genome.fa.s8917.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008917.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112221_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  766343

Tables:   1   2   3   4   

This is table  1  of  4  ( 391 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3204--3317	54	2.1	54	81	0	129	35	14	20	29	1.93
4584--4914	121	2.7	121	85	7	474	39	15	18	26	1.90
5115--5188	3	25.3	3	82	10	91	32	1	0	66	1.00
5115--5188	17	4.2	18	86	6	91	32	1	0	66	1.00
6771--6853	43	1.9	43	85	0	112	42	3	0	54	1.18
6804--6860	18	3.1	18	74	2	60	40	3	0	56	1.17
8145--8201	27	2.1	27	100	0	114	52	0	0	47	1.00
8820--8870	19	2.6	20	84	3	59	43	5	15	35	1.71
9748--9809	30	2.0	31	87	3	90	54	9	8	27	1.61
12932--12982	19	2.6	20	90	3	77	43	5	15	35	1.71
13879--13936	29	2.0	29	83	6	73	51	10	8	29	1.65
18946--18980	16	2.1	17	89	5	54	57	2	20	20	1.54
21068--21098	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
23405--23456	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
23445--23558	20	5.7	20	81	6	104	32	25	17	24	1.97
23442--23558	61	1.9	61	83	0	153	34	24	17	23	1.96
24076--24142	19	3.5	19	83	2	89	50	23	16	8	1.73
24193--24229	14	2.6	14	95	0	65	10	24	24	40	1.87
24143--24215	33	2.2	33	85	0	101	10	21	26	41	1.86
24160--24253	47	2.0	48	89	2	145	11	24	25	38	1.89
24221--24278	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
26338--26404	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26295--26404	42	2.6	42	80	7	107	23	34	20	21	1.97
27762--27797	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
27967--28117	19	8.7	19	64	21	80	15	22	20	41	1.89
27971--28097	33	3.9	32	87	8	193	14	22	19	42	1.88
27964--28096	66	2.0	66	97	0	248	16	22	19	41	1.90
30376--30400	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
30575--30628	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
31684--31721	20	1.9	20	94	0	67	39	23	21	15	1.92
31744--31817	19	4.5	16	83	16	66	13	20	18	47	1.82
31740--31807	19	3.8	19	87	12	101	13	22	17	47	1.82
31721--31835	52	2.2	52	82	0	131	19	21	20	38	1.94
31924--31960	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
33822--33888	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
33877--33934	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
33861--33939	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
33946--34041	16	5.7	18	67	20	64	12	18	20	47	1.81
33968--34025	14	3.9	14	75	16	62	12	15	22	50	1.77
33951--34041	32	2.8	33	89	3	148	12	17	20	49	1.78
34026--34080	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
34562--34606	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
35926--35999	20	3.8	20	81	1	69	43	22	17	16	1.88
36233--36276	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36464--36558	20	4.7	20	78	7	84	24	17	24	33	1.96
36484--36561	41	1.9	41	83	0	102	23	16	21	38	1.93
36547--36639	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
36547--36639	41	2.3	41	100	0	150	17	24	18	39	1.91
37733--37864	56	2.4	56	84	3	169	34	17	10	37	1.84
37763--37886	56	2.2	56	87	7	171	31	17	10	40	1.84
43051--43300	56	4.5	56	92	2	405	35	18	11	34	1.87
48169--48202	9	3.9	9	88	7	52	73	2	0	23	0.97
48172--48204	8	4.0	8	92	7	57	72	3	0	24	0.98
48169--48204	17	2.1	17	94	0	63	69	2	0	27	1.02
53999--54027	15	2.0	15	93	6	51	0	20	0	79	0.74
59236--59736	139	3.6	138	87	1	682	22	19	23	34	1.97
59875--59924	23	2.2	23	82	7	57	48	0	20	32	1.50
