genome.fa.s8930.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008930.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112236_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  792381

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188822--188850	13	2.2	13	100	0	58	37	13	10	37	1.79
191690--191741	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
192051--192093	17	2.5	18	85	7	54	34	0	9	55	1.32
192051--192094	18	2.6	18	83	16	58	34	0	9	56	1.31
192571--192604	9	3.8	9	88	11	52	76	0	2	20	0.92
192570--192614	13	3.5	13	84	6	56	77	0	4	17	0.92
193058--193117	13	4.3	14	83	12	54	63	5	1	30	1.25
193072--193113	13	3.1	13	89	6	57	69	4	2	23	1.20
194115--195187	105	10.3	105	90	4	1552	22	18	26	33	1.97
194115--195187	205	5.2	205	92	2	1608	22	18	26	33	1.97
194115--195187	310	3.4	311	89	4	1540	22	18	26	33	1.97
195573--195639	29	2.3	28	76	7	71	28	16	10	44	1.80
195968--196148	65	2.8	65	91	0	290	35	12	20	31	1.89
196033--196388	102	3.5	102	92	0	577	36	12	20	30	1.90
196098--196406	37	8.9	37	67	20	200	36	13	21	29	1.91
195933--196250	167	1.9	169	92	2	534	36	12	20	30	1.89
196302--196406	36	2.9	36	88	4	149	37	13	23	25	1.92
197264--197314	22	2.3	22	96	0	93	25	11	27	35	1.91
197961--198007	15	3.1	16	79	17	55	0	23	6	70	1.10
197925--197978	20	2.6	21	85	5	65	1	12	7	77	1.05
201016--201049	9	3.8	9	88	11	52	76	0	2	20	0.92
201015--201049	13	2.6	13	90	4	52	77	0	2	20	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201532--201574	18	2.5	17	81	7	52	69	2	2	25	1.12
201534--201572	14	2.8	13	88	11	51	71	2	2	23	1.10
202104--202141	19	2.0	19	85	10	51	36	2	23	36	1.69
203732--203792	31	2.0	31	93	0	104	40	16	19	22	1.90
205377--205438	31	2.0	31	93	0	106	37	14	25	22	1.92
205530--205575	15	3.1	15	90	0	56	30	2	6	60	1.34
207606--207684	24	3.5	24	72	11	67	27	3	0	68	1.07
207711--207738	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
213072--213114	22	2.0	22	81	9	52	51	4	6	37	1.50
214877--214941	31	2.0	32	85	8	87	24	20	23	32	1.98
220882--220919	18	2.2	18	90	9	62	23	5	0	71	1.07
241828--241875	23	2.2	23	88	7	73	18	37	22	20	1.94
243845--243887	17	2.5	17	85	7	52	23	0	20	55	1.43
247871--247910	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
256213--256330	39	3.0	39	83	0	146	32	22	30	14	1.94
258654--258701	21	2.4	21	89	6	73	20	18	14	45	1.85
259013--259079	29	2.3	29	89	0	98	41	11	22	23	1.87
262907--262946	22	1.9	21	85	10	55	60	7	5	27	1.45
268628--268939	153	2.0	157	95	3	571	35	11	7	45	1.69
269077--269129	21	2.5	21	84	0	70	39	18	24	16	1.91
269118--269230	20	5.7	20	80	10	115	32	25	18	23	1.97
269115--269244	60	2.2	60	87	2	181	36	24	16	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269179--269230	19	2.7	20	87	3	79	26	28	21	23	1.99
269415--269458	22	2.0	22	91	8	72	22	45	13	18	1.84
269415--269466	22	2.5	21	84	12	63	23	44	11	21	1.84
269704--269741	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
269877--269931	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
271039--271083	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
271376--271470	19	5.5	19	70	23	93	46	22	18	12	1.83
271376--271467	33	2.8	33	93	5	159	47	21	18	11	1.80
271392--271450	14	3.9	14	77	18	64	49	23	16	10	1.77
271483--271541	14	3.9	14	76	20	64	10	16	23	49	1.77
271499--271768	19	15.5	19	67	19	108	12	19	22	44	1.85
271485--271726	33	7.2	33	81	12	296	12	18	22	46	1.82
271654--271710	14	3.7	14	75	20	60	10	15	22	50	1.74
271485--271767	136	2.1	135	83	9	351	12	19	22	44	1.84
