genome.fa.s8930.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008930.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112236_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  792381

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12038--12086	25	1.9	26	95	4	91	16	28	8	46	1.75
12577--12624	25	1.9	25	87	8	71	68	2	4	25	1.18
14218--14404	92	2.0	95	82	3	227	30	5	31	33	1.80
14833--15118	11	26.1	11	68	19	86	42	2	6	48	1.43
14822--14871	24	2.1	24	88	0	73	42	2	6	50	1.38
14906--15011	13	8.0	13	76	8	70	44	0	5	49	1.32
14938--15550	8	66.5	10	67	24	186	41	1	3	53	1.30
14917--15008	40	2.3	40	85	10	118	45	1	5	47	1.32
14932--15037	51	2.1	49	80	3	113	50	2	4	42	1.38
15024--15103	20	4.0	20	73	10	74	40	5	6	48	1.50
15209--15356	13	12.2	13	78	16	85	38	1	4	56	1.27
15266--15550	5	58.0	5	92	6	478	40	0	0	59	1.00
16589--16682	41	2.3	41	92	0	170	36	14	18	30	1.91
23246--23327	22	3.7	22	95	0	137	24	25	28	21	1.99
24069--24114	22	2.1	22	84	8	58	21	21	8	47	1.77
25469--25507	3	12.7	3	94	5	69	66	0	30	2	1.05
29373--29422	19	2.7	20	77	20	54	40	8	0	52	1.31
34304--34345	17	2.4	18	80	4	50	47	0	4	47	1.23
36549--36600	17	3.2	17	75	10	54	32	3	13	50	1.60
37450--37486	17	2.2	17	90	0	56	29	8	21	40	1.82
38382--38417	18	2.0	18	88	0	54	30	2	5	61	1.33
43268--43367	33	3.1	32	83	11	116	37	21	14	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48006--48105	33	3.1	33	85	5	125	36	22	14	28	1.92
53954--53994	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
54115--54148	16	2.1	16	88	0	50	14	2	2	79	0.97
54196--54225	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
54250--54310	23	2.7	23	79	7	70	68	0	0	31	0.89
55155--55206	9	6.1	9	76	13	56	34	1	0	63	1.06
55155--55203	17	2.9	17	87	6	73	36	2	0	61	1.08
55155--55204	16	3.1	16	91	2	73	36	2	0	62	1.07
57238--57272	18	1.9	18	88	0	52	25	34	31	8	1.86
57512--57596	35	2.5	33	76	14	82	27	7	10	55	1.60
67311--67351	13	3.2	13	89	6	57	80	0	7	12	0.90
67324--67361	19	2.0	19	90	10	60	78	0	2	18	0.86
67381--67502	37	3.5	33	77	16	113	44	6	3	45	1.46
67443--67596	41	3.9	40	85	7	199	40	7	5	46	1.53
67561--67616	25	2.2	26	80	9	69	41	7	3	48	1.48
67568--67622	25	2.2	26	90	3	85	45	9	5	40	1.59
67610--67635	12	2.2	12	100	0	52	34	7	15	42	1.75
67587--67684	37	2.6	38	87	9	148	41	6	6	45	1.53
74723--74749	10	2.7	10	100	0	54	33	7	22	37	1.82
76132--76184	21	2.5	21	87	0	79	20	24	18	35	1.95
76159--76260	41	2.5	42	84	6	120	33	19	19	27	1.96
76174--76260	20	4.3	21	84	5	117	35	19	20	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77121--77174	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
79667--79721	19	2.8	19	83	2	65	38	21	21	18	1.94
79694--79819	33	3.8	33	94	1	218	45	19	23	11	1.83
79674--79785	19	6.4	19	70	20	91	44	19	22	13	1.85
79674--79823	19	8.7	19	64	22	71	44	20	24	12	1.85
79829--79908	33	2.4	33	87	0	115	10	18	22	48	1.77
80015--80051	14	2.6	14	82	0	56	45	18	0	35	1.50
81439--81518	42	1.9	42	84	0	106	22	17	38	21	1.93
81919--82009	19	4.6	19	83	5	110	47	20	20	10	1.80
81919--82016	39	2.5	39	89	1	142	47	19	21	11	1.80
82033--82166	19	7.2	19	85	10	170	8	20	22	49	1.75
82257--82725	94	5.1	93	96	2	795	47	18	12	21	1.82
82257--82725	187	2.5	186	93	3	795	47	18	12	21	1.82
84420--84515	20	5.2	20	70	25	84	46	18	22	11	1.81
84418--84539	33	3.5	33	84	12	147	47	19	22	10	1.80
84540--84631	33	2.8	33	93	0	148	9	21	23	44	1.82
