genome.fa.s8798.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008798.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111947_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1825372

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9501--9592	3	31.3	3	86	8	127	60	0	3	35	1.13
9900--10677	113	7.0	113	91	2	1187	29	18	13	38	1.89
11437--12042	83	7.4	83	94	3	1025	35	22	13	29	1.92
13175--13228	11	4.9	11	78	19	51	1	18	0	79	0.82
13169--13218	14	3.8	13	75	15	50	0	20	0	80	0.72
13170--13232	9	7.6	9	77	21	50	1	19	0	79	0.82
13170--13235	16	4.1	16	76	18	57	1	19	0	78	0.82
13169--13235	23	2.9	23	84	8	75	1	20	0	77	0.85
16751--16784	9	3.7	9	88	7	50	61	0	17	20	1.34
26066--26183	3	39.3	3	93	0	200	62	0	3	33	1.12
26383--26412	14	2.1	14	100	0	60	60	0	0	40	0.97
28205--28242	16	2.4	16	86	8	51	36	0	7	55	1.29
31617--31664	21	2.3	20	82	13	53	45	8	0	45	1.33
34433--35866	478	3.0	478	93	2	2431	29	14	18	37	1.90
36556--36595	9	4.4	9	87	0	53	35	20	0	45	1.51
42354--42401	23	2.0	24	88	4	71	27	16	16	39	1.90
43416--43440	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94
44982--45016	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
46754--46880	31	4.1	31	83	4	175	25	18	22	34	1.96
47692--47725	11	3.1	11	91	0	59	26	14	29	29	1.95
50473--50537	29	2.2	28	82	12	78	15	10	12	61	1.56
50490--50574	30	2.9	30	82	8	86	18	11	11	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52848--52896	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
58635--58714	24	3.5	24	69	20	73	22	25	22	30	1.99
58703--58754	20	2.6	20	100	0	104	25	25	28	21	1.99
60514--60723	65	3.2	64	76	13	196	30	23	18	26	1.98
60564--60744	65	2.8	64	81	9	208	29	23	18	27	1.98
60695--60743	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
62745--62775	13	2.4	13	100	0	62	25	6	0	67	1.14
63268--63377	43	2.6	43	85	0	148	29	33	17	20	1.95
63271--63390	43	2.8	43	82	7	129	29	30	20	19	1.97
63194--63593	206	1.9	206	91	0	656	32	27	18	22	1.97
63474--63602	43	3.0	43	82	2	152	31	28	17	22	1.97
64083--64123	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
64828--65149	144	2.2	145	85	1	448	32	22	22	21	1.98
64841--65217	144	2.6	144	81	5	388	33	22	22	20	1.97
65526--65587	30	2.1	29	82	8	72	20	12	9	56	1.65
73748--73854	42	2.5	42	85	5	135	23	11	11	54	1.68
73779--73884	42	2.5	42	83	6	117	24	12	13	50	1.75
74081--74144	23	2.6	24	79	18	62	51	0	0	48	1.00
74177--74229	25	2.1	25	82	3	61	45	0	1	52	1.11
74081--74262	82	2.2	80	78	13	185	48	1	1	49	1.15
74297--74341	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
74428--74465	18	2.0	20	85	10	53	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74663--74734	15	4.8	15	77	5	83	31	13	6	47	1.70
74663--74734	30	2.4	30	97	0	135	31	13	6	47	1.70
96571--96616	24	1.9	24	90	0	74	34	6	10	47	1.64
96915--97024	40	2.8	40	91	0	166	23	13	28	34	1.93
97099--97197	45	2.2	45	94	0	171	37	5	23	34	1.77
100676--100968	60	4.9	60	86	4	389	23	17	21	37	1.94
102810--102957	80	1.9	80	89	0	233	40	12	14	31	1.84
103498--103533	18	2.0	18	100	0	72	44	22	5	27	1.75
105256--105293	19	2.0	19	89	0	58	47	10	0	42	1.38
106999--107033	18	1.9	18	88	11	54	28	22	5	42	1.76
116494--116532	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
120933--120974	2	20.5	2	95	4	75	47	2	0	50	1.14
122931--123005	35	2.1	35	90	0	114	37	0	18	44	1.50
128801--128916	35	3.3	35	84	4	160	36	3	16	43	1.65
131347--131614	133	2.0	135	98	1	522	30	11	24	32	1.91
145577--145640	21	3.4	20	66	29	59	31	4	18	45	1.70
