.0	25	91	0	80	44	6	8	40	1.59
26135--26271	71	2.0	69	81	5	159	43	7	8	40	1.62
26169--26309	58	2.3	60	89	7	207	43	6	8	41	1.60
26232--26345	51	2.3	51	74	10	117	47	6	5	41	1.51
26132--26374	129	1.9	129	79	5	276	46	5	7	40	1.56
29346--29381	18	2.1	17	89	5	54	58	2	0	38	1.13
35121--35162	14	2.8	15	78	7	50	50	0	0	50	1.00
35139--35197	19	3.0	21	72	25	56	47	0	0	52	1.00
40613--40672	30	2.0	30	96	0	111	33	20	15	31	1.93
42264--42310	21	2.2	21	88	0	76	19	25	17	38	1.92
42306--42419	20	5.7	20	85	2	156	39	18	20	21	1.92
42306--42419	61	1.9	60	88	1	174	39	18	20	21	1.92
42306--42437	20	6.6	20	84	3	149	37	19	20	21	1.94
42617--42671	22	2.5	22	90	0	83	23	40	12	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43007--43120	40	3.2	33	75	15	95	13	18	24	43	1.85
43050--43099	20	2.5	20	90	0	73	18	18	28	36	1.94
43007--43079	33	2.2	33	85	7	94	13	20	26	39	1.90
43067--43121	20	2.8	20	91	0	83	10	16	23	49	1.77
43086--43129	20	2.2	20	87	0	61	13	13	20	52	1.74
44996--45224	20	12.4	20	75	17	201	41	19	20	19	1.91
44997--45206	54	3.9	54	80	10	259	41	20	20	17	1.90
45017--45186	87	1.9	88	86	1	243	42	20	20	16	1.89
45017--45256	127	1.9	121	87	5	345	42	20	20	17	1.90
45271--45398	20	6.3	20	88	4	159	23	17	20	38	1.93
47530--47596	20	3.7	19	72	22	72	47	17	22	11	1.80
47606--47701	33	2.8	33	88	3	129	13	22	20	42	1.87
47673--47761	20	4.4	20	90	2	126	16	20	25	37	1.93
49998--50030	3	11.0	3	100	0	66	0	33	0	66	0.92
50212--50258	24	2.0	24	95	0	85	36	21	21	21	1.96
50212--50272	24	2.5	24	83	0	59	34	21	19	24	1.96
51100--51153	20	2.7	20	100	0	108	25	18	25	29	1.98
51099--51166	20	3.4	20	91	0	100	25	19	25	30	1.98
51153--51252	20	4.9	20	81	2	128	22	19	20	39	1.93
51243--51288	21	2.2	21	92	0	74	39	21	21	17	1.93
55505--55571	29	2.3	30	84	7	93	49	20	11	17	1.79
71829--71972	46	3.1	46	96	0	270	42	4	12	40	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77603--77681	38	2.1	38	95	0	140	29	21	24	25	1.99
81516--81557	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
94358--94411	15	3.6	15	79	0	54	33	12	37	16	1.87
97415--97515	42	2.4	42	89	0	148	49	23	7	18	1.74
98813--98858	17	2.7	17	89	0	65	13	23	30	32	1.93
99601--99677	27	2.9	27	90	3	120	48	15	12	23	1.80
101073--101589	43	12.3	43	77	10	489	20	27	20	31	1.98
101073--101542	82	5.7	81	79	6	469	20	28	20	30	1.98
101072--101627	250	2.2	247	83	6	685	20	28	20	30	1.98
103036--103128	45	2.0	47	91	8	154	41	7	7	43	1.61
106947--107071	62	2.0	62	100	0	250	25	20	16	38	1.92
111056--111098	21	2.0	21	100	0	86	53	9	13	23	1.69
119524--119561	5	7.6	5	93	0	67	18	36	42	2	1.64
124698--124731	5	6.8	5	96	0	50	11	41	26	20	1.87
128134--128408	139	2.0	139	97	0	514	29	9	17	44	1.80
130295--130341	7	6.9	7	83	11	62	23	0	0	76	0.78
130295--130332	15	2.5	15	95	0	67	21	0	0	78	0.74
130295--130341	20	2.3	21	89	10	71	23	0	0	76	0.78
136548--136581	3	11.7	3	93	6	61	35	0	0	64	0.94
136547--136581	17	2.1	17	100	0	70	37	0	0	62	0.95
136551--136579	14	2.1	14	100	0	58	34	0	0	65	0.93
137414--137458	13	3.5	13	90	0	72	26	20	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137558--137597	19	2.1	19	90	0	62	40	30	5	25	1.77
137726--137788	2	31.5	2	90	0	99	52	1	0	46	1.10
139260--139290	12	2.6	12	94	0	53	70	9	6	12	1.31
143773--143814	15	2.7	15	88	3	57	9	21	11	57	1.63
147795--147865	23	3.0	24	95	4	135	28	8	25	38	1.85
150522--150588	21	3.2	21	84	0	98	22	17	23	35	1.95
150578--150630	23	2.3	23	77	9	54	18	11	22	47	1.81
156108--156188	40	2.0	40	97	0	153	27	13	18	40	1.88
157467--157502	17	2.1	17	100	0	72	63	5	5	25	1.38
159442--159497	27	2.0	28	82	3	69	30	1	5	62	1.28
165661--165714	23	2.4	22	78	6	63	35	16	3	44	1.66
167026--167067	20	2.1	20	95	0	75	28	28	7	35	1.84
167717--167788	15	4.9	14	73	11	54	45	2	11	40	1.54
167717--167797	30	2.7	30	82	1	101	46	2	9	40	1.50
168130--168180	23	2.2	23	82	0	57	45	1	1	50	1.24
168168--168238	19	3.6	19	70	10	54	47	1	1	49	1.18
168192--168249	28	2.3	26	80	16	68	51	3	0	44	1.18
168313--168351	17	2.4	16	84	12	53	56	0	0	43	0.99
168310--168356	9	5.3	9	80	10	53	55	0	0	44	0.99
168580--168669	41	2.2	42	86	8	130	48	18	12	20	1.79
168591--168670	41	2.0	40	92	2	133	47	16	13	22	1.81
168802--168828	14	1.9	14	100	0	54	33	7	7	51	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169134--169184	23	2.2	23	82	0	57	45	1	0	52	1.12
169178--169250	27	2.7	27	79	10	78	52	2	0	45	1.15
169303--169349	22	2.1	23	88	4	69	53	0	0	46	1.00
169276--169355	32	2.4	34	84	12	105	50	0	1	48	1.08
169310--169366	21	2.6	22	81	10	64	52	0	0	47	1.00
169579--169662	42	2.0	42	88	4	125	50	19	11	19	1.78
170795--170823	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
171648--172038	84	4.7	84	87	2	502	25	19	21	32	1.97
171648--172038	83	4.7	83	88	1	503	25	19	21	32	1.97
171605--172038	167	2.6	169	84	4	534	24	19	22	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6