genome.fa.s8798.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008798.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111947_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1825372

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
710424--710482	16	3.7	16	95	0	100	57	20	11	10	1.63
710416--710484	16	4.4	16	90	3	97	57	17	11	13	1.64
711195--711256	24	2.6	23	82	10	79	56	17	11	14	1.67
714397--714449	22	2.6	20	77	19	56	50	0	3	45	1.19
714397--714445	20	2.3	21	82	6	55	48	0	2	48	1.12
714527--714573	21	2.2	22	88	3	69	48	0	4	46	1.21
714787--714833	2	24.0	2	95	4	87	48	0	0	51	1.00
714886--714918	16	2.1	16	88	11	50	60	0	0	39	0.97
716513--716537	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
717347--717414	3	22.0	3	79	5	73	61	1	0	36	1.05
717545--718410	76	11.4	76	96	0	1545	34	22	19	23	1.97
719252--719303	22	2.4	22	96	0	95	38	15	9	36	1.80
721693--721918	114	2.0	114	93	0	389	29	20	16	33	1.95
724204--724250	15	3.2	14	77	19	51	0	21	0	78	0.75
724548--724593	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
729211--729254	22	1.9	24	86	9	65	65	0	6	27	1.17
729723--729775	22	2.6	20	77	19	56	50	0	3	45	1.19
729723--729771	20	2.3	21	82	6	55	48	0	2	48	1.12
729853--729899	22	2.2	22	84	3	60	46	0	6	46	1.28
730192--730224	16	2.1	16	88	11	50	60	0	0	39	0.97
731483--731550	3	22.0	3	82	5	82	60	1	0	38	1.06
731521--731556	18	2.0	18	94	0	63	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
732258--732520	57	4.6	57	85	0	319	43	17	19	19	1.88
732332--732879	54	10.0	54	73	11	285	43	17	19	19	1.89
732587--732896	108	2.9	110	80	3	326	44	17	19	18	1.87
740201--740249	21	2.4	20	86	10	64	34	26	6	32	1.81
751751--751844	21	4.4	22	67	17	63	27	15	22	34	1.95
752575--752639	23	2.8	23	80	0	76	32	10	41	15	1.81
756460--756579	60	2.0	60	96	0	222	50	10	12	27	1.72
761282--761359	27	2.9	27	72	10	72	48	1	2	47	1.23
761355--761406	19	2.7	19	85	11	63	40	0	7	51	1.30
761685--761792	30	3.6	30	83	5	128	35	12	9	42	1.75
761689--761799	15	7.5	15	66	15	52	33	12	9	45	1.74
768498--768538	21	2.0	21	95	0	73	26	24	21	26	2.00
769108--769180	24	3.1	24	75	16	80	31	21	26	20	1.98
769112--769185	23	3.2	23	76	16	80	31	22	27	18	1.98
769439--769501	30	2.1	30	93	0	108	33	22	4	39	1.75
769930--769984	20	2.7	21	91	5	94	20	25	25	29	1.99
771681--771727	10	4.7	10	79	10	51	34	12	12	40	1.82
771681--771747	20	3.3	20	78	12	66	34	16	11	37	1.85
772244--772327	39	2.2	39	89	4	125	30	23	25	20	1.98
784570--784604	18	1.9	18	88	0	52	60	5	34	0	1.21
785045--785087	20	2.2	20	95	0	77	27	20	4	46	1.71
785878--785945	20	3.4	20	95	0	118	25	29	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
785854--785945	40	2.3	40	84	3	114	28	26	20	25	1.99
786766--786819	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
787009--787045	14	2.6	14	91	4	56	51	21	21	5	1.68
789081--789115	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
789175--789584	140	2.9	140	98	0	784	29	13	15	42	1.84
789555--789812	20	13.8	20	73	15	212	36	22	16	25	1.94
789563--789718	54	2.9	54	89	0	249	36	24	16	23	1.94
789617--789812	74	2.6	74	86	1	277	35	22	17	23	1.95
789629--789842	94	2.3	93	82	4	234	35	21	17	26	1.95
789555--789812	34	6.9	40	72	16	185	36	22	16	25	1.94
789671--789882	94	2.3	94	87	4	304	33	20	18	27	1.96
789872--789929	20	2.9	21	82	10	77	12	17	27	43	1.84
790028--790089	14	4.3	14	77	6	61	45	14	1	38	1.55
791414--791525	42	2.7	41	76	8	118	23	18	37	20	1.94
