genome.fa.s8752.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008752.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111843_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1143363

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
726533--726609	2	38.5	2	100	0	154	50	0	0	49	1.00
728757--728819	28	2.2	28	83	5	74	42	1	7	47	1.42
748888--748925	19	2.0	19	100	0	76	21	21	26	31	1.98
750534--750564	16	1.9	16	93	0	53	32	22	6	38	1.80
750869--750915	19	2.3	20	85	7	60	31	8	2	57	1.41
756033--756098	31	2.1	31	88	0	96	24	24	18	33	1.97
758056--758145	29	3.1	28	77	12	92	38	4	0	56	1.19
758048--758154	30	3.6	28	75	15	90	41	4	0	54	1.21
758137--758207	30	2.3	30	85	2	88	50	2	7	39	1.44
758203--758279	30	2.6	30	89	0	109	49	2	7	40	1.45
759409--759501	23	4.3	23	80	13	115	31	25	18	24	1.98
759453--759488	18	2.0	18	100	0	72	27	27	16	27	1.97
761153--761177	10	2.5	10	100	0	50	32	20	0	48	1.50
761657--761731	32	2.4	31	84	6	89	48	2	5	44	1.39
763225--763258	16	2.3	15	90	10	52	20	0	23	55	1.43
763596--763646	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
764212--765382	85	13.8	84	84	3	1270	25	18	21	34	1.96
764260--765382	170	6.6	169	87	1	1487	25	18	21	34	1.96
765873--765907	15	2.3	15	100	0	70	54	5	11	28	1.59
767610--767636	14	1.9	14	100	0	54	22	51	22	3	1.63
767610--767642	5	6.8	5	86	6	50	21	54	21	3	1.58
778893--778976	9	9.1	9	72	10	62	77	1	4	16	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
778954--779046	7	12.9	7	83	7	71	77	1	8	12	1.04
778981--779046	14	4.7	14	85	10	82	77	0	10	12	1.00
778981--779031	21	2.4	21	96	0	84	74	0	11	13	1.07
780566--780654	26	3.4	26	93	0	160	16	20	35	26	1.94
781680--781754	3	25.3	3	86	2	98	37	1	1	60	1.14
781686--781763	15	5.3	15	83	4	70	39	1	1	57	1.15
781750--781788	9	3.8	10	84	15	53	56	2	0	41	1.13
781874--781910	16	2.4	16	95	4	67	8	56	18	16	1.64
783718--783759	18	2.3	18	84	8	50	28	2	2	66	1.16
794418--794481	1	64.0	1	77	0	65	89	0	10	0	0.50
794415--794481	9	7.0	9	86	9	89	88	0	11	0	0.53
794418--794481	10	6.5	10	87	8	96	89	0	10	0	0.50
794415--794481	19	3.5	19	93	2	107	88	0	11	0	0.53
796508--796956	113	4.0	113	91	3	701	38	14	18	27	1.91
797279--797380	3	35.3	3	82	11	124	38	0	0	60	1.03
797494--797530	16	2.4	16	95	4	67	8	56	18	16	1.64
798621--798664	22	2.0	23	86	4	63	34	0	4	61	1.16
803850--804036	93	2.0	93	100	0	374	26	18	9	45	1.80
807108--807212	37	2.8	37	82	0	129	41	14	14	29	1.85
807560--807602	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
807781--807847	28	2.4	25	76	23	64	28	4	2	64	1.28
813335--813871	183	2.9	183	94	0	932	27	20	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815000--815103	36	2.9	35	68	14	95	27	17	8	46	1.77
815000--815161	72	2.2	74	85	6	213	27	19	12	41	1.87
815268--815342	39	1.9	39	83	5	98	26	22	13	37	1.91
815245--815564	106	3.1	105	91	3	497	30	20	12	37	1.89
815464--815539	36	2.1	36	87	4	109	22	19	14	43	1.87
815706--816367	105	6.3	105	90	3	928	33	26	17	21	1.96
816895--816999	37	2.8	37	85	0	138	41	14	14	29	1.85
817355--817397	18	2.5	17	81	7	52	27	4	2	65	1.25
822308--822406	41	2.4	42	76	5	103	28	15	23	33	1.95
822538--822631	42	2.3	42	83	5	120	25	18	21	35	1.95
822218--822952	250	3.0	248	85	5	874	31	14	18	34	1.91
823233--823278	14	3.2	13	85	14	56	78	0	19	2	0.86
823502--823875	45	8.2	45	80	3	340	22	16	19	40	1.90
823502--823842	135	2.5	133	83	4	398	23	15	19	41	1.89
