genome.fa.s8814.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008814.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111976_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1021170

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
788591--788647	22	2.6	22	91	0	87	36	12	17	33	1.87
793214--793246	11	3.0	11	86	13	50	0	18	0	81	0.68
793217--793260	19	2.2	21	88	8	65	4	18	0	77	0.94
796469--796510	6	6.1	7	78	15	52	57	9	16	16	1.65
802774--802836	28	2.2	28	83	5	74	4	3	9	82	0.92
802784--802840	21	2.7	21	83	5	71	0	3	12	84	0.75
804499--804630	24	5.0	27	74	24	113	62	1	0	36	1.05
804583--804624	3	14.0	3	80	9	50	66	0	0	33	0.92
804616--804668	24	2.2	24	81	15	65	62	3	0	33	1.13
804642--804711	37	1.9	36	82	8	88	62	8	1	27	1.32
805928--805989	3	21.0	3	77	9	65	62	1	0	35	1.05
806021--806386	35	10.3	34	77	7	266	41	10	3	44	1.56
806017--806386	70	5.2	69	83	5	355	41	10	3	44	1.56
806017--806386	108	3.5	105	81	4	391	41	10	3	44	1.56
807137--807161	12	2.1	12	100	0	50	12	24	24	40	1.88
809131--809164	10	3.4	10	87	0	50	8	17	8	64	1.47
810755--810816	9	6.7	9	77	17	56	12	4	8	74	1.21
810748--810816	19	3.6	19	79	12	63	13	4	8	73	1.21
810775--810817	18	2.3	19	92	4	70	11	4	6	76	1.13
810748--810817	29	2.4	29	90	2	106	12	4	8	74	1.20
810764--810819	19	2.9	19	82	15	71	14	3	7	75	1.16
811453--811478	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
811628--811947	36	8.8	36	83	9	352	45	3	5	44	1.46
811850--811897	24	2.0	24	83	4	60	50	4	6	39	1.47
811954--812022	3	21.7	3	86	8	68	33	0	1	65	1.02
813392--813426	18	1.9	18	88	0	52	22	2	0	74	0.95
813443--813478	19	1.9	18	88	5	54	13	8	0	77	0.98
813393--813587	51	3.7	51	77	17	152	21	5	1	71	1.15
813484--813533	25	2.0	24	85	11	66	24	4	2	70	1.15
813465--813607	29	5.0	29	68	22	86	18	5	2	72	1.17
813431--813592	56	2.9	55	82	9	177	20	5	1	72	1.14
813505--813592	15	5.7	15	70	16	54	17	4	2	76	1.06
813506--813613	29	3.4	30	72	19	87	17	6	2	73	1.17
816600--816659	26	2.3	26	82	0	84	46	8	0	45	1.33
816637--816782	77	1.9	79	84	5	199	39	11	6	42	1.66
819275--819307	15	2.2	15	100	0	66	24	18	27	30	1.98
824975--825558	182	3.3	180	88	7	904	42	14	15	27	1.86
825387--825723	162	2.1	161	89	0	530	41	12	16	28	1.85
827632--827687	24	2.4	23	80	8	69	44	0	5	50	1.25
828275--828321	18	2.8	17	81	12	53	61	0	29	8	1.25
828286--828321	18	1.9	19	94	5	65	61	0	33	5	1.19
830435--830487	20	2.7	20	90	0	70	47	9	16	26	1.77
830641--830688	20	2.5	19	75	18	55	50	8	12	29	1.69
830455--831119	199	3.4	198	80	8	756	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
832680--832727	19	2.5	19	96	0	87	33	8	10	47	1.68
835451--835942	200	2.5	198	86	3	666	39	14	15	30	1.87
835970--836131	87	1.9	87	93	0	279	30	14	12	41	1.83
837239--837283	23	2.0	22	82	4	54	46	4	0	48	1.22
845135--846428	138	9.4	138	90	1	1934	24	20	22	32	1.98
846586--846635	22	2.2	22	82	10	57	50	0	18	32	1.47
847450--847510	21	2.9	21	90	4	97	22	22	36	18	1.95
847495--847558	21	3.1	20	88	6	92	32	23	25	18	1.97
847474--847556	42	2.0	42	83	4	105	30	24	26	19	1.98
847550--847629	42	1.9	41	87	2	115	25	21	33	20	1.97
848671--848720	24	2.1	23	81	7	55	70	0	0	30	0.88
848820--848913	30	3.1	30	74	16	79	58	1	0	40	1.05
865368--865420	24	2.2	24	100	0	106	41	15	11	32	1.82
875946--875981	13	2.8	13	91	0	54	8	30	41	19	1.81
879299--879333	12	3.0	12	87	4	54	11	14	8	65	1.46