145570--145690	35	3.4	36	85	6	156	34	3	18	43	1.66
157029--157064	17	2.1	17	100	0	72	44	16	0	38	1.48
158566--158610	21	2.1	21	84	8	56	31	26	24	17	1.97
159469--159516	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
160018--160045	14	2.0	14	100	0	56	28	7	28	35	1.84
160145--160453	145	2.1	143	93	4	521	27	17	21	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160421--160465	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
162308--162350	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
162330--162480	67	2.3	67	88	2	214	27	28	26	17	1.97
162838--162897	30	2.0	31	90	3	95	36	6	23	33	1.81
163117--163183	22	3.0	22	100	0	134	19	26	26	26	1.99
165915--165959	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
166907--166952	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
167499--167813	149	2.1	149	95	1	569	27	16	20	34	1.95
167781--167825	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
189343--189739	135	2.9	135	93	1	668	45	6	11	36	1.66
189883--189917	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
191534--191566	15	2.2	15	100	0	66	33	33	18	15	1.92
191678--191746	24	2.8	26	83	12	85	31	24	5	37	1.79
191711--191746	12	3.0	12	91	0	63	36	25	5	33	1.79
192118--192260	64	2.2	64	83	4	191	28	19	18	33	1.95
202976--203008	15	2.2	15	94	0	57	36	33	15	15	1.88
203472--203697	64	3.5	62	79	5	213	27	18	19	34	1.95
205070--205095	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
206365--206401	16	2.3	16	100	0	74	45	5	5	43	1.49
213667--213712	24	1.9	24	90	0	74	10	67	2	19	1.31
213670--213722	12	4.4	12	79	9	54	9	69	3	16	1.30
213670--213722	24	2.2	24	83	6	63	9	69	3	16	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222254--222296	20	2.2	20	91	0	68	32	30	18	18	1.95
222300--222343	19	2.3	19	80	7	54	15	25	25	34	1.95
224264--224392	58	2.2	58	94	0	222	21	25	27	24	1.99
234149--234195	19	2.5	19	96	0	85	44	21	12	21	1.85
234906--234931	9	2.9	9	100	0	52	7	23	46	23	1.78
234946--235003	20	2.9	19	80	14	64	34	24	22	18	1.96
242233--242265	5	6.8	5	86	6	50	3	21	54	21	1.58
242234--242260	14	1.9	14	100	0	54	3	22	51	22	1.63
242259--242296	19	2.0	19	89	0	58	23	21	28	26	1.99
242302--242359	10	6.1	9	78	11	62	24	29	31	15	1.95
242287--242369	29	2.9	29	92	0	130	26	26	28	18	1.98
242268--242389	19	6.3	18	73	11	55	27	24	27	19	1.99
243475--243542	17	4.1	16	83	9	75	58	2	0	38	1.13
245660--245787	38	3.5	37	78	16	122	41	2	7	48	1.45
245685--246070	36	10.0	37	70	18	193	44	4	6	44	1.48
245760--246014	128	2.0	127	94	2	449	45	4	6	43	1.50
245874--245903	15	1.9	16	93	6	53	40	0	6	53	1.27
245894--246074	75	2.5	72	80	8	215	46	4	5	43	1.47
246082--246139	3	19.3	3	76	13	57	27	5	0	67	1.12
246084--246139	22	2.5	24	88	8	82	26	5	0	67	1.11
246087--246136	19	2.7	19	84	3	57	26	6	0	68	1.13
252602--253119	84	6.2	83	82	6	625	29	26	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252578--253175	168	3.6	165	83	3	705	29	26	20	24	1.99
253756--253882	35	3.6	35	82	9	143	43	2	7	47	1.43
253755--253954	35	5.5	35	74	14	124	43	4	7	45	1.51
253941--253970	15	1.9	16	93	6	53	40	0	6	53	1.27
253829--254081	128	2.0	126	93	3	438	45	4	6	43	1.50
253956--254141	39	5.0	37	79	8	171	45	4	5	44	1.47
253961--254135	38	4.6	38	77	9	144	46	4	4	44	1.42
254153--254207	3	18.3	3	75	14	51	27	5	0	67	1.12
254153--254207	22	2.4	24	88	8	80	27	5	0	67	1.12
254154--254183	16	1.9	16	93	6	53	33	3	0	63	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9