823619--823931	45	6.6	49	74	14	132	23	18	18	38	1.92
824542--825144	134	4.5	133	85	3	728	31	19	18	30	1.96
824542--825144	269	2.2	270	85	4	790	31	19	18	30	1.96
826544--826601	20	2.9	20	87	5	82	41	10	25	22	1.85
826571--826610	20	2.1	19	86	9	55	52	10	20	17	1.72
836138--836718	46	12.6	46	82	1	662	21	22	13	43	1.87
836209--836285	20	3.5	20	71	19	64	22	27	14	36	1.92
836144--836718	93	6.2	93	86	3	732	21	21	13	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
836303--836379	20	3.5	20	69	24	57	22	27	10	40	1.86
836137--836718	277	2.1	278	87	0	833	21	22	13	42	1.87
837069--837231	74	2.2	74	84	4	213	25	22	14	38	1.92
840623--840770	59	2.5	58	84	5	201	35	12	19	33	1.89
841144--841350	68	3.0	68	86	2	283	34	13	23	29	1.92
841282--841578	80	3.7	80	92	0	461	37	13	22	26	1.91
843838--843889	26	2.0	26	92	0	86	34	21	23	21	1.97
843908--843946	20	2.0	20	94	0	69	23	15	30	30	1.95
846114--846152	13	3.1	13	88	3	53	48	2	7	41	1.45
850713--850753	15	2.7	15	100	0	82	17	41	12	29	1.85
852573--852663	45	2.0	46	91	2	148	25	19	27	27	1.99
852683--852720	20	1.9	20	100	0	76	21	15	31	31	1.94
858940--858995	3	17.7	3	85	3	58	37	1	0	60	1.07
858940--858998	21	3.1	19	81	11	66	38	1	0	59	1.08
860345--860376	4	8.0	4	92	0	55	25	3	0	71	1.00
866030--866090	23	2.6	23	89	5	95	77	3	19	0	0.91
870701--870777	22	3.5	22	94	0	136	33	11	12	41	1.80
871453--872391	76	12.4	76	96	1	1681	23	19	22	34	1.97
872530--872585	3	18.7	3	87	7	78	35	0	0	64	0.94
873978--874006	12	2.3	13	94	5	51	24	3	0	72	1.00
878037--878087	25	2.0	25	88	0	75	52	7	7	31	1.59
882515--882575	31	2.0	31	96	0	113	34	14	16	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
883938--884020	17	4.8	17	74	4	67	46	9	8	34	1.67
883938--884020	35	2.4	36	79	6	98	46	9	8	34	1.67
897262--897943	111	6.1	112	92	2	1020	45	13	14	25	1.82
897818--898265	181	2.5	177	87	3	621	43	12	16	27	1.85
899128--899152	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
902352--902419	16	4.2	16	74	7	57	14	14	22	48	1.80
911871--911918	25	1.9	25	100	0	96	45	8	4	41	1.53
913182--913217	18	2.0	18	100	0	72	27	33	22	16	1.95
916415--916453	18	2.1	19	90	4	62	20	5	5	69	1.28
926738--926774	18	2.1	18	100	0	74	37	32	10	18	1.86
928511--928587	36	2.1	36	92	0	127	40	10	6	42	1.65
930543--930599	28	2.0	28	100	0	114	36	21	17	24	1.94
931402--931442	16	2.6	16	88	0	55	31	29	19	19	1.96
931942--931970	12	2.3	13	94	5	51	0	34	0	65	0.93
938455--938535	30	2.7	30	96	0	144	51	13	13	20	1.75
949448--949496	25	1.9	25	84	12	64	65	4	10	20	1.39
949447--949502	26	2.2	26	78	18	64	66	3	8	21	1.35
953867--953926	20	2.8	21	82	14	70	20	20	36	23	1.95
954633--954659	10	2.7	10	100	0	54	81	0	0	18	0.69
956733--956784	20	2.5	20	87	3	68	26	17	34	21	1.95
959642--959690	25	1.9	26	87	4	73	67	4	8	20	1.34
969200--969250	20	2.5	20	100	0	102	31	13	25	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
980716--980762	21	2.3	20	82	7	58	51	4	0	44	1.21
983494--983555	26	2.5	25	80	12	65	22	8	4	64	1.40
983629--983657	6	5.0	6	95	4	51	17	0	0	82	0.66
988122--988282	34	4.7	34	74	7	128	29	21	8	40	1.83
988122--988279	68	2.3	70	85	2	203	30	20	8	39	1.83
990173--990217	24	1.9	24	90	4	74	40	13	13	33	1.83
990804--990849	22	2.1	22	88	8	67	41	4	17	36	1.69
992526--992844	105	3.0	105	89	0	449	24	12	22	41	1.88
1001175--1001213	19	2.0	20	85	14	55	35	20	0	43	1.52
1004553--1004613	30	2.0	30	90	0	95	32	26	18	22	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6