882047--882098	22	2.4	22	76	0	59	13	30	34	21	1.92
889251--889310	22	2.6	23	75	15	61	65	5	8	21	1.40
890795--890889	49	1.9	49	85	4	129	29	13	16	40	1.87
890814--891029	49	4.4	49	77	6	206	29	17	14	37	1.90
891032--891137	49	2.2	47	83	3	122	36	16	11	34	1.85
891032--891330	48	6.2	48	75	6	203	32	21	13	33	1.92
891213--891308	49	2.0	48	91	2	156	34	21	12	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
896216--896274	29	2.1	29	87	9	86	49	10	0	40	1.37
896247--896296	22	2.3	22	85	0	73	46	6	2	46	1.39
896357--896393	17	2.2	17	95	0	65	54	5	0	40	1.24
896362--896402	17	2.4	17	91	0	64	46	9	0	43	1.36
897488--897578	42	2.2	41	82	7	103	24	23	25	27	2.00
899118--899242	5	25.8	5	72	19	97	39	0	1	58	1.13
899126--899226	14	7.2	14	74	23	81	38	0	1	59	1.09
899124--899245	19	6.1	20	70	14	90	38	0	1	59	1.07
899115--899242	26	4.8	26	71	23	88	38	0	1	59	1.13
899124--899244	9	13.1	9	71	18	65	38	0	1	59	1.07
899124--899241	37	2.9	42	79	16	126	39	0	1	58	1.08
899124--899243	29	4.0	30	77	15	124	39	0	1	59	1.08
899126--899243	14	8.3	14	73	25	65	38	0	1	59	1.08
901528--901563	17	2.1	17	89	0	54	5	11	8	75	1.19
901536--901578	17	2.4	18	85	11	54	11	9	6	72	1.29
908292--908324	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
913851--915262	469	3.0	469	99	0	2774	35	17	14	32	1.90
919584--919619	17	2.1	17	100	0	72	30	11	38	19	1.86
920066--920130	33	1.9	33	84	3	85	36	27	13	21	1.92
923300--923373	30	2.5	29	77	14	78	31	8	20	40	1.81
930192--930272	30	2.7	31	78	12	98	29	8	20	40	1.83
930192--930269	15	5.2	15	71	11	70	30	8	19	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
930391--930462	23	3.1	23	76	7	74	25	22	25	27	2.00
930375--930446	24	3.0	24	81	2	83	23	22	22	31	1.98
930375--930485	47	2.4	47	83	3	125	20	22	23	33	1.97
935046--935115	14	5.2	13	85	13	72	45	0	0	54	0.99
935060--935117	2	31.5	2	83	16	81	44	0	0	55	0.99
935046--935119	16	5.3	14	80	19	84	45	0	0	54	1.00
936377--936406	15	2.0	15	93	0	51	36	3	6	53	1.44
936586--936612	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
937485--937565	28	3.2	26	76	13	73	32	3	2	61	1.26
937485--937551	28	2.5	28	83	7	77	34	2	2	59	1.28
942190--942219	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
942517--942568	7	7.4	7	78	8	52	84	3	11	0	0.74
942513--942554	11	3.9	11	87	9	52	88	0	11	0	0.53
942513--942551	18	2.2	18	95	0	69	87	0	12	0	0.55
947328--947404	22	3.5	22	92	0	136	32	11	14	41	1.82
947913--948236	165	2.0	166	91	3	537	34	13	12	38	1.83
948239--948960	76	9.6	76	91	2	1154	23	19	21	35	1.96
948239--948958	151	4.8	151	92	1	1162	23	19	21	35	1.96
948892--948996	46	2.3	46	93	1	176	25	20	17	36	1.94
949120--949175	3	17.3	3	82	14	51	41	0	0	58	0.98
949120--949172	11	5.4	10	82	14	58	41	0	0	58	0.98
949136--949167	2	17.0	2	87	12	50	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
949127--949175	20	2.5	19	90	9	80	42	0	0	57	0.99
950350--950594	136	1.8	135	93	0	427	37	7	8	46	1.63
950724--950762	18	2.2	17	86	4	51	41	0	0	58	0.98
950710--950762	26	2.0	26	82	7	63	41	0	0	58	0.98
952040--952322	74	3.9	74	94	1	500	38	12	15	33	1.84
957679--957738	26	2.3	26	100	0	120	40	11	16	31	1.85
957705--957915	74	2.9	74	94	0	368	37	11	15	35	1.84
957708--957940	74	3.2	73	85	6	326	38	12	14	35	1.83
960586--960615	15	2.0	15	100	0	60	26	6	13	53	1.64
963158--963198	16	2.5	17	92	4	66	34	4	9	51	1.56

Tables:   1   2   3   4   5