792011--792056	20	2.4	19	85	7	58	39	26	17	17	1.91
792100--792167	20	3.4	20	89	0	91	22	20	22	35	1.96
794070--794156	20	4.4	20	85	7	108	50	22	14	11	1.75
794531--794594	22	3.0	22	79	4	78	21	17	40	20	1.91
794760--794833	20	3.7	20	88	0	103	24	21	25	28	1.99
794760--794857	40	2.5	40	81	3	108	24	21	23	30	1.99
799630--799696	28	2.4	28	90	2	100	62	2	7	26	1.36
802121--802159	2	19.5	2	94	0	69	48	2	48	0	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802804--802866	32	2.0	32	84	6	83	34	6	11	47	1.64
809694--809776	29	2.8	29	90	1	130	42	10	14	32	1.80
814456--814538	29	2.8	29	90	1	130	42	10	14	32	1.80
816326--816357	13	2.3	15	89	10	50	9	21	3	65	1.35
822783--822906	31	4.0	31	74	5	115	33	18	18	29	1.95
822781--822904	62	2.0	62	85	4	169	32	19	18	29	1.96
823689--823740	21	2.6	19	80	11	59	51	21	3	23	1.63
823696--823755	21	2.8	21	92	2	93	51	23	5	20	1.66
824048--824112	20	3.0	23	73	17	75	26	26	18	29	1.98
824049--824119	24	3.2	22	75	16	76	25	26	16	30	1.97
827108--827231	31	4.0	31	74	5	115	33	18	18	29	1.95
827106--827229	62	2.0	63	85	4	171	32	19	18	29	1.96
828036--828085	21	2.3	23	82	13	77	52	24	4	20	1.63
828044--828095	21	2.4	21	93	3	86	55	23	1	19	1.53
828395--828472	20	3.8	20	75	18	70	24	25	19	30	1.98
832922--832983	22	2.8	22	97	2	115	17	17	19	45	1.86
845139--845166	13	2.2	13	100	0	56	7	60	17	14	1.55
845723--845756	9	3.9	9	84	7	52	35	0	2	61	1.11
845722--845766	17	2.7	17	93	3	74	33	0	4	62	1.15
845723--845776	16	3.3	16	89	2	72	33	0	1	64	1.04
853968--854029	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
854429--854474	24	1.9	24	95	0	83	39	8	21	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
854435--854488	24	2.3	24	84	9	67	46	11	16	25	1.80
855849--855967	59	2.0	59	93	0	202	32	21	16	29	1.95
856882--856930	21	2.3	21	92	3	80	32	6	32	28	1.82
857062--857095	17	2.0	17	88	0	50	32	14	17	35	1.91
858315--858363	21	2.3	21	92	3	80	36	6	28	28	1.81
871677--871711	17	2.1	17	94	0	61	25	0	0	74	0.82
871733--871811	39	2.0	38	85	9	106	31	12	3	51	1.57
871825--871850	11	2.4	11	100	0	52	26	7	0	65	1.20
875818--876491	336	2.0	336	99	0	1339	27	13	11	46	1.79
877519--877576	30	1.9	31	89	3	91	62	12	10	15	1.55
878743--878789	21	2.2	21	84	0	67	23	23	14	38	1.92
878678--878858	20	9.0	20	71	11	93	32	24	14	28	1.94
879614--879647	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
880001--880033	12	2.8	12	90	0	57	72	0	24	3	0.98
882100--882135	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
882481--882542	20	3.1	20	90	0	106	25	17	24	32	1.97
882636--882685	25	2.0	25	96	0	91	26	8	22	44	1.80
883059--883095	18	2.1	18	94	0	65	35	5	8	51	1.55
883051--883103	24	2.2	24	82	0	61	37	3	11	47	1.58
883405--883491	39	2.2	39	97	0	165	47	20	14	17	1.83
883819--883857	14	2.8	14	80	0	51	51	17	0	30	1.46
883770--883909	61	2.2	63	83	7	169	49	17	1	32	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
885271--885360	21	4.3	21	72	8	67	22	18	34	24	1.96
885286--885370	42	2.0	42	84	4	109	21	16	36	25	1.94
885321--885373	21	2.5	21	73	11	54	26	15	32	26	1.95
887947--888033	20	4.3	20	76	16	99	19	17	22	40	1.91
887957--888069	40	2.8	40	81	10	115	22	18	23	36	1.95
887982--888069	20	4.3	20	68	11	63	25	18	22	34	1.96
888057--888110	20	2.7	20	85	8	83	25	12	31	29	1.93
888302--888373	31	2.3	31	92	0	117	34	15	13	36	1.87
888553--888577	12	2.1	12	100	0	50	52	32	0	16	1.44
891275--891349	38	2.0	37	82	5	89	49	4	1	45	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9