genome.fa.s8752.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008752.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111843_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1143363

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172108--172458	124	2.8	123	88	0	522	25	15	24	33	1.95
172426--172573	54	2.6	56	86	6	201	24	15	22	37	1.93
197584--197640	22	2.5	22	80	2	69	21	40	29	8	1.83
198917--198984	15	5.1	13	74	16	59	17	4	4	73	1.17
198926--198989	13	5.1	12	73	17	58	17	3	4	75	1.11
198930--199003	28	2.7	29	83	12	93	14	2	5	77	1.07
198931--199003	27	2.7	26	85	10	85	15	2	5	76	1.08
200481--200522	20	2.2	19	86	4	57	64	2	0	33	1.07
202105--202172	3	23.0	3	73	8	59	63	1	0	35	1.04
202506--203520	112	8.9	112	84	6	1110	27	19	15	38	1.91
202430--203387	235	4.1	236	90	4	1346	26	18	15	39	1.90
203936--203990	22	2.5	22	81	0	74	36	12	14	36	1.84
206613--206827	114	1.9	114	94	0	376	28	21	16	33	1.95
214639--214680	20	2.2	19	86	4	57	64	2	0	33	1.07
216280--216320	12	3.5	12	86	6	57	58	0	0	41	0.98
217281--217319	20	2.0	19	85	5	51	12	2	15	69	1.30
220015--220050	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
220344--220403	24	2.5	24	97	0	111	53	25	16	5	1.63
222320--222354	14	2.5	14	95	0	61	37	0	0	62	0.95
222523--222621	34	3.0	33	94	4	173	28	9	10	52	1.65
223229--223277	17	2.8	17	78	12	55	46	0	0	53	1.00
223261--223325	25	2.5	24	83	14	76	49	1	1	47	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223267--223342	26	2.9	27	83	13	79	48	1	2	47	1.24
223633--223728	20	4.8	20	80	5	88	36	28	13	21	1.92
223633--223739	20	5.3	20	80	4	83	37	26	13	23	1.91
223633--223739	40	2.7	40	74	11	94	37	26	13	23	1.91
223903--223949	22	2.1	22	96	0	85	19	42	19	19	1.89
224349--224376	14	2.0	14	100	0	56	21	14	21	42	1.88
224342--224407	34	1.9	34	90	0	105	15	16	21	46	1.83
225906--226016	42	2.6	42	88	0	150	23	40	15	20	1.90
226131--226183	21	2.5	21	82	11	65	20	9	30	39	1.84
226131--226293	63	2.6	62	74	9	168	20	8	33	38	1.83
226590--226722	21	6.3	21	80	3	124	21	39	13	25	1.90
229453--229485	16	2.1	16	94	0	57	27	24	9	39	1.85
232086--232119	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
232992--233044	24	2.2	24	89	0	79	39	15	18	26	1.90
233985--234072	20	4.4	20	76	9	90	37	12	20	29	1.89
233985--234170	40	4.6	39	75	14	164	37	12	21	28	1.90
234024--234083	20	3.1	19	79	9	59	36	11	23	28	1.90
234187--234313	20	6.3	20	75	10	89	31	11	25	31	1.92
235401--235465	33	2.0	33	93	0	112	21	18	16	43	1.88
241206--241248	19	2.3	19	95	0	77	34	16	30	18	1.93
242437--242490	2	28.5	2	85	10	78	48	0	1	50	1.11
242431--242493	18	3.6	18	89	8	94	47	0	1	50	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243646--243698	21	2.5	20	75	19	54	15	11	1	71	1.22
243713--243751	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
243947--244015	35	2.0	34	83	8	86	14	10	1	73	1.15
243944--243997	20	2.7	20	77	11	56	14	7	0	77	0.97
246015--246073	2	30.5	2	89	6	95	45	0	1	52	1.10
247086--247110	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
247222--247261	9	4.6	8	87	12	53	15	5	0	80	0.88
247222--247261	17	2.3	18	87	12	57	15	5	0	80	0.88
247226--247285	22	2.6	22	76	7	57	13	8	1	76	1.08
247295--247319	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
247479--247588	15	7.9	14	72	19	72	17	3	4	74	1.13
247505--247597	29	3.2	30	79	13	88	19	5	1	74	1.08
247479--247554	5	15.4	5	78	13	68	18	2	6	72	1.18
250804--250842	19	1.9	20	85	15	53	20	5	5	69	1.28