84570--84637	19	3.8	19	75	18	83	10	23	20	45	1.81
85203--85255	20	2.7	20	100	0	106	20	20	20	37	1.94
85245--85338	21	4.5	21	85	2	118	37	18	23	21	1.94
94313--94359	19	2.4	19	85	3	58	44	0	2	53	1.12
95174--95504	38	9.3	36	77	13	239	45	4	6	42	1.52
95527--95572	7	6.9	7	82	5	51	17	2	2	78	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95527--95573	19	2.4	19	89	7	67	17	2	2	78	0.94
95534--95585	23	2.3	22	81	15	61	17	1	1	78	0.93
100301--100481	92	1.9	95	84	6	244	34	16	17	32	1.92
101623--102542	165	5.6	165	83	2	947	29	24	20	26	1.99
101623--102752	329	3.4	328	82	5	1176	30	24	19	25	1.98
101623--102699	249	4.3	246	81	4	1119	29	24	19	26	1.99
101623--102721	165	6.7	164	83	5	877	30	24	19	26	1.98
101623--102752	84	13.7	82	75	8	857	30	24	19	25	1.98
102927--102973	21	2.2	21	92	0	85	27	19	8	44	1.79
102952--103389	36	12.1	36	89	0	624	26	21	13	38	1.91
103451--103521	34	2.1	34	89	2	108	45	12	11	30	1.77
103903--103945	2	22.0	2	80	4	52	46	6	0	46	1.30
103994--104319	37	9.1	35	76	13	249	46	4	6	42	1.51
104182--104273	33	2.8	31	73	15	87	48	5	5	40	1.49
104001--104327	70	4.6	70	78	11	281	44	4	7	44	1.51
104346--104396	23	2.2	24	80	16	63	17	1	1	78	0.94
104356--104408	23	2.3	22	78	15	54	18	1	1	77	0.96
105485--105515	7	4.6	7	96	4	55	0	9	0	90	0.46
126135--126160	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
129044--129088	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
130776--130842	22	3.0	22	91	2	107	19	28	28	23	1.98
133896--133940	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135211--135717	253	2.0	252	98	1	989	37	7	24	30	1.83
135857--135923	22	3.0	22	91	2	107	19	28	28	23	1.98
137711--137750	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
137779--137820	21	2.0	21	86	9	59	23	26	19	30	1.98
138037--138096	29	2.0	31	87	6	88	41	15	6	36	1.73
138206--138244	20	2.0	20	89	0	60	48	10	12	28	1.74
139550--139586	19	1.9	19	100	0	74	10	21	32	35	1.88
140480--140521	21	2.0	21	95	0	75	19	26	23	30	1.98
140703--140762	29	2.0	31	87	6	88	41	15	6	36	1.73
144110--144190	41	2.0	42	87	4	121	27	22	18	32	1.97
144152--144361	76	2.7	79	84	6	282	30	19	20	30	1.97
144790--144939	52	2.9	53	84	5	200	31	22	24	22	1.98
146929--146959	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
148785--148827	20	2.2	20	87	8	61	44	0	0	55	0.99
151230--151556	163	2.0	162	96	2	611	35	14	16	33	1.89
153051--153092	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
156196--156227	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
156344--156383	19	2.1	19	86	13	55	57	2	0	40	1.12
160206--160336	42	3.2	41	79	14	171	35	22	20	22	1.96
160201--160323	39	3.1	38	76	16	133	33	19	21	26	1.97
161837--161927	39	2.2	42	82	5	107	23	18	23	35	1.96
162745--162817	36	2.0	36	97	0	137	35	20	10	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166404--166534	65	2.0	65	100	0	262	32	15	17	35	1.91
169201--169249	21	2.3	21	89	0	71	46	24	28	0	1.53
169604--169840	86	2.8	84	79	7	244	33	25	16	24	1.96
169604--169840	43	5.5	43	79	6	205	33	25	16	24	1.96
170543--170594	21	2.5	20	75	9	52	32	11	19	36	1.87
186101--186180	16	5.0	16	86	4	108	60	20	11	8	1.57
186101--186180	32	2.5	33	91	4	128	60	20	11	8	1.57
186414--186503	11	8.0	11	67	18	51	27	21	22	28	1.99
186435--186497	23	2.7	23	87	0	90	25	20	22	31	1.98
187686--187809	7	18.1	7	80	5	83	20	0	30	49	1.49

Tables:   1   2   3   4   5