genome.fa.s8909.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008909.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112206_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2327114

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  3  of  8  ( 959 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739206--739285	31	2.6	31	89	0	124	28	18	8	43	1.80
742789--742836	4	12.5	4	82	8	55	45	25	6	22	1.75
742796--742839	19	2.3	19	100	0	88	45	27	6	20	1.76
748720--748758	16	2.4	16	87	8	53	56	0	2	41	1.13
749087--749141	11	4.8	11	83	14	67	49	0	0	50	1.00
749091--749141	25	2.0	25	100	0	102	49	0	0	50	1.00
749091--749131	14	3.1	14	86	13	61	48	0	0	51	1.00
749576--750307	344	2.2	335	90	3	1153	43	5	7	44	1.54
750375--750424	26	1.9	26	84	8	66	48	2	2	48	1.24
752502--752741	120	2.0	120	90	0	381	34	15	11	38	1.84
756175--756226	24	2.2	24	82	6	61	40	15	1	42	1.58
760133--760221	29	3.1	29	96	0	169	15	31	34	17	1.92
760519--760546	14	2.0	14	100	0	56	21	42	28	7	1.79
760533--760587	20	2.8	20	91	0	92	27	36	23	12	1.91
760580--760632	23	2.3	23	93	0	88	26	26	30	16	1.97
760598--760678	33	2.5	33	88	4	103	27	25	37	9	1.88
760725--760777	23	2.3	23	87	9	81	11	35	24	28	1.90
761032--761137	2	53.0	2	100	0	212	50	0	0	50	1.00
762700--762764	31	2.1	31	94	0	112	35	7	3	53	1.45
765623--765690	6	11.5	6	98	1	129	32	51	16	0	1.45
765741--765765	12	2.1	12	100	0	50	56	16	16	12	1.68
766192--766237	5	8.6	5	97	2	65	0	19	54	26	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
766337--766443	20	5.2	20	75	20	96	17	18	21	42	1.90
766518--766562	19	2.2	21	84	7	58	22	8	2	66	1.30
766517--766565	21	2.3	21	79	6	55	20	10	2	67	1.30
771526--771565	20	2.0	20	90	9	64	40	0	2	57	1.12
771542--771632	41	2.2	43	84	5	116	47	4	2	46	1.35
771572--771656	30	2.9	29	71	20	79	47	3	1	48	1.26
772618--772670	24	2.3	23	86	3	70	39	22	18	18	1.92
774216--774255	21	1.9	21	85	10	55	55	10	2	32	1.47
774255--774295	4	10.0	4	85	15	57	73	0	2	24	0.96
774256--774295	21	1.9	21	90	10	64	72	0	2	25	0.97
774424--774471	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
778329--778358	16	1.9	15	93	6	51	30	0	3	66	1.07
778468--778502	18	1.9	18	88	0	52	54	2	2	40	1.30
786888--787122	121	1.9	121	94	0	416	37	9	15	37	1.81
790301--790586	6	48.0	6	98	1	558	16	0	33	50	1.46
791808--791841	13	2.5	13	95	4	59	32	0	0	67	0.91
802662--802701	13	3.1	13	96	0	71	32	15	30	22	1.94
803076--803131	25	2.2	25	100	0	112	30	14	7	48	1.70
803998--804126	43	3.0	43	97	0	240	40	13	17	27	1.88
819183--819209	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
819203--819249	24	2.0	23	84	12	60	38	2	0	59	1.09
819634--819686	25	2.2	24	82	3	61	35	1	1	60	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826142--826183	12	3.2	13	76	10	50	28	14	2	54	1.52
826792--826944	60	2.5	60	79	8	159	46	5	17	30	1.72
827286--827447	50	3.2	49	84	7	182	49	14	10	25	1.75
831005--831093	22	4.0	22	72	18	69	51	1	0	47	1.08
830986--831075	43	2.1	43	90	8	141	46	0	0	53	1.00
831912--831945	13	2.6	13	86	13	52	41	0	0	58	0.98
835358--835428	31	2.3	31	90	0	106	29	15	16	38	1.90
841587--841611	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
842503--842579	40	1.9	40	91	0	127	20	19	23	36	1.95
843799--843914	61	1.9	60	80	1	133	32	9	18	38	1.83
848982--849065	33	2.5	33	92	1	141	59	1	0	39	1.05
851694--851744	25	2.0	26	85	11	70	58	0	1	39	1.09
853117--853176	20	3.0	20	95	0	102	26	3	33	36	1.73
854194--854248	28	2.0	28	88	0	83	47	5	12	34	1.65