60763--60845	42	2.0	42	87	0	121	25	15	33	25	1.95
62530--62591	14	4.4	14	75	18	58	61	1	0	37	1.06
62558--62634	23	3.3	22	73	18	75	58	0	0	41	0.98
62559--62642	28	3.0	28	75	5	73	60	0	0	39	0.97
62851--62993	61	2.4	59	83	6	173	22	33	25	18	1.96
63184--63290	55	1.9	56	90	3	171	26	12	22	39	1.89
65804--65846	18	2.2	18	84	12	50	30	18	23	27	1.98
69796--70709	46	19.5	46	83	4	1060	43	13	22	21	1.87
69796--71134	92	14.1	92	78	9	1260	43	12	21	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69925--70177	20	10.9	26	66	24	118	43	13	22	20	1.86
70290--70315	12	2.2	12	100	0	52	38	11	34	15	1.83
70244--70357	58	2.0	58	87	3	167	42	10	25	21	1.85
70558--70596	20	2.0	20	94	0	69	43	12	28	15	1.83
70613--70683	20	3.2	20	67	27	54	42	12	25	19	1.87
70624--70781	72	2.2	72	86	4	221	44	15	20	20	1.87
70696--71134	46	9.6	46	84	3	521	44	11	21	21	1.84
70794--70874	25	3.4	24	68	25	73	43	12	23	20	1.86
70814--70891	20	3.7	20	69	20	59	41	11	28	19	1.86
70300--71012	26	30.8	24	62	23	169	43	12	22	22	1.86
77210--77676	46	10.2	46	88	0	646	43	13	22	21	1.87
77501--77572	20	3.3	20	72	20	72	40	15	25	19	1.90
79401--79862	46	10.5	46	79	8	320	43	13	21	21	1.87
79484--79534	25	2.0	25	88	3	75	49	17	17	15	1.81
79485--79540	25	2.2	25	83	3	67	48	17	16	17	1.82
79420--79632	117	1.8	118	86	1	311	44	13	20	21	1.86
79583--79744	20	7.2	20	70	22	108	41	12	24	21	1.88
79501--79855	92	3.9	92	88	0	521	43	12	21	21	1.87
79593--79888	26	12.6	25	66	20	138	41	13	22	21	1.88
79501--79862	138	2.6	138	88	0	526	42	12	22	22	1.87
84380--84576	46	4.3	46	88	0	295	42	13	21	22	1.88
84365--84464	26	4.1	26	71	15	86	44	17	19	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84497--84733	20	10.7	20	66	20	98	43	12	23	20	1.85
84497--84641	66	2.2	66	91	1	229	42	11	25	20	1.86
84451--84681	111	2.1	112	87	2	331	42	12	21	23	1.86
84564--84784	46	4.8	46	84	1	264	44	12	22	21	1.85
84563--84784	92	2.4	91	86	0	300	44	12	22	21	1.85
84380--84773	203	1.9	204	87	0	574	43	12	21	22	1.86
89202--89668	215	2.2	216	88	3	699	33	19	18	28	1.96
89196--89675	54	8.9	54	87	1	613	33	19	18	28	1.95
95177--95650	54	8.8	54	85	1	619	31	18	18	30	1.96
100854--100902	25	2.0	25	91	0	80	22	18	18	40	1.91
102541--102668	15	8.9	14	74	15	102	82	0	14	3	0.84
102541--102668	7	17.9	7	78	11	102	82	0	14	3	0.84
102555--102669	16	6.9	16	80	17	112	83	0	13	2	0.80
102542--102670	27	4.8	27	77	16	126	82	0	13	3	0.84
102541--102670	38	3.4	37	79	13	120	82	0	13	3	0.83
102555--102609	1	55.0	1	81	0	65	90	0	9	0	0.44
104618--104977	159	2.3	160	86	3	485	36	11	12	39	1.80
105152--105427	102	2.7	100	77	8	279	32	19	10	36	1.86
105916--106260	105	3.3	105	86	0	478	39	15	19	25	1.91
106138--106363	70	3.3	70	64	12	176	38	17	19	25	1.93
106101--106391	138	2.1	138	92	0	474	39	16	19	24	1.92
108284--108351	31	2.3	28	80	16	75	23	10	4	61	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112415--112459	21	2.3	19	85	11	56	13	11	6	68	1.37
120287--120324	19	2.1	19	90	5	60	68	0	0	31	0.90
122951--123187	54	4.4	54	86	0	305	32	17	19	29	1.95
128591--128975	54	7.2	54	82	1	470	34	17	18	30	1.94
131491--131795	132	2.3	133	83	5	359	30	20	19	29	1.97
132744--132823	42	1.9	42	84	2	108	37	22	17	22	1.94
132804--133254	216	2.1	216	83	4	572	34	17	14	33	1.90
133575--134207	259	2.4	259	85	2	826	34	16	16	32	1.92
143959--143990	15	2.1	15	100	0	64	46	6	12	34	1.67
151462--151511	26	1.9	26	91	0	82	34	16	2	48	1.57

Tables:   1   2   3   4