genome.fa.s8909.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008909.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112206_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2327114

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2018215--2018252	12	3.2	12	96	0	67	5	34	26	34	1.79
2018418--2018473	16	3.5	16	97	0	103	41	19	17	21	1.91
2021492--2021527	9	4.1	9	85	7	56	63	2	0	33	1.08
2021495--2021528	17	2.0	17	100	0	68	58	5	0	35	1.22
2021572--2021607	10	3.6	10	96	0	63	47	0	36	16	1.47
2028383--2028434	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
2028490--2028683	20	9.6	20	76	8	76	35	25	19	19	1.95
2028486--2028683	40	5.0	39	81	4	200	35	26	19	19	1.95
2028490--2028682	60	3.2	60	83	0	251	35	25	19	19	1.95
2029064--2029134	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
2029267--2029311	19	2.4	19	92	0	72	46	26	17	8	1.78
2029307--2029404	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
2029329--2029418	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
2029312--2029426	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
2030681--2030793	19	6.4	19	75	20	120	13	20	19	46	1.83
2030700--2030793	34	2.8	33	88	6	136	12	20	20	46	1.82
2033076--2033100	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2033275--2033321	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2034004--2034372	20	18.5	20	86	4	458	20	18	26	34	1.96
2043244--2043289	20	2.3	20	100	0	92	26	17	13	43	1.85
2047065--2047097	15	2.3	15	89	5	50	9	21	3	66	1.33
2053518--2053553	6	6.0	6	100	0	72	16	33	33	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2056154--2056214	31	2.0	31	83	6	79	31	8	6	54	1.56
2056394--2056464	25	3.0	24	78	14	67	53	1	2	42	1.24
2056390--2056449	23	2.5	24	83	5	77	51	1	5	41	1.33
2059694--2059742	2	24.5	2	91	0	80	51	4	0	44	1.20
2068893--2068926	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
2089270--2089300	7	4.4	7	91	0	53	25	25	29	19	1.99
2089297--2089393	5	17.8	5	76	16	86	8	22	50	18	1.73
2089302--2089394	17	5.9	17	80	12	101	9	22	49	18	1.76
2089290--2089376	22	4.0	22	100	0	174	9	22	49	18	1.76
2089392--2089489	19	5.1	19	80	13	101	28	27	26	17	1.98
2089390--2089488	9	10.3	9	80	10	90	28	27	28	16	1.97
2089391--2089488	29	3.4	28	85	5	124	28	27	27	16	1.97
2096665--2096739	5	13.8	5	76	15	69	8	22	50	18	1.73
2096670--2096740	17	3.9	17	89	10	97	9	22	49	18	1.77
2096658--2096722	22	3.0	22	100	0	130	9	23	49	18	1.76
2096738--2096835	19	5.1	19	80	13	101	28	27	26	17	1.98
2096736--2096834	9	10.3	9	80	10	90	28	27	28	16	1.97
2096737--2096834	29	3.4	28	85	5	124	28	27	27	16	1.97
2104537--2104823	148	1.9	148	92	2	479	40	14	14	30	1.86
2105312--2105364	23	2.3	23	86	0	79	24	35	15	24	1.94
2106049--2106220	29	5.9	30	83	8	149	19	22	18	40	1.92
2110938--2110976	19	2.1	19	95	0	69	43	33	10	12	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2129466--2129523	29	2.0	29	86	0	80	15	36	25	22	1.94
2129560--2129602	14	3.1	14	93	0	68	25	39	27	6	1.81
2129601--2129665	33	2.0	33	87	6	96	27	23	38	10	1.88
2129672--2129727	29	1.9	29	92	0	94	19	28	37	14	1.91
2129786--2129871	29	3.0	29	100	0	172	19	31	34	13	1.91
2134005--2134090	30	2.9	29	73	19	70	43	4	2	50	1.36
2137694--2137813	35	3.3	36	89	5	181	43	19	5	32	1.72
2137745--2137805	21	3.2	21	61	29	55	42	19	4	32	1.73
2137712--2137840	35	3.7	35	86	7	138	41	17	6	33	1.77
2141880--2141911	16	1.9	17	93	6	57	34	21	6	37	1.79
2142321--2142466	35	4.1	37	85	9	171	43	17	4	34	1.68
2142371--2142431	21	3.2	21	68	29	64	42	19	4	32	1.73
2148162--2148216	27	2.0	27	100	0	110	36	36	23	3	1.73
2150388--2150419	11	3.0	11	95	4	57	28	15	0	56	1.40