854247--854297	27	2.0	27	84	7	70	66	1	1	29	1.13
855728--855773	21	2.2	21	100	0	92	28	19	26	26	1.99
855769--855816	21	2.3	21	88	0	69	22	20	27	29	1.99
855900--855995	42	2.3	42	87	1	129	25	16	21	36	1.94
855923--855988	21	3.1	21	71	16	73	21	19	21	37	1.94
855933--855999	19	3.3	19	67	15	53	25	20	19	34	1.96
856650--856719	21	3.3	21	71	15	72	35	25	17	21	1.95
856626--856719	42	2.2	42	92	0	161	38	23	15	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
856752--856840	21	4.2	21	92	0	151	22	21	24	31	1.98
870163--870223	29	2.1	29	87	0	86	37	14	4	42	1.68
872220--872301	20	4.0	22	72	20	72	46	2	4	46	1.37
872217--872308	40	2.3	40	84	1	123	46	2	4	46	1.34
872244--872307	20	3.2	20	78	8	85	46	3	4	45	1.39
874390--874428	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
881886--881915	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
882169--882264	49	2.0	49	91	0	156	16	38	31	13	1.88
884014--884055	20	2.2	19	87	8	59	26	23	7	42	1.80
884890--884942	11	4.6	12	83	4	65	11	16	47	24	1.80
884890--884942	23	2.3	24	80	9	65	11	16	47	24	1.80
884940--885022	32	2.6	31	79	9	96	49	0	1	49	1.08
888923--888976	26	2.1	26	96	0	99	37	7	14	40	1.74
889416--889490	24	3.2	24	62	24	59	24	33	13	29	1.93
889417--889510	47	2.0	47	100	0	188	27	31	12	27	1.93
890411--890457	22	2.1	22	88	7	69	36	14	4	44	1.65
890816--890885	30	2.3	31	85	7	90	52	0	8	38	1.32
894650--894690	6	6.8	6	100	0	82	17	0	48	34	1.47
895942--896005	4	16.0	4	80	0	74	26	7	25	40	1.82
895942--896000	8	7.4	8	96	0	100	25	8	25	40	1.83
896212--896253	19	2.2	20	82	4	50	50	7	7	35	1.57
896687--896763	36	2.2	36	81	6	86	29	10	5	54	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899067--899158	29	3.1	29	70	14	71	41	1	3	54	1.24
911451--911554	38	2.7	39	79	5	122	32	12	4	50	1.61
911461--911555	19	4.9	19	78	5	84	31	11	6	50	1.63
915868--915984	60	2.0	59	82	1	144	44	3	17	35	1.65
920153--920285	66	2.0	66	86	5	189	24	24	30	21	1.99
922414--922501	31	2.8	32	83	6	92	42	3	11	43	1.57
922883--922907	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
929594--929752	87	1.9	87	86	2	232	52	15	11	20	1.74
934867--934933	23	3.0	24	70	20	56	46	1	7	44	1.40
935232--935301	34	2.1	33	94	2	122	40	14	5	40	1.69
935450--935524	21	3.6	21	96	0	132	29	22	24	24	1.99
935533--935586	21	2.6	21	90	0	81	22	18	29	29	1.97
935651--935787	42	3.3	42	90	0	220	22	17	21	37	1.94
935672--935783	21	5.3	21	69	16	88	21	16	22	40	1.91
940716--940745	6	5.2	6	96	4	53	66	0	0	33	0.92
940797--940843	21	2.2	21	84	0	58	55	0	8	36	1.31
946203--946950	216	3.5	213	81	3	831	32	16	25	25	1.96
951876--951971	48	2.0	48	100	0	192	50	4	6	39	1.47
955903--955941	19	2.1	19	90	0	60	30	10	0	58	1.31
955967--956024	13	4.5	13	68	23	50	24	5	5	65	1.34
955965--956028	18	3.4	18	68	19	58	23	4	4	67	1.29
955966--956042	39	2.0	39	95	5	140	24	3	5	66	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
958750--958811	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
960380--960417	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
967621--967658	18	2.1	18	95	0	67	26	10	23	39	1.87
990577--990643	29	2.3	30	87	10	102	47	13	5	32	1.67
993044--993161	15	7.5	15	79	13	130	45	0	2	50	1.21
993141--993270	32	4.4	32	78	18	154	36	0	9	54	1.32
993162--993688	54	9.6	54	80	12	610	34	0	12	52	1.44
993141--993544	166	2.5	167	88	5	585	34	0	11	52	1.43
993297--993576	32	9.7	32	74	21	296	33	1	12	52	1.46
993362--993404	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8