256299--256370	30	2.4	30	80	2	81	34	8	22	34	1.84
256906--256977	24	3.0	24	93	0	126	31	11	13	43	1.80
257254--257415	40	4.1	40	90	0	261	23	16	27	33	1.95
257533--257671	45	3.0	45	84	6	197	35	5	23	35	1.77
257533--257671	48	3.0	45	85	6	188	35	5	23	35	1.77
262645--262677	6	5.5	6	89	10	50	84	0	15	0	0.61
264338--264398	8	7.1	8	83	12	61	47	1	1	49	1.21
264344--264395	2	28.5	2	74	18	51	48	1	1	48	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265544--265602	22	2.7	22	82	7	75	11	8	1	77	1.05
265619--265647	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
265843--265905	14	4.5	14	80	13	76	15	7	0	76	1.01
275330--275371	19	2.2	19	91	0	66	23	30	30	14	1.94
278144--278198	20	2.8	20	97	0	101	21	32	25	20	1.97
282119--282158	21	2.0	21	90	5	64	25	27	7	40	1.82
283186--283472	142	2.0	142	100	0	574	45	7	5	41	1.56
283896--283942	19	2.5	19	79	6	51	53	2	2	42	1.25
298240--298282	18	2.4	18	80	0	50	41	13	6	37	1.72
307285--307618	178	1.9	181	92	2	568	47	7	2	43	1.42
309130--309281	75	2.0	75	96	0	277	48	11	8	31	1.70
313865--313912	21	2.5	19	83	10	53	33	14	18	33	1.91
314342--314517	54	3.2	54	84	5	212	30	14	18	36	1.91
314343--314544	54	3.7	54	83	3	192	32	14	18	34	1.91
317271--317331	22	2.7	23	82	9	65	65	0	1	32	1.02
317358--317420	19	3.4	19	93	2	101	73	0	6	20	1.05
317992--318138	65	2.3	65	79	9	176	56	13	1	28	1.46
319522--319567	20	2.3	20	96	0	83	52	10	17	19	1.74
319846--319901	9	5.7	10	81	12	62	73	1	5	19	1.12
319849--319894	14	3.2	14	84	3	65	73	0	6	19	1.04
319849--319895	19	2.4	19	82	10	60	74	0	6	19	1.03
319846--319901	5	11.4	5	85	11	62	73	1	5	19	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
321036--321074	20	2.0	20	89	0	60	35	12	23	28	1.91
321400--321449	23	2.2	23	79	10	59	38	6	8	48	1.57
323056--323124	21	3.4	20	76	7	68	78	4	14	2	1.03
325983--326028	23	2.0	23	83	8	58	36	6	8	47	1.60
332788--332830	20	2.2	20	87	8	61	34	11	20	32	1.89
333130--333166	18	2.1	18	100	0	74	16	45	21	16	1.84
334289--334573	142	2.0	143	99	0	563	30	19	14	36	1.91
337739--337863	29	4.3	31	83	6	131	43	18	6	32	1.75
337739--337855	58	2.0	59	85	5	157	44	17	5	32	1.73
337882--337907	13	2.0	13	100	0	52	15	23	46	15	1.83
344952--345077	29	4.4	29	81	5	130	44	19	4	31	1.71
344952--345077	57	2.2	56	85	4	171	44	19	4	31	1.71
346091--346218	65	2.0	65	84	3	168	54	14	2	28	1.52
353153--353599	41	10.9	41	81	4	418	27	18	19	34	1.95
356208--356529	43	7.2	43	75	12	231	24	22	19	33	1.97
356298--356406	55	2.0	55	85	0	146	23	22	17	35	1.95
356212--356490	141	2.0	141	84	4	366	24	23	18	34	1.96
362343--362382	2	20.0	2	94	0	71	47	0	2	50	1.14
367825--367952	56	2.3	56	86	1	177	35	15	19	29	1.93
368172--368258	46	1.9	45	92	2	147	47	12	18	21	1.82
372208--372452	56	4.5	55	88	4	336	36	11	17	35	1.85
372208--372452	110	2.2	109	83	10	320	36	11	17	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
374612--374649	18	2.1	19	90	5	60	21	2	13	63	1.42
375063--375099	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
378235--378300	10	6.6	10	77	10	64	19	7	0	72	1.08
378247--378322	21	3.7	21	75	18	70	17	11	0	71	1.15
378239--378311	22	3.4	22	74	22	66	17	10	0	71	1.14
383526--383597	35	2.1	35	94	5	128	43	4	5	47	1.46
385430--385471	20	2.2	19	91	4	66	50	2	0	47	1.14
385432--385480	24	2.0	25	84	4	64	46	2	0	51	1.12
386939--387029	46	2.0	45	91	2	146	42	6	16	34	1.74
396771--396827	30	1.9	30	92	0	96	40	10	15	33	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6