2163556--2163830	37	7.6	36	78	11	235	42	3	7	46	1.50
2163495--2163830	72	4.6	70	79	13	299	42	3	8	45	1.52
2163562--2163830	109	2.5	105	83	10	332	42	3	7	46	1.50
2163892--2163923	12	2.7	12	90	0	55	37	25	28	9	1.87
2165187--2165250	12	5.2	12	75	20	62	21	4	0	73	1.01
2165192--2165260	9	7.2	9	70	16	50	21	5	0	72	1.05
2173326--2173401	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
2177879--2177908	15	2.0	15	100	0	60	13	46	26	13	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2178331--2178406	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
2186381--2186425	4	11.2	4	100	0	90	0	26	0	73	0.84
2187775--2188222	134	3.4	134	86	1	594	21	16	15	45	1.85
2195628--2195653	12	2.2	12	100	0	52	23	34	7	34	1.83
2199205--2199351	30	5.1	30	72	17	132	31	6	0	61	1.26
2199343--2199387	15	3.2	13	87	9	54	48	2	0	48	1.13
2206560--2206604	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2206630--2206674	22	2.0	22	82	4	54	31	31	26	11	1.91
2207270--2207365	32	3.0	32	80	8	124	29	16	18	35	1.93
2207271--2207368	31	3.2	30	80	11	117	29	18	18	33	1.95
2207357--2207539	30	6.1	30	98	0	341	21	22	25	30	1.99
2210642--2210672	13	2.4	13	100	0	62	38	0	6	54	1.26
2223486--2223731	83	3.0	83	84	4	300	30	20	13	34	1.91
2224676--2224879	101	2.0	101	99	0	399	34	17	19	28	1.94
2229115--2229192	41	1.9	40	87	7	113	57	11	2	28	1.47
2229968--2230001	13	2.6	13	100	0	68	32	26	14	26	1.95
2243333--2243386	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
2246769--2247003	42	5.6	42	71	12	144	29	16	21	32	1.95
2248056--2248214	52	3.1	52	97	0	300	32	7	16	42	1.77
2251814--2251843	15	2.0	15	100	0	60	46	6	26	20	1.75
2251844--2251892	21	2.3	20	82	6	62	44	12	40	2	1.53
2252234--2252353	44	2.7	44	84	5	145	30	21	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2252516--2252613	43	2.3	43	82	5	117	31	26	17	24	1.97
2252660--2252696	15	2.7	14	84	15	51	8	24	32	35	1.85
2260989--2261158	85	2.0	85	100	0	340	31	9	16	42	1.80
2261774--2261805	15	2.1	15	100	0	64	25	18	6	50	1.70
2265970--2265999	16	1.9	16	93	6	53	56	20	3	20	1.56
2273844--2273877	17	2.0	17	94	0	59	32	17	23	26	1.97
2277615--2277650	13	2.7	13	91	4	54	69	0	2	27	1.02
2286158--2286199	22	1.9	22	85	9	59	61	4	4	28	1.36
2289290--2289337	23	2.1	23	84	0	60	33	12	20	33	1.90
2289817--2289888	23	3.1	23	89	0	108	37	20	5	36	1.76
2290304--2290376	23	3.2	23	88	0	110	39	20	5	34	1.76
2289411--2291210	488	3.7	490	96	0	3313	40	10	7	41	1.68
2290794--2290866	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
2291226--2291333	42	2.6	42	100	0	216	37	10	10	42	1.73
2293488--2293532	21	2.1	21	84	8	56	26	17	22	33	1.96
2303558--2303652	35	2.7	36	80	6	104	36	4	13	45	1.63
2303558--2303659	36	2.9	36	79	5	109	35	3	14	46	1.64
2306719--2306753	12	2.9	12	91	0	52	37	25	5	31	1.80
2313393--2313425	15	2.2	15	94	0	57	30	33	21	15	1.94
2313570--2313599	12	2.5	12	94	0	51	36	23	3	36	1.71
2313897--2314073	64	2.8	64	81	5	196	25	19	21	32	1.97
2313960--2314121	64	2.5	63	84	5	184	26	22	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2318079--2318182	31	3.2	31	69	15	84	38	19	20	22	1.94
2318060--2318183	66	1.9	66	89	0	194	37	17	22	22	1.94
2319571--2319659	25	3.6	25	96	0	160	35	22	8	32	1.85
2319857--2319918	26	2.4	26	91	0	106	32	16	22	29	1.95
2320033--2320070	18	2.1	18	85	9	51	36	18	26	18	1.94
2322064--2322120	21	2.7	21	88	0	87	28	19	26	26	1.99
2322816--2322857	22	1.9	22	90	0	66	19	21	33	26	1.97
2322895--2322947	20	2.5	22	84	6	74	24	18	9	47	1.78
2326916--2326941	13	2.0	13	100	0	52	23	0	38	38	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8

The End!