271720--271765	20	2.4	19	88	3	65	15	23	26	34	1.94
273097--273279	90	2.0	89	89	8	280	47	19	12	21	1.81
274945--275076	19	7.1	19	79	11	121	42	19	24	13	1.87
274970--275069	52	1.9	53	87	2	148	40	22	25	13	1.89
275072--275115	18	2.4	19	88	3	63	9	15	27	47	1.76
275666--275718	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
275727--275780	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
275667--275783	61	1.9	61	85	0	162	23	17	24	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275769--275819	20	2.5	20	83	0	66	15	25	19	39	1.91
276334--276402	21	3.2	21	71	4	75	33	10	39	17	1.83
276319--276424	43	2.5	43	89	1	169	31	12	43	13	1.80
276345--276413	21	3.2	21	71	4	66	30	11	44	13	1.78
276712--276754	21	2.1	20	83	12	52	46	0	6	46	1.30
280462--280542	2	41.0	2	91	2	119	45	2	1	50	1.22
291016--291078	29	2.2	29	91	0	99	28	33	12	25	1.92
291615--291797	60	3.1	57	75	9	152	32	19	6	41	1.77
291937--292025	29	3.0	29	69	20	76	41	5	19	33	1.74
291915--292098	60	3.1	58	81	8	192	45	4	16	33	1.67
297589--297641	11	4.8	11	80	15	56	67	0	0	32	0.91
297589--297638	21	2.3	23	87	12	72	68	0	0	32	0.90
297812--298025	91	2.3	92	81	4	245	23	16	33	26	1.96
297954--298314	46	8.5	41	73	12	171	24	19	30	25	1.98
297870--298314	130	3.4	129	90	4	655	24	18	31	26	1.97
298649--298820	95	1.8	93	83	7	231	44	12	12	30	1.79
299099--299535	30	14.1	29	67	18	165	43	14	10	30	1.80
299003--299346	67	5.2	67	93	2	543	45	12	11	29	1.78
299129--299317	37	5.5	36	68	16	150	44	12	11	31	1.78
299295--299548	29	8.8	28	73	11	176	43	16	10	29	1.81
299289--299450	90	1.8	87	86	6	236	43	15	10	30	1.80
299410--299548	56	2.4	56	81	10	167	43	18	10	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299790--299917	33	3.8	32	78	12	112	34	11	19	34	1.88
299790--299921	69	1.9	67	84	3	174	34	11	19	34	1.88
299823--299940	33	3.4	33	83	6	137	35	11	20	33	1.88
299893--300120	101	2.3	99	82	10	250	36	12	19	30	1.89
300243--300341	36	2.7	35	90	6	153	35	11	17	36	1.85
306583--306626	22	2.0	22	81	0	52	52	15	4	27	1.63
308541--308593	11	4.8	11	80	15	56	67	0	0	32	0.91
308541--308590	21	2.3	23	87	12	72	68	0	0	32	0.90
313032--313172	70	2.0	70	92	0	237	34	14	19	30	1.92
325822--325894	30	2.4	30	93	0	119	24	19	24	31	1.98
332272--332342	22	3.2	21	80	7	79	36	15	19	28	1.92
332280--332354	22	3.4	22	75	3	80	33	17	18	30	1.94
335125--335176	23	2.4	22	80	6	61	55	0	7	36	1.29
336825--336918	3	31.3	3	100	0	188	32	0	67	0	0.91
338587--338620	16	2.1	17	88	5	52	64	0	0	35	0.94
339176--339209	16	2.1	17	88	5	52	35	0	0	64	0.94
340251--340284	13	2.6	13	85	0	50	50	0	0	50	1.00
340358--340425	31	2.2	31	86	0	91	33	10	7	48	1.65
340774--340812	12	2.9	14	81	14	55	23	0	0	76	0.78
341186--341252	25	2.9	23	75	22	68	41	5	0	52	1.26
341194--341252	21	2.6	22	85	15	84	42	6	0	50	1.28
341198--341266	25	2.6	27	78	21	83	42	5	0	52	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
341194--341268	27	3.1	24	85	12	84	42	5	0	52	1.24
341205--341267	25	2.4	27	84	10	87	44	4	0	50	1.23
342609--342778	81	2.0	81	82	6	198	40	23	11	24	1.87
348992--349065	38	1.9	38	100	0	148	44	2	5	47	1.40
349448--349482	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
354430--354455	9	2.9	9	100	0	52	11	34	19	34	1.88
356388--356428	18	2.3	18	87	4	57	60	2	7	29	1.36
356568--356686	50	2.3	51	85	7	152	24	29	27	18	1.98
358408--358466	23	2.6	22	84	5	73	40	0	5	54	1.23
366827--366870	13	3.5	13	81	12	56	20	47	15	15	1.82

Tables:   1   2